MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Riemerella anatipestifer RA-GD chromosome

Total Repeats: 376

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017569	TTTTA	2	10	19214	19223	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017569	ATTTA	2	10	22296	22305	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017569	TAAAT	2	10	23973	23982	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017569	TAAAC	2	10	36151	36160	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017569	TGAGA	2	10	48587	48596	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017569	AAATG	2	10	54599	54608	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017569	ACTAA	2	10	70425	70434	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017569	TGATA	2	10	73316	73325	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017569	TTAAT	2	10	81010	81019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017569	AAAAT	2	10	83986	83995	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017569	TAAAA	2	10	89154	89163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017569	ATTTT	2	10	93946	93955	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017569	ATTTC	2	10	96973	96982	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017569	AAGGC	2	10	98703	98712	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017569	AAAAC	2	10	102762	102771	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017569	GGATT	2	10	107205	107214	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017569	ATGAA	2	10	109224	109233	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017569	AACAA	2	10	120496	120505	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017569	ATTTT	2	10	122535	122544	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017569	ACTAT	2	10	155563	155572	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017569	AAGAC	2	10	155597	155606	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017569	GTTTT	2	10	157261	157270	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017569	TATTT	2	10	167060	167069	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017569	TATTT	2	10	171586	171595	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017569	TAAAA	2	10	180252	180261	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017569	TAAAC	2	10	180722	180731	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017569	AATTT	2	10	181900	181909	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017569	TTTTG	2	10	188350	188359	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017569	TAAAT	2	10	202153	202162	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017569	ACTTT	2	10	202866	202875	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017569	AAAAG	2	10	203908	203917	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017569	TCCGC	2	10	206712	206721	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_017569	ATCTT	2	10	207820	207829	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017569	CTTTT	2	10	225183	225192	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017569	ATTAT	2	10	225590	225599	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017569	AATTA	2	10	228742	228751	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017569	TGTAT	2	10	237039	237048	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017569	TTAGT	2	10	237863	237872	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017569	TTAGT	2	10	237947	237956	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017569	AATTT	2	10	249328	249337	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017569	AAATA	2	10	255858	255867	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017569	ATAAA	2	10	256560	256569	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017569	AATTA	2	10	267435	267444	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017569	TTGAA	2	10	271570	271579	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017569	TTCAA	2	10	271608	271617	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017569	ACTAA	2	10	274118	274127	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017569	TTGAA	2	10	279297	279306	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017569	TTAGT	2	10	279962	279971	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017569	TTGAT	2	10	283185	283194	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017569	TTGAA	2	10	291653	291662	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017569	TTCAA	2	10	292349	292358	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017569	TTGAA	2	10	293701	293710	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017569	TATGT	2	10	293777	293786	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017569	AATTC	2	10	294855	294864	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017569	TTGAA	2	10	304577	304586	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017569	TTCAA	2	10	304615	304624	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017569	TTGAA	2	10	306281	306290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017569	AGTTT	2	10	307481	307490	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017569	TTCCT	2	10	307586	307595	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_017569	TTCAA	2	10	310007	310016	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017569	ATGCA	2	10	311590	311599	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017569	TTCAA	2	10	316931	316940	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017569	GAAAA	2	10	327274	327283	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017569	GTTTT	2	10	328317	328326	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017569	CATAT	2	10	334561	334570	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017569	AATAA	2	10	336194	336203	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017569	CAAAG	2	10	336450	336459	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017569	TAAAA	2	10	343431	343440	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017569	AAATA	2	10	353619	353628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017569	TTAAA	2	10	354722	354731	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017569	CTATT	2	10	357211	357220	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017569	AAATT	2	10	361885	361894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017569	ATAAC	2	10	364945	364954	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017569	AAAAT	2	10	381367	381376	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017569	ATGCG	2	10	390083	390092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017569	AAACA	2	10	390178	390187	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017569	ATGAA	2	10	407152	407161	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017569	TAAAA	2	10	412976	412985	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017569	ATGAA	2	10	416986	416995	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017569	CTATT	2	10	430279	430288	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017569	ATTTT	2	10	431630	431639	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017569	ATTAT	2	10	438338	438347	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017569	ATCTC	2	10	440177	440186	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
84	NC_017569	TAATT	2	10	452565	452574	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017569	AAACA	2	10	452578	452587	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017569	ATAAA	2	10	454848	454857	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017569	CAAAA	2	10	463734	463743	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017569	TACGC	2	10	464222	464231	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017569	CTCTA	2	10	464545	464554	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017569	TATCT	2	10	469759	469768	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017569	TTTTA	2	10	502209	502218	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017569	TTTAA	2	10	507009	507018	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017569	ATTAT	2	10	528214	528223	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017569	ATAAA	2	10	580050	580059	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017569	TAAAA	2	10	583482	583491	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017569	TATAT	2	10	611310	611319	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017569	GTTTA	2	10	625353	625362	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017569	TTTAA	2	10	628809	628818	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017569	ATATA	2	10	630658	630667	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017569	TTTTC	2	10	639606	639615	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017569	TAAAT	2	10	640973	640982	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017569	ATTTA	2	10	645616	645625	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017569	TATTT	2	10	651506	651515	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017569	ATTAT	2	10	651534	651543	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017569	TTAAT	2	10	677398	677407	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017569	CTTTT	2	10	681009	681018	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017569	TTTAA	2	10	682099	682108	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017569	AATTT	2	10	689244	689253	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017569	GAAAA	2	10	692960	692969	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017569	AATTT	2	10	694298	694307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017569	ATCAA	2	10	695630	695639	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017569	AAGCC	2	10	695866	695875	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_017569	TCCTA	2	10	696086	696095	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017569	CCTTA	2	10	696116	696125	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_017569	TCACT	2	10	696589	696598	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017569	AATTT	2	10	707590	707599	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017569	AAAAT	2	10	713545	713554	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017569	TAAAA	2	10	714555	714564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017569	TAATA	2	10	722350	722359	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017569	CCCAT	2	10	735875	735884	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
121	NC_017569	TTCCA	2	10	735902	735911	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
122	NC_017569	TATTT	2	10	750258	750267	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017569	TAATA	2	10	751483	751492	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017569	ATTAA	2	10	767036	767045	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017569	TTTAA	2	10	768222	768231	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017569	TTTTA	2	10	778915	778924	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017569	ATTTA	2	10	779027	779036	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017569	AAAAC	2	10	779933	779942	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017569	ATTTT	2	10	783035	783044	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017569	ATTTA	2	10	786237	786246	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017569	CCCTC	2	10	786766	786775	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
132	NC_017569	ATTAA	2	10	807439	807448	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017569	TAAAA	2	10	813171	813180	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017569	ATAAA	2	10	814873	814882	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017569	ATTTG	2	10	815348	815357	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017569	AATGA	2	10	818813	818822	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017569	ATTTA	2	10	824305	824314	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017569	TTGAA	2	10	828908	828917	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017569	ATTTT	2	10	840082	840091	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017569	AACAA	2	10	843778	843787	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017569	TGGTT	2	10	850393	850402	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017569	GAAAA	2	10	850945	850954	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017569	TAATC	2	10	860271	860280	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
144	NC_017569	TATCA	2	10	860323	860332	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_017569	TAAAA	2	10	871400	871409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017569	AAAAG	2	10	898947	898956	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017569	ATTTA	2	10	903408	903417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017569	CAGAA	2	10	909365	909374	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.