MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 2

Total Repeats: 180

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017552	CGGAGA	2	12	1040	1051	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386076038
2	NC_017552	AGGAGA	2	12	2883	2894	50 %	0 %	50 %	0 %	386076039
3	NC_017552	TTCTTT	2	12	4075	4086	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076040
4	NC_017552	GAACCG	2	12	4512	4523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386076040
5	NC_017552	AAAAGA	2	12	8973	8984	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386076044
6	NC_017552	ATTTTT	2	12	12282	12293	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386076047
7	NC_017552	TTTGAC	2	12	12923	12934	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076048
8	NC_017552	TTCCAA	2	12	18743	18754	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386076052
9	NC_017552	TGGAAT	2	12	19068	19079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386076052
10	NC_017552	TGGAAG	2	12	20823	20834	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017552	TTTAGA	2	12	21752	21763	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386076055
12	NC_017552	TAAATT	2	12	22117	22128	50 %	50 %	0 %	0 %	386076055
13	NC_017552	GGAAAA	2	12	22416	22427	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386076056
14	NC_017552	GGATTT	2	12	22718	22729	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386076056
15	NC_017552	TTTTGT	2	12	24249	24260	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386076058
16	NC_017552	AAAAAT	2	12	25500	25511	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386076059
17	NC_017552	GAAAAA	2	12	25718	25729	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386076059
18	NC_017552	GACGGA	2	12	32288	32299	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386076067
19	NC_017552	CTTGGA	2	12	32658	32669	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076068
20	NC_017552	TGATCG	2	12	34079	34090	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076070
21	NC_017552	TTCTCT	2	12	35048	35059	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017552	AATAGT	2	12	35662	35673	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017552	GAAAAA	2	12	36808	36819	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386076072
24	NC_017552	GGAAAA	2	12	37030	37041	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386076072
25	NC_017552	TGGAAT	2	12	38590	38601	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386076073
26	NC_017552	GTTTAA	2	12	45564	45575	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386076080
27	NC_017552	ATTCTA	2	12	45990	46001	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386076080
28	NC_017552	CGGAAT	2	12	48083	48094	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386076082
29	NC_017552	AACCAA	2	12	50678	50689	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386076084
30	NC_017552	GAATTA	2	12	54322	54333	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386076088
31	NC_017552	TAGGGG	2	12	54474	54485	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	386076088
32	NC_017552	TTTTCT	2	12	71096	71107	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076101
33	NC_017552	GGAAAT	2	12	72134	72145	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386076101
34	NC_017552	AAAAAC	2	12	73837	73848	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017552	AGTTTT	2	12	79349	79360	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076109
36	NC_017552	TTGAAC	2	12	79966	79977	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386076109
37	NC_017552	TTTCTT	2	12	81963	81974	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076112
38	NC_017552	CAAAAA	2	12	85115	85126	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386076114
39	NC_017552	GAAAAA	2	12	85160	85171	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386076114
40	NC_017552	AGCAGA	2	12	86158	86169	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386076114
41	NC_017552	AAAAAT	2	12	86309	86320	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386076114
42	NC_017552	ATAGAA	2	12	89054	89065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386076116
43	NC_017552	TTGCTT	2	12	89211	89222	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386076116
44	NC_017552	TTTCGA	2	12	90137	90148	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017552	TTTTTC	2	12	90895	90906	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076117
46	NC_017552	TTTAAT	2	12	91545	91556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017552	GAATTC	2	12	94718	94729	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386076121
48	NC_017552	TTTCTT	2	12	99058	99069	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076124
49	NC_017552	AAATTT	2	12	101735	101746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017552	TGGAAC	2	12	102078	102089	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386076126
51	NC_017552	AAACCA	2	12	102457	102468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	386076126
52	NC_017552	TCTAAT	2	12	105154	105165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386076128
53	NC_017552	ATGAAT	2	12	106403	106414	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017552	TTCGAT	2	12	106896	106907	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076129
55	NC_017552	CAAAGT	2	12	107614	107625	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386076130
56	NC_017552	ATCTAT	2	12	117154	117165	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017552	TTTTCA	2	12	118926	118937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386076139
58	NC_017552	TTGCAG	2	12	122299	122310	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076142
59	NC_017552	AGATCA	2	12	125912	125923	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017552	GTTTTT	2	12	126711	126722	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017552	TCAAAA	2	12	127729	127740	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386076145
62	NC_017552	TTGGGA	2	12	128232	128243	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	386076145
63	NC_017552	TTTCAA	2	12	128504	128515	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386076145
64	NC_017552	TAAAAA	2	12	129877	129888	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017552	GTTAAT	2	12	131184	131195	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386076148
