MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Streptococcus suis GZ1 chromosome

Total Repeats: 781

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017617	TGCCTA	2	12	9003	9014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577010
2	NC_017617	TAAAGC	2	12	14177	14188	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577017
3	NC_017617	TGGAAG	2	12	21765	21776	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017617	CTTGGC	2	12	28186	28197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386577024
5	NC_017617	TGGAAG	2	12	31335	31346	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386577028
6	NC_017617	GTGGAT	2	12	31682	31693	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577028
7	NC_017617	GATGCG	2	12	38338	38349	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386577032
8	NC_017617	CCTAGA	2	12	41395	41406	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577035
9	NC_017617	AATATG	2	12	46429	46440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577040
10	NC_017617	AGTCTA	2	12	51575	51586	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_017617	GCGGAC	2	12	53049	53060	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386577047
12	NC_017617	CAAAAC	2	12	53349	53360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386577048
13	NC_017617	ACGAAT	2	12	57871	57882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577052
14	NC_017617	ATGGCA	2	12	59925	59936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577055
15	NC_017617	CAGGGA	2	12	61924	61935	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386577057
16	NC_017617	TGAGAA	2	12	69250	69261	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577065
17	NC_017617	AGCTAA	2	12	71418	71429	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577069
18	NC_017617	TAAAGG	2	12	71547	71558	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577069
19	NC_017617	TGCAAC	2	12	72387	72398	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577070
20	NC_017617	CGCAAT	2	12	74290	74301	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577074
21	NC_017617	TCAACA	2	12	74690	74701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577075
22	NC_017617	ATCGAA	2	12	74702	74713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577075
23	NC_017617	ACATCA	2	12	74838	74849	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577075
24	NC_017617	AGTTAA	2	12	75577	75588	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577076
25	NC_017617	ATCGTT	2	12	77436	77447	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386577081
26	NC_017617	CAAATT	2	12	77635	77646	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386577082
27	NC_017617	CCAACA	2	12	79292	79303	50 %	0 %	0 %	50 %	386577085
28	NC_017617	ACTTGG	2	12	80500	80511	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577088
29	NC_017617	GCGGTG	2	12	80868	80879	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386577089
30	NC_017617	ATGGTA	2	12	81727	81738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577090
31	NC_017617	ATTGAA	2	12	83383	83394	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577092
32	NC_017617	GTAAAG	2	12	84069	84080	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577093
33	NC_017617	GTTAAA	2	12	85443	85454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577095
34	NC_017617	TGGAAG	2	12	91332	91343	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017617	TTCGGG	2	12	92269	92280	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017617	ATCCTT	2	12	98155	98166	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386577104
37	NC_017617	GATTTA	2	12	99472	99483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386577105
38	NC_017617	ATGAAA	2	12	102558	102569	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577110
39	NC_017617	TTGAAA	2	12	104585	104596	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577113
40	NC_017617	CTTGGA	2	12	104641	104652	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577113
41	NC_017617	ACTTTG	2	12	109331	109342	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017617	TGGAAT	2	12	109897	109908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577117
43	NC_017617	CGCAGC	2	12	113240	113251	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386577117
44	NC_017617	ATGGTT	2	12	113947	113958	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577118
45	NC_017617	GTGAAG	2	12	114991	115002	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386577118
46	NC_017617	GGCGAA	2	12	116460	116471	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386577118
47	NC_017617	ATGACA	2	12	119011	119022	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577122
48	NC_017617	TCCATT	2	12	125293	125304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386577131
49	NC_017617	GAAAAA	2	12	128687	128698	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386577134
50	NC_017617	TTGAGT	2	12	129379	129390	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577136
51	NC_017617	TAAGAT	2	12	135912	135923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017617	GCAAGA	2	12	136515	136526	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386577145
53	NC_017617	TATCAC	2	12	136533	136544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577145
54	NC_017617	TTCGAG	2	12	137914	137925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577145
55	NC_017617	ATACTC	2	12	138506	138517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_017617	GTTCCA	2	12	142487	142498	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577147
57	NC_017617	CCAGAA	2	12	146438	146449	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577151
58	NC_017617	AGCACC	2	12	147145	147156	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577151
59	NC_017617	ACTAAG	2	12	149787	149798	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017617	GTGGCG	2	12	150353	150364	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386577154
61	NC_017617	GGCTGT	2	12	151474	151485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386577156
62	NC_017617	GGAGTT	2	12	151621	151632	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577156
63	NC_017617	GTTATA	2	12	153273	153284	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386577158
