MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis D9 chromosome

Total Repeats: 349

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017620	TTTAT	2	10	2847	2856	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017620	ACAAA	2	10	17129	17138	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017620	TCGTG	2	10	18261	18270	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017620	GTTAA	2	10	19162	19171	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017620	ATAGA	2	10	22724	22733	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017620	ATTAT	2	10	23199	23208	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017620	ATATT	2	10	23748	23757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017620	TTTAT	2	10	60511	60520	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017620	TATGT	2	10	60549	60558	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017620	TTTAT	2	10	60649	60658	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017620	AAGGA	2	10	82410	82419	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017620	ACAAA	2	10	93699	93708	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017620	TCGTG	2	10	94831	94840	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017620	GTTAA	2	10	95733	95742	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017620	TTAAT	2	10	99545	99554	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017620	CTTTC	2	10	101403	101412	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017620	CGCTC	2	10	103131	103140	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
18	NC_017620	AAAAT	2	10	104429	104438	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017620	TTTTG	2	10	105912	105921	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017620	TAAAC	2	10	112011	112020	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017620	AAGAA	2	10	120612	120621	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017620	GGATG	2	10	131914	131923	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017620	CATGA	2	10	135050	135059	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017620	GAAAG	2	10	135884	135893	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017620	CTATA	2	10	138798	138807	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017620	GAAGC	2	10	142523	142532	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017620	TTAAG	2	10	147975	147984	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017620	TAGAA	2	10	151360	151369	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017620	ATAAA	2	10	153988	153997	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017620	AAAAG	2	10	159561	159570	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017620	TTGGA	2	10	165625	165634	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017620	CATTG	2	10	173672	173681	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017620	CAAAT	2	10	180195	180204	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017620	GAGAG	2	10	182094	182103	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017620	TATAA	2	10	182652	182661	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017620	TTGAT	2	10	188002	188011	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017620	TATTG	2	10	195231	195240	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017620	AGCAG	2	10	198701	198710	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017620	AAACG	2	10	199662	199671	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017620	AAAAT	2	10	201085	201094	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017620	GATTA	2	10	204339	204348	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017620	GATAT	2	10	207548	207557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017620	ATTTA	2	10	219798	219807	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017620	TTAAG	2	10	225221	225230	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017620	ATCAC	2	10	226306	226315	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_017620	TTGAT	2	10	228503	228512	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017620	ATAGG	2	10	231378	231387	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017620	CTATA	2	10	231421	231430	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017620	TAAAA	2	10	251002	251011	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017620	TTGGA	2	10	251809	251818	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017620	CTTAC	2	10	252420	252429	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017620	AATTT	2	10	255736	255745	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017620	GGAAT	2	10	256987	256996	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017620	TAAGA	2	10	261879	261888	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017620	TCCTT	2	10	267231	267240	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017620	TCTGC	2	10	270468	270477	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017620	ATCAC	2	10	274422	274431	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017620	AATGA	2	10	275349	275358	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017620	TCAAA	2	10	275463	275472	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017620	TTTAG	2	10	277059	277068	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017620	GTAAA	2	10	280092	280101	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017620	TCTGC	2	10	281180	281189	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017620	ATAAA	2	10	281215	281224	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017620	CTTAA	2	10	284032	284041	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017620	TTTTA	2	10	284067	284076	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017620	AAATA	2	10	285534	285543	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017620	TAGAA	2	10	288640	288649	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017620	TTAAA	2	10	290185	290194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017620	CAGGG	2	10	293013	293022	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017620	CTTGG	2	10	293224	293233	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017620	ATAAA	2	10	307644	307653	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017620	GAAAG	2	10	314122	314131	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017620	GAAAG	2	10	314292	314301	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017620	TGGTC	2	10	332530	332539	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017620	GAAAG	2	10	344521	344530	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017620	TAGAA	2	10	347487	347496	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017620	GTATG	2	10	348758	348767	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017620	ACAAA	2	10	349653	349662	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017620	TCGTG	2	10	350785	350794	