MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rhodospirillum rubrum F11 chromosome

Total Repeats: 175

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017584	CGCCCC	2	12	6879	6890	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
2	NC_017584	GAAACG	2	12	19559	19570	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017584	GAAACG	2	12	61137	61148	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017584	AATTTA	2	12	139921	139932	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017584	GCCATC	2	12	150956	150967	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017584	AGGGCG	2	12	151119	151130	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017584	CGCGGG	2	12	179497	179508	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017584	TATAAG	2	12	192434	192445	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017584	TCCGGG	2	12	196843	196854	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017584	CGGCCT	2	12	199264	199275	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017584	CCAGGA	2	12	226772	226783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017584	GCCGGC	2	12	230616	230627	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017584	CATGGT	2	12	244893	244904	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017584	CGCCCG	2	12	282543	282554	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_017584	TGATCC	2	12	296643	296654	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_017584	GCCATC	2	12	307150	307161	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
17	NC_017584	AATATC	2	12	314516	314527	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017584	ATTTAG	2	12	316994	317005	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017584	ACGGGG	2	12	327198	327209	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017584	GAAAAA	2	12	354538	354549	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017584	AAGCCC	2	12	355997	356008	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_017584	ATTCTA	2	12	370261	370272	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017584	GTTGCG	2	12	411134	411145	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017584	GGTCGA	2	12	439587	439598	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017584	CCTTTC	2	12	595131	595142	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_017584	CGTCAT	2	12	653438	653449	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017584	CATGGG	2	12	709518	709529	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017584	AGGCGG	2	12	728114	728125	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_017584	GCGCTT	2	12	743885	743896	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017584	GGCCCC	2	12	771948	771959	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_017584	ACCCGG	2	12	786708	786719	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
32	NC_017584	TATCGG	2	12	845865	845876	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017584	AGGGAA	2	12	891552	891563	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017584	GAGGGG	2	12	904165	904176	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017584	CCCGGC	2	12	904194	904205	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_017584	TATAAG	2	12	911304	911315	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017584	TCCGGG	2	12	915710	915721	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017584	AATAAA	2	12	926347	926358	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017584	AAAAGG	2	12	945063	945074	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017584	CGCGGG	2	12	989488	989499	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017584	GTCAGG	2	12	1022020	1022031	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017584	AAGCCC	2	12	1060759	1060770	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017584	CCCGAT	2	12	1104484	1104495	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017584	AGGCGA	2	12	1118628	1118639	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017584	GGCCGG	2	12	1124233	1124244	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017584	AAAGAA	2	12	1161621	1161632	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017584	CGGGGG	2	12	1180569	1180580	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017584	GCGGGG	2	12	1191873	1191884	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017584	TAATCG	2	12	1214569	1214580	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017584	ACCCAC	2	12	1266019	1266030	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_017584	CTGTCC	2	12	1274696	1274707	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017584	CCGTTT	2	12	1297797	1297808	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017584	GATCAT	2	12	1316413	1316424	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017584	GCCGGG	2	12	1324519	1324530	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017584	CTCCGC	2	12	1366169	1366180	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_017584	GTGGGG	2	12	1366844	1366855	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017584	AGGGGG	2	12	1378421	1378432	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017584	CGGGGG	2	12	1391620	1391631	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017584	GTGGCG	2	12	1470606	1470617	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017584	GACGCC	2	12	1473755	1473766	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017584	GGCTGA	2	12	1504807	1504818	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017584	TGCGGC	2	12	1505029	1505040	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017584	GGGCCC	2	12	1577457	1577468	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
