MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Thermus thermophilus JL-18 plasmid pTTJL1802

Total Repeats: 160

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017590	GGCCC	2	10	372	381	0 %	0 %	40 %	60 %	386361712
2	NC_017590	CTCCC	2	10	1472	1481	0 %	20 %	0 %	80 %	386361715
3	NC_017590	CGGCA	2	10	2352	2361	20 %	0 %	40 %	40 %	386361716
4	NC_017590	ACCCC	3	15	3830	3844	20 %	0 %	0 %	80 %	386361717
5	NC_017590	AGGGG	2	10	3966	3975	20 %	0 %	80 %	0 %	386361717
6	NC_017590	GAGCG	2	10	6324	6333	20 %	0 %	60 %	20 %	386361721
7	NC_017590	CGCCA	2	10	6717	6726	20 %	0 %	20 %	60 %	386361721
8	NC_017590	AGGGG	2	10	7277	7286	20 %	0 %	80 %	0 %	386361721
9	NC_017590	ACCTC	2	10	8337	8346	20 %	20 %	0 %	60 %	386361722
10	NC_017590	TTCCT	2	10	8553	8562	0 %	60 %	0 %	40 %	386361723
11	NC_017590	TGGCC	2	10	9166	9175	0 %	20 %	40 %	40 %	386361724
12	NC_017590	CTTCC	2	10	10293	10302	0 %	40 %	0 %	60 %	386361725
13	NC_017590	GCGGA	2	10	11746	11755	20 %	0 %	60 %	20 %	386361729
14	NC_017590	GCCCT	2	10	12823	12832	0 %	20 %	20 %	60 %	386361731
15	NC_017590	GGCCT	2	10	13345	13354	0 %	20 %	40 %	40 %	386361733
16	NC_017590	CCTGG	2	10	16154	16163	0 %	20 %	40 %	40 %	386361741
17	NC_017590	GCGAG	2	10	16340	16349	20 %	0 %	60 %	20 %	386361742
18	NC_017590	CCCTG	2	10	18942	18951	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
19	NC_017590	CCGGA	2	10	19196	19205	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017590	AGGGG	2	10	19221	19230	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017590	CCGGG	2	10	19572	19581	0 %	0 %	60 %	40 %	386361749
22	NC_017590	CTTCC	2	10	20169	20178	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_017590	GAAGA	2	10	27899	27908	60 %	0 %	40 %	0 %	386361753
24	NC_017590	CAGGG	2	10	27938	27947	20 %	0 %	60 %	20 %	386361753
25	NC_017590	GGGGA	2	10	31369	31378	20 %	0 %	80 %	0 %	386361755
26	NC_017590	GGAGG	2	10	32324	32333	20 %	0 %	80 %	0 %	386361756
27	NC_017590	CCCGC	2	10	33984	33993	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
28	NC_017590	TCCGC	2	10	34367	34376	0 %	20 %	20 %	60 %	386361758
29	NC_017590	CCGCA	2	10	34776	34785	20 %	0 %	20 %	60 %	386361759
30	NC_017590	GCCCC	2	10	35306	35315	0 %	0 %	20 %	80 %	386361760
31	NC_017590	GGCTA	2	10	35666	35675	20 %	20 %	40 %	20 %	386361761
32	NC_017590	TCCTC	2	10	35697	35706	0 %	40 %	0 %	60 %	386361761
33	NC_017590	CGTCG	2	10	36758	36767	0 %	20 %	40 %	40 %	386361763
34	NC_017590	CGAAG	2	10	37465	37474	40 %	0 %	40 %	20 %	386361765
35	NC_017590	TCACC	2	10	37977	37986	20 %	20 %	0 %	60 %	386361765
36	NC_017590	GGGGC	2	10	38734	38743	0 %	0 %	80 %	20 %	386361766
37	NC_017590	ACCCG	2	10	39284	39293	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017590	GCCCC	2	10	39598	39607	0 %	0 %	20 %	80 %	386361767
