MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Streptococcus suis SS12 chromosome

Total Repeats: 1622

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017619	CTATC	2	10	928	937	20 %	40 %	0 %	40 %	386581048
2	NC_017619	AATAA	2	10	1297	1306	80 %	20 %	0 %	0 %	386581048
3	NC_017619	CATAT	2	10	2807	2816	40 %	40 %	0 %	20 %	386581050
4	NC_017619	AAACA	2	10	5721	5730	80 %	0 %	0 %	20 %	386581054
5	NC_017619	TGTCT	2	10	6112	6121	0 %	60 %	20 %	20 %	386581054
6	NC_017619	GAGAT	2	10	6830	6839	40 %	20 %	40 %	0 %	386581055
7	NC_017619	TGAAA	2	10	9967	9976	60 %	20 %	20 %	0 %	386581056
8	NC_017619	CTATT	2	10	11204	11213	20 %	60 %	0 %	20 %	386581059
9	NC_017619	CTTTG	2	10	13433	13442	0 %	60 %	20 %	20 %	386581061
10	NC_017619	AACAG	2	10	13877	13886	60 %	0 %	20 %	20 %	386581062
11	NC_017619	CTTGT	2	10	15033	15042	0 %	60 %	20 %	20 %	386581062
12	NC_017619	ACAAA	2	10	16914	16923	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017619	TCGTG	2	10	18046	18055	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017619	GTTAA	2	10	18925	18934	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017619	ATTAT	2	10	22860	22869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017619	ATATT	2	10	23409	23418	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017619	TTTAT	2	10	24440	24449	20 %	80 %	0 %	0 %	386581065
18	NC_017619	AATGC	2	10	25406	25415	40 %	20 %	20 %	20 %	386581066
19	NC_017619	CTACG	2	10	30760	30769	20 %	20 %	20 %	40 %	386581072
20	NC_017619	GAACG	2	10	33046	33055	40 %	0 %	40 %	20 %	386581073
21	NC_017619	AAACC	2	10	33182	33191	60 %	0 %	0 %	40 %	386581073
22	NC_017619	ATTCT	2	10	34529	34538	20 %	60 %	0 %	20 %	386581073
23	NC_017619	GCCAT	2	10	35004	35013	20 %	20 %	20 %	40 %	386581073
24	NC_017619	AAATG	2	10	36090	36099	60 %	20 %	20 %	0 %	386581074
25	NC_017619	AGCAG	2	10	38721	38730	40 %	0 %	40 %	20 %	386581077
26	NC_017619	CTATT	2	10	38946	38955	20 %	60 %	0 %	20 %	386581077
27	NC_017619	CTATT	2	10	41508	41517	20 %	60 %	0 %	20 %	386581079
28	NC_017619	GAAGC	2	10	42686	42695	40 %	0 %	40 %	20 %	386581080
29	NC_017619	AGCGG	2	10	45792	45801	20 %	0 %	60 %	20 %	386581083
30	NC_017619	TTAGT	2	10	47496	47505	20 %	60 %	20 %	0 %	386581085
31	NC_017619	GAAGT	2	10	48143	48152	40 %	20 %	40 %	0 %	386581086
32	NC_017619	TTATC	2	10	48274	48283	20 %	60 %	0 %	20 %	386581086
33	NC_017619	TAATC	2	10	48382	48391	40 %	40 %	0 %	20 %	386581086
34	NC_017619	TCAAT	2	10	48641	48650	40 %	40 %	0 %	20 %	386581087
35	NC_017619	TTATT	2	10	48894	48903	20 %	80 %	0 %	0 %	386581087
36	NC_017619	GAGAA	2	10	52400	52409	60 %	0 %	40 %	0 %	386581091
37	NC_017619	GCAGA	2	10	53881	53890	40 %	0 %	40 %	20 %	386581093
38	NC_017619	GGGCT	2	10	54352	54361	0 %	20 %	60 %	20 %	386581093
39	NC_017619	TTTTG	2	10	55381	55390	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017619	TGAAT	2	10	55975	55984	40 %	40 %	20 %	0 %	386581095
41	NC_017619	TTAAG	2	10	58393	58402	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017619	AGCAG	2	10	60118	60127	40 %	0 %	40 %	20 %	386581098
43	NC_017619	GCCCT	2	10	62940	62949	0 %	20 %	20 %	60 %	386581102
44	NC_017619	GTTTT	2	10	65443	65452	0 %	80 %	20 %	0 %	386581104
45	NC_017619	TTGCT	2	10	66039	66048	0 %	60 %	20 %	20 %	386581105
46	NC_017619	GTATC	2	10	69326	69335	20 %	40 %	20 %	20 %	386581108
47	NC_017619	TGGAT	2	10	71320	71329	20 %	40 %	40 %	0 %	386581112
48	NC_017619	TTATG	2	10	71530	71539	20 %	60 %	20 %	0 %	386581113
49	NC_017619	AAATT	2	10	72422	72431	60 %	40 %	0 %	0 %	386581115
50	NC_017619	TGGCG	2	10	73429	73438	0 %	20 %	60 %	20 %	386581117
51	NC_017619	AAAAC	2	10	73989	73998	80 %	0 %	0 %	20 %	386581118
52	NC_017619	TACAC	2	10	74403	74412	40 %	20 %	0 %	40 %	386581119
53	NC_017619	GAAAA	2	10	75282	75291	80 %	0 %	20 %	0 %	386581120
54	NC_017619	GTCTT	2	10	75570	75579	0 %	60 %	20 %	20 %	386581121
55	NC_017619	TTTGG	2	10	75701	75710	0 %	60 %	40 %	0 %	386581121
