MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Riemerella anatipestifer RA-GD chromosome

Total Repeats: 1065

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017569	TAAAAA	2	12	66	77	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017569	TTCCTC	2	12	515	526	0 %	50 %	0 %	50 %	386320387
3	NC_017569	AACCTA	2	12	985	996	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320388
4	NC_017569	TTTTAA	2	12	1462	1473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017569	TCTTTA	2	12	3903	3914	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320391
6	NC_017569	AGTTTA	2	12	4469	4480	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320392
7	NC_017569	TTTAAT	2	12	5620	5631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320394
8	NC_017569	CAAAAC	2	12	11198	11209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386320398
9	NC_017569	TAAATC	2	12	12982	12993	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017569	CCTAAC	2	12	13146	13157	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320400
11	NC_017569	GCTAAT	2	12	14020	14031	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320401
12	NC_017569	GATGTA	2	12	17859	17870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386320405
13	NC_017569	AACGAA	2	12	18675	18686	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320405
14	NC_017569	TTTTAG	2	12	20017	20028	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320407
15	NC_017569	TTAGAA	2	12	21666	21677	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017569	GTTAAA	2	12	30400	30411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320421
17	NC_017569	TCTCTT	2	12	31729	31740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386320421
18	NC_017569	AAAATA	2	12	33251	33262	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386320421
19	NC_017569	AAAAGA	2	12	33592	33603	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017569	TTGTTC	2	12	34090	34101	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017569	TTTCTT	2	12	35024	35035	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386320422
22	NC_017569	TGCTAA	2	12	38115	38126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320424
23	NC_017569	TAAGGA	2	12	39052	39063	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320425
24	NC_017569	ATAGAT	2	12	39448	39459	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320425
25	NC_017569	GACTTT	2	12	39792	39803	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320426
26	NC_017569	CTAAAT	2	12	41468	41479	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320427
27	NC_017569	TTTTAT	2	12	41886	41897	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386320428
28	NC_017569	ATAAGC	2	12	43091	43102	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320429
29	NC_017569	TCCTAA	2	12	44497	44508	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017569	CTTTCA	2	12	46527	46538	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386320430
31	NC_017569	TAAAAA	2	12	48473	48484	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017569	TAGCTC	2	12	54814	54825	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320437
33	NC_017569	TAACCC	2	12	55935	55946	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_017569	TTCATT	2	12	57152	57163	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320438
35	NC_017569	TCAGTT	2	12	58864	58875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320439
36	NC_017569	AAAGAA	2	12	62000	62011	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320442
37	NC_017569	GAAATG	2	12	63943	63954	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320445
38	NC_017569	TCTACC	2	12	67054	67065	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386320448
39	NC_017569	TATTTA	2	12	67301	67312	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017569	AGCCAA	2	12	68873	68884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320451
41	NC_017569	AAAACA	2	12	70729	70740	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386320453
42	NC_017569	CTGACG	2	12	71002	71013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386320453
43	NC_017569	TACATT	2	12	71403	71414	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320455
44	NC_017569	CAGAAA	2	12	71672	71683	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320455
45	NC_017569	CCAAAC	2	12	72442	72453	50 %	0 %	0 %	50 %	386320456
46	NC_017569	ATTTTT	2	12	72649	72660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017569	ACTCTA	2	12	72816	72827	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017569	TTTTTG	2	12	75135	75146	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386320459
49	NC_017569	CCCATA	2	12	75886	75897	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320460
50	NC_017569	TTTAAC	2	12	79928	79939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320463
51	NC_017569	CAGCAC	2	12	86146	86157	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386320469
52	NC_017569	CACAGG	2	12	87619	87630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386320471
53	NC_017569	TTTTCA	2	12	91219	91230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320475
54	NC_017569	GGCTAT	2	12	93110	93121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386320477
55	NC_017569	CAGACA	2	12	94107	94118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320478
56	NC_017569	CCTGTC	2	12	95946	95957	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017569	GATAAT	2	12	98032	98043	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017569	GGAGCT	2	12	98649	98660	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017569	AATGCT	2	12	100419	100430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320480
60	NC_017569	ACTAAA	2	12	101901	101912	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386320482
61	NC_017569	TTGATA	2	12	105270	105281	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320484
62	NC_017569	ATTTAC	2	12	112721	112732	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_017569	ATCTGT	2	12	116399	116410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320491
64	NC_017569	TAGCAT	2	12	117969	117980	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320492
65	NC_017569	GTTAGA	2	12	119194	119205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386320492
66	NC_017569	TTTTGG	2	12	120273	120284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386320492
67	NC_017569	AAAAAG	2	12	122490	122501	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320494
68	NC_017569	CCGTAT	2	12	127188	127199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320500
69	NC_017569	TATCAT	2	12	127296	127307	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320500
70	NC_017569	TCTTAT	2	12	128846	128857	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320502
71	NC_017569	ACAAGA	2	12	128957	128968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320502
72	NC_017569	TGGAGT	2	12	129551	129562	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386320502
73	NC_017569	TAGTTT	2	12	130300	130311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320504
74	NC_017569	AGTTTG	2	12	131070	131081	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320505
75	NC_017569	AATGCA	2	12	131964	131975	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320506
76	NC_017569	ATTTAG	2	12	134653	134664	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320507
77	NC_017569	TTAATC	2	12	135109	135120	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320507
78	NC_017569	GAATAT	2	12	136268	136279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320507
79	NC_017569	GGACTA	2	12	138616	138627	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386320510
80	NC_017569	GGGTCT	2	12	142253	142264	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320515
81	NC_017569	TTTGAT	2	12	143580	143591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320516
82	NC_017569	CCTATG	2	12	146684	146695	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320517
83	NC_017569	CTGGTT	2	12	148002	148013	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386320517
84	NC_017569	AGCGGA	2	12	152327	152338	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386320524
85	NC_017569	CAATAT	2	12	153508	153519	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320526
