MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum CMR15 chromosome

Total Repeats: 174

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017559	ACGCGA	2	12	14396	14407	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_017559	GATGCG	2	12	94036	94047	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017559	TCCGAT	2	12	96715	96726	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017559	ACCTAC	2	12	107833	107844	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017559	GCCAGG	2	12	169065	169076	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017559	TCGATG	2	12	187565	187576	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017559	GCATCC	2	12	187611	187622	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_017559	GCCCCG	2	12	201407	201418	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
9	NC_017559	TCTTGC	3	18	207440	207457	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017559	CATCGC	2	12	211682	211693	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017559	GCGTGA	2	12	218659	218670	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017559	GCGCCC	2	12	218873	218884	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
13	NC_017559	CCGCTG	2	12	239379	239390	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017559	GCCGTT	2	12	239738	239749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017559	ATGAGA	2	12	285187	285198	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017559	CGTGGC	2	12	286575	286586	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017559	ATTGGC	2	12	287292	287303	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017559	GTGTGC	2	12	288093	288104	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017559	CGCTGT	2	12	335532	335543	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017559	CGGCAT	2	12	340087	340098	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_017559	CGTACA	2	12	340133	340144	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017559	CGCAGC	9	54	350187	350240	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017559	GCCTTG	2	12	415838	415849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017559	CCGGGT	2	12	480571	480582	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017559	CGTTTT	2	12	499503	499514	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017559	CTTCGG	2	12	502009	502020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017559	CGGATG	2	12	507141	507152	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017559	GCCGTG	2	12	509718	509729	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017559	AGGGCA	2	12	514803	514814	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017559	ACTGCT	2	12	515523	515534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017559	TGCGCG	2	12	515551	515562	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017559	ACGGGC	2	12	543874	543885	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_017559	GCCAGG	2	12	560386	560397	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017559	TGTCGC	2	12	575447	575458	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_017559	CAGGGG	2	12	663085	663096	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017559	CGTTGA	2	12	665918	665929	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017559	ATGCGC	2	12	666095	666106	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017559	GATGCC	2	12	673613	673624	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017559	TGGAGG	2	12	675414	675425	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017559	GGGCCA	2	12	697746	697757	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017559	CGTCAT	2	12	709390	709401	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017559	GCGCCG	2	12	717060	717071	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017559	CCGGCG	2	12	742304	742315	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017559	ACACCG	2	12	742318	742329	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_017559	AGTACG	2	12	742934	742945	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017559	GCCGGT	2	12	744566	744577	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017559	TCGGTG	2	12	752755	752766	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017559	CCGCGC	2	12	769847	769858	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
49	NC_017559	TGGCCG	2	12	808033	808044	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017559	GATCGC	2	12	848695	848706	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_017559	TTTTGC	2	12	859982	859993	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017559	ACGTCA	2	12	896706	896717	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017559	CCCGGT	2	12	901403	901414	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017559	TCCCGG	2	12	906607	906618	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017559	ACAAAG	2	12	1027888	1027899	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017559	CGGCTC	2	12	1126998	1127009	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017559	CGGTGT	2	12	1152683	1152694	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017559	GCGCCG	2	12	1152696	1152707	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017559	CGGGGC	2	12	1176596	1176607	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017559	AGGGGG	2	12	1178411	1178422	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017559	TCCGTG	2	12	1192671	1192682	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017559	GGCGCG	2	12	1221051	1221062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017559	CTGTTT	2	12	1256581	1256592	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017559	CGCGCT	2	12	1257383	1257394	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017559	CGCCGG	2	12	1261197	1261208	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017559	CGATCC	2	12	1270133	1270144	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_017559	CCGCGC	2	12	1394462	1394473	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
68	NC_017559	CCGGTG	2	12	1458231	1458242	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017559	GAAAAA	2	12	1486143	1486154	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017559	TCGGGC	2	12	1486451	1486462	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017559	AGGGAC	2	12	1486806	1486817	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017559	CTCGCG	2	12	1517501	1517512	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017559	TGAGGC	2	12	1517855	1517866	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_017559	AGACCG	2	12	1534209	1534220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017559	TTTTCA	2	12	1571346	1571357	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017559	ATGGCC	2	12	1617705	1617716	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_017559	GTATCG	2	12	1660469	1660480	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017559	CTTGAC	5	30	1699243	1699272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017559	TTCCGC	2	12	1720797	1720808	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017559	GTTGCC	2	12	1793199	1793210	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017559	CGGCAT	2	12	1798131	1798142	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_017559	TTTGGC	2	12	1807217	1807228	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017559	GAGGGT	2	12	1874527	1874538	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017559	CGGCCA	2	12	1879916	1879927	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017559	GCGGCC	2	12	1879935	1879946	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