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017620	GTTAA	2	10	351687	351696	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017620	ATAGT	2	10	363175	363184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017620	CTTAA	2	10	374651	374660	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017620	CATTA	2	10	378389	378398	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017620	TTGAT	2	10	380170	380179	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017620	TTAAG	2	10	388145	388154	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017620	TTGCC	2	10	391566	391575	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017620	ATTTT	2	10	391845	391854	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017620	TATTT	2	10	398951	398960	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017620	TTCAG	2	10	406953	406962	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017620	CTTCG	2	10	408242	408251	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017620	ATCTT	2	10	412505	412514	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017620	TTAAG	2	10	430991	431000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017620	ATCAC	2	10	432074	432083	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017620	GTTTA	2	10	432613	432622	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017620	ACAAA	2	10	441582	441591	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017620	TCGTG	2	10	442714	442723	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017620	GTTAA	2	10	443616	443625	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017620	ATAGA	2	10	447178	447187	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017620	TTGAG	2	10	448004	448013	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017620	AGAAA	2	10	450988	450997	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017620	TGAAA	2	10	457751	457760	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017620	GATTT	2	10	457829	457838	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017620	TCAGT	2	10	460966	460975	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017620	AAAAG	2	10	462363	462372	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017620	TTAAA	2	10	472123	472132	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017620	CTTAA	2	10	475819	475828	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017620	CTTAA	2	10	482352	482361	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017620	AGAAA	2	10	488823	488832	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017620	TTTTC	2	10	499912	499921	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017620	AAAGT	2	10	500908	500917	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017620	TGACA	2	10	501053	501062	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017620	CCGAA	2	10	501721	501730	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017620	CTTTT	2	10	501910	501919	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017620	TTAAG	2	10	503697	503706	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017620	TAGAA	2	10	507885	507894	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017620	TATAC	2	10	508065	508074	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017620	TTGAT	2	10	508298	508307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017620	GTAAT	2	10	508738	508747	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017620	TTGGT	2	10	508984	508993	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017620	ATATT	2	10	509017	509026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017620	ATTAT	2	10	515882	515891	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017620	ATAAA	2	10	523386	523395	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017620	TATAA	2	10	524853	524862	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017620	CAATT	2	10	526870	526879	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017620	ATAGG	2	10	528774	528783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017620	AGTAT	2	10	531453	531462	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017620	ATAAA	2	10	539284	539293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017620	CTTGC	2	10	549459	549468	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017620	AAGTG	2	10	553537	553546	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017620	GATAT	2	10	559313	559322	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017620	GAAAG	2	10	570562	570571	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017620	GAAAG	2	10	570791	570800	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017620	TTTGC	2	10	574222	574231	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017620	CTTAA	2	10	580278	580287	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017620	GAAGA	2	10	588082	588091	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017620	AGGTA	2	10	602975	602984	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017620	CATAT	2	10	603350	603359	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017620	TTTTA	2	10	603604	603613	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017620	AGGAT	2	10	612117	612126	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017620	GATAG	2	10	626215	626224	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017620	AGCTC	2	10	634630	634639	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017620	TTGAT	2	10	636254	636263	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017620	AGGTA	2	10	637321	637330	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017620	CATAT	2	10	637696	637705	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017620	TCTTG	2	10	638719	638728	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017620	ATAAA	2	10	641388	641397	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017620	ATAAA	2	10	646607	646616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017620	TTGAT	2	10	649480	649489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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341	NC_017620	TTCCT	2	10	2099088	2099097	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
342	NC_017620	CAAAA	2	10	2103415	2103424	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
343	NC_017620	TTAAG	2	10	2107110	2107119	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
344	NC_017620	TAAAA	2	10	2135434	2135443	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
345	NC_017620	TGAAT	2	10	2145526	2145535	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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347	NC_017620	AAACG	2	10	2145894	2145903	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
348	NC_017620	TAGAC	2	10	2146389	2146398	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
349	NC_017620	TAAAA	2	10	2173984	2173993	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.