56	NC_017619	AAGGA	2	10	78276	78285	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017619	TAAGA	2	10	79034	79043	60 %	20 %	20 %	0 %	386581129
58	NC_017619	AGAAT	2	10	83822	83831	60 %	20 %	20 %	0 %	386581137
59	NC_017619	TAGTC	2	10	84607	84616	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017619	GAAAA	2	10	86148	86157	80 %	0 %	20 %	0 %	386581142
61	NC_017619	TGACT	2	10	86543	86552	20 %	40 %	20 %	20 %	386581142
62	NC_017619	TTTTA	2	10	87377	87386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017619	ACAAA	2	10	87802	87811	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017619	TCGTG	2	10	88934	88943	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017619	GTTAA	2	10	89813	89822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017619	TTAAT	2	10	93523	93532	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017619	TGTGA	2	10	94484	94493	20 %	40 %	40 %	0 %	386581144
68	NC_017619	CTTTC	2	10	95382	95391	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017619	TGCTT	2	10	96046	96055	0 %	60 %	20 %	20 %	386581146
70	NC_017619	CGCTC	2	10	97110	97119	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
71	NC_017619	TTGTT	2	10	97217	97226	0 %	80 %	20 %	0 %	386581148
72	NC_017619	AATAT	2	10	98659	98668	60 %	40 %	0 %	0 %	386581149
73	NC_017619	TTTCA	2	10	99475	99484	20 %	60 %	0 %	20 %	386581151
74	NC_017619	CTTCG	2	10	99718	99727	0 %	40 %	20 %	40 %	386581151
75	NC_017619	AAAAT	2	10	99852	99861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017619	TTTTG	2	10	100031	100040	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017619	TTTTC	2	10	100639	100648	0 %	80 %	0 %	20 %	386581152
78	NC_017619	TTTGG	2	10	102935	102944	0 %	60 %	40 %	0 %	386581156
79	NC_017619	ATTGC	2	10	103400	103409	20 %	40 %	20 %	20 %	386581156
80	NC_017619	GCTTT	2	10	103631	103640	0 %	60 %	20 %	20 %	386581157
81	NC_017619	AGAAA	2	10	104089	104098	80 %	0 %	20 %	0 %	386581157
82	NC_017619	GACTT	2	10	105668	105677	20 %	40 %	20 %	20 %	386581158
83	NC_017619	CTGGG	2	10	109888	109897	0 %	20 %	60 %	20 %	386581163
84	NC_017619	AAGAA	2	10	114729	114738	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017619	CCGTT	2	10	115772	115781	0 %	40 %	20 %	40 %	386581165
86	NC_017619	GTCTG	2	10	119244	119253	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017619	GGCCT	2	10	119312	119321	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017619	GTCAA	2	10	119409	119418	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017619	GCTTG	2	10	121260	121269	0 %	40 %	40 %	20 %	386581168
90	NC_017619	TGGTT	2	10	121388	121397	0 %	60 %	40 %	0 %	386581168
91	NC_017619	GGTCA	2	10	121687	121696	20 %	20 %	40 %	20 %	386581168
92	NC_017619	AAGGA	2	10	122777	122786	60 %	0 %	40 %	0 %	386581171
93	NC_017619	GGCAA	2	10	123335	123344	40 %	0 %	40 %	20 %	386581173
94	NC_017619	TTGGT	2	10	125723	125732	0 %	60 %	40 %	0 %	386581175
95	NC_017619	GGATG	2	10	126025	126034	20 %	20 %	60 %	0 %	386581176
96	NC_017619	GAAAA	2	10	126185	126194	80 %	0 %	20 %	0 %	386581177
97	NC_017619	CCTTG	2	10	126238	126247	0 %	40 %	20 %	40 %	386581177
98	NC_017619	CTGGA	2	10	127126	127135	20 %	20 %	40 %	20 %	386581178
99	NC_017619	AGCAG	2	10	127482	127491	40 %	0 %	40 %	20 %	386581178
100	NC_017619	GCTCA	2	10	127590	127599	20 %	20 %	20 %	40 %	386581178
101	NC_017619	AATCA	2	10	128104	128113	60 %	20 %	0 %	20 %	386581179
102	NC_017619	AGGTG	2	10	128792	128801	20 %	20 %	60 %	0 %	386581179
103	NC_017619	CATGA	2	10	129165	129174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017619	GAAAG	2	10	130604	130613	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017619	ACTTT	2	10	132498	132507	20 %	60 %	0 %	20 %	386581184
106	NC_017619	CTATA	2	10	133522	133531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017619	TAGCG	2	10	135596	135605	20 %	20 %	40 %	20 %	386581188
