MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 2

Total Repeats: 408

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017552	AAATC	2	10	67	76	60 %	20 %	0 %	20 %	386076038
2	NC_017552	AGAAA	2	10	799	808	80 %	0 %	20 %	0 %	386076038
3	NC_017552	GGTCT	2	10	922	931	0 %	40 %	40 %	20 %	386076038
4	NC_017552	TTTTG	2	10	3601	3610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017552	TTTAA	2	10	5011	5020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017552	GTTTT	2	10	6590	6599	0 %	80 %	20 %	0 %	386076042
7	NC_017552	GAGAA	2	10	7649	7658	60 %	0 %	40 %	0 %	386076043
8	NC_017552	AAAGA	2	10	10501	10510	80 %	0 %	20 %	0 %	386076045
9	NC_017552	GAATC	2	10	11568	11577	40 %	20 %	20 %	20 %	386076046
10	NC_017552	ATCAA	2	10	11833	11842	60 %	20 %	0 %	20 %	386076046
11	NC_017552	TCAAA	2	10	12480	12489	60 %	20 %	0 %	20 %	386076047
12	NC_017552	GATCC	2	10	12687	12696	20 %	20 %	20 %	40 %	386076047
13	NC_017552	AAGAA	2	10	13243	13252	80 %	0 %	20 %	0 %	386076048
14	NC_017552	TCTAT	2	10	14011	14020	20 %	60 %	0 %	20 %	386076049
15	NC_017552	CAAAA	2	10	14402	14411	80 %	0 %	0 %	20 %	386076049
16	NC_017552	AGGTA	2	10	15307	15316	40 %	20 %	40 %	0 %	386076050
17	NC_017552	ACAAA	2	10	15476	15485	80 %	0 %	0 %	20 %	386076050
18	NC_017552	CAAAA	2	10	16945	16954	80 %	0 %	0 %	20 %	386076051
19	NC_017552	TGGTT	2	10	19158	19167	0 %	60 %	40 %	0 %	386076052
20	NC_017552	GTTAA	2	10	19611	19620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017552	GATTT	2	10	19699	19708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017552	TGTAT	2	10	20136	20145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017552	CCCTA	2	10	20168	20177	20 %	20 %	0 %	60 %	386076054
24	NC_017552	TGTCC	2	10	21281	21290	0 %	40 %	20 %	40 %	386076055
25	NC_017552	CTATT	2	10	21399	21408	20 %	60 %	0 %	20 %	386076055
26	NC_017552	ATTGA	2	10	22167	22176	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017552	CCCTA	2	10	22199	22208	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_017552	TTTGA	2	10	22255	22264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017552	AAGAA	2	10	23607	23616	80 %	0 %	20 %	0 %	386076057
30	NC_017552	TACTT	2	10	24324	24333	20 %	60 %	0 %	20 %	386076058
31	NC_017552	AGGGG	2	10	24373	24382	20 %	0 %	80 %	0 %	386076058
32	NC_017552	GAATA	2	10	24934	24943	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017552	GTAGG	2	10	25634	25643	20 %	20 %	60 %	0 %	386076059
34	NC_017552	CTAAC	2	10	26855	26864	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017552	TAAGT	2	10	27237	27246	40 %	40 %	20 %	0 %	386076061
36	NC_017552	ATATC	2	10	28171	28180	40 %	40 %	0 %	20 %	386076062
37	NC_017552	CAAAA	2	10	28818	28827	80 %	0 %	0 %	20 %	386076063
38	NC_017552	TGGCT	2	10	29684	29693	0 %	40 %	40 %	20 %	386076063
39	NC_017552	ATTAA	2	10	30558	30567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017552	GTTTT	2	10	30933	30942	0 %	80 %	20 %	0 %	386076065
41	NC_017552	GAATT	2	10	31146	31155	40 %	40 %	20 %	0 %	386076065
42	NC_017552	GAATA	2	10	31344	31353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017552	AAAAT	2	10	33608	33617	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017552	CTTTT	2	10	33763	33772	0 %	80 %	0 %	20 %	386076070
45	NC_017552	GAAAA	2	10	34196	34205	80 %	0 %	20 %	0 %	386076070
46	NC_017552	TTTTC	2	10	34227	34236	0 %	80 %	0 %	20 %	386076070
47	NC_017552	ATTCT	2	10	35956	35965	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017552	ACTCC	2	10	36056	36065	20 %	20 %	0 %	60 %	386076072
49	NC_017552	ATCAA	2	10	36230	36239	60 %	20 %	0 %	20 %	386076072
50	NC_017552	CCCAC	2	10	37644	37653	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_017552	TGGTT	2	10	38680	38689	0 %	60 %	40 %	0 %	386076073
52	NC_017552	TTCTA	2	10	39936	39945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017552	AAATC	2	10	40550	40559	60 %	20 %	0 %	20 %	386076074
54	NC_017552	TAAAG	2	10	41918	41927	60 %	20 %	20 %	0 %	386076076
