MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Streptococcus suis GZ1 chromosome

Total Repeats: 680

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017617	TGCCTA	2	12	9003	9014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577010
2	NC_017617	TAAAGC	2	12	14177	14188	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577017
3	NC_017617	CTTGGC	2	12	28186	28197	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386577024
4	NC_017617	TGGAAG	2	12	31335	31346	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386577028
5	NC_017617	GTGGAT	2	12	31682	31693	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577028
6	NC_017617	GATGCG	2	12	38338	38349	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386577032
7	NC_017617	CCTAGA	2	12	41395	41406	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577035
8	NC_017617	AATATG	2	12	46429	46440	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577040
9	NC_017617	GCGGAC	2	12	53049	53060	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386577047
10	NC_017617	CAAAAC	2	12	53349	53360	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386577048
11	NC_017617	ACGAAT	2	12	57871	57882	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577052
12	NC_017617	ATGGCA	2	12	59925	59936	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577055
13	NC_017617	CAGGGA	2	12	61924	61935	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386577057
14	NC_017617	TGAGAA	2	12	69250	69261	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577065
15	NC_017617	AGCTAA	2	12	71418	71429	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577069
16	NC_017617	TAAAGG	2	12	71547	71558	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577069
17	NC_017617	TGCAAC	2	12	72387	72398	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577070
18	NC_017617	CGCAAT	2	12	74290	74301	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577074
19	NC_017617	TCAACA	2	12	74690	74701	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577075
20	NC_017617	ATCGAA	2	12	74702	74713	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577075
21	NC_017617	ACATCA	2	12	74838	74849	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577075
22	NC_017617	AGTTAA	2	12	75577	75588	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577076
23	NC_017617	ATCGTT	2	12	77436	77447	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386577081
24	NC_017617	CAAATT	2	12	77635	77646	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386577082
25	NC_017617	CCAACA	2	12	79292	79303	50 %	0 %	0 %	50 %	386577085
26	NC_017617	ACTTGG	2	12	80500	80511	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577088
27	NC_017617	GCGGTG	2	12	80868	80879	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386577089
28	NC_017617	ATGGTA	2	12	81727	81738	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577090
29	NC_017617	ATTGAA	2	12	83383	83394	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577092
30	NC_017617	GTAAAG	2	12	84069	84080	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577093
31	NC_017617	GTTAAA	2	12	85443	85454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577095
32	NC_017617	ATCCTT	2	12	98155	98166	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386577104
33	NC_017617	GATTTA	2	12	99472	99483	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386577105
34	NC_017617	ATGAAA	2	12	102558	102569	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577110
35	NC_017617	TTGAAA	2	12	104585	104596	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577113
36	NC_017617	CTTGGA	2	12	104641	104652	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577113
37	NC_017617	TGGAAT	2	12	109897	109908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577117
38	NC_017617	CGCAGC	2	12	113240	113251	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386577117
39	NC_017617	ATGGTT	2	12	113947	113958	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577118
40	NC_017617	GTGAAG	2	12	114991	115002	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386577118
41	NC_017617	GGCGAA	2	12	116460	116471	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386577118
42	NC_017617	ATGACA	2	12	119011	119022	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577122
43	NC_017617	TCCATT	2	12	125293	125304	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386577131
44	NC_017617	GAAAAA	2	12	128687	128698	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386577134
45	NC_017617	TTGAGT	2	12	129379	129390	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577136
46	NC_017617	GCAAGA	2	12	136515	136526	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386577145
47	NC_017617	TATCAC	2	12	136533	136544	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577145
48	NC_017617	TTCGAG	2	12	137914	137925	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577145
49	NC_017617	GTTCCA	2	12	142487	142498	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577147
50	NC_017617	CCAGAA	2	12	146438	146449	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577151
51	NC_017617	AGCACC	2	12	147145	147156	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577151
52	NC_017617	GTGGCG	2	12	150353	150364	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386577154
53	NC_017617	GGCTGT	2	12	151474	151485	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386577156
54	NC_017617	GGAGTT	2	12	151621	151632	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577156
55	NC_017617	GTTATA	2	12	153273	153284	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386577158
56	NC_017617	TGGGGA	2	12	154717	154728	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386577159
57	NC_017617	ATTTTA	2	12	155206	155217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386577159
58	NC_017617	TTTTGA	2	12	157447	157458	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386577161
59	NC_017617	AAACAG	2	12	162377	162388	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386577166
60	NC_017617	ACTGAT	2	12	162724	162735	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386577166
61	NC_017617	AGATGC	2	12	164081	164092	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577167
62	NC_017617	AAAACA	2	12	166282	166293	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386577169
63	NC_017617	GATTTG	2	12	169624	169635	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577172
64	NC_017617	CAGCAA	2	12	171356	171367	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577173
65	NC_017617	GATTGA	2	12	173221	173232	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577174
66	NC_017617	TAAGTC	2	12	174733	174744	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386577176
67	NC_017617	CTATAC	2	12	175901	175912	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577177
68	NC_017617	CATTGC	2	12	178208	178219	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577180
69	NC_017617	TCTTGC	2	12	180837	180848	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386577183
70	NC_017617	GCACCA	2	12	182307	182318	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577184
71	NC_017617	ACACCA	2	12	182322	182333	50 %	0 %	0 %	50 %	386577184
72	NC_017617	AAGAGG	2	12	182482	182493	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
73	NC_017617	AAGAGG	2	12	182737	182748	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
74	NC_017617	AAGAGG	2	12	182992	183003	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
75	NC_017617	AAGAGG	2	12	183103	183114	50 %	0 %	50 %	0 %	386577184
76	NC_017617	TCGTAG	2	12	190884	190895	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577189
