MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii Rp22 chromosome

Total Repeats: 426

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017560	ATTATA	2	12	326	337	50 %	50 %	0 %	0 %	386081835
2	NC_017560	AAAGTA	2	12	1128	1139	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081836
3	NC_017560	TTTCTC	2	12	1421	1432	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386081837
4	NC_017560	ATGCTA	2	12	1654	1665	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081837
5	NC_017560	CTAATA	2	12	4443	4454	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081839
6	NC_017560	CGATAT	2	12	5338	5349	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081839
7	NC_017560	AAAATA	2	12	5541	5552	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081839
8	NC_017560	ATATCT	2	12	8591	8602	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081842
9	NC_017560	TTTTAT	2	12	10701	10712	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081844
10	NC_017560	AGAAAA	2	12	10932	10943	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081844
11	NC_017560	ATTAAA	2	12	11963	11974	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081845
12	NC_017560	CTAATT	2	12	13555	13566	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081847
13	NC_017560	CTATAT	2	12	14170	14181	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081847
14	NC_017560	TTTTGA	2	12	21365	21376	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081851
15	NC_017560	TTTGTA	2	12	21504	21515	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081851
16	NC_017560	TATCAA	2	12	22157	22168	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081852
17	NC_017560	TTAGAA	2	12	23357	23368	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386081855
18	NC_017560	AAAAAT	2	12	24263	24274	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081856
19	NC_017560	CATATA	2	12	25759	25770	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081858
20	NC_017560	ATTTTT	2	12	35044	35055	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081866
21	NC_017560	GTGAGC	2	12	40047	40058	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386081868
22	NC_017560	ATTCTT	2	12	40186	40197	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386081868
23	NC_017560	ATTTAT	2	12	42124	42135	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081869
24	NC_017560	TGCAGC	2	12	53496	53507	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	386081880
25	NC_017560	ATAGTG	2	12	54729	54740	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081881
26	NC_017560	AAAAAG	2	12	55557	55568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081881
27	NC_017560	CACTTG	2	12	56807	56818	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386081883
28	NC_017560	GAAAAA	2	12	56971	56982	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081883
29	NC_017560	TAAAAT	2	12	60898	60909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081887
30	NC_017560	GAGTAG	2	12	62046	62057	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386081887
31	NC_017560	ACTACA	2	12	65225	65236	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386081891
32	NC_017560	AGTAAA	2	12	69380	69391	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081895
33	NC_017560	AATATT	2	12	73442	73453	50 %	50 %	0 %	0 %	386081898
34	NC_017560	TTGATT	2	12	74370	74381	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081898
35	NC_017560	TCTTGC	2	12	74740	74751	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	386081898
36	NC_017560	GAAGCA	2	12	75346	75357	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386081899
37	NC_017560	TCAAGC	2	12	75492	75503	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386081899
38	NC_017560	CTATTA	2	12	77197	77208	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386081900
39	NC_017560	TAAAGG	2	12	77384	77395	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081900
40	NC_017560	TTTTTA	2	12	80290	80301	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081902
41	NC_017560	ACCTAT	2	12	85165	85176	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081908
42	NC_017560	TATTTA	2	12	88168	88179	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081911
43	NC_017560	AAATTA	2	12	98437	98448	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081915
44	NC_017560	TAGCGG	2	12	100131	100142	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386081917
45	NC_017560	TCTTTT	2	12	100489	100500	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386081917
46	NC_017560	GGTATT	2	12	101230	101241	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386081918
47	NC_017560	TTTAGT	2	12	102076	102087	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081919
48	NC_017560	TGATTT	2	12	104884	104895	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081921
49	NC_017560	TAAAAT	2	12	108640	108651	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081925
50	NC_017560	AACTCT	2	12	109446	109457	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081926
51	NC_017560	GGTGTT	2	12	111338	111349	0 %	50 %	50 %	0 %	386081927
52	NC_017560	TTGCTA	2	12	117001	117012	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081933
53	NC_017560	AGATAG	2	12	117167	117178	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081933
54	NC_017560	CATCTA	2	12	120092	120103	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386081934
55	NC_017560	TAATGC	2	12	122100	122111	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386081935
56	NC_017560	GTATCT	2	12	122461	122472	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081935
57	NC_017560	TAAAAG	2	12	130036	130047	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386081937
58	NC_017560	GTATAG	2	12	130357	130368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081937
59	NC_017560	GATTTT	2	12	135991	136002	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386081943
60	NC_017560	GCTATG	2	12	136381	136392	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386081943
