MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis D12 chromosome

Total Repeats: 334

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017621	AACAG	2	10	13909	13918	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017621	CTTGT	2	10	15099	15108	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017621	ACAAA	2	10	16980	16989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017621	TCGTG	2	10	18112	18121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017621	GTTAA	2	10	18878	18887	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017621	ATAGA	2	10	22338	22347	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017621	ATTAT	2	10	22813	22822	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017621	ATATT	2	10	23362	23371	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017621	GCGAA	2	10	31395	31404	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017621	AGCTG	2	10	31604	31613	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017621	AAACC	2	10	33170	33179	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017621	ATGGA	2	10	33190	33199	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017621	TTCTT	2	10	34518	34527	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017621	GCCAT	2	10	34992	35001	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017621	AAAAT	2	10	56015	56024	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017621	GCAGA	2	10	57219	57228	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017621	TTAAG	2	10	70385	70394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017621	AAGGA	2	10	80647	80656	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017621	CTTTG	2	10	81650	81659	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017621	TTTTA	2	10	89634	89643	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017621	ACAAA	2	10	90059	90068	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017621	TCGTG	2	10	91191	91200	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017621	GTTAA	2	10	91957	91966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017621	TTAAT	2	10	95663	95672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017621	TATCA	2	10	97351	97360	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017621	TCCAT	2	10	105170	105179	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017621	AAGAA	2	10	119970	119979	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017621	GGATG	2	10	131274	131283	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017621	CATGA	2	10	134359	134368	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017621	GAAAG	2	10	135779	135788	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017621	CTATA	2	10	138697	138706	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017621	GAAGC	2	10	142690	142699	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017621	GTTTT	2	10	145356	145365	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017621	GTAAA	2	10	157918	157927	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017621	GAAAA	2	10	159771	159780	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017621	CTATT	2	10	159797	159806	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017621	ATAAA	2	10	162351	162360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017621	AAAAG	2	10	167965	167974	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017621	CAAAT	2	10	182457	182466	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017621	CCTTA	2	10	184738	184747	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017621	TATAA	2	10	184912	184921	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017621	TATTG	2	10	198986	198995	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017621	TTACA	2	10	200786	200795	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017621	ACCAC	2	10	215295	215304	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_017621	CTTAA	2	10	216330	216339	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017621	TTGAT	2	10	218135	218144	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017621	ATAGG	2	10	221009	221018	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017621	CTATA	2	10	221052	221061	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017621	TAAAA	2	10	229818	229827	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017621	AATTT	2	10	229965	229974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017621	TAAAA	2	10	235221	235230	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017621	AATTT	2	10	239959	239968	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017621	TATAA	2	10	240108	240117	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017621	GCTAT	2	10	242866	242875	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017621	TCCTT	2	10	254308	254317	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017621	ATAAA	2	10	254428	254437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017621	TTTAG	2	10	262095	262104	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017621	GTAAA	2	10	265652	265661	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017621	AAATA	2	10	268595	268604	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017621	TAGAA	2	10	271701	271710	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017621	TTAAA	2	10	273280	273289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017621	CTATT	2	10	277516	277525	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017621	GTTTC	2	10	277715	277724	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017621	TTTTC	2	10	280916	280925	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017621	ATAAA	2	10	292219	292228	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017621	TGAAA	2	10	294643	294652	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017621	AGAGA	2	10	297354	297363	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017621	TTTAT	2	10	302868	302877	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017621	GAAAG	2	10	303872	303881	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017621	GAAAG	2	10	304042	304051	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017621	TGAAA	2	10	322036	322045	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017621	TTAAG	2	10	329198	329207	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017621	TAGAA	2	10	338888	338897	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017621	GTATG	2	10	340156	340165	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017621	ACAAA	2	10	341152	341161	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017621	TCGTG	2	10	342284	342293	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017621	GTTAA	2	10	343050	343059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017621	CTTTT	2	10	354545	354554	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017621	ACCAC	2	10	357118	357127	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_017621	CATTA	2	10	368729	368738	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017621	TTGAT	2	10	370515	370524	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017621	TATTT	2	10	386941	386950	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017621	TTCAG	2	10	394951	394960	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017621	ATCTT	2	10	400401	400410	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017621	GTTTA	2	10	419014	419023	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017621	ACAAA	2	10	428150	428159	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017621	TCGTG	2	10	429282	429291	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017621	GTTAA	2	10	430048	430057	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017621	ATAGA	2	10	433508	433517	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017621	CATAT	2	10	435230	435239	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017621	AGAAA	2	10	439232	439241	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017621	ACCAC	2	10	441018	441027	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