39	NC_017590	TTCGC	2	10	41294	41303	0 %	40 %	20 %	40 %	386361768
40	NC_017590	TCCCA	2	10	41796	41805	20 %	20 %	0 %	60 %	386361768
41	NC_017590	TTGGC	2	10	43747	43756	0 %	40 %	40 %	20 %	386361773
42	NC_017590	CGGGG	2	10	43800	43809	0 %	0 %	80 %	20 %	386361773
43	NC_017590	CCCTG	2	10	44124	44133	0 %	20 %	20 %	60 %	386361773
44	NC_017590	CGGGG	2	10	45345	45354	0 %	0 %	80 %	20 %	386361775
45	NC_017590	GGAGG	2	10	45880	45889	20 %	0 %	80 %	0 %	386361775
46	NC_017590	TCCTC	2	10	46745	46754	0 %	40 %	0 %	60 %	386361777
47	NC_017590	GGCGG	2	10	47040	47049	0 %	0 %	80 %	20 %	386361777
48	NC_017590	CGGGG	2	10	48856	48865	0 %	0 %	80 %	20 %	386361778
49	NC_017590	GGAGG	2	10	52967	52976	20 %	0 %	80 %	0 %	386361784
50	NC_017590	AGGCC	2	10	53464	53473	20 %	0 %	40 %	40 %	386361784
51	NC_017590	CCTCC	2	10	54078	54087	0 %	20 %	0 %	80 %	386361785
52	NC_017590	CCCCT	2	10	54391	54400	0 %	20 %	0 %	80 %	386361785
53	NC_017590	TCCCG	2	10	55059	55068	0 %	20 %	20 %	60 %	386361787
54	NC_017590	CAAGC	2	10	59369	59378	40 %	0 %	20 %	40 %	386361793
55	NC_017590	GCAAA	2	10	59758	59767	60 %	0 %	20 %	20 %	386361794
56	NC_017590	GCCTC	2	10	60019	60028	0 %	20 %	20 %	60 %	386361794
57	NC_017590	CCAGG	2	10	60347	60356	20 %	0 %	40 %	40 %	386361794
58	NC_017590	TGGCG	2	10	62145	62154	0 %	20 %	60 %	20 %	386361796
59	NC_017590	GAGGT	2	10	66561	66570	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017590	TCCCC	2	10	67764	67773	0 %	20 %	0 %	80 %	386361803
61	NC_017590	GCTCC	2	10	68020	68029	0 %	20 %	20 %	60 %	386361803
62	NC_017590	CCGGG	2	10	70437	70446	0 %	0 %	60 %	40 %	386361806
63	NC_017590	AGGAG	2	10	71253	71262	40 %	0 %	60 %	0 %	386361806
64	NC_017590	ACGTT	2	10	71703	71712	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017590	TGGGA	2	10	72420	72429	20 %	20 %	60 %	0 %	386361807
66	NC_017590	GGTGC	2	10	72469	72478	0 %	20 %	60 %	20 %	386361807
67	NC_017590	CCCGA	2	10	73349	73358	20 %	0 %	20 %	60 %	386361808
68	NC_017590	TGGAC	2	10	73832	73841	20 %	20 %	40 %	20 %	386361808
69	NC_017590	CCTGG	2	10	74121	74130	0 %	20 %	40 %	40 %	386361809
70	NC_017590	CCTGG	2	10	74223	74232	0 %	20 %	40 %	40 %	386361809
71	NC_017590	TCTCC	2	10	75530	75539	0 %	40 %	0 %	60 %	386361810
72	NC_017590	AAGGT	2	10	79555	79564	40 %	20 %	40 %	0 %	386361813
73	NC_017590	AGCCC	2	10	80265	80274	20 %	0 %	20 %	60 %	386361814
74	NC_017590	CCAGG	2	10	81274	81283	20 %	0 %	40 %	40 %	386361815
75	NC_017590	AGGGG	2	10	81622	81631	20 %	0 %	80 %	0 %	386361816
76	NC_017590	GGCCC	2	10	83421	83430	0 %	0 %	40 %	60 %	386361818
77	NC_017590	TCCTC	2	10	83663	83672	0 %	40 %	0 %	60 %	386361818
78	NC_017590	CCTCC	2	10	87105	87114	0 %	20 %	0 %	80 %	386361819
79	NC_017590	CGGGC	2	10	89272	89281	0 %	0 %	60 %	40 %	386361820
80	NC_017590	CGGGG	2	10	89507	89516	0 %	0 %	80 %	20 %	386361820