55	NC_017552	CTTTA	2	10	42181	42190	20 %	60 %	0 %	20 %	386076076
56	NC_017552	TTTTC	2	10	42725	42734	0 %	80 %	0 %	20 %	386076077
57	NC_017552	TGGAT	2	10	44957	44966	20 %	40 %	40 %	0 %	386076079
58	NC_017552	TTTCC	2	10	45109	45118	0 %	60 %	0 %	40 %	386076079
59	NC_017552	CGGAA	2	10	45143	45152	40 %	0 %	40 %	20 %	386076079
60	NC_017552	ATTGG	2	10	45461	45470	20 %	40 %	40 %	0 %	386076079
61	NC_017552	ATTTT	2	10	47357	47366	20 %	80 %	0 %	0 %	386076081
62	NC_017552	ACTTG	2	10	47634	47643	20 %	40 %	20 %	20 %	386076081
63	NC_017552	ATTTT	2	10	47813	47822	20 %	80 %	0 %	0 %	386076081
64	NC_017552	TCCGT	2	10	48608	48617	0 %	40 %	20 %	40 %	386076082
65	NC_017552	ATATT	2	10	48627	48636	40 %	60 %	0 %	0 %	386076082
66	NC_017552	AATTT	2	10	50873	50882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017552	CAATA	2	10	51142	51151	60 %	20 %	0 %	20 %	386076085
68	NC_017552	TGGAT	2	10	54234	54243	20 %	40 %	40 %	0 %	386076088
69	NC_017552	ATTGA	2	10	55468	55477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017552	ATGAA	2	10	55561	55570	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017552	TTTAT	2	10	56188	56197	20 %	80 %	0 %	0 %	386076090
72	NC_017552	TGGTT	2	10	56708	56717	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017552	GGTTC	2	10	57741	57750	0 %	40 %	40 %	20 %	386076091
74	NC_017552	CTAAA	2	10	57925	57934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017552	TTTAA	2	10	58516	58525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017552	CGGTC	2	10	58755	58764	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017552	GTGTT	2	10	59367	59376	0 %	60 %	40 %	0 %	386076092
78	NC_017552	TTGTT	2	10	59860	59869	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017552	TGCTT	2	10	60177	60186	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017552	TTCAG	2	10	60502	60511	20 %	40 %	20 %	20 %	386076093
81	NC_017552	GGAAA	2	10	62051	62060	60 %	0 %	40 %	0 %	386076095
82	NC_017552	TTGTT	2	10	62194	62203	0 %	80 %	20 %	0 %	386076095
83	NC_017552	ACGAA	2	10	62474	62483	60 %	0 %	20 %	20 %	386076095
84	NC_017552	ACTTT	2	10	63619	63628	20 %	60 %	0 %	20 %	386076096
85	NC_017552	TAAAA	2	10	68825	68834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017552	AAAAC	2	10	69655	69664	80 %	0 %	0 %	20 %	386076099
87	NC_017552	TTTAT	2	10	72406	72415	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017552	TATTT	2	10	72559	72568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017552	TGAAA	2	10	75728	75737	60 %	20 %	20 %	0 %	386076105
90	NC_017552	TTTAT	2	10	77174	77183	20 %	80 %	0 %	0 %	386076107
91	NC_017552	AAACT	2	10	78239	78248	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017552	TTTTG	2	10	78984	78993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017552	GTGAA	2	10	80047	80056	40 %	20 %	40 %	0 %	386076109
94	NC_017552	ACCCA	2	10	82096	82105	40 %	0 %	0 %	60 %	386076112
95	NC_017552	ATTTC	2	10	82984	82993	20 %	60 %	0 %	20 %	386076113
96	NC_017552	ATTTG	2	10	83009	83018	20 %	60 %	20 %	0 %	386076113
97	NC_017552	TCCTT	2	10	83794	83803	0 %	60 %	0 %	40 %	386076113
98	NC_017552	AATAA	2	10	83896	83905	80 %	20 %	0 %	0 %	386076113
99	NC_017552	CAGAT	2	10	84498	84507	40 %	20 %	20 %	20 %	386076114
100	NC_017552	GTATT	2	10	85532	85541	20 %	60 %	20 %	0 %	386076114
101	NC_017552	CGGAT	2	10	88090	88099	20 %	20 %	40 %	20 %	386076115
102	NC_017552	GATTT	2	10	88525	88534	20 %	60 %	20 %	0 %	386076115
103	NC_017552	TTTGA	2	10	88966	88975	20 %	60 %	20 %	0 %	386076116
104	NC_017552	CAAGA	2	10	90220	90229	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017552	TAAAA	2	10	91527	91536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017552	AAGAT	2	10	93229	93238	60 %	20 %	20 %	0 %	386076120
107	NC_017552	TTTCT	2	10	93472	93481	0 %	80 %	0 %	20 %	386076120
108	NC_017552	GGTCC	2	10	94193	94202	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017552	AATCG	2	10	97553	97562	40 %	20 %	20 %	20 %	386076124
