MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum Po82 megaplasmid

Total Repeats: 277

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017575	ATTTT	2	10	1923	1932	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017575	TGGCT	2	10	4906	4915	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017575	GAGGG	2	10	11896	11905	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017575	GCAGC	2	10	23932	23941	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
5	NC_017575	CGCAT	2	10	24150	24159	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017575	TGCGG	2	10	24162	24171	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017575	GGGCG	2	10	24514	24523	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017575	CTTGC	2	10	25961	25970	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017575	CCGTT	2	10	28970	28979	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017575	TCGTT	2	10	39306	39315	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017575	CGGTG	2	10	47833	47842	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017575	AACTA	2	10	52894	52903	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017575	TGAGA	2	10	62744	62753	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017575	TGCAC	2	10	65443	65452	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_017575	CCGGC	2	10	93196	93205	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
16	NC_017575	ACCGC	2	10	93375	93384	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
17	NC_017575	CTGCA	2	10	105270	105279	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017575	CCTTG	2	10	109484	109493	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_017575	CCTTC	2	10	127940	127949	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_017575	GCTCA	2	10	128127	128136	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017575	GATGC	2	10	132722	132731	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017575	GTTTT	2	10	138590	138599	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017575	GGAGA	2	10	162232	162241	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017575	ATCTT	2	10	162727	162736	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017575	TTGAT	2	10	165036	165045	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017575	GGAAC	2	10	172768	172777	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017575	GTGCC	2	10	188420	188429	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017575	GAGGG	2	10	191713	191722	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017575	TGCCT	2	10	191757	191766	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_017575	ATCGC	3	15	210782	210796	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017575	ACGTG	2	10	210888	210897	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017575	CGCGG	2	10	212888	212897	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_017575	CGCTG	2	10	214813	214822	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017575	TCCGA	2	10	216707	216716	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017575	GGGCC	2	10	249852	249861	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017575	GCCGG	2	10	250411	250420	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
37	NC_017575	GCCGC	2	10	250850	250859	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017575	GGGGA	2	10	262692	262701	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017575	TCGCT	2	10	262713	262722	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017575	GGCCC	2	10	271221	271230	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_017575	TGACG	2	10	280338	280347	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017575	TGCGC	2	10	300322	300331	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017575	GGTTG	2	10	324754	324763	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017575	CACGG	2	10	327137	327146	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017575	GATGT	2	10	333638	333647	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017575	CGGAC	2	10	337144	337153	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
47	NC_017575	GCGTG	2	10	340441	340450	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017575	GGCGC	2	10	344253	344262	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017575	GCCGC	2	10	362392	362401	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_017575	CGCGT	2	10	369067	369076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017575	GCGCG	2	10	377079	377088	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017575	TCGCA	2	10	401824	401833	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017575	AATGG	2	10	409978	409987	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017575	CGCAG	2	10	430053	430062	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017575	ACGTA	2	10	432487	432496	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017575	TGCAC	2	10	435608	435617	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017575	CTGCC	2	10	466320	466329	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
58	NC_017575	CGGGG	2	10	471565	471574	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017575	GATGG	2	10	471981	471990	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017575	ATGCC	2	10	495069	495078	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
61	NC_017575	TGGCC	2	10	505669	505678	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017575	CCTTG	2	10	513186	513195	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017575	CGGCG	2	10	513723	513732	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017575	AGGGC	2	10	525835	525844	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017575	AACGG	2	10	538943	538952	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017575	CGGGA	2	10	539033	539042	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017575	GCTGT	2	10	543770	543779	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017575	GGGCG	2	10	546258	546267	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017575	CGCGC	2	10	546292	546301	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
70	NC_017575	GCGCA	2	10	546318	546327	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017575	GATCG	2	10	552010	552019	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017575	CGGTC	2	10	552140	552149	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
73	NC_017575	CGAGA	2	10	574366	574375	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017575	TGCGT	2	10	597595	597604	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017575	GCGAC	2	10	597657	597666	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017575	GGAGC	2	10	614542	614551	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017575	GGCGC	2	10	620419	620428	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017575	CTGTT	2	10	621333	621342	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017575	AAAGG	2	10	625482	625491	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017575	AACTC	2	10	633702	633711	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017575	TCAAT	2	10	642428	642437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017575	TGGGT	2	10	642749	642758	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017575	ATAAA	2	10	642979	642988	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017575	GGCCC	2	10	645328	645337	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_017575	GAGCG	2	10	664072	664081	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017575	CAGCC	2	10	664364	664373	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017575	GATTC	2	10	667382	667391	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017575	CGGCG	2	10	674237	674246	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017575	TCGCC	2	10	676489	676498	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
90	NC_017575	TGACG	2	10	684549	684558	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017575	TCCGA	2	10	699081	699090	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017575	TCCGT	2	10	699168	699177	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017575	CAGCG	2	10	719307	719316	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017575	CCGGC	2	10	726389	726398	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_017575	ATGGA	2	10	729379	729388	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017575	CCTCC	2	10	731526	731535	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
97	NC_017575	GACGG	2	10	735319	735328	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017575	GCGCC	2	10	754110	754119	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
99	NC_017575	CCGCC	2	10	754153	754162	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
100	NC_017575	CGGGG	2	10	754174	754183	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017575	CGTCG	2	10	755035	755044	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