93	NC_017621	CTTAA	2	10	442054	442063	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017621	GATTT	2	10	447579	447588	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017621	AAAAG	2	10	450692	450701	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017621	TTAAA	2	10	462628	462637	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017621	AGAAA	2	10	469980	469989	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017621	AAAGT	2	10	478823	478832	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017621	TAGAA	2	10	484415	484424	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017621	TTATT	2	10	484531	484540	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017621	TATAC	2	10	484595	484604	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017621	TTGAT	3	15	484829	484843	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017621	GTAAT	2	10	485273	485282	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017621	ATTAT	2	10	492294	492303	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017621	ATAAA	2	10	498833	498842	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017621	TATAA	2	10	500599	500608	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017621	ATAAA	2	10	503669	503678	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017621	AGAGG	2	10	504199	504208	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017621	TTTTG	2	10	506915	506924	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017621	ACGAA	2	10	508072	508081	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017621	ATAGA	2	10	510462	510471	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017621	CAATT	2	10	512439	512448	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017621	ATAGG	2	10	514342	514351	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017621	AGTAT	2	10	517021	517030	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017621	ATAAA	2	10	524852	524861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017621	AAGTG	2	10	537848	537857	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017621	GATAT	2	10	542551	542560	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017621	TTTGC	2	10	557651	557660	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017621	ATCCA	2	10	560799	560808	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017621	TAAAA	2	10	562674	562683	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017621	TTTTA	2	10	562701	562710	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017621	TTTAT	2	10	564919	564928	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017621	CAGTT	2	10	565393	565402	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017621	GCAAG	2	10	568445	568454	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017621	GAAGA	2	10	574254	574263	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017621	CAGTG	2	10	578517	578526	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017621	TTAAG	2	10	580005	580014	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017621	GTGTG	2	10	581041	581050	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017621	TTTTA	2	10	588976	588985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017621	AGGAT	2	10	598011	598020	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017621	GATAG	2	10	611084	611093	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017621	AGCTC	2	10	619287	619296	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017621	TTGAT	2	10	620911	620920	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017621	TCTTG	2	10	622180	622189	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017621	ATAAA	2	10	624849	624858	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017621	ATAAA	2	10	630013	630022	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017621	TTGAT	2	10	632886	632895	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017621	TTAAG	2	10	646512	646521	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017621	AATTG	2	10	660830	660839	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017621	TTATA	2	10	671285	671294	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017621	TTATA	2	10	671585	671594	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017621	CGTTT	2	10	694758	694767	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017621	AGCAA	2	10	694802	694811	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017621	ATTTT	2	10	696077	696086	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017621	TTGAT	2	10	698753	698762	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017621	CTCAG	2	10	719792	719801	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_017621	TTAAG	2	10	724437	724446	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017621	GTGTG	2	10	725464	725473	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017621	AAAAG	2	10	732159	732168	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017621	TACTA	2	10	741164	741173	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017621	AATAA	2	10	749958	749967	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017621	TAAAA	2	10	751782	751791	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017621	TAAGT	2	10	754159	754168	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017621	TTGAT	2	10	754226	754235	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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157	NC_017621	ATAGA	2	10	804291	804300	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_017621	ATAAA	2	10	815641	815650	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_017621	TGAAA	2	10	815667	815676	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
161	NC_017621	ATAAA	2	10	820982	820991	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017621	TATAA	2	10	822690	822699	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_017621	ATACT	2	10	830646	830655	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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165	NC_017621	TATTC	2	10	851580	851589	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_017621	TTCTA	2	10	854374	854383	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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168	NC_017621	TTTTC	2	10	892627	892636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
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171	NC_017621	GTTTA	2	10	912160	912169	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017621	CAGTG	2	10	912257	912266	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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176	NC_017621	GAGCA	2	10	932101	932110	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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184	NC_017621	AATAA	2	10	1004972	1004981	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_017621	TCTTT	2	10	1009979	1009988	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
186	NC_017621	GTGTG	2	10	1012660	1012669	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017621	AAATC	2	10	1016677	1016686	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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189	NC_017621	ATAAG	2	10	1016909	1016918	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_017621	AAAAT	2	10	1044777	1044786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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197	NC_017621	CACCT	2	10	1073263	1073272	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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289	NC_017621	TTCTA	2	10	1757740	1757749	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
290	NC_017621	TCATT	2	10	1759254	1759263	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
291	NC_017621	GTCCA	2	10	1759326	1759335	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_017621	TCCAG	2	10	1764845	1764854	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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325	NC_017621	ATGCA	2	10	2053463	2053472	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
326	NC_017621	ACTTG	2	10	2081105	2081114	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
327	NC_017621	TTCCT	2	10	2094702	2094711	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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330	NC_017621	TCAGC	2	10	2133395	2133404	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
331	NC_017621	AAACA	2	10	2143846	2143855	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
332	NC_017621	CTTTT	2	10	2167281	2167290	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
333	NC_017621	TTAGC	2	10	2174177	2174186	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
334	NC_017621	TAAAA	2	10	2179387	2179396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.