108	NC_017619	ATCAA	2	10	136757	136766	60 %	20 %	0 %	20 %	386581190
109	NC_017619	GAAGC	2	10	137246	137255	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017619	CGTAT	2	10	138029	138038	20 %	40 %	20 %	20 %	386581191
111	NC_017619	ATCCA	2	10	138120	138129	40 %	20 %	0 %	40 %	386581191
112	NC_017619	CAAGA	2	10	138896	138905	60 %	0 %	20 %	20 %	386581191
113	NC_017619	AAGCT	2	10	139326	139335	40 %	20 %	20 %	20 %	386581191
114	NC_017619	AAGAA	2	10	141586	141595	80 %	0 %	20 %	0 %	386581193
115	NC_017619	GCAGT	2	10	141876	141885	20 %	20 %	40 %	20 %	386581193
116	NC_017619	ATCCA	2	10	141987	141996	40 %	20 %	0 %	40 %	386581193
117	NC_017619	TACGA	2	10	142488	142497	40 %	20 %	20 %	20 %	386581193
118	NC_017619	TTAAG	2	10	142820	142829	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017619	GTAAA	2	10	144302	144311	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017619	GAAAA	2	10	146280	146289	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017619	CTATT	2	10	146306	146315	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017619	GTTTA	2	10	146485	146494	20 %	60 %	20 %	0 %	386581196
123	NC_017619	GCATG	2	10	148007	148016	20 %	20 %	40 %	20 %	386581198
124	NC_017619	AAAAT	2	10	148420	148429	80 %	20 %	0 %	0 %	386581198
125	NC_017619	ATAAA	2	10	148859	148868	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017619	GGGTC	2	10	153044	153053	0 %	20 %	60 %	20 %	386581204
127	NC_017619	TTTCA	2	10	154014	154023	20 %	60 %	0 %	20 %	386581205
128	NC_017619	AAAAG	2	10	154607	154616	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017619	TGGTC	2	10	157200	157209	0 %	40 %	40 %	20 %	386581208
130	NC_017619	GTCTT	2	10	158155	158164	0 %	60 %	20 %	20 %	386581209
131	NC_017619	TTGGA	2	10	160671	160680	20 %	40 %	40 %	0 %	386581211
132	NC_017619	TCATC	2	10	161544	161553	20 %	40 %	0 %	40 %	386581213
133	NC_017619	CTTGG	2	10	161713	161722	0 %	40 %	40 %	20 %	386581213
134	NC_017619	AATTG	2	10	162373	162382	40 %	40 %	20 %	0 %	386581214
135	NC_017619	TTTTC	2	10	162732	162741	0 %	80 %	0 %	20 %	386581215
136	NC_017619	CACCT	2	10	163295	163304	20 %	20 %	0 %	60 %	386581215
137	NC_017619	AGACT	2	10	168081	168090	40 %	20 %	20 %	20 %	386581218
138	NC_017619	CATTG	2	10	172743	172752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017619	ATACA	2	10	173809	173818	60 %	20 %	0 %	20 %	386581223
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142	NC_017619	CAAAT	2	10	179213	179222	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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149	NC_017619	TATTG	2	10	191921	191930	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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174	NC_017619	TTGAT	2	10	217090	217099	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
175	NC_017619	ATTTA	2	10	217274	217283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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252	NC_017619	CTGTC	2	10	302953	302962	0 %	40 %	20 %	40 %	386581331
253	NC_017619	CTTTT	2	10	303597	303606	0 %	80 %	0 %	20 %	386581332
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257	NC_017619	CAAGG	2	10	310040	310049	40 %	0 %	40 %	20 %	386581340
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259	NC_017619	AGAGC	2	10	311126	311135	40 %	0 %	40 %	20 %	386581341
260	NC_017619	GATTT	2	10	311455	311464	20 %	60 %	20 %	0 %	386581341
261	NC_017619	TTGGT	2	10	313392	313401	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017619	TTCCT	2	10	313943	313952	0 %	60 %	0 %	40 %	386581345
263	NC_017619	CAATC	2	10	317895	317904	40 %	20 %	0 %	40 %	386581350
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267	NC_017619	CAACA	2	10	324253	324262	60 %	0 %	0 %	40 %	386581354
268	NC_017619	CACGT	2	10	324856	324865	20 %	20 %	20 %	40 %	386581354
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