MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii Rp22 chromosome

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017560	GAAGAT	2	12	16362	16373	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017560	AATATA	2	12	17085	17096	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017560	ATTTAA	2	12	18328	18339	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017560	AATTAT	2	12	18551	18562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017560	ATCTAA	2	12	19410	19421	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017560	TACTAG	2	12	29586	29597	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017560	CTACGT	2	12	29775	29786	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017560	AGAAAC	2	12	29827	29838	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017560	AATAAG	2	12	32593	32604	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017560	TTTAAT	2	12	37527	37538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017560	CTTTGT	2	12	44601	44612	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017560	ATAAAA	2	12	52915	52926	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017560	AATATT	2	12	142618	142629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017560	ATAATT	2	12	153015	153026	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017560	TAGAGA	2	12	153553	153564	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017560	TATGTA	2	12	172977	172988	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017560	ATCTCC	2	12	176291	176302	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_017560	TAAAAT	2	12	184446	184457	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017560	TTTAAT	2	12	191774	191785	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017560	TCACAA	2	12	193194	193205	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017560	TTAATA	2	12	196737	196748	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017560	TCTTAA	2	12	203534	203545	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017560	ACTATA	2	12	209820	209831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017560	AATCTT	2	12	226442	226453	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017560	TTTCTT	2	12	233312	233323	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017560	GCAATT	2	12	234646	234657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_017560	TTAAAT	2	12	236450	236461	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017560	TAAAAA	2	12	237610	237621	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017560	GTAAAG	2	12	238809	238820	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017560	AAATAA	2	12	247653	247664	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017560	CAATTA	2	12	249988	249999	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017560	AGTAAA	2	12	254444	254455	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017560	TAAAAT	2	12	257628	257639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017560	CAACTG	2	12	262459	262470	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017560	GATTTT	2	12	264416	264427	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017560	TCAGGA	2	12	267734	267745	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017560	TTGCAA	2	12	270471	270482	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_017560	AAAATA	2	12	271494	271505	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017560	TTACTA	2	12	277747	277758	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017560	TTATAA	2	12	303423	303434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017560	AAGGAT	2	12	311006	311017	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017560	ATAATT	2	12	313538	313549	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017560	TAAAAT	2	12	323435	323446	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017560	TTTATT	2	12	330349	330360	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017560	ATTTTT	2	12	334239	334250	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017560	GCATTA	2	12	336082	336093	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017560	GTAAAA	2	12	339108	339119	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017560	ATATTT	2	12	341409	341420	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017560	CACTTT	2	12	342688	342699	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017560	TCAATA	2	12	351285	351296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017560	TAAAAT	2	12	353359	353370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017560	TCAGTA	2	12	361797	361808	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017560	TATCTA	2	12	368119	368130	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017560	AATTTT	2	12	375395	375406	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017560	CATTAT	2	12	422801	422812	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017560	AGAAAA	2	12	425040	425051	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017560	ATATCT	2	12	437235	437246	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017560	TTAATT	2	12	445854	445865	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017560	ATTTTA	2	12	446462	446473	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017560	TTTTTA	2	12	451390	451401	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017560	TCTATT	2	12	482472	482483	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017560	ATTTAG	2	12	483759	483770	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017560	TAAATA	2	12	484551	484562	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017560	TATTTT	2	12	504367	504378	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017560	ATTTTT	2	12	507815	507826	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017560	AAATTT	2	12	532364	532375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017560	TTTATA	2	12	544481	544492	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017560	GCAAAA	2	12	554422	554433	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017560	CATTAA	2	12	554861	554872	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017560	ATACAG	2	12	563726	563737	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017560	AATAAA	2	12	569787	569798	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017560	AAAGCA	2	12	580142	580153	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017560	TCTATT	2	12	604101	604112	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017560	ATTTTG	2	12	609029	609040	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017560	CATAAT	2	12	613889	613900	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017560	GAAATA	2	12	642035	642046	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017560	AAAATA	2	12	668484	668495	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017560	TGGTAT	2	12	668876	668887	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017560	TCAATT	2	12	680501	680512	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017560	TTTTAA	2	12	688887	688898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017560	TCAGAT	2	12	691063	691074	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017560	GGAGTA	2	12	701812	701823	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017560	ACATCA	2	12	708412	708423	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017560	ATTACA	2	12	715164	715175	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017560	ATTAAT	2	12	715693	715704	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017560	TGATTT	2	12	721686	721697	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017560	TAATAT	2	12	721821	721832	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017560	TAATTT	2	12	726054	726065	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017560	TATTTT	2	12	737124	737135	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017560	TATTAA	2	12	741219	741230	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017560	TTAATA	2	12	743523	743534	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017560	TGATAT	2	12	743545	743556	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017560	CAAAAA	2	12	744200	744211	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017560	GATATT	2	12	746649	746660	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017560	GTAATT	2	12	747721	747732	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017560	TTATTT	2	12	763413	763424	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017560	AATAAG	2	12	772505	772516	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017560	GAAAAA	2	12	778402	778413	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017560	TTCAAT	2	12	793880	793891	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017560	TTTTAA	2	12	795545	795556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017560	AAAATA	2	12	797350	797361	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017560	AAAAAT	2	12	799944	799955	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017560	GTTTAT	2	12	800616	800627	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017560	TAATCT	2	12	822921	822932	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017560	GTACTT	2	12	831508	831519	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017560	GTGTAT	2	12	831533	831544	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017560	ATATTT	2	12	832658	832669	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017560	TTTTTA	2	12	839490	839501	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017560	TACAAG	2	12	843141	843152	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017560	ACTGAC	2	12	864434	864445	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017560	AAATTT	2	12	869718	869729	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017560	CACAAA	2	12	869778	869789	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017560	ATTTTG	2	12	886412	886423	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017560	TAATGA	2	12	895993	896004	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017560	GATTTA	2	12	898179	898190	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017560	GGTAAA	2	12	898766	898777	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017560	GAAGCA	2	12	899349	899360	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017560	TCTTTT	2	12	921250	921261	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017560	AATAGC	2	12	933507	933518	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017560	TATGTT	2	12	934870	934881	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017560	AAGCTG	2	12	976748	976759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017560	TAAATA	2	12	982847	982858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017560	ATCTGT	2	12	999428	999439	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017560	ATTATC	2	12	1015217	1015228	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017560	TTACTG	2	12	1034835	1034846	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017560	AAATTT	2	12	1035124	1035135	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017560	TTCACT	2	12	1048747	1048758	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017560	AAAAAT	2	12	1062485	1062496	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017560	TAACAA	2	12	1064152	1064163	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017560	TTAAAG	2	12	1082052	1082063	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017560	AAGTAA	2	12	1093681	1093692	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017560	ATATTA	2	12	1094511	1094522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017560	ATATAA	2	12	1099925	1099936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017560	TTATTT	2	12	1100290	1100301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017560	AACGTT	2	12	1105636	1105647	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017560	TTCTTA	2	12	1105934	1105945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017560	TATAAA	2	12	1108563	1108574	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.