MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Thermus thermophilus JL-18 plasmid pTTJL1801

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017588	CTGGCC	2	12	1876	1887	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361454
2	NC_017588	TCTTCC	2	12	1979	1990	0 %	50 %	0 %	50 %	386361454
3	NC_017588	GGGGGC	2	12	4981	4992	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	386361457
4	NC_017588	GCCGAG	2	12	6631	6642	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361458
5	NC_017588	CGCCCC	2	12	7590	7601	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361459
6	NC_017588	GGGCCA	2	12	11031	11042	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361461
7	NC_017588	GCTCCC	2	12	11202	11213	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361461
8	NC_017588	CTCCCG	2	12	11320	11331	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361461
9	NC_017588	CGGTCG	2	12	11681	11692	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386361461
10	NC_017588	CCGGTC	2	12	12019	12030	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361461
11	NC_017588	CGAGGC	2	12	12438	12449	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361461
12	NC_017588	GGCCTT	2	12	12640	12651	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361461
13	NC_017588	CCGGTA	2	12	17343	17354	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361465
14	NC_017588	TTCCTC	2	12	17655	17666	0 %	50 %	0 %	50 %	386361465
15	NC_017588	GAGGGC	2	12	18603	18614	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361465
16	NC_017588	AGGCCA	2	12	19208	19219	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386361465
17	NC_017588	AGGGGA	2	12	19247	19258	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386361465
18	NC_017588	TCCCGG	2	12	20876	20887	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361465
19	NC_017588	CCCAGG	2	12	21950	21961	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361466
20	NC_017588	GGGCCA	2	12	22942	22953	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361467
21	NC_017588	GTAGGG	2	12	23927	23938	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386361468
22	NC_017588	GTGAAG	2	12	23949	23960	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386361468
23	NC_017588	GCCTTG	2	12	24003	24014	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361468
24	NC_017588	GGCGGA	2	12	24559	24570	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361468
25	NC_017588	TCCCCC	2	12	25976	25987	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	386361469
26	NC_017588	CCCCCG	2	12	26769	26780	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361470
27	NC_017588	GCCTCC	2	12	26804	26815	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361470
28	NC_017588	GGTAGG	2	12	27847	27858	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386361471
29	NC_017588	CCCCCA	2	12	28917	28928	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	386361472
30	NC_017588	CCAGGT	2	12	28998	29009	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361472
31	NC_017588	TGGCCC	2	12	30009	30020	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361473
32	NC_017588	GCCCGG	2	12	30935	30946	0 %	0 %	50 %	50 %	386361473
33	NC_017588	CCGCCC	2	12	31569	31580	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361474
34	NC_017588	CCGTCC	2	12	31919	31930	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361474
35	NC_017588	CCGCCC	2	12	33348	33359	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361475
36	NC_017588	GGCGAA	2	12	36140	36151	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361477
37	NC_017588	TCCACC	2	12	37450	37461	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386361478
38	NC_017588	GGGCCA	2	12	37628	37639	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361478
39	NC_017588	GGGCCT	2	12	38076	38087	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386361479
40	NC_017588	CAGGGC	2	12	38785	38796	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361479
41	NC_017588	CCAGTA	2	12	39062	39073	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386361480
42	NC_017588	GCGAAG	2	12	39298	39309	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361480
43	NC_017588	CAGGGG	2	12	39522	39533	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361480
44	NC_017588	TCGGCC	2	12	39951	39962	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361481
45	NC_017588	GGCCCT	2	12	42781	42792	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361482
46	NC_017588	CATGGG	2	12	44412	44423	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386361483
47	NC_017588	GGGGGA	2	12	44658	44669	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	386361483
48	NC_017588	GAGGTG	2	12	45067	45078	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386361483
49	NC_017588	CCTGGA	2	12	45474	45485	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361483
50	NC_017588	GTGCGG	2	12	51203	51214	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361489
51	NC_017588	CGGGGA	2	12	54258	54269	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361491
52	NC_017588	CCGCGT	2	12	55640	55651	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361492
53	NC_017588	ACCCCC	2	12	55912	55923	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	386361493
54	NC_017588	CGAGGA	2	12	56968	56979	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361494
55	NC_017588	CGGTGG	2	12	57066	57077	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361494
56	NC_017588	CAGGGC	2	12	57245	57256	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361494
57	NC_017588	TGGGGG	2	12	58882	58893	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386361496
58	NC_017588	GGCCCG	2	12	61296	61307	0 %	0 %	50 %	50 %	386361499
59	NC_017588	TCCCGC	2	12	62147	62158	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361500
60	NC_017588	GTGGAT	2	12	62371	62382	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386361500
61	NC_017588	CCTGGG	2	12	62634	62645	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386361500
62	NC_017588	TCCCCG	2	12	63577	63588	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361501
63	NC_017588	CTCCAG	2	12	64249	64260	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386361501
64	NC_017588	GGCCCT	2	12	75208	75219	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361513
65	NC_017588	TGCTTT	2	12	76433	76444	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386361514
66	NC_017588	ACACCC	2	12	76852	76863	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386361515