86	NC_017559	ATTGAA	2	12	1914404	1914415	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017559	GATAAT	2	12	1914534	1914545	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017559	GCCGGC	2	12	1915621	1915632	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_017559	TCAACC	2	12	1915672	1915683	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017559	TCACCG	2	12	1951546	1951557	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017559	GAGGCC	2	12	2001178	2001189	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017559	CCGAGG	2	12	2003265	2003276	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_017559	GCTCCG	2	12	2123389	2123400	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017559	TGCCGG	2	12	2173000	2173011	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017559	CTTCGT	2	12	2173079	2173090	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017559	TTTGAC	2	12	2188861	2188872	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017559	GGATTT	2	12	2195551	2195562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017559	CTTTTT	2	12	2223862	2223873	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017559	CGATGA	2	12	2242864	2242875	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017559	TTTACG	2	12	2273181	2273192	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017559	GCAAAA	2	12	2296853	2296864	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017559	TACGGC	2	12	2322444	2322455	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017559	GATTGG	2	12	2415649	2415660	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017559	CCGGGC	2	12	2440736	2440747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017559	GCCGGG	2	12	2518693	2518704	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017559	GTCATG	2	12	2521119	2521130	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017559	GCGGTC	2	12	2581321	2581332	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017559	GCATCC	2	12	2629364	2629375	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017559	GCCCGC	2	12	2639157	2639168	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_017559	GCTCGC	2	12	2639191	2639202	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017559	GCGCCG	2	12	2676432	2676443	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
112	NC_017559	GACCTC	2	12	2698385	2698396	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017559	AAACGG	2	12	2716001	2716012	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017559	AAGTGA	2	12	2727703	2727714	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017559	TTGAAT	2	12	2736103	2736114	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017559	GGCCGC	2	12	2738088	2738099	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017559	CAGTGG	2	12	2750321	2750332	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017559	AGATGC	2	12	2762217	2762228	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017559	GGAATG	2	12	2777222	2777233	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017559	AAACGG	2	12	2788274	2788285	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017559	CCCGCA	2	12	2831944	2831955	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
122	NC_017559	CGGGCC	2	12	2834641	2834652	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017559	GACGCC	2	12	2860307	2860318	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017559	AGGTGC	2	12	2875193	2875204	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017559	CGCCCG	2	12	2877534	2877545	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_017559	CAGAAA	2	12	2920870	2920881	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017559	ATTCGA	2	12	2926418	2926429	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_017559	GTCTGT	2	12	2956691	2956702	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017559	CCGTCA	2	12	2988044	2988055	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_017559	TCGCGT	2	12	3000160	3000171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017559	GCCGTG	2	12	3009435	3009446	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017559	GCCGGG	2	12	3018889	3018900	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_017559	ATGCGT	2	12	3028266	3028277	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017559	TTCCGT	2	12	3032926	3032937	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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136	NC_017559	GCCGGG	2	12	3040762	3040773	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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139	NC_017559	TCTTCC	2	12	3082017	3082028	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_017559	CGGGCC	2	12	3085729	3085740	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017559	CGCCGG	2	12	3103334	3103345	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017559	GTCTGT	2	12	3128748	3128759	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_017559	TGGCGA	2	12	3146901	3146912	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_017559	GGCCGC	2	12	3152435	3152446	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017559	GCCCCG	2	12	3183153	3183164	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
146	NC_017559	TGCCGC	2	12	3192806	3192817	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
147	NC_017559	TGCCAT	2	12	3208125	3208136	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_017559	CTGCGC	2	12	3208191	3208202	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
149	NC_017559	TGCCGA	2	12	3208911	3208922	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017559	GCGGCA	3	18	3223298	3223315	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_017559	GCAGCG	2	12	3223349	3223360	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017559	GCTGTC	2	12	3226865	3226876	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
153	NC_017559	CCGGCA	2	12	3227227	3227238	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
154	NC_017559	TCCGTG	2	12	3266693	3266704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017559	CACGGC	2	12	3276211	3276222	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
156	NC_017559	CCCGGC	2	12	3276269	3276280	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
157	NC_017559	GACAGC	2	12	3287065	3287076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017559	CACAGA	2	12	3313084	3313095	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
159	NC_017559	CATCCC	2	12	3315055	3315066	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
160	NC_017559	TCCGGG	2	12	3318513	3318524	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_017559	TCCATT	2	12	3321925	3321936	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_017559	CACCAA	2	12	3331346	3331357	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
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167	NC_017559	GCCCCG	2	12	3400166	3400177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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169	NC_017559	TGCGCG	2	12	3455079	3455090	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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171	NC_017559	CGGCGC	2	12	3481480	3481491	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.