MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis SS12 chromosome

Total Repeats: 272

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017619	ACAAA	2	10	16914	16923	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017619	TCGTG	2	10	18046	18055	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017619	GTTAA	2	10	18925	18934	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017619	ATTAT	2	10	22860	22869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017619	ATATT	2	10	23409	23418	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017619	TTTTG	2	10	55381	55390	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017619	TTAAG	2	10	58393	58402	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017619	AAGGA	2	10	78276	78285	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017619	TAGTC	2	10	84607	84616	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017619	TTTTA	2	10	87377	87386	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017619	ACAAA	2	10	87802	87811	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017619	TCGTG	2	10	88934	88943	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017619	GTTAA	2	10	89813	89822	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017619	TTAAT	2	10	93523	93532	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017619	CTTTC	2	10	95382	95391	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017619	CGCTC	2	10	97110	97119	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_017619	AAAAT	2	10	99852	99861	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017619	TTTTG	2	10	100031	100040	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017619	AAGAA	2	10	114729	114738	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017619	GTCTG	2	10	119244	119253	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017619	GGCCT	2	10	119312	119321	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017619	GTCAA	2	10	119409	119418	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017619	CATGA	2	10	129165	129174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017619	GAAAG	2	10	130604	130613	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017619	CTATA	2	10	133522	133531	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017619	GAAGC	2	10	137246	137255	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017619	TTAAG	2	10	142820	142829	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017619	GTAAA	2	10	144302	144311	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017619	GAAAA	2	10	146280	146289	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017619	CTATT	2	10	146306	146315	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017619	ATAAA	2	10	148859	148868	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017619	AAAAG	2	10	154607	154616	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017619	CATTG	2	10	172743	172752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017619	CAAAT	2	10	179213	179222	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017619	TATAA	2	10	181663	181672	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017619	TTGAT	2	10	184660	184669	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017619	TATTG	2	10	191921	191930	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017619	AAACG	2	10	196352	196361	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017619	AAAAT	2	10	197776	197785	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017619	AAGTT	2	10	205733	205742	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017619	ATTTT	2	10	208479	208488	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017619	TTGAT	2	10	217090	217099	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017619	ATTTA	2	10	217274	217283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017619	ATAAA	2	10	231908	231917	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017619	TAAAA	2	10	236793	236802	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017619	AATTT	2	10	241540	241549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017619	GGAAT	2	10	242790	242799	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017619	TCCTT	2	10	253034	253043	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017619	TCTGC	2	10	255663	255672	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017619	TTTAG	2	10	260991	261000	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017619	GTAAA	2	10	264920	264929	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017619	TTTTA	2	10	266394	266403	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017619	TAGAA	2	10	270966	270975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017619	TTAAA	2	10	272545	272554	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017619	GCCTA	2	10	294373	294382	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017619	GAAAG	2	10	294558	294567	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017619	TTGGT	2	10	313392	313401	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017619	TAGAA	2	10	325834	325843	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017619	ACAAA	2	10	327998	328007	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017619	TCGTG	2	10	329130	329139	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017619	GTTAA	2	10	330009	330018	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017619	TTTTC	2	10	333351	333360	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017619	CATTA	2	10	353954	353963	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017619	TTGAT	2	10	355735	355744	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017619	AACAT	2	10	374014	374023	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017619	TATTT	2	10	381084	381093	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017619	TTCAG	2	10	389018	389027	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017619	ATCTT	2	10	394423	394432	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017619	TTGGG	2	10	404107	404116	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017619	ACAAA	2	10	422039	422048	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017619	TCGTG	2	10	423171	423180	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017619	GTTAA	2	10	424050	424059	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017619	TTGAG	2	10	428337	428346	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017619	AGAAA	2	10	431322	431331	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017619	TGAAA	2	10	438072	438081	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017619	GATTT	2	10	438150	438159	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017619	CTGTT	2	10	450700	450709	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017619	GAGTA	2	10	452696	452705	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017619	TTAAA	2	10	454947	454956	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017619	AAGGA	2	10	465288	465297	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017619	AGAAA	2	10	471786	471795	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017619	AAAGT	2	10	480819	480828	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017619	TAGAA	2	10	486307	486316	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017619	TTATT	2	10	486423	486432	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017619	TATAC	2	10	486487	486496	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017619	TTGAT	2	10	486730	486739	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017619	GTAAT	2	10	487170	487179	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017619	TTGGT	2	10	487416	487425	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017619	ATATT	2	10	487449	487458	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017619	ATTAT	2	10	494615	494624	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017619	ATAAA	2	10	501157	501166	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017619	ATAGG	2	10	504425	504434	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017619	AGTAT	2	10	507104	507113	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017619	ATAAA	2	10	514851	514860	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017619	ATATG	2	10	522239	522248	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017619	TCTTA	2	10	525240	525249	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017619	CGTAT	2	10	534693	534702	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017619	TAGAC	2	10	537150	537159	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017619	TAGAC	2	10	537228	537237	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017619	AGCAA	2	10	564013	564022	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017619	TCACC	2	10	567695	567704	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017619	GAAGT	2	10	570684	570693	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017619	TTGAG	2	10	580190	580199	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017619	TTTAA	2	10	634156	634165	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017619	AAGTG	2	10	643710	643719	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017619	AGCTA	2	10	646678	646687	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017619	AAAAT	2	10	656041	656050	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017619	TAGAA	2	10	659736	659745	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017619	GCAAA	2	10	659951	659960	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017619	GAGCA	5	25	660630	660654	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017619	GAAAA	2	10	668205	668214	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017619	TGAGC	2	10	669378	669387	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017619	AAGAA	2	10	669632	669641	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017619	AAAAG	2	10	684154	684163	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017619	TAGAA	2	10	684680	684689	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017619	ATGAT	2	10	688113	688122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017619	TAGAA	2	10	701383	701392	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017619	TCCTT	2	10	706802	706811	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
119	NC_017619	ATTTA	2	10	722338	722347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017619	AATTA	2	10	733336	733345	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017619	CTCTT	2	10	754063	754072	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017619	TTTCC	2	10	756425	756434	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017619	TTATA	2	10	756540	756549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017619	GAGTA	2	10	762496	762505	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017619	CTTAT	2	10	768781	768790	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017619	GATTT	2	10	768846	768855	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017619	CTTAT	2	10	770220	770229	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017619	GATTT	2	10	770285	770294	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017619	AAAGA	2	10	775469	775478	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017619	CATTC	2	10	782951	782960	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
131	NC_017619	CTTTT	2	10	796100	796109	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017619	CTATA	2	10	797013	797022	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017619	TAAAA	2	10	799559	799568	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017619	AAATG	2	10	822631	822640	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017619	GAGAA	2	10	854489	854498	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017619	TGAAA	2	10	872634	872643	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017619	TGAAA	2	10	883819	883828	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017619	TGAGC	2	10	884109	884118	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017619	GACCC	2	10	889497	889506	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_017619	CAAAA	2	10	889738	889747	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017619	AGTGT	2	10	905342	905351	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017619	GAAAA	2	10	922917	922926	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017619	CACTG	2	10	938902	938911	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017619	TTTTA	2	10	957538	957547	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017619	GAAAA	2	10	960464	960473	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017619	TTCAA	2	10	975208	975217	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017619	AATAA	2	10	986469	986478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.