102	NC_017575	CAATC	2	10	766187	766196	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_017575	CGCGC	2	10	767131	767140	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_017575	GTTGG	2	10	773113	773122	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017575	TGCCG	2	10	773670	773679	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017575	GCCCC	2	10	774045	774054	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
107	NC_017575	CCGGG	2	10	774086	774095	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017575	CGGTG	2	10	776264	776273	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017575	GCGCT	2	10	779111	779120	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017575	GCAGC	2	10	787625	787634	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017575	TTCGC	2	10	787664	787673	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_017575	CGTGC	2	10	795716	795725	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017575	TGCGC	2	10	797113	797122	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017575	GCAGG	2	10	797180	797189	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017575	CCATG	2	10	801041	801050	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017575	CGGAC	2	10	801282	801291	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017575	GGCCA	2	10	814749	814758	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017575	GGTGT	2	10	819271	819280	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017575	GTGGC	2	10	828147	828156	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017575	GCGCA	2	10	831387	831396	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_017575	CGGCG	2	10	845032	845041	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017575	GGAGC	2	10	845196	845205	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017575	GGGCG	2	10	856289	856298	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017575	GGAAA	2	10	865511	865520	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017575	GCGGA	2	10	865681	865690	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017575	TATCG	2	10	866514	866523	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017575	AGGGA	2	10	870124	870133	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017575	GAGGT	2	10	877173	877182	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017575	CAGGT	2	10	877190	877199	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017575	GCGAA	2	10	878632	878641	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017575	TTGCG	2	10	885314	885323	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017575	CGCAG	2	10	887338	887347	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_017575	CCCCG	2	10	887375	887384	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_017575	CTTTT	2	10	887535	887544	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017575	AGGTG	2	10	905720	905729	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017575	AGTTG	2	10	906591	906600	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017575	AAAGT	2	10	906964	906973	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017575	GCGCC	2	10	926152	926161	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_017575	GCGGT	2	10	927294	927303	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017575	AAAAC	2	10	929853	929862	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017575	GTTTT	2	10	929884	929893	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017575	CGATT	2	10	944663	944672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017575	TGGAA	2	10	948480	948489	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017575	CGCGG	2	10	953678	953687	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017575	GCATG	2	10	961133	961142	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017575	CCGGC	2	10	962571	962580	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
147	NC_017575	GGCCC	2	10	970043	970052	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
148	NC_017575	TCTGC	2	10	970123	970132	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_017575	GCGTG	2	10	972983	972992	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017575	AGCCG	2	10	979533	979542	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
151	NC_017575	GTCTT	2	10	980576	980585	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
152	NC_017575	GAAGC	2	10	985237	985246	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017575	ATTTG	2	10	999530	999539	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017575	CAAGT	2	10	999790	999799	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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156	NC_017575	CGATC	2	10	1005479	1005488	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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162	NC_017575	GCACC	2	10	1071287	1071296	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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164	NC_017575	ACCAT	2	10	1080311	1080320	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
165	NC_017575	CCGTT	2	10	1082506	1082515	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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172	NC_017575	AAGGG	2	10	1142146	1142155	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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178	NC_017575	GAGTG	2	10	1185788	1185797	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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181	NC_017575	CAAGC	2	10	1196174	1196183	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_017575	GCCCG	2	10	1196626	1196635	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
183	NC_017575	GGCCG	2	10	1198404	1198413	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
184	NC_017575	TTGCT	2	10	1214647	1214656	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017575	CAGGG	2	10	1215976	1215985	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
186	NC_017575	TCAAT	2	10	1229080	1229089	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_017575	TGCTG	2	10	1245204	1245213	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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189	NC_017575	CGGTG	2	10	1250224	1250233	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017575	TTCCG	2	10	1301514	1301523	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
192	NC_017575	CTTGG	2	10	1303188	1303197	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
193	NC_017575	CGGCG	2	10	1306305	1306314	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
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195	NC_017575	GCCAG	2	10	1310207	1310216	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
196	NC_017575	GCTTC	2	10	1314826	1314835	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_017575	GGCCT	2	10	1350659	1350668	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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223	NC_017575	TGCGG	2	10	1535326	1535335	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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244	NC_017575	CCCGC	2	10	1722215	1722224	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
245	NC_017575	ATGCA	2	10	1727489	1727498	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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251	NC_017575	AGCAA	2	10	1742071	1742080	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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258	NC_017575	CAGAT	2	10	1801501	1801510	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
259	NC_017575	TCACC	2	10	1807716	1807725	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
260	NC_017575	GACCG	2	10	1810160	1810169	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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262	NC_017575	ACCAT	2	10	1815605	1815614	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
263	NC_017575	CTGCA	2	10	1815658	1815667	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
264	NC_017575	CGTGA	2	10	1819798	1819807	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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266	NC_017575	GCGGT	2	10	1848173	1848182	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
267	NC_017575	CATCC	2	10	1848210	1848219	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
268	NC_017575	CGCGC	2	10	1848231	1848240	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
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271	NC_017575	GCACG	2	10	1894256	1894265	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
272	NC_017575	ACCGG	2	10	1895988	1895997	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
273	NC_017575	CCCGC	2	10	1925544	1925553	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
274	NC_017575	CCCCG	2	10	1935296	1935305	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
275	NC_017575	GACAG	2	10	1935387	1935396	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
276	NC_017575	GACGC	2	10	1939285	1939294	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
277	NC_017575	GGTAC	2	10	1948704	1948713	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.