67	NC_017588	CCAACG	2	12	79043	79054	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386361517
68	NC_017588	GTGCCC	2	12	82428	82439	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361521
69	NC_017588	GTGAAC	2	12	84319	84330	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386361522
70	NC_017588	GCTTCC	2	12	85084	85095	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361522
71	NC_017588	CCGCTT	2	12	85693	85704	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361523
72	NC_017588	ACGGGG	2	12	86692	86703	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361524
73	NC_017588	GAAGGG	2	12	87569	87580	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386361524
74	NC_017588	CTACCC	2	12	88041	88052	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386361524
75	NC_017588	GAGGAA	2	12	88285	88296	50 %	0 %	50 %	0 %	386361524
76	NC_017588	GAAGCG	2	12	93735	93746	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361528
77	NC_017588	TGGGTG	2	12	94863	94874	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386361529
78	NC_017588	AGGGCC	2	12	102207	102218	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361533
79	NC_017588	GGGAAA	2	12	103226	103237	50 %	0 %	50 %	0 %	386361533
80	NC_017588	AGGACC	2	12	104189	104200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386361534
81	NC_017588	TCCGCC	2	12	104231	104242	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361534
82	NC_017588	ACAGGG	2	12	106812	106823	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361536
83	NC_017588	CCCTGC	2	12	106827	106838	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361536
84	NC_017588	ACCGGG	2	12	107763	107774	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361537
85	NC_017588	TCCTGG	2	12	107964	107975	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361537
86	NC_017588	TCGCCC	2	12	108395	108406	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361538
87	NC_017588	CTCTCC	2	12	108511	108522	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386361538
88	NC_017588	TCCTGG	2	12	108886	108897	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361538
89	NC_017588	TGGCCC	2	12	112038	112049	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361542
90	NC_017588	GGACCT	2	12	112830	112841	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361543
91	NC_017588	GCCCTT	2	12	114600	114611	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361545
92	NC_017588	TGCGGG	2	12	115934	115945	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361548
93	NC_017588	ACCCGG	2	12	116009	116020	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361548
94	NC_017588	CCAGGG	2	12	117644	117655	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361551
95	NC_017588	CGGCCC	2	12	119902	119913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	386361554
96	NC_017588	GCCTCC	2	12	120225	120236	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361554
97	NC_017588	AGGCCC	2	12	121017	121028	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361555
98	NC_017588	ACGAAG	2	12	121175	121186	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386361556
99	NC_017588	GCCCTG	2	12	122990	123001	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361557
100	NC_017588	CCAGGG	2	12	123818	123829	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361559
101	NC_017588	GCCTCG	2	12	124150	124161	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361559
102	NC_017588	CATCCC	2	12	124187	124198	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386361559
103	NC_017588	GCGTGG	2	12	124753	124764	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361560
104	NC_017588	CCACCC	2	12	125185	125196	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	386361560
105	NC_017588	GGGCCA	2	12	125503	125514	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361560
106	NC_017588	CCCTTC	2	12	125550	125561	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386361560
107	NC_017588	GCCAAG	2	12	129867	129878	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386361565
108	NC_017588	CCCCTC	2	12	130391	130402	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	386361566
109	NC_017588	GCACCC	2	12	130426	130437	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386361566
110	NC_017588	CGGCCA	2	12	132548	132559	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361568
111	NC_017588	CAGGCC	2	12	132592	132603	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361568
112	NC_017588	TCTTCC	2	12	134473	134484	0 %	50 %	0 %	50 %	386361570
113	NC_017588	TACTTC	2	12	136406	136417	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386361571
114	NC_017588	CCAGGG	2	12	140305	140316	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361574
115	NC_017588	GAGAGG	2	12	141871	141882	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	386361575
116	NC_017588	AGGGCC	2	12	142735	142746	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361577
117	NC_017588	GGGAAA	2	12	143754	143765	50 %	0 %	50 %	0 %	386361577
118	NC_017588	CCCGGG	2	12	145811	145822	0 %	0 %	50 %	50 %	386361580
119	NC_017588	TCGCCC	2	12	147584	147595	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361582
120	NC_017588	GGCCCT	2	12	148323	148334	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361582
121	NC_017588	GGGCCC	2	12	148813	148824	0 %	0 %	50 %	50 %	386361583
122	NC_017588	GCCTCC	2	12	150870	150881	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361583
123	NC_017588	CCCCAA	2	12	151637	151648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	386361584
124	NC_017588	GGCCTG	2	12	152025	152036	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386361585
125	NC_017588	CCCGGG	2	12	152049	152060	0 %	0 %	50 %	50 %	386361585
126	NC_017588	GGCCAG	2	12	153258	153269	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361586
127	NC_017588	GACCTG	2	12	153573	153584	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361586
128	NC_017588	CCCGGG	2	12	155895	155906	0 %	0 %	50 %	50 %	386361589
129	NC_017588	GTCTCC	2	12	157475	157486	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361591
130	NC_017588	AGGGCC	2	12	157975	157986	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361592
131	NC_017588	CCAGGG	2	12	158101	158112	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361592
132	NC_017588	CGAAGG	2	12	158149	158160	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361592
133	NC_017588	AGGTCC	2	12	160414	160425	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361594
134	NC_017588	GCGGTG	2	12	161801	161812	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361595