64	NC_017617	TGGGGA	2	12	154717	154728	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386577159
65	NC_017617	ATTTTA	2	12	155206	155217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386577159
66	NC_017617	TTTTGA	2	12	157447	157458	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386577161
67	NC_017617	AAACAG	2	12	162377	162388	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386577166
68	NC_017617	ACTGAT	2	12	162724	162735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386577166
69	NC_017617	AGATGC	2	12	164081	164092	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577167
70	NC_017617	AAAACA	2	12	166282	166293	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386577169
71	NC_017617	GATTTG	2	12	169624	169635	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577172
72	NC_017617	CAGCAA	2	12	171356	171367	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577173
73	NC_017617	ATTTTT	2	12	171666	171677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017617	GATTGA	2	12	173221	173232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577174
75	NC_017617	TAAGTC	2	12	174733	174744	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386577176
76	NC_017617	CTATAC	2	12	175901	175912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577177
77	NC_017617	CATTGC	2	12	178208	178219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577180
78	NC_017617	TCTTGC	2	12	180837	180848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386577183
79	NC_017617	GCACCA	2	12	182307	182318	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577184
80	NC_017617	ACACCA	2	12	182322	182333	50 %	0 %	0 %	50 %	386577184
81	NC_017617	AAGAGG	2	12	182482	182493	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
82	NC_017617	AAGAGG	2	12	182737	182748	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
83	NC_017617	AAGAGG	2	12	182992	183003	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
84	NC_017617	AAGAGG	2	12	183103	183114	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
85	NC_017617	TGATTT	2	12	185673	185684	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017617	TCGTAG	2	12	190884	190895	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577189
87	NC_017617	GAAAAA	2	12	194063	194074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386577191
88	NC_017617	GTCAAG	2	12	196170	196181	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577193
89	NC_017617	AAAATC	2	12	197005	197016	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017617	TTGATT	2	12	197075	197086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017617	TTAATA	2	12	199679	199690	50 %	50 %	0 %	0 %	386577196
92	NC_017617	TTTTGA	2	12	200083	200094	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386577197
93	NC_017617	TGTGAA	2	12	200888	200899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577197
94	NC_017617	GATAAA	2	12	204265	204276	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577198
95	NC_017617	TAGAAT	2	12	206303	206314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577199
96	NC_017617	GATGAA	2	12	206718	206729	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577200
97	NC_017617	ATTGCC	2	12	210730	210741	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577205
98	NC_017617	CATTGC	2	12	212058	212069	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577206
99	NC_017617	ATCTGC	2	12	217977	217988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017617	AAAATT	2	12	219588	219599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017617	TCCACG	2	12	220134	220145	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386577212
102	NC_017617	AAAGTC	2	12	220393	220404	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577213
103	NC_017617	TGGCTA	2	12	226610	226621	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577218
104	NC_017617	TGAGTT	2	12	227352	227363	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577218
105	NC_017617	AACAGA	2	12	233038	233049	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386577224
106	NC_017617	TTATGG	2	12	235678	235689	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577225
107	NC_017617	TTTTAT	2	12	240266	240277	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386577229
108	NC_017617	GTAACA	2	12	240402	240413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577229
109	NC_017617	TTTTCC	2	12	248313	248324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386577236
110	NC_017617	GAATAA	2	12	251657	251668	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577238
111	NC_017617	TAGGGT	2	12	251787	251798	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577239
112	NC_017617	AAAGAT	2	12	255454	255465	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577245
113	NC_017617	TTTTTC	2	12	257054	257065	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017617	AGGTGT	2	12	258031	258042	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577247
115	NC_017617	CAAAAA	2	12	261977	261988	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386577250
116	NC_017617	AACCAA	2	12	263538	263549	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386577252
117	NC_017617	CGACAA	2	12	267907	267918	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577257
118	NC_017617	GGCGAC	2	12	271841	271852	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386577260
119	NC_017617	TTGCGG	2	12	274915	274926	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386577262
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228	NC_017617	TTTTGC	2	12	545204	545215	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
229	NC_017617	GTAGTC	2	12	550435	550446	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577511
230	NC_017617	CCTTAC	2	12	551568	551579	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386577511
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234	NC_017617	ACGAAT	2	12	571584	571595	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577531
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239	NC_017617	GAAACT	2	12	582238	582249	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577538
