MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-GD chromosome

Total Repeats: 907

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017569	TTCCTC	2	12	515	526	0 %	50 %	0 %	50 %	386320387
2	NC_017569	AACCTA	2	12	985	996	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320388
3	NC_017569	TCTTTA	2	12	3903	3914	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320391
4	NC_017569	AGTTTA	2	12	4469	4480	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320392
5	NC_017569	TTTAAT	2	12	5620	5631	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320394
6	NC_017569	CAAAAC	2	12	11198	11209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386320398
7	NC_017569	CCTAAC	2	12	13146	13157	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320400
8	NC_017569	GCTAAT	2	12	14020	14031	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320401
9	NC_017569	GATGTA	2	12	17859	17870	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386320405
10	NC_017569	AACGAA	2	12	18675	18686	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320405
11	NC_017569	TTTTAG	2	12	20017	20028	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320407
12	NC_017569	GTTAAA	2	12	30400	30411	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320421
13	NC_017569	TCTCTT	2	12	31729	31740	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386320421
14	NC_017569	AAAATA	2	12	33251	33262	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386320421
15	NC_017569	TTTCTT	2	12	35024	35035	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386320422
16	NC_017569	TGCTAA	2	12	38115	38126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320424
17	NC_017569	TAAGGA	2	12	39052	39063	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320425
18	NC_017569	ATAGAT	2	12	39448	39459	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320425
19	NC_017569	GACTTT	2	12	39792	39803	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320426
20	NC_017569	CTAAAT	2	12	41468	41479	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320427
21	NC_017569	TTTTAT	2	12	41886	41897	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386320428
22	NC_017569	ATAAGC	2	12	43091	43102	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320429
23	NC_017569	CTTTCA	2	12	46527	46538	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386320430
24	NC_017569	TAGCTC	2	12	54814	54825	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320437
25	NC_017569	TTCATT	2	12	57152	57163	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320438
26	NC_017569	TCAGTT	2	12	58864	58875	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320439
27	NC_017569	AAAGAA	2	12	62000	62011	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320442
28	NC_017569	GAAATG	2	12	63943	63954	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320445
29	NC_017569	TCTACC	2	12	67054	67065	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	386320448
30	NC_017569	AGCCAA	2	12	68873	68884	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320451
31	NC_017569	AAAACA	2	12	70729	70740	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386320453
32	NC_017569	CTGACG	2	12	71002	71013	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386320453
33	NC_017569	TACATT	2	12	71403	71414	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320455
34	NC_017569	CAGAAA	2	12	71672	71683	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320455
35	NC_017569	CCAAAC	2	12	72442	72453	50 %	0 %	0 %	50 %	386320456
36	NC_017569	TTTTTG	2	12	75135	75146	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386320459
37	NC_017569	CCCATA	2	12	75886	75897	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320460
38	NC_017569	TTTAAC	2	12	79928	79939	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320463
39	NC_017569	CAGCAC	2	12	86146	86157	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386320469
40	NC_017569	CACAGG	2	12	87619	87630	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386320471
41	NC_017569	TTTTCA	2	12	91219	91230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320475
42	NC_017569	GGCTAT	2	12	93110	93121	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386320477
43	NC_017569	CAGACA	2	12	94107	94118	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320478
44	NC_017569	AATGCT	2	12	100419	100430	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320480
45	NC_017569	ACTAAA	2	12	101901	101912	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386320482
46	NC_017569	TTGATA	2	12	105270	105281	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320484
47	NC_017569	ATCTGT	2	12	116399	116410	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320491
48	NC_017569	TAGCAT	2	12	117969	117980	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320492
49	NC_017569	GTTAGA	2	12	119194	119205	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386320492
50	NC_017569	TTTTGG	2	12	120273	120284	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386320492
51	NC_017569	AAAAAG	2	12	122490	122501	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320494
52	NC_017569	CCGTAT	2	12	127188	127199	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320500
53	NC_017569	TATCAT	2	12	127296	127307	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320500
54	NC_017569	TCTTAT	2	12	128846	128857	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386320502
55	NC_017569	ACAAGA	2	12	128957	128968	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320502
56	NC_017569	TGGAGT	2	12	129551	129562	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386320502
57	NC_017569	TAGTTT	2	12	130300	130311	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320504
58	NC_017569	AGTTTG	2	12	131070	131081	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320505
59	NC_017569	AATGCA	2	12	131964	131975	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320506
60	NC_017569	ATTTAG	2	12	134653	134664	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386320507
61	NC_017569	TTAATC	2	12	135109	135120	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320507
62	NC_017569	GAATAT	2	12	136268	136279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386320507
63	NC_017569	GGACTA	2	12	138616	138627	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386320510
64	NC_017569	GGGTCT	2	12	142253	142264	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320515
65	NC_017569	TTTGAT	2	12	143580	143591	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320516
66	NC_017569	CCTATG	2	12	146684	146695	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320517