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137	NC_017588	GTGGGG	2	12	164321	164332	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386361598
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139	NC_017588	TCCAGG	2	12	165699	165710	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361599
140	NC_017588	GGGGTG	2	12	166770	166781	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386361601
141	NC_017588	ACCCTC	2	12	168113	168124	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386361603
142	NC_017588	CGCCCC	2	12	168496	168507	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361603
143	NC_017588	CCCTGG	2	12	169095	169106	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361603
144	NC_017588	GGTCCT	2	12	169509	169520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361604
145	NC_017588	CCTGGA	2	12	169749	169760	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361604
146	NC_017588	CCGCTT	2	12	169860	169871	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361604
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148	NC_017588	GAGGCC	2	12	170536	170547	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361605
149	NC_017588	GCCTTG	2	12	170901	170912	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361606
150	NC_017588	CCTCCG	2	12	173437	173448	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	386361609
151	NC_017588	GGACCT	2	12	174615	174626	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361611
152	NC_017588	CCCTCC	2	12	175744	175755	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	386361613
153	NC_017588	CGGCCT	2	12	176114	176125	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361613
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159	NC_017588	CCCAGG	2	12	184328	184339	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361619
160	NC_017588	GGGTCC	2	12	185101	185112	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	386361620
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189	NC_017588	AGGGCC	2	12	219632	219643	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361658
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191	NC_017588	CGGTCA	2	12	221996	222007	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361659
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199	NC_017588	CTTCGT	2	12	234453	234464	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386361673
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201	NC_017588	CCTTCC	2	12	236328	236339	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	386361677
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203	NC_017588	GTAGCG	2	12	238113	238124	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386361679
204	NC_017588	GCCCGG	2	12	239562	239573	0 %	0 %	50 %	50 %	386361683
205	NC_017588	ACGTGC	2	12	240216	240227	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386361684
206	NC_017588	GCCTTG	2	12	240414	240425	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361685
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208	NC_017588	GCCTCA	2	12	242758	242769	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386361688
209	NC_017588	CGCCCA	2	12	243673	243684	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386361690
210	NC_017588	GAAGGC	2	12	244004	244015	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386361690
211	NC_017588	GGCCAG	2	12	244247	244258	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361690
212	NC_017588	GGCCTC	2	12	244907	244918	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361690
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214	NC_017588	TGGGCA	2	12	245526	245537	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386361691
215	NC_017588	GCGGGC	2	12	246306	246317	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	386361693
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217	NC_017588	GCTCCT	2	12	248890	248901	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361694
218	NC_017588	GCTCCT	2	12	249095	249106	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386361695
219	NC_017588	TCAGCT	2	12	249218	249229	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386361695
220	NC_017588	CAAGCG	2	12	249360	249371	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386361695
221	NC_017588	AGAAGG	2	12	250100	250111	50 %	0 %	50 %	0 %	386361695
222	NC_017588	GGTGGC	2	12	250287	250298	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361695
223	NC_017588	CGAGGC	2	12	250881	250892	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361695
224	NC_017588	CACCCG	2	12	252426	252437	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	386361695
225	NC_017588	CCCTGG	3	18	254152	254169	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361697
226	NC_017588	TGGCGG	2	12	254696	254707	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	386361698
227	NC_017588	CCTGGT	2	12	255018	255029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	386361698
228	NC_017588	AGGCCC	2	12	256004	256015	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361699
229	NC_017588	ACGACC	2	12	256877	256888	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386361700
230	NC_017588	GCCCTG	2	12	258733	258744	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361703
231	NC_017588	CCTGGC	2	12	259259	259270	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361704
232	NC_017588	GTGGGG	2	12	259695	259706	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	386361704
233	NC_017588	TCACCC	2	12	259726	259737	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	386361704
234	NC_017588	GGTGGA	2	12	260491	260502	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386361705
235	NC_017588	GCCTCG	2	12	261752	261763	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386361706
236	NC_017588	GAGGGC	2	12	262880	262891	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386361707
237	NC_017588	CGAGGC	2	12	262912	262923	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361707
238	NC_017588	GCCCCC	2	12	263130	263141	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	386361707
239	NC_017588	AGGGCC	2	12	263235	263246	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361707
240	NC_017588	GCCACG	2	12	263289	263300	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386361707
241	NC_017588	CAGGGC	2	12	264327	264338	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	386361709
242	NC_017588	GGGCCC	2	12	264488	264499	0 %	0 %	50 %	50 %	386361709

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.