64	NC_017584	GATTTC	2	12	1581107	1581118	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_017584	CGGGGG	2	12	1581240	1581251	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_017584	ATCTAA	2	12	1587474	1587485	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017584	CGGCGC	2	12	1607459	1607470	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017584	GGGCCG	2	12	1609328	1609339	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017584	TGTATT	2	12	1639225	1639236	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017584	TGGGGG	2	12	1649846	1649857	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017584	AATCAA	2	12	1657825	1657836	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017584	GTGGGG	2	12	1696004	1696015	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017584	TGCGGC	2	12	1790786	1790797	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017584	AGCCAA	2	12	1811413	1811424	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017584	AAGGGG	2	12	1828313	1828324	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017584	GCCTTT	2	12	1833411	1833422	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017584	TGAACA	2	12	1855911	1855922	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017584	ATTTAG	2	12	1884515	1884526	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017584	GGCAAG	2	12	1890894	1890905	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017584	CCGGCC	2	12	1922604	1922615	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
81	NC_017584	AAGGGA	2	12	1985424	1985435	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017584	AAGGGA	2	12	2022604	2022615	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017584	CCCCTT	2	12	2022720	2022731	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
84	NC_017584	CCCGCG	2	12	2029916	2029927	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_017584	GCCAGC	2	12	2037264	2037275	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017584	CCGGTC	2	12	2044035	2044046	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017584	AGGGAT	2	12	2051653	2051664	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017584	CGTCGC	2	12	2054027	2054038	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017584	CCCGCG	2	12	2058475	2058486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
90	NC_017584	CTGCGG	2	12	2073650	2073661	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017584	TCCGGC	2	12	2094330	2094341	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
92	NC_017584	GACCTC	2	12	2128986	2128997	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017584	GATAAT	2	12	2157404	2157415	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017584	GGGCGT	2	12	2180273	2180284	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017584	AAGACG	2	12	2188199	2188210	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017584	GGGGGC	2	12	2189091	2189102	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017584	CCCGGC	2	12	2196827	2196838	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
98	NC_017584	GGCCGG	2	12	2197124	2197135	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017584	CCCTCC	2	12	2209689	2209700	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
100	NC_017584	GCCCCC	2	12	2272850	2272861	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
101	NC_017584	AGCGCG	2	12	2291612	2291623	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_017584	GCCCGG	2	12	2291637	2291648	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_017584	GGCCCC	2	12	2294744	2294755	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
104	NC_017584	AAGAGA	2	12	2309724	2309735	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017584	AGGGGA	2	12	2329938	2329949	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017584	TTGGCG	2	12	2367170	2367181	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017584	CAGGGC	2	12	2368039	2368050	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017584	TTCCCC	2	12	2403703	2403714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_017584	CGACCA	2	12	2448839	2448850	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017584	TGAAGG	2	12	2464383	2464394	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017584	TTTCTT	2	12	2484055	2484066	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017584	GGCTTG	2	12	2551095	2551106	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017584	TCCCCC	2	12	2551335	2551346	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
114	NC_017584	GGGCCC	2	12	2577663	2577674	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017584	CTAGGG	2	12	2578201	2578212	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017584	CCGAGT	2	12	2592282	2592293	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017584	TCCCCG	2	12	2596447	2596458	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017584	GCCTTC	2	12	2596631	2596642	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017584	CTTGCG	2	12	2596712	2596723	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017584	TCCCCT	2	12	2637168	2637179	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_017584	AATGTC	2	12	2637260	2637271	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017584	GCATCG	2	12	2689288	2689299	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017584	GCCTCA	2	12	2716282	2716293	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017584	GGCCGG	2	12	2717651	2717662	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_017584	CCCGGA	2	12	2732800	2732811	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017584	CTTATA	2	12	2737209	2737220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017584	CCCCGC	2	12	2764380	2764391	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
128	NC_017584	GCGAGG	2	12	2766141	2766152	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017584	ATCTAA	2	12	2770798	2770809	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017584	GGACGG	2	12	2788946	2788957	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017584	TGACGA	2	12	2812845	2812856	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_017584	ATCTAA	2	12	2932204	2932215	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017584	ACGGGC	2	12	2986116	2986127	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017584	GATGGC	2	12	2986224	2986235	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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142	NC_017584	TTCGTC	2	12	3290910	3290921	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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144	NC_017584	CCCCCT	2	12	3358448	3358459	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
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148	NC_017584	CCGATA	2	12	3448652	3448663	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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162	NC_017584	CCGCCC	2	12	3841831	3841842	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.