61	NC_017560	TTATAT	2	12	137410	137421	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081944
62	NC_017560	CTTTTG	2	12	138538	138549	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386081945
63	NC_017560	AAAGAA	2	12	145531	145542	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386081951
64	NC_017560	GGTGAT	2	12	146646	146657	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386081952
65	NC_017560	TTAGAG	2	12	150724	150735	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386081958
66	NC_017560	AACTAC	2	12	154137	154148	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386081963
67	NC_017560	ATAAAA	2	12	155645	155656	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386081963
68	NC_017560	TTTTTA	2	12	156649	156660	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386081964
69	NC_017560	AGTTTC	2	12	157253	157264	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081965
70	NC_017560	GCAGAA	2	12	159715	159726	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386081969
71	NC_017560	TTAAAA	2	12	161667	161678	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081971
72	NC_017560	CTATTG	2	12	163515	163526	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081971
73	NC_017560	AGTTTA	2	12	166668	166679	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386081972
74	NC_017560	ATCTTG	2	12	186164	186175	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386081987
75	NC_017560	AACATT	2	12	186266	186277	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386081987
76	NC_017560	TGATGG	2	12	190118	190129	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386081990
77	NC_017560	TATATT	2	12	190907	190918	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081990
78	NC_017560	ATATTT	2	12	191517	191528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386081990
79	NC_017560	TCCTTT	2	12	195430	195441	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386081994
80	NC_017560	TTTCTT	2	12	197286	197297	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386081997
81	NC_017560	TGAAGA	2	12	197364	197375	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386081997
82	NC_017560	AAATTA	2	12	198426	198437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386081999
83	NC_017560	CACTAC	2	12	205613	205624	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386082005
84	NC_017560	AAATTC	2	12	208799	208810	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082006
85	NC_017560	AATTCA	2	12	209638	209649	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082007
86	NC_017560	AAAGCA	2	12	211090	211101	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386082008
87	NC_017560	ATTATA	2	12	211813	211824	50 %	50 %	0 %	0 %	386082009
88	NC_017560	GTATCT	2	12	213706	213717	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082011
89	NC_017560	TTCTAC	2	12	216183	216194	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386082012
90	NC_017560	TTCTTT	2	12	220399	220410	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386082014
91	NC_017560	CTTCTC	2	12	221831	221842	0 %	50 %	0 %	50 %	386082015
92	NC_017560	TAATTG	2	12	224705	224716	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386082017
93	NC_017560	AAAGCA	2	12	227410	227421	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386082018
94	NC_017560	TTATTT	2	12	230722	230733	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386082022
95	NC_017560	ATTGCA	2	12	249185	249196	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386082037
96	NC_017560	TTAAAG	2	12	252157	252168	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386082038
97	NC_017560	CGTAAC	2	12	252257	252268	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386082038
98	NC_017560	TGTATC	2	12	261377	261388	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082043
99	NC_017560	TTTATT	2	12	261608	261619	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386082043
100	NC_017560	TAAAAA	2	12	261805	261816	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386082043
101	NC_017560	GAAAAT	2	12	262960	262971	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386082044
102	NC_017560	ATCATT	2	12	263369	263380	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386082044
103	NC_017560	CCTGAA	2	12	265983	265994	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386082045
104	NC_017560	TTTTGC	2	12	271218	271229	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386082050
105	NC_017560	GGGATA	2	12	275614	275625	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386082054
106	NC_017560	GGCAAT	2	12	276622	276633	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386082054
107	NC_017560	TTGTTC	2	12	278956	278967	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386082055
108	NC_017560	ACATTA	2	12	279273	279284	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386082055
109	NC_017560	TTGTAA	2	12	279445	279456	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386082056
110	NC_017560	TCACTA	2	12	280746	280757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386082057
111	NC_017560	AATGAA	2	12	282890	282901	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386082059
112	NC_017560	CTTTAG	2	12	283707	283718	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082059
113	NC_017560	AATAAA	2	12	284042	284053	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386082059
114	NC_017560	GAAGTA	2	12	285232	285243	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386082060
115	NC_017560	ATTGCT	2	12	285754	285765	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386082060
116	NC_017560	TTTTAC	2	12	286905	286916	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386082061
117	NC_017560	CAAGAT	2	12	288413	288424	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386082062
118	NC_017560	TTAATA	2	12	288468	288479	50 %	50 %	0 %	0 %	386082062
119	NC_017560	GAACAA	2	12	290035	290046	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386082063
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.