86	NC_017569	ATAAAA	2	12	153854	153865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386320526
87	NC_017569	TCTTTC	2	12	153876	153887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386320526
88	NC_017569	TATTTT	2	12	155141	155152	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017569	TTTGTC	2	12	155737	155748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386320529
90	NC_017569	AACATT	2	12	157771	157782	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320532
91	NC_017569	AGACGA	2	12	160266	160277	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386320537
92	NC_017569	CAATGT	2	12	162338	162349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320542
93	NC_017569	GAAAAA	2	12	162687	162698	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320543
94	NC_017569	AAAGGT	2	12	162792	162803	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017569	AATACG	2	12	166722	166733	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320552
96	NC_017569	TTATTT	2	12	167787	167798	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386320555
97	NC_017569	ATTTAT	2	12	168784	168795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320557
98	NC_017569	GCACAA	2	12	170817	170828	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320562
99	NC_017569	AATAAA	2	12	171486	171497	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017569	AAAATC	2	12	173074	173085	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017569	CAAAAA	2	12	177767	177778	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386320573
102	NC_017569	GTTAAA	2	12	181242	181253	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017569	TAGGAA	2	12	181409	181420	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320579
104	NC_017569	AGTAAA	2	12	181539	181550	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386320579
105	NC_017569	AACCCT	2	12	182266	182277	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320581
106	NC_017569	GCTTAT	2	12	184618	184629	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320585
107	NC_017569	CCCATA	2	12	188506	188517	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320593
108	NC_017569	AAAGAC	2	12	191235	191246	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320594
109	NC_017569	AAGCTA	2	12	191356	191367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320594
110	NC_017569	CAAAAG	2	12	192726	192737	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320594
111	NC_017569	AGAAAA	2	12	192811	192822	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320594
112	NC_017569	GAAGCA	2	12	197698	197709	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386320599
113	NC_017569	TATATT	2	12	202988	202999	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017569	CTTTTT	2	12	203126	203137	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017569	CTAATT	2	12	204520	204531	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320609
116	NC_017569	TTATGT	2	12	209612	209623	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320614
117	NC_017569	GAAACA	2	12	213794	213805	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320616
118	NC_017569	ACTAAA	2	12	214299	214310	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017569	TAGGTT	2	12	222020	222031	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320623
120	NC_017569	TCTTTT	2	12	222545	222556	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386320624
121	NC_017569	AGTTTT	2	12	223924	223935	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017569	CTAAAG	2	12	224401	224412	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320625
123	NC_017569	ACTTTA	2	12	228724	228735	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017569	TATCAA	2	12	231503	231514	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320631
125	NC_017569	TCAACA	2	12	231651	231662	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320631
126	NC_017569	CTCCTT	2	12	232837	232848	0 %	50 %	0 %	50 %	386320632
127	NC_017569	CGCCAT	2	12	235700	235711	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386320633
128	NC_017569	CATTAC	2	12	236979	236990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386320634
129	NC_017569	TTTCTA	2	12	237825	237836	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017569	CAAAAC	2	12	243429	243440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386320641
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132	NC_017569	AAATAA	2	12	248125	248136	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017569	ATCAAC	2	12	252667	252678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320651
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136	NC_017569	ATTTAT	2	12	256971	256982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320655
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140	NC_017569	TCTTTA	2	12	278628	278639	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_017569	TTGTCG	2	12	280599	280610	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386320687
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144	NC_017569	GCTGTG	2	12	287722	287733	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320694
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150	NC_017569	TTTTCA	2	12	293737	293748	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017569	CAACTC	2	12	294365	294376	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
152	NC_017569	CATTTC	2	12	294742	294753	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017569	CTTGGG	2	12	296914	296925	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320704
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157	NC_017569	GTTCTT	2	12	312714	312725	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386320723
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159	NC_017569	TGCACT	2	12	321465	321476	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320730
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161	NC_017569	TAGGTG	2	12	323147	323158	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386320732
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168	NC_017569	TTCATT	2	12	330167	330178	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320736
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225	NC_017569	AGAAAA	2	12	439956	439967	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320826
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229	NC_017569	CAAACC	2	12	445396	445407	50 %	0 %	0 %	50 %	386320833
230	NC_017569	AAAGCT	2	12	445733	445744	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320833
231	NC_017569	TAGTTT	2	12	450467	450478	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320838
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233	NC_017569	TTTCCA	2	12	453043	453054	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386320842
234	NC_017569	GAGTAA	2	12	457516	457527	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320846
235	NC_017569	AACGAA	2	12	458772	458783	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320846
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238	NC_017569	AGAATT	2	12	462414	462425	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320848
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241	NC_017569	CATTTC	2	12	463078	463089	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
242	NC_017569	AGTAAA	2	12	464284	464295	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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349	NC_017569	CATTAT	2	12	679394	679405	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386321031
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353	NC_017569	TCAGCT	2	12	685432	685443	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386321038
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355	NC_017569	AGTAAA	2	12	686166	686177	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386321039
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468	NC_017569	AAAAAT	2	12	938883	938894	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
469	NC_017569	TAGCAT	2	12	940856	940867	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386321274
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