67	NC_017569	CTGGTT	2	12	148002	148013	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386320517
68	NC_017569	AGCGGA	2	12	152327	152338	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386320524
69	NC_017569	CAATAT	2	12	153508	153519	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320526
70	NC_017569	ATAAAA	2	12	153854	153865	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386320526
71	NC_017569	TCTTTC	2	12	153876	153887	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386320526
72	NC_017569	TTTGTC	2	12	155737	155748	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386320529
73	NC_017569	AACATT	2	12	157771	157782	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320532
74	NC_017569	AGACGA	2	12	160266	160277	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386320537
75	NC_017569	CAATGT	2	12	162338	162349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320542
76	NC_017569	GAAAAA	2	12	162687	162698	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320543
77	NC_017569	AATACG	2	12	166722	166733	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320552
78	NC_017569	TTATTT	2	12	167787	167798	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386320555
79	NC_017569	ATTTAT	2	12	168784	168795	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320557
80	NC_017569	GCACAA	2	12	170817	170828	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386320562
81	NC_017569	CAAAAA	2	12	177767	177778	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386320573
82	NC_017569	TAGGAA	2	12	181409	181420	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386320579
83	NC_017569	AGTAAA	2	12	181539	181550	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386320579
84	NC_017569	AACCCT	2	12	182266	182277	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320581
85	NC_017569	GCTTAT	2	12	184618	184629	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320585
86	NC_017569	CCCATA	2	12	188506	188517	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386320593
87	NC_017569	AAAGAC	2	12	191235	191246	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320594
88	NC_017569	AAGCTA	2	12	191356	191367	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320594
89	NC_017569	CAAAAG	2	12	192726	192737	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320594
90	NC_017569	AGAAAA	2	12	192811	192822	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386320594
91	NC_017569	GAAGCA	2	12	197698	197709	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386320599
92	NC_017569	CTAATT	2	12	204520	204531	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320609
93	NC_017569	TTATGT	2	12	209612	209623	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386320614
94	NC_017569	GAAACA	2	12	213794	213805	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386320616
95	NC_017569	TAGGTT	2	12	222020	222031	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320623
96	NC_017569	TCTTTT	2	12	222545	222556	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386320624
97	NC_017569	CTAAAG	2	12	224401	224412	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386320625
98	NC_017569	TATCAA	2	12	231503	231514	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320631
99	NC_017569	TCAACA	2	12	231651	231662	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320631
100	NC_017569	CTCCTT	2	12	232837	232848	0 %	50 %	0 %	50 %	386320632
101	NC_017569	CGCCAT	2	12	235700	235711	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	386320633
102	NC_017569	CATTAC	2	12	236979	236990	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386320634
103	NC_017569	CAAAAC	2	12	243429	243440	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386320641
104	NC_017569	CGCCAA	2	12	245845	245856	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	386320644
105	NC_017569	ATCAAC	2	12	252667	252678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386320651
106	NC_017569	TGCTAT	2	12	253412	253423	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386320652
107	NC_017569	ATTTAT	2	12	256971	256982	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386320655
108	NC_017569	CATATT	2	12	272791	272802	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386320675
109	NC_017569	TTCTTT	2	12	275383	275394	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386320679
110	NC_017569	TTGTCG	2	12	280599	280610	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386320687
111	NC_017569	AAATTC	2	12	280951	280962	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386320688
112	NC_017569	GCTGTG	2	12	287722	287733	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320694
113	NC_017569	ATTGTG	2	12	288707	288718	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320695
114	NC_017569	CAAAAC	2	12	289317	289328	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386320696
115	NC_017569	TACTTC	2	12	289378	289389	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386320696
116	NC_017569	GTGATT	2	12	289963	289974	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386320697
117	NC_017569	TGCAAT	2	12	293213	293224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320701
118	NC_017569	CTTGGG	2	12	296914	296925	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386320704
119	NC_017569	GTTTTT	2	12	298815	298826	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386320706
120	NC_017569	GTTCTT	2	12	312714	312725	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386320723
121	NC_017569	CAAAAT	2	12	318154	318165	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386320728
122	NC_017569	TGCACT	2	12	321465	321476	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386320730
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125	NC_017569	TCAAGT	2	12	324204	324215	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386320732
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453	NC_017569	AAAATC	2	12	1063907	1063918	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386321385
454	NC_017569	GGTAAA	2	12	1064879	1064890	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386321386
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456	NC_017569	CATAAA	2	12	1069295	1069306	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386321392
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458	NC_017569	TTTTCT	2	12	1072100	1072111	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386321396
459	NC_017569	TTTTTA	2	12	1084801	1084812	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386321403
460	NC_017569	TTACCA	2	12	1085038	1085049	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386321403
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