MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis GZ1 chromosome

Total Repeats: 101

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017617	TGGAAG	2	12	21765	21776	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017617	AGTCTA	2	12	51575	51586	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017617	TGGAAG	2	12	91332	91343	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017617	TTCGGG	2	12	92269	92280	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017617	ACTTTG	2	12	109331	109342	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017617	TAAGAT	2	12	135912	135923	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017617	ATACTC	2	12	138506	138517	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017617	ACTAAG	2	12	149787	149798	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017617	ATTTTT	2	12	171666	171677	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017617	TGATTT	2	12	185673	185684	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017617	AAAATC	2	12	197005	197016	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017617	TTGATT	2	12	197075	197086	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017617	ATCTGC	2	12	217977	217988	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_017617	AAAATT	2	12	219588	219599	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017617	TTTTTC	2	12	257054	257065	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017617	TAGAAA	2	12	288421	288432	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017617	TAGCCG	2	12	288460	288471	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017617	TAAAAA	2	12	325966	325977	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017617	TGGAAG	2	12	333230	333241	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017617	ATCTGC	2	12	356139	356150	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017617	TCTTTT	2	12	384642	384653	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017617	TAGCAG	2	12	390732	390743	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017617	AAACTA	2	12	413603	413614	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017617	TGGAAG	2	12	427270	427281	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017617	CAAAAT	2	12	428768	428779	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017617	ATTGTA	2	12	431136	431147	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017617	TAAAAA	2	12	447293	447304	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017617	TGTATT	2	12	451114	451125	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017617	AAAATC	2	12	487085	487096	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017617	ATCTGC	2	12	487133	487144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017617	ACCTAT	2	12	495986	495997	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017617	CTACCG	2	12	520141	520152	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017617	TTTTGC	2	12	545204	545215	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017617	AATATA	2	12	580144	580155	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017617	TAGAAA	2	12	591570	591581	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017617	TGGAGT	2	12	628416	628427	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017617	TTGAAG	2	12	631339	631350	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017617	AAGGAA	2	12	642688	642699	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017617	GTTTTT	2	12	653529	653540	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017617	ATTTTT	2	12	670053	670064	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017617	GAAGAG	2	12	682396	682407	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017617	CCAGTC	2	12	757461	757472	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017617	CTTGCA	2	12	805049	805060	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017617	TTCGGG	2	12	805437	805448	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017617	CTCATT	2	12	840820	840831	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017617	TCCCAC	2	12	882594	882605	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_017617	TGATTT	2	12	893190	893201	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017617	TTTATT	2	12	893466	893477	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017617	TTTTCT	2	12	918404	918415	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017617	ATAAAG	2	12	1031369	1031380	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017617	TGATTT	2	12	1088023	1088034	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017617	AACATT	2	12	1120253	1120264	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017617	GCAGAT	2	12	1144815	1144826	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017617	TGATTT	2	12	1144862	1144873	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017617	TGATTT	2	12	1149290	1149301	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017617	AAATAT	2	12	1151792	1151803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017617	GCAGAT	2	12	1158655	1158666	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017617	TGATTT	2	12	1158702	1158713	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017617	TTACAT	2	12	1164883	1164894	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017617	TACCTG	2	12	1183992	1184003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_017617	CGAATC	2	12	1213328	1213339	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017617	TGATTT	2	12	1223989	1224000	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017617	AAAATC	2	12	1279486	1279497	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017617	TCCTTC	2	12	1314584	1314595	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017617	CTTTAA	2	12	1316579	1316590	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017617	CATCCC	2	12	1343607	1343618	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017617	GGTCCA	2	12	1352074	1352085	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017617	ATCAGA	2	12	1362680	1362691	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017617	GCAGAT	2	12	1362701	1362712	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017617	CCATCG	2	12	1374336	1374347	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017617	TATCAA	2	12	1386385	1386396	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017617	AAAATC	2	12	1447478	1447489	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017617	ATCTGC	2	12	1447526	1447537	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017617	ATAAAA	2	12	1460816	1460827	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017617	AACACT	2	12	1496377	1496388	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017617	ATTTAT	2	12	1522893	1522904	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017617	TGATTT	2	12	1529321	1529332	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017617	AAAATC	2	12	1539292	1539303	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017617	CAAAAT	2	12	1539938	1539949	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017617	ATAAAA	2	12	1545253	1545264	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017617	TGATTT	2	12	1547021	1547032	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017617	TCCCAG	2	12	1563341	1563352	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017617	TGATTT	2	12	1608593	1608604	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017617	AAAATC	2	12	1642861	1642872	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017617	AATAGA	2	12	1742704	1742715	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017617	AAGAAA	2	12	1792619	1792630	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017617	AAATAT	2	12	1808692	1808703	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017617	CTCCAC	2	12	1818794	1818805	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017617	GAAAGC	2	12	1826557	1826568	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017617	TAGAAA	2	12	1830184	1830195	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017617	TGATTT	2	12	1848906	1848917	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017617	GTCAAT	2	12	1856124	1856135	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017617	TTTATT	2	12	1877756	1877767	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017617	TAGTGT	2	12	1918061	1918072	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017617	TAAGAT	2	12	1933970	1933981	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017617	GCAGAT	2	12	1944559	1944570	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017617	ATTTAT	2	12	1960942	1960953	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017617	ATTTTT	2	12	1963990	1964001	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017617	TCATTT	2	12	1966915	1966926	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017617	CTTTCT	2	12	1972073	1972084	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017617	AAAATC	2	12	1996847	1996858	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.