77	NC_017617	GAAAAA	2	12	194063	194074	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386577191
78	NC_017617	GTCAAG	2	12	196170	196181	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577193
79	NC_017617	TTAATA	2	12	199679	199690	50 %	50 %	0 %	0 %	386577196
80	NC_017617	TTTTGA	2	12	200083	200094	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386577197
81	NC_017617	TGTGAA	2	12	200888	200899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577197
82	NC_017617	GATAAA	2	12	204265	204276	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577198
83	NC_017617	TAGAAT	2	12	206303	206314	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386577199
84	NC_017617	GATGAA	2	12	206718	206729	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577200
85	NC_017617	ATTGCC	2	12	210730	210741	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577205
86	NC_017617	CATTGC	2	12	212058	212069	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577206
87	NC_017617	TCCACG	2	12	220134	220145	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386577212
88	NC_017617	AAAGTC	2	12	220393	220404	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577213
89	NC_017617	TGGCTA	2	12	226610	226621	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577218
90	NC_017617	TGAGTT	2	12	227352	227363	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577218
91	NC_017617	AACAGA	2	12	233038	233049	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386577224
92	NC_017617	TTATGG	2	12	235678	235689	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577225
93	NC_017617	TTTTAT	2	12	240266	240277	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386577229
94	NC_017617	GTAACA	2	12	240402	240413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386577229
95	NC_017617	TTTTCC	2	12	248313	248324	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386577236
96	NC_017617	GAATAA	2	12	251657	251668	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577238
97	NC_017617	TAGGGT	2	12	251787	251798	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577239
98	NC_017617	AAAGAT	2	12	255454	255465	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386577245
99	NC_017617	AGGTGT	2	12	258031	258042	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577247
100	NC_017617	CAAAAA	2	12	261977	261988	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386577250
101	NC_017617	AACCAA	2	12	263538	263549	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386577252
102	NC_017617	CGACAA	2	12	267907	267918	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577257
103	NC_017617	GGCGAC	2	12	271841	271852	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386577260
104	NC_017617	TTGCGG	2	12	274915	274926	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386577262
105	NC_017617	GATTGT	2	12	278271	278282	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577265
106	NC_017617	AAAAAG	2	12	281738	281749	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386577268
107	NC_017617	GCGCTT	2	12	281881	281892	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386577268
108	NC_017617	TTCTTG	2	12	287675	287686	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386577272
109	NC_017617	GACCAT	2	12	290473	290484	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577275
110	NC_017617	CTTTGA	2	12	291570	291581	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386577276
111	NC_017617	TCGACA	2	12	294284	294295	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577278
112	NC_017617	CCAAGC	2	12	294546	294557	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577278
113	NC_017617	AAGCCC	2	12	294638	294649	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386577278
114	NC_017617	CTATCC	2	12	300075	300086	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386577283
115	NC_017617	GAAGAT	2	12	303240	303251	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386577286
116	NC_017617	CAACTG	2	12	305884	305895	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386577290
117	NC_017617	ATTACC	2	12	306906	306917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577292
118	NC_017617	GTTTTG	2	12	312701	312712	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386577299
119	NC_017617	ACTTGG	2	12	317382	317393	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577305
120	NC_017617	CTATCT	2	12	320501	320512	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386577308
121	NC_017617	ATCACT	2	12	322807	322818	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577308
122	NC_017617	CATCGT	2	12	325532	325543	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577310
123	NC_017617	GCAAAA	2	12	326708	326719	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386577311
124	NC_017617	CTTGAC	2	12	326921	326932	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386577311
125	NC_017617	TAAGGC	2	12	334137	334148	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577313
126	NC_017617	CATGCG	2	12	338957	338968	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386577318
127	NC_017617	CTGAAG	2	12	343500	343511	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577323
128	NC_017617	GATTGA	2	12	345569	345580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386577325
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131	NC_017617	TTTTGG	2	12	352428	352439	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386577330
132	NC_017617	GGATGA	2	12	354194	354205	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386577332
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135	NC_017617	TCTGGC	2	12	365304	365315	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386577343
136	NC_017617	AACCCA	2	12	370301	370312	50 %	0 %	0 %	50 %	386577346
137	NC_017617	CAGGTA	2	12	371191	371202	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577346
138	NC_017617	AATACC	2	12	372051	372062	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577346
139	NC_017617	CAGTTG	2	12	375430	375441	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386577350
140	NC_017617	TAACGG	2	12	376319	376330	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386577350
141	NC_017617	TTGGTA	2	12	376759	376770	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386577351
142	NC_017617	GAACCA	2	12	378478	378489	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386577352
143	NC_017617	TCAAAC	2	12	383805	383816	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386577355
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154	NC_017617	AACGGA	2	12	414777	414788	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386577385
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228	NC_017617	GTAGGT	2	12	648142	648153	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386577604
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343	NC_017617	TTTGAT	2	12	1031954	1031965	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386577988
344	NC_017617	CAATCT	2	12	1032307	1032318	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386577988
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448	NC_017617	GCCAAT	2	12	1320906	1320917	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386578260
449	NC_017617	TTTTCA	2	12	1324509	1324520	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386578263
450	NC_017617	TTTACG	2	12	1324863	1324874	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386578264
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452	NC_017617	GGACAT	2	12	1332890	1332901	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386578272
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