66	NC_017552	TTTCTT	2	12	131585	131596	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076148
67	NC_017552	CAATTT	2	12	137192	137203	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386076151
68	NC_017552	TGCCAT	2	12	138240	138251	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386076152
69	NC_017552	AAAACT	2	12	138741	138752	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386076153
70	NC_017552	GATAAA	2	12	142351	142362	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	386076156
71	NC_017552	CTTTTG	2	12	143254	143265	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386076157
72	NC_017552	TTTTTG	2	12	144902	144913	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386076159
73	NC_017552	TCTAAC	2	12	146101	146112	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	386076160
74	NC_017552	CAAGTC	2	12	148208	148219	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386076161
75	NC_017552	CTTTTT	2	12	149414	149425	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076163
76	NC_017552	AGTGCG	2	12	150581	150592	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	386076163
77	NC_017552	TGTCTT	2	12	152932	152943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386076166
78	NC_017552	TTTTCG	2	12	154638	154649	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386076168
79	NC_017552	TCTGGA	2	12	155631	155642	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076169
80	NC_017552	TTCCGA	2	12	156343	156354	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386076169
81	NC_017552	CGGTTA	2	12	167194	167205	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076177
82	NC_017552	AAAATT	2	12	167478	167489	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386076177
83	NC_017552	AAGGGA	2	12	171732	171743	50 %	0 %	50 %	0 %	386076181
84	NC_017552	GTTCAG	2	12	172467	172478	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	386076182
85	NC_017552	CGATTT	2	12	173240	173251	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076182
86	NC_017552	AAAAGA	2	12	176952	176963	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386076184
87	NC_017552	TAAAAA	2	12	179383	179394	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386076185
88	NC_017552	TTGATT	2	12	179429	179440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076185
89	NC_017552	TCGGCC	2	12	181002	181013	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_017552	AAGGAA	2	12	181973	181984	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386076187
91	NC_017552	GTAGAA	2	12	187376	187387	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386076191
92	NC_017552	AGTGTA	2	12	187927	187938	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386076192
93	NC_017552	TTTTCT	2	12	189758	189769	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386076194
94	NC_017552	AATAAA	2	12	189931	189942	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386076194
95	NC_017552	AGAAAG	2	12	193712	193723	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386076197
96	NC_017552	TTTTGA	2	12	194863	194874	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076198
97	NC_017552	TTTTGA	2	12	196333	196344	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076199
98	NC_017552	ATCGTT	2	12	198827	198838	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076201
99	NC_017552	GATTTT	2	12	200302	200313	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076202
100	NC_017552	TTTTTA	2	12	200916	200927	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386076203
101	NC_017552	TGATTT	2	12	202169	202180	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076203
102	NC_017552	GTGAAT	2	12	202728	202739	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386076204
103	NC_017552	AAATCC	2	12	202850	202861	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386076204
104	NC_017552	TTATAT	2	12	204259	204270	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386076205
105	NC_017552	TACGTT	2	12	204325	204336	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076205
106	NC_017552	AACGAA	2	12	205870	205881	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386076206
107	NC_017552	ATTTTT	2	12	209048	209059	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386076210
108	NC_017552	AGTCAA	2	12	209285	209296	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017552	ATTCTG	2	12	209904	209915	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076211
110	NC_017552	AATCCA	2	12	210949	210960	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386076211
111	NC_017552	TTTCAG	2	12	218134	218145	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386076217
112	NC_017552	TATTCA	2	12	218364	218375	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386076217
113	NC_017552	AAATAC	2	12	221775	221786	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386076218
114	NC_017552	GTATTT	2	12	224527	224538	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076220
115	NC_017552	TTAAAA	2	12	232436	232447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017552	ATCAAT	2	12	232921	232932	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386076225
117	NC_017552	ATCAAA	2	12	234234	234245	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017552	ACAAAA	2	12	234323	234334	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017552	ACCACT	2	12	234627	234638	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386076227
120	NC_017552	TGTTTC	2	12	235656	235667	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386076227
121	NC_017552	TTTGAT	2	12	236166	236177	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017552	GATTTT	2	12	237429	237440	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386076228
123	NC_017552	AAATTC	2	12	238447	238458	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386076228
124	NC_017552	TGGAAT	2	12	238517	238528	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386076228
125	NC_017552	GTAGAA	2	12	243101	243112	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386076232
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129	NC_017552	TGGCTT	2	12	258194	258205	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	386076242
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149	NC_017552	GAAACA	2	12	296436	296447	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.