MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis JS14 chromosome

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017618	TGGAAG	2	12	21764	21775	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017618	AGTCTA	2	12	52243	52254	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017618	TGGAAG	2	12	92562	92573	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017618	TTCGGG	2	12	93676	93687	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017618	TAAGAT	2	12	137097	137108	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017618	ACTAAG	2	12	150972	150983	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017618	GTGGCG	2	12	151537	151548	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017618	GTTATA	2	12	154457	154468	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017618	ATTTTT	2	12	172850	172861	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017618	TGATTT	2	12	184237	184248	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017618	ATCTGC	2	12	216538	216549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017618	AAAATT	2	12	218154	218165	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017618	TTTTTC	2	12	255559	255570	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017618	TAGAAA	2	12	288142	288153	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017618	TAGCCG	2	12	288181	288192	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017618	TAAAAA	2	12	325686	325697	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017618	TGGAAG	2	12	332953	332964	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017618	ATCTGC	2	12	356204	356215	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_017618	TCTTTT	2	12	384683	384694	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017618	TAGCAG	2	12	390774	390785	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017618	AAACTA	2	12	413645	413656	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017618	TGGAAG	2	12	427309	427320	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017618	CAAAAT	2	12	428808	428819	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017618	ATTGTA	2	12	431176	431187	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017618	TAAAAA	2	12	447334	447345	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017618	TGTATT	2	12	451155	451166	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017618	AAAATC	2	12	487133	487144	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017618	ATCTGC	2	12	487181	487192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017618	ACCTAT	2	12	496033	496044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017618	AATATA	2	12	531699	531710	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017618	TAGAAA	2	12	542953	542964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017618	TTTTCC	2	12	550808	550819	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017618	TGGAGT	2	12	577185	577196	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017618	CAGTGA	2	12	624230	624241	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017618	CGCAAA	2	12	624285	624296	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_017618	GTGACT	2	12	704497	704508	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017618	TTATCT	2	12	706631	706642	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017618	AATTAG	2	12	706700	706711	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017618	AAGGAA	2	12	715894	715905	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017618	GTTTTT	2	12	726736	726747	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017618	ATTTTT	2	12	742530	742541	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017618	CTTGCA	2	12	877116	877127	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017618	TTCGGG	2	12	877504	877515	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017618	CTCATT	2	12	912887	912898	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017618	ACAGAA	2	12	929890	929901	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017618	TCCCAC	2	12	954670	954681	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_017618	TGATTT	2	12	965266	965277	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017618	TTTATT	2	12	965542	965553	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017618	GTTTGA	2	12	1017650	1017661	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017618	CTCAAT	2	12	1085095	1085106	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017618	ATAAAG	2	12	1106067	1106078	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017618	TGATTT	2	12	1163320	1163331	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017618	AACATT	2	12	1195550	1195561	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017618	CAAAAT	2	12	1196568	1196579	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017618	GCAGAT	2	12	1218565	1218576	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017618	TGATTT	2	12	1218612	1218623	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017618	TGATTT	2	12	1223040	1223051	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017618	AAATAT	2	12	1225542	1225553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017618	GCAGAT	2	12	1232405	1232416	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017618	TGATTT	2	12	1232452	1232463	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017618	TTACAT	2	12	1238634	1238645	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017618	TACCTG	2	12	1257743	1257754	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017618	CGAATC	2	12	1286479	1286490	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017618	TAGCTG	2	12	1295242	1295253	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017618	TTTAGC	2	12	1295255	1295266	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017618	TGATTT	2	12	1297141	1297152	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017618	ATCACT	2	12	1308681	1308692	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017618	TAGTTC	2	12	1337474	1337485	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017618	CCCGCT	2	12	1372447	1372458	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017618	TCCTTC	2	12	1405021	1405032	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017618	CTTTAA	2	12	1407016	1407027	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017618	CATCCC	2	12	1434045	1434056	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017618	ATCAGA	2	12	1453119	1453130	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017618	GCAGAT	2	12	1453140	1453151	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017618	CCATCG	2	12	1464791	1464802	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017618	TATCAA	2	12	1476841	1476852	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017618	TAAAAA	2	12	1484327	1484338	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017618	ATAAAA	2	12	1551283	1551294	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017618	AACACT	2	12	1588517	1588528	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017618	ATTTAT	2	12	1615052	1615063	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017618	TGATTT	2	12	1621480	1621491	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017618	AAAATC	2	12	1631451	1631462	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017618	CAAAAT	2	12	1632097	1632108	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017618	ATAAAA	2	12	1637412	1637423	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017618	TGATTT	2	12	1639180	1639191	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017618	TCCCAG	2	12	1655499	1655510	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017618	TGATTT	2	12	1700487	1700498	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017618	AAAATC	2	12	1737313	1737324	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017618	CTCAAT	2	12	1800139	1800150	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017618	AATAGA	2	12	1837892	1837903	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017618	CATTGC	2	12	1855626	1855637	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017618	AAGAAA	2	12	1887845	1887856	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017618	CTCCAC	2	12	1914018	1914029	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_017618	GAAAGC	2	12	1921781	1921792	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017618	TAGAAA	2	12	1925419	1925430	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017618	TGATTT	2	12	1944142	1944153	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017618	ACGCTC	2	12	1969955	1969966	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017618	TTTATT	2	12	1972993	1973004	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017618	TAGTGT	2	12	2013295	2013306	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017618	GATAAT	2	12	2021626	2021637	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017618	TAAGAT	2	12	2030812	2030823	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017618	TTTTAT	2	12	2032213	2032224	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017618	GCAGAT	2	12	2041401	2041412	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017618	TTGGAT	2	12	2045896	2045907	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017618	ATTTAT	2	12	2057783	2057794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017618	ATTTTT	2	12	2060831	2060842	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017618	TCATTT	2	12	2063756	2063767	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017618	CTTTCT	2	12	2068913	2068924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017618	AAAATC	2	12	2093688	2093699	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017618	GTATTA	2	12	2102582	2102593	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.