110	NC_017552	ATATT	2	10	98917	98926	40 %	60 %	0 %	0 %	386076124
111	NC_017552	TGAAA	2	10	99827	99836	60 %	20 %	20 %	0 %	386076124
112	NC_017552	TGGAG	2	10	100583	100592	20 %	20 %	60 %	0 %	386076124
113	NC_017552	GAAAC	2	10	101329	101338	60 %	0 %	20 %	20 %	386076125
114	NC_017552	TCCTG	2	10	101373	101382	0 %	40 %	20 %	40 %	386076125
115	NC_017552	GGCGT	2	10	102381	102390	0 %	20 %	60 %	20 %	386076126
116	NC_017552	TAAAA	2	10	102968	102977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017552	TCGCT	2	10	104690	104699	0 %	40 %	20 %	40 %	386076128
118	NC_017552	TTTTG	2	10	105423	105432	0 %	80 %	20 %	0 %	386076128
119	NC_017552	TATGA	2	10	106515	106524	40 %	40 %	20 %	0 %	386076129
120	NC_017552	TTTAC	2	10	107002	107011	20 %	60 %	0 %	20 %	386076129
121	NC_017552	GAATA	2	10	108991	109000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017552	TTTCC	2	10	110940	110949	0 %	60 %	0 %	40 %	386076132
123	NC_017552	ATTCT	2	10	111460	111469	20 %	60 %	0 %	20 %	386076133
124	NC_017552	CGTTT	2	10	111929	111938	0 %	60 %	20 %	20 %	386076133
125	NC_017552	TTTAT	2	10	112454	112463	20 %	80 %	0 %	0 %	386076133
126	NC_017552	CCTCC	2	10	113564	113573	0 %	20 %	0 %	80 %	386076133
127	NC_017552	TAAAA	2	10	113908	113917	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017552	ATATA	2	10	114037	114046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017552	TGGTT	2	10	115086	115095	0 %	60 %	40 %	0 %	386076134
130	NC_017552	ATTGG	2	10	116113	116122	20 %	40 %	40 %	0 %	386076135
131	NC_017552	AAAAG	2	10	116809	116818	80 %	0 %	20 %	0 %	386076136
132	NC_017552	GTCTT	2	10	117209	117218	0 %	60 %	20 %	20 %	386076137
133	NC_017552	GAAAA	2	10	120419	120428	80 %	0 %	20 %	0 %	386076141
134	NC_017552	TTGCC	2	10	121164	121173	0 %	40 %	20 %	40 %	386076141
135	NC_017552	ACAAA	2	10	121697	121706	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017552	GAAAA	2	10	121977	121986	80 %	0 %	20 %	0 %	386076142
137	NC_017552	ATAGA	2	10	124227	124236	60 %	20 %	20 %	0 %	386076143
138	NC_017552	AATTT	2	10	124574	124583	40 %	60 %	0 %	0 %	386076144
139	NC_017552	TATAA	2	10	126002	126011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017552	CATTT	2	10	126035	126044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017552	ATCAA	2	10	127509	127518	60 %	20 %	0 %	20 %	386076145
142	NC_017552	CTTCT	2	10	128014	128023	0 %	60 %	0 %	40 %	386076145
143	NC_017552	AATTT	2	10	128084	128093	40 %	60 %	0 %	0 %	386076145
144	NC_017552	CTCTA	2	10	129890	129899	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017552	TGAAT	2	10	131012	131021	40 %	40 %	20 %	0 %	386076147
146	NC_017552	TCTTT	2	10	132286	132295	0 %	80 %	0 %	20 %	386076149
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148	NC_017552	CTTTT	2	10	132570	132579	0 %	80 %	0 %	20 %	386076149
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151	NC_017552	GATTG	2	10	133957	133966	20 %	40 %	40 %	0 %	386076150
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153	NC_017552	GTTTT	2	10	134775	134784	0 %	80 %	20 %	0 %	386076150
154	NC_017552	TAGTT	2	10	134893	134902	20 %	60 %	20 %	0 %	386076150
155	NC_017552	AAAAT	2	10	135449	135458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017552	CAATA	2	10	135558	135567	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017552	TTCTT	2	10	138215	138224	0 %	80 %	0 %	20 %	386076152
158	NC_017552	AGAAT	2	10	139120	139129	60 %	20 %	20 %	0 %	386076153
159	NC_017552	GTTTT	2	10	139341	139350	0 %	80 %	20 %	0 %	386076153
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163	NC_017552	ATTGT	2	10	143533	143542	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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165	NC_017552	TGATT	2	10	144029	144038	20 %	60 %	20 %	0 %	386076158
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173	NC_017552	TATAA	2	10	152310	152319	60 %	40 %	0 %	0 %	386076166
174	NC_017552	TATAA	2	10	153901	153910	60 %	40 %	0 %	0 %	386076167