81	NC_017590	GGAAG	2	10	89587	89596	40 %	0 %	60 %	0 %	386361820
82	NC_017590	CGCCC	2	10	89870	89879	0 %	0 %	20 %	80 %	386361820
83	NC_017590	AGGCC	2	10	90276	90285	20 %	0 %	40 %	40 %	386361821
84	NC_017590	GGGCC	2	10	91307	91316	0 %	0 %	60 %	40 %	386361821
85	NC_017590	CGGGC	2	10	92520	92529	0 %	0 %	60 %	40 %	386361821
86	NC_017590	CCCCG	2	10	92562	92571	0 %	0 %	20 %	80 %	386361821
87	NC_017590	CCCCG	2	10	92815	92824	0 %	0 %	20 %	80 %	386361821
88	NC_017590	AGGCC	2	10	93442	93451	20 %	0 %	40 %	40 %	386361822
89	NC_017590	GGGGA	2	10	93488	93497	20 %	0 %	80 %	0 %	386361822
90	NC_017590	CTTCC	2	10	94214	94223	0 %	40 %	0 %	60 %	386361822
91	NC_017590	GGACC	2	10	95347	95356	20 %	0 %	40 %	40 %	386361823
92	NC_017590	CGAGG	2	10	96379	96388	20 %	0 %	60 %	20 %	386361824
93	NC_017590	GCCAG	2	10	96741	96750	20 %	0 %	40 %	40 %	386361824
94	NC_017590	GCCCC	2	10	96841	96850	0 %	0 %	20 %	80 %	386361824
95	NC_017590	GGGCG	2	10	96993	97002	0 %	0 %	80 %	20 %	386361824
96	NC_017590	AGGCG	2	10	97629	97638	20 %	0 %	60 %	20 %	386361824
97	NC_017590	TGGGA	2	10	98214	98223	20 %	20 %	60 %	0 %	386361824
98	NC_017590	CCGCC	2	10	98337	98346	0 %	0 %	20 %	80 %	386361824
99	NC_017590	GAGGT	2	10	98477	98486	20 %	20 %	60 %	0 %	386361824
100	NC_017590	GGCGT	2	10	99315	99324	0 %	20 %	60 %	20 %	386361825
101	NC_017590	CTCGG	2	10	99420	99429	0 %	20 %	40 %	40 %	386361825
102	NC_017590	CCCCT	2	10	101079	101088	0 %	20 %	0 %	80 %	386361829
103	NC_017590	CCAGG	2	10	101319	101328	20 %	0 %	40 %	40 %	386361829
104	NC_017590	GGGGC	2	10	102089	102098	0 %	0 %	80 %	20 %	386361829
105	NC_017590	GGGGT	2	10	102418	102427	0 %	20 %	80 %	0 %	386361829
106	NC_017590	CGGGG	2	10	102811	102820	0 %	0 %	80 %	20 %	386361829
107	NC_017590	GCACG	2	10	102957	102966	20 %	0 %	40 %	40 %	386361829
108	NC_017590	GGCCC	2	10	104389	104398	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
109	NC_017590	GGGGA	2	10	104540	104549	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017590	CTTGC	2	10	104571	104580	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017590	TTCCC	2	10	104841	104850	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
112	NC_017590	CGGGG	2	10	105337	105346	0 %	0 %	80 %	20 %	386361830
113	NC_017590	CGGGG	2	10	106372	106381	0 %	0 %	80 %	20 %	386361831
114	NC_017590	GCCCC	2	10	106869	106878	0 %	0 %	20 %	80 %	386361831
115	NC_017590	GAGGC	2	10	107171	107180	20 %	0 %	60 %	20 %	386361831
116	NC_017590	CCGCC	2	10	108538	108547	0 %	0 %	20 %	80 %	386361831
117	NC_017590	GGACC	2	10	108691	108700	20 %	0 %	40 %	40 %	386361831
118	NC_017590	GCCTC	2	10	109923	109932	0 %	20 %	20 %	60 %	386361832
119	NC_017590	CCTCC	2	10	111123	111132	0 %	20 %	0 %	80 %	386361833
120	NC_017590	CCCAG	2	10	111362	111371	20 %	0 %	20 %	60 %	386361834
121	NC_017590	CGGGG	2	10	111552	111561	0 %	0 %	80 %	20 %	386361834
