MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis JS14 chromosome

Total Repeats: 289

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017618	TCGTG	2	10	18044	18053	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017618	GTTAA	2	10	18923	18932	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017618	ATTAT	2	10	22860	22869	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017618	ATATT	2	10	23408	23417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017618	TTTTG	2	10	55292	55301	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017618	TTAAG	2	10	58301	58310	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017618	AAGGA	2	10	78184	78193	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017618	TAGTC	2	10	84515	84524	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017618	TTTTA	2	10	87285	87294	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017618	ACAAA	2	10	87711	87720	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017618	TCGTG	2	10	88843	88852	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017618	GTTAA	2	10	89722	89731	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017618	TTAAT	2	10	93609	93618	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017618	CTTTC	2	10	95468	95477	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017618	CGCTC	2	10	97196	97205	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_017618	AAAAT	2	10	99938	99947	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017618	TTTTG	2	10	100117	100126	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017618	AAGAA	2	10	114626	114635	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017618	GTCTG	2	10	119141	119150	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017618	CATGA	2	10	129062	129071	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017618	GAAAG	2	10	130501	130510	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017618	CTATA	2	10	133419	133428	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017618	GAAGC	2	10	137143	137152	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_017618	TTAAG	2	10	142717	142726	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017618	GTAAA	2	10	144199	144208	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017618	GAAAA	2	10	146177	146186	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017618	CTATT	2	10	146203	146212	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017618	ATAAA	2	10	148756	148765	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017618	AAAAG	2	10	154502	154511	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017618	CATTG	2	10	172029	172038	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017618	CAAAT	2	10	178499	178508	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017618	TATAA	2	10	180949	180958	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017618	TTGAT	2	10	184087	184096	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017618	TATTG	2	10	191348	191357	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017618	AAACG	2	10	195779	195788	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017618	AAAAT	2	10	197201	197210	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017618	AAGTT	2	10	205157	205166	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017618	ATTTT	2	10	207903	207912	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017618	GACCA	2	10	213301	213310	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017618	TTGAT	2	10	216515	216524	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017618	ATTTA	2	10	216699	216708	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017618	ATAAA	2	10	231284	231293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017618	TAAAA	2	10	236106	236115	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017618	AATTT	2	10	240853	240862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017618	GGAAT	2	10	242103	242112	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017618	TCCTT	2	10	252347	252356	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017618	TCTGC	2	10	255596	255605	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017618	TTTAG	2	10	261870	261879	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017618	GTAAA	2	10	265112	265121	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017618	TTTTA	2	10	266586	266595	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017618	AAATA	2	10	268053	268062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017618	TAGAA	2	10	271158	271167	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017618	TTAAA	2	10	272737	272746	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017618	GCCTA	2	10	294565	294574	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017618	GAAAG	2	10	294750	294759	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017618	TTGGT	2	10	313585	313594	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017618	TAGAA	2	10	326027	326036	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017618	ACAAA	2	10	328100	328109	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017618	TCGTG	2	10	329234	329243	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017618	GTTAA	2	10	330113	330122	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017618	TTTTC	2	10	333797	333806	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017618	CATTA	2	10	354400	354409	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017618	TTGAT	2	10	356181	356190	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017618	AACAT	2	10	374436	374445	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017618	TATTT	2	10	381506	381515	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017618	TTCAG	2	10	389440	389449	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017618	ATCTT	2	10	394845	394854	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017618	TTGGG	2	10	404529	404538	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017618	ACAAA	2	10	422461	422470	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017618	GCGCG	2	10	423916	423925	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017618	GTTAA	2	10	424471	424480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017618	TTGAG	2	10	428757	428766	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017618	AGAAA	2	10	431742	431751	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017618	TGAAA	2	10	438493	438502	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017618	GATTT	2	10	438571	438580	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017618	CTGTT	2	10	451121	451130	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017618	GAGTA	2	10	453117	453126	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017618	TTAAA	2	10	455368	455377	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017618	AAGGA	2	10	465716	465725	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017618	AGAAA	2	10	472214	472223	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017618	AAAGT	2	10	481247	481256	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017618	TAGAA	2	10	486735	486744	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017618	TTATT	2	10	486851	486860	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017618	TATAC	2	10	486915	486924	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017618	GTAAT	2	10	487598	487607	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017618	TTGGT	2	10	487844	487853	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017618	ATATT	2	10	487877	487886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017618	ATTAT	2	10	495043	495052	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017618	ATAAA	2	10	501585	501594	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017618	ATAGG	2	10	504853	504862	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017618	AGTAT	2	10	507532	507541	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017618	ATAAA	2	10	515279	515288	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017618	ATATG	2	10	522667	522676	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017618	TCTTA	2	10	525667	525676	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017618	CGTAT	2	10	535291	535300	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017618	TAGAC	2	10	537748	537757	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017618	TAGAC	2	10	537826	537835	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017618	TCACC	2	10	566569	566578	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017618	GAAGT	2	10	569565	569574	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017618	TTGAG	2	10	578164	578173	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017618	CAGCT	2	10	602780	602789	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017618	TTTTC	2	10	605172	605181	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017618	GACAG	2	10	617086	617095	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017618	ATTTC	2	10	625016	625025	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017618	GGGCG	2	10	626859	626868	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017618	TTTTG	2	10	637279	637288	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017618	TTATC	2	10	637386	637395	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017618	TTGAT	2	10	653683	653692	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017618	AAGTG	2	10	656672	656681	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017618	AAATG	2	10	656830	656839	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017618	TCATG	2	10	665686	665695	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017618	GGAAA	2	10	677843	677852	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017618	AACCA	2	10	693791	693800	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017618	AAGAG	2	10	693968	693977	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017618	ATTAT	2	10	732902	732911	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017618	TTTAA	2	10	755850	755859	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017618	AAGTG	2	10	765404	765413	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017618	AGCTA	2	10	768372	768381	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017618	AAAAT	2	10	777735	777744	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017618	TAGAA	2	10	781430	781439	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017618	TAGAA	2	10	781559	781568	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017618	GCAAA	2	10	781699	781708	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017618	GAAAA	2	10	790630	790639	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017618	TAGAA	2	10	807141	807150	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017618	TAGAA	2	10	807554	807563	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017618	ATGAT	2	10	810688	810697	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017618	TAGAA	2	10	823803	823812	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017618	TCCTT	2	10	829221	829230	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017618	ATTTA	2	10	844757	844766	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017618	AATTA	2	10	855753	855762	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017618	GGTAC	2	10	855816	855825	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017618	CTCTT	2	10	877130	877139	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017618	TTTCC	2	10	879243	879252	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017618	TTATA	2	10	879358	879367	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017618	GAGTA	2	10	885314	885323	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017618	CTTAT	2	10	891599	891608	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017618	GATTT	2	10	891664	891673	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017618	CTTAT	2	10	893038	893047	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017618	GATTT	2	10	893103	893112	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017618	AAAGA	2	10	898287	898296	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017618	CATTC	2	10	905769	905778	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
142	NC_017618	CTTTT	2	10	918918	918927	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017618	CTATA	2	10	919833	919842	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017618	TAAAA	2	10	922379	922388	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017618	AAATG	2	10	945458	945467	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017618	GAGAA	2	10	966265	966274	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017618	TGAAA	2	10	984419	984428	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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287	NC_017618	GAAAC	2	10	2118984	2118993	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_017618	CTTTT	2	10	2130855	2130864	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
289	NC_017618	TAAAA	2	10	2133763	2133772	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.