MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis SS12 chromosome

Total Repeats: 105

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017619	TGGAAG	2	12	21765	21776	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017619	AGTCTA	2	12	52332	52343	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017619	TGGAAG	2	12	92653	92664	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017619	TTCGGG	2	12	93590	93601	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017619	ACTTTG	2	12	110618	110629	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017619	TAAGAT	2	12	137200	137211	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017619	ACTAAG	2	12	151075	151086	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017619	GTTATA	2	12	154562	154573	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017619	ATTTTT	2	12	173564	173575	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017619	TGATTT	2	12	184810	184821	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017619	ATCTGC	2	12	217113	217124	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017619	AAAATT	2	12	218778	218789	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017619	TTTTTC	2	12	255626	255637	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017619	AACCAA	2	12	262380	262391	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017619	TAGAAA	2	12	287950	287961	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017619	TAGCCG	2	12	287989	288000	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017619	TAAAAA	2	12	325493	325504	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017619	TGGAAG	2	12	332849	332860	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017619	ATCTGC	2	12	355758	355769	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017619	TCTTTT	2	12	384261	384272	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017619	TAGCAG	2	12	390352	390363	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017619	AAACTA	2	12	413223	413234	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017619	TGGAAG	2	12	426890	426901	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017619	CAAAAT	2	12	428388	428399	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017619	ATTGTA	2	12	430756	430767	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017619	TAAAAA	2	12	446913	446924	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017619	TGTATT	2	12	450734	450745	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017619	AAAATC	2	12	486705	486716	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017619	ATCTGC	2	12	486753	486764	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017619	ACCTAT	2	12	495605	495616	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017619	AATATA	2	12	531272	531283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017619	TAGAAA	2	12	542356	542367	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017619	TTTTCC	2	12	550211	550222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017619	TGGAGT	2	12	579204	579215	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017619	AAGGAA	2	12	593477	593488	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017619	GTTTTT	2	12	604320	604331	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017619	ATTTTT	2	12	620844	620855	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017619	CTTGCA	2	12	754049	754060	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017619	TTCGGG	2	12	754437	754448	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017619	CTCATT	2	12	790069	790080	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017619	TCCCAC	2	12	831615	831626	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_017619	TGACAA	2	12	838317	838328	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017619	TGACAA	2	12	838391	838402	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017619	TGATTT	2	12	853490	853501	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017619	TTTATT	2	12	853766	853777	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017619	TATCAT	2	12	875210	875221	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017619	AATCTA	2	12	882635	882646	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017619	AAAAAT	2	12	884146	884157	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017619	TCACCC	2	12	905155	905166	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_017619	CCGTCA	2	12	905225	905236	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017619	TAAAAA	2	12	922967	922978	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017619	ATAAAG	2	12	1058310	1058321	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017619	TGATTT	2	12	1115554	1115565	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017619	GTCGTT	2	12	1137350	1137361	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017619	AACATT	2	12	1147783	1147794	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017619	GCAGAT	2	12	1170796	1170807	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017619	TGATTT	2	12	1170843	1170854	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017619	TGATTT	2	12	1175271	1175282	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017619	AAATAT	2	12	1177773	1177784	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017619	GCAGAT	2	12	1184636	1184647	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017619	TGATTT	2	12	1184683	1184694	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017619	TTACAT	2	12	1190865	1190876	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017619	TACCTG	2	12	1209974	1209985	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017619	CACCTG	2	12	1211112	1211123	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017619	CACCTG	2	12	1211412	1211423	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017619	CACCTG	2	12	1212012	1212023	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017619	CGAATC	2	12	1239183	1239194	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017619	TGATTT	2	12	1249844	1249855	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017619	AAAATC	2	12	1307665	1307676	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017619	TCCTTC	2	12	1342743	1342754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017619	CTTTAA	2	12	1344738	1344749	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017619	CATCCC	2	12	1371766	1371777	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017619	ATCAGA	2	12	1390840	1390851	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017619	GCAGAT	2	12	1390861	1390872	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017619	CCATCG	2	12	1402630	1402641	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017619	TATCAA	2	12	1414680	1414691	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017619	TAAAAA	2	12	1422167	1422178	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017619	ATAAAA	2	12	1525635	1525646	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017619	AACACT	2	12	1561196	1561207	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017619	ATTTAT	2	12	1587872	1587883	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017619	TGATTT	2	12	1594138	1594149	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017619	AAAATC	2	12	1604109	1604120	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017619	CAAAAT	2	12	1604755	1604766	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017619	ATAAAA	2	12	1610070	1610081	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017619	TGATTT	2	12	1611838	1611849	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017619	TCCCAG	2	12	1628157	1628168	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017619	TGATTT	2	12	1673237	1673248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017619	AAAATC	2	12	1710047	1710058	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017619	AATAGA	2	12	1811878	1811889	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017619	CATTGC	2	12	1829608	1829619	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017619	AAGAAA	2	12	1861794	1861805	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017619	CTCCAC	2	12	1887967	1887978	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_017619	GAAAGC	2	12	1895730	1895741	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017619	TAGAAA	2	12	1899357	1899368	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017619	TGATTT	2	12	1918571	1918582	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017619	TTTATT	2	12	1947421	1947432	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017619	TAGTGT	2	12	1987723	1987734	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017619	TAAGAT	2	12	2003632	2003643	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017619	TTTTAT	2	12	2005033	2005044	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017619	TTTATA	2	12	2013956	2013967	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017619	ATTTTT	2	12	2020263	2020274	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017619	TCATTT	2	12	2023186	2023197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017619	CTTTCT	2	12	2028344	2028355	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017619	AAAATC	2	12	2053119	2053130	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017619	GTATTA	2	12	2062013	2062024	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.