122	NC_017590	CCTCC	2	10	111980	111989	0 %	20 %	0 %	80 %	386361835
123	NC_017590	GCCCC	2	10	112446	112455	0 %	0 %	20 %	80 %	386361836
124	NC_017590	GCGCG	2	10	113107	113116	0 %	0 %	60 %	40 %	386361836
125	NC_017590	GCAAG	2	10	115057	115066	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017590	CCCGG	2	10	116179	116188	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
127	NC_017590	TGACC	2	10	117440	117449	20 %	20 %	20 %	40 %	386361843
128	NC_017590	GGAGG	2	10	117569	117578	20 %	0 %	80 %	0 %	386361843
129	NC_017590	CGAGG	2	10	117772	117781	20 %	0 %	60 %	20 %	386361843
130	NC_017590	TTCCC	2	10	119883	119892	0 %	40 %	0 %	60 %	386361846
131	NC_017590	TCTCC	2	10	120084	120093	0 %	40 %	0 %	60 %	386361846
132	NC_017590	CCTGG	2	10	120105	120114	0 %	20 %	40 %	40 %	386361846
133	NC_017590	GGGCC	2	10	121368	121377	0 %	0 %	60 %	40 %	386361848
134	NC_017590	GGGAG	2	10	121490	121499	20 %	0 %	80 %	0 %	386361848
135	NC_017590	CGGAC	2	10	122832	122841	20 %	0 %	40 %	40 %	386361852
136	NC_017590	GGGGC	2	10	123506	123515	0 %	0 %	80 %	20 %	386361854
137	NC_017590	GAGGC	2	10	124010	124019	20 %	0 %	60 %	20 %	386361854
138	NC_017590	AGGCC	2	10	124132	124141	20 %	0 %	40 %	40 %	386361854
139	NC_017590	AGGGT	2	10	125026	125035	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017590	CCCAC	2	10	126134	126143	20 %	0 %	0 %	80 %	386361857
141	NC_017590	AGACC	2	10	127512	127521	40 %	0 %	20 %	40 %	386361857
142	NC_017590	TCGCT	2	10	128392	128401	0 %	40 %	20 %	40 %	386361858
143	NC_017590	GTGGC	2	10	128442	128451	0 %	20 %	60 %	20 %	386361858
144	NC_017590	GGCCT	2	10	131306	131315	0 %	20 %	40 %	40 %	386361859
145	NC_017590	GCTGG	2	10	133887	133896	0 %	20 %	60 %	20 %	386361861
146	NC_017590	GGGGC	2	10	134719	134728	0 %	0 %	80 %	20 %	386361863
147	NC_017590	GGGCC	2	10	135313	135322	0 %	0 %	60 %	40 %	386361865
148	NC_017590	CCGGG	2	10	135829	135838	0 %	0 %	60 %	40 %	386361866
149	NC_017590	AGGGA	2	10	136376	136385	40 %	0 %	60 %	0 %	386361866
150	NC_017590	CGGGC	2	10	137414	137423	0 %	0 %	60 %	40 %	386361867
151	NC_017590	CGGGG	2	10	137455	137464	0 %	0 %	80 %	20 %	386361867
152	NC_017590	GCCCG	2	10	138025	138034	0 %	0 %	40 %	60 %	386361868
153	NC_017590	CGGGG	2	10	138396	138405	0 %	0 %	80 %	20 %	386361868
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155	NC_017590	GGGTG	2	10	138568	138577	0 %	20 %	80 %	0 %	386361868
156	NC_017590	GGGCC	2	10	140068	140077	0 %	0 %	60 %	40 %	386361870
157	NC_017590	GGGTG	2	10	141705	141714	0 %	20 %	80 %	0 %	386361873
158	NC_017590	CGGGG	2	10	141821	141830	0 %	0 %	80 %	20 %	386361873
159	NC_017590	CGGAG	2	10	142321	142330	20 %	0 %	60 %	20 %	386361874
160	NC_017590	GAGGC	2	10	142623	142632	20 %	0 %	60 %	20 %	386361874

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.