MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus suis GZ1 chromosome

Total Repeats: 249

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017617	ACAAA	2	10	16914	16923	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017617	TCGTG	2	10	18046	18055	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017617	GTTAA	2	10	18925	18934	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017617	ATATT	2	10	22740	22749	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017617	TTTTG	2	10	54624	54633	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017617	GTTTT	2	10	64123	64132	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017617	AAGGA	2	10	76956	76965	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017617	TAGTC	2	10	83287	83296	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017617	TTTTA	2	10	86057	86066	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017617	ACAAA	2	10	86481	86490	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017617	TCGTG	2	10	87613	87622	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017617	GTTAA	2	10	88492	88501	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017617	TTAAT	2	10	92202	92211	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017617	CTTTC	2	10	94061	94070	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017617	CGCTC	2	10	95823	95832	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
16	NC_017617	TTTTG	2	10	98744	98753	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017617	GTCTG	2	10	117957	117966	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017617	CATGA	2	10	127879	127888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017617	GAAAG	2	10	129318	129327	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017617	CTATA	2	10	132234	132243	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017617	GAAGC	2	10	135958	135967	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017617	TTAAG	2	10	141532	141541	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017617	GTAAA	2	10	143014	143023	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017617	GAAAA	2	10	144992	145001	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017617	CTATT	2	10	145018	145027	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017617	ATAAA	2	10	147571	147580	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017617	CATTG	2	10	170845	170854	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017617	CAAAT	2	10	177315	177324	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017617	TATAA	2	10	180307	180316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017617	ATATA	2	10	181630	181639	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017617	TTAAG	2	10	184000	184009	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017617	TATTG	2	10	192785	192794	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017617	AAACG	2	10	197216	197225	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017617	AAGTT	2	10	206597	206606	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017617	ATTTT	2	10	209343	209352	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017617	TTGAT	2	10	217954	217963	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017617	ATTTA	2	10	218138	218147	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017617	ATAAA	2	10	232717	232726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017617	TAAAA	2	10	237602	237611	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017617	AATTT	2	10	242349	242358	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017617	GGAAT	2	10	243599	243608	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017617	TCTGC	2	10	257091	257100	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017617	TTTAG	2	10	262149	262158	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017617	GTAAA	2	10	265391	265400	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017617	TTTTA	2	10	266865	266874	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017617	TAGAA	2	10	271437	271446	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017617	TTAAA	2	10	273016	273025	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017617	AGAAA	2	10	273115	273124	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017617	GGGCT	2	10	273362	273371	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017617	GCCTA	2	10	294843	294852	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017617	GAAAG	2	10	295028	295037	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017617	TTGGT	2	10	313866	313875	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017617	TAGAA	2	10	326307	326316	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017617	ACAAA	2	10	328379	328388	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017617	TCGTG	2	10	329511	329520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017617	GTTAA	2	10	330390	330399	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017617	TTTTC	2	10	333732	333741	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017617	CATTA	2	10	354335	354344	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017617	TTGAT	2	10	356116	356125	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017617	AACAT	2	10	374395	374404	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017617	TATTT	2	10	381465	381474	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017617	TTCAG	2	10	389398	389407	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017617	ATCTT	2	10	394803	394812	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017617	TTGGG	2	10	404487	404496	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017617	ACAAA	2	10	422419	422428	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017617	TCGTG	2	10	423551	423560	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017617	GTTAA	2	10	424430	424439	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017617	TTGAG	2	10	428717	428726	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017617	AGAAA	2	10	431702	431711	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017617	TGAAA	2	10	438452	438461	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017617	GATTT	2	10	438530	438539	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017617	CTGTT	2	10	451080	451089	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017617	TTAAA	2	10	455327	455336	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017617	AGAAA	2	10	472166	472175	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017617	AAAGT	2	10	481199	481208	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017617	TAGAA	2	10	486687	486696	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017617	TTATT	2	10	486803	486812	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017617	TATAC	2	10	486867	486876	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017617	TTGAT	2	10	487110	487119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017617	GTAAT	2	10	487550	487559	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017617	TTGGT	2	10	487796	487805	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017617	ATATT	2	10	487829	487838	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017617	ATTAT	2	10	494996	495005	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017617	ATAAA	2	10	501538	501547	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017617	TACTT	2	10	503338	503347	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017617	GTAAG	2	10	505123	505132	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017617	GACTT	2	10	505519	505528	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017617	GGTTT	2	10	505695	505704	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017617	AAAGA	2	10	508599	508608	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017617	CACTA	2	10	511517	511526	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017617	CACTG	2	10	539693	539702	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017617	ATAGG	2	10	551874	551883	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017617	AGTAT	2	10	554553	554562	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017617	ATAAA	2	10	562300	562309	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017617	ATATG	2	10	571111	571120	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017617	TCTTA	2	10	574112	574121	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017617	CGTAT	2	10	583907	583916	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017617	TAGAC	2	10	586364	586373	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017617	TAGAC	2	10	586442	586451	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_017617	AGCAA	2	10	613227	613236	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017617	TCACC	2	10	616909	616918	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
102	NC_017617	GAAGT	2	10	619898	619907	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017617	TTGAG	2	10	629402	629411	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017617	AGAAA	2	10	631222	631231	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017617	TTTAA	2	10	683365	683374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017617	AAGTG	2	10	692918	692927	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017617	AGCTA	2	10	695886	695895	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017617	AAAAT	2	10	705248	705257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017617	TAGAA	2	10	708943	708952	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017617	GCAAA	2	10	709158	709167	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017617	GAAAA	2	10	717578	717587	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017617	TTAAG	2	10	728080	728089	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017617	TAGAA	2	10	735589	735598	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017617	ATGAT	2	10	739022	739031	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017617	TAGAA	2	10	752136	752145	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017617	TCCTT	2	10	757554	757563	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017617	ATTTA	2	10	773092	773101	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017617	AATTA	2	10	784089	784098	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017617	GTACG	2	10	784153	784162	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017617	CTCTT	2	10	805063	805072	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017617	TTTCC	2	10	807176	807185	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017617	TTATA	2	10	807291	807300	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017617	GAGTA	2	10	813247	813256	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017617	CTTAT	2	10	819532	819541	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017617	GATTT	2	10	819597	819606	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017617	CTTAT	2	10	820971	820980	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017617	GATTT	2	10	821036	821045	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017617	CATTC	2	10	833702	833711	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017617	TAAAA	2	10	850310	850319	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017617	AAATG	2	10	873382	873391	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017617	GAGAA	2	10	894189	894198	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017617	TGAAA	2	10	912334	912343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017617	CACTG	2	10	914625	914634	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
134	NC_017617	TTTTA	2	10	933291	933300	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017617	GAAAA	2	10	936217	936226	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017617	TTCAA	2	10	950961	950970	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_017617	AATAA	2	10	962223	962232	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017617	TTAAT	2	10	963724	963733	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017617	AAGTG	2	10	966290	966299	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017617	ATTGA	2	10	968462	968471	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017617	ATTTT	3	15	972512	972526	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017617	ATAGA	2	10	987916	987925	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017617	TAGAA	2	10	990709	990718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017617	ATAGT	2	10	1011395	1011404	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017617	CTTTC	2	10	1022456	1022465	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017617	TCTAT	2	10	1038776	1038785	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017617	AAAAT	2	10	1043229	1043238	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.