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339	NC_017617	GAATAT	2	12	842303	842314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577787
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344	NC_017617	TCTTGC	2	12	855753	855764	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386577798
345	NC_017617	GGTACA	2	12	855956	855967	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577798
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347	NC_017617	CTTGCT	2	12	860199	860210	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386577803
348	NC_017617	GGAAAA	2	12	860728	860739	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386577803
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352	NC_017617	TCCCAC	2	12	882594	882605	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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445	NC_017617	TTCCGG	2	12	1166273	1166284	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386578124
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451	NC_017617	TATAGC	2	12	1175999	1176010	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386578132
452	NC_017617	ACATCA	2	12	1176223	1176234	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386578132
453	NC_017617	TCTAAA	2	12	1176867	1176878	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386578133
454	NC_017617	ATCCGA	2	12	1183231	1183242	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386578137
455	NC_017617	TACCTG	2	12	1183992	1184003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
456	NC_017617	CACCTG	2	12	1184957	1184968	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578139
457	NC_017617	CACCTG	2	12	1185257	1185268	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578139
458	NC_017617	CACCTG	2	12	1185557	1185568	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578139
459	NC_017617	CACCTG	2	12	1186157	1186168	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578139
460	NC_017617	TTGCCT	2	12	1187309	1187320	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386578140
461	NC_017617	GTAATG	2	12	1187824	1187835	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386578140
462	NC_017617	TTCATG	2	12	1190593	1190604	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386578143
463	NC_017617	CAAATG	2	12	1192914	1192925	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386578146
464	NC_017617	GCCCCT	2	12	1193796	1193807	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386578147
465	NC_017617	ATTTCA	2	12	1195273	1195284	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386578149
466	NC_017617	AATTCT	2	12	1198585	1198596	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386578153
467	NC_017617	ATATAA	2	12	1201239	1201250	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386578154
468	NC_017617	TCTGTC	2	12	1201398	1201409	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386578154
469	NC_017617	GTTCTT	2	12	1209308	1209319	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386578159
470	NC_017617	CGAATC	2	12	1213328	1213339	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
471	NC_017617	TTCTTT	2	12	1217452	1217463	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386578169
472	NC_017617	TCATAA	2	12	1220103	1220114	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386578171
473	NC_017617	TAGCTG	2	12	1222091	1222102	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386578174
474	NC_017617	TTTAGC	2	12	1222104	1222115	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386578174
475	NC_017617	AAAGAA	2	12	1223575	1223586	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386578176
476	NC_017617	TGATTT	2	12	1223989	1224000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
477	NC_017617	ATCTGC	2	12	1224704	1224715	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386578178
478	NC_017617	CTCTTC	2	12	1226117	1226128	0 %	50 %	0 %	50 %	386578178
479	NC_017617	TTGATA	2	12	1227560	1227571	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386578179
480	NC_017617	TCCAAG	2	12	1232239	1232250	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386578183
481	NC_017617	TCTAGT	2	12	1234638	1234649	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386578188
482	NC_017617	ATCACT	2	12	1235528	1235539	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386578189
483	NC_017617	AGGAAA	2	12	1245343	1245354	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386578195
484	NC_017617	CAGCTC	2	12	1249867	1249878	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578200
485	NC_017617	TCCGGA	2	12	1250648	1250659	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386578201
486	NC_017617	AATATC	2	12	1255636	1255647	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386578206
487	NC_017617	GTATGA	2	12	1257577	1257588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386578208
488	NC_017617	ACGTAA	2	12	1260887	1260898	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386578210
489	NC_017617	AACTGA	2	12	1263044	1263055	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386578212
490	NC_017617	CTGTCG	2	12	1263250	1263261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386578212
491	NC_017617	ACCGTA	2	12	1263698	1263709	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386578213
492	NC_017617	AACCAT	2	12	1270824	1270835	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386578218
493	NC_017617	TTGGGC	2	12	1274219	1274230	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386578219
494	NC_017617	CTGAGC	2	12	1274351	1274362	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386578219
495	NC_017617	GCAATG	2	12	1277506	1277517	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386578223
496	NC_017617	AAAATC	2	12	1279486	1279497	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
497	NC_017617	CCCGCT	2	12	1282008	1282019	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386578225
498	NC_017617	TTTCTT	2	12	1284425	1284436	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386578228
499	NC_017617	CTTCCG	2	12	1286362	1286373	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386578228
500	NC_017617	CGCATC	2	12	1289300	1289311	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386578231

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