175	NC_017552	TCGAT	2	10	156900	156909	20 %	40 %	20 %	20 %	386076170
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179	NC_017552	CTATT	2	10	162189	162198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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182	NC_017552	ACTTT	2	10	166251	166260	20 %	60 %	0 %	20 %	386076177
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188	NC_017552	GTTTC	2	10	170049	170058	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
189	NC_017552	TGGAT	2	10	171305	171314	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_017552	TAAAA	2	10	175469	175478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017552	GGTTT	2	10	176047	176056	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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244	NC_017552	CATTG	2	10	223041	223050	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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246	NC_017552	TTTAT	2	10	225361	225370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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249	NC_017552	ATTTA	2	10	227892	227901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_017552	ATTAT	2	10	228445	228454	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_017552	AGAAT	2	10	231322	231331	60 %	20 %	20 %	0 %	386076224
252	NC_017552	TAGAA	2	10	232238	232247	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
253	NC_017552	CTTCT	2	10	232279	232288	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
254	NC_017552	TCGAA	2	10	232831	232840	40 %	20 %	20 %	20 %	386076225
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258	NC_017552	TTCAG	2	10	236100	236109	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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262	NC_017552	TTTCT	2	10	237634	237643	0 %	80 %	0 %	20 %	386076228
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264	NC_017552	TTTTA	2	10	238790	238799	20 %	80 %	0 %	0 %	386076228
265	NC_017552	GATTT	2	10	238923	238932	20 %	60 %	20 %	0 %	386076228
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267	NC_017552	ATTTT	2	10	239695	239704	20 %	80 %	0 %	0 %	386076229
268	NC_017552	TAAAA	2	10	240600	240609	80 %	20 %	0 %	0 %	386076230
269	NC_017552	ATTTT	2	10	240797	240806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017552	AATTT	2	10	241017	241026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017552	AATCG	2	10	241696	241705	40 %	20 %	20 %	20 %	386076231
272	NC_017552	TTATT	2	10	242131	242140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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274	NC_017552	ATTAA	2	10	242798	242807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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394	NC_017552	AAAAG	2	10	346415	346424	80 %	0 %	20 %	0 %	386076321
395	NC_017552	CTTGA	2	10	347523	347532	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
396	NC_017552	ATTTT	2	10	347611	347620	20 %	80 %	0 %	0 %	386076322
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399	NC_017552	TTTAA	2	10	351269	351278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
400	NC_017552	GAAAT	2	10	351812	351821	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
401	NC_017552	TTTTA	2	10	351849	351858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
402	NC_017552	CTTTT	2	10	351983	351992	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
403	NC_017552	TTTCA	2	10	353948	353957	20 %	60 %	0 %	20 %	386076326
404	NC_017552	AATGA	2	10	355190	355199	60 %	20 %	20 %	0 %	386076327
405	NC_017552	AAAGC	2	10	355718	355727	60 %	0 %	20 %	20 %	386076327
406	NC_017552	CAAAT	2	10	356339	356348	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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408	NC_017552	TGGAA	2	10	359009	359018	40 %	20 %	40 %	0 %	386076330

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.