MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 2

Total Repeats: 113

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017552	TTTTG	2	10	3601	3610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017552	TTTAA	2	10	5011	5020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017552	GTTAA	2	10	19611	19620	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017552	GATTT	2	10	19699	19708	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017552	TGTAT	2	10	20136	20145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017552	ATTGA	2	10	22167	22176	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017552	CCCTA	2	10	22199	22208	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_017552	TTTGA	2	10	22255	22264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017552	GAATA	2	10	24934	24943	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017552	CTAAC	2	10	26855	26864	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017552	ATTAA	2	10	30558	30567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017552	GAATA	2	10	31344	31353	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017552	AAAAT	2	10	33608	33617	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017552	ATTCT	2	10	35956	35965	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017552	CCCAC	2	10	37644	37653	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_017552	TTCTA	2	10	39936	39945	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017552	AATTT	2	10	50873	50882	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017552	ATTGA	2	10	55468	55477	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017552	ATGAA	2	10	55561	55570	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017552	TGGTT	2	10	56708	56717	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017552	CTAAA	2	10	57925	57934	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017552	TTTAA	2	10	58516	58525	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017552	CGGTC	2	10	58755	58764	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017552	TTGTT	2	10	59860	59869	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017552	TGCTT	2	10	60177	60186	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017552	TAAAA	2	10	68825	68834	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017552	TTTAT	2	10	72406	72415	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017552	TATTT	2	10	72559	72568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017552	AAACT	2	10	78239	78248	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017552	TTTTG	2	10	78984	78993	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017552	CAAGA	2	10	90220	90229	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017552	TAAAA	2	10	91527	91536	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017552	GGTCC	2	10	94193	94202	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017552	TAAAA	2	10	102968	102977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017552	GAATA	2	10	108991	109000	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017552	TAAAA	2	10	113908	113917	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017552	ATATA	2	10	114037	114046	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017552	ACAAA	2	10	121697	121706	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017552	TATAA	2	10	126002	126011	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017552	CATTT	2	10	126035	126044	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017552	CTCTA	2	10	129890	129899	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017552	AAAAT	2	10	135449	135458	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017552	CAATA	2	10	135558	135567	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017552	CGTTT	2	10	140753	140762	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017552	ATTGT	2	10	143533	143542	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017552	AAAAT	2	10	160726	160735	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017552	ACAAA	2	10	161971	161980	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017552	CTATT	2	10	162189	162198	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017552	GAATT	2	10	169787	169796	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017552	GTTTC	2	10	170049	170058	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017552	TGGAT	2	10	171305	171314	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017552	TTAAA	2	10	171564	171573	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017552	TAAAA	2	10	175469	175478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017552	GGTTT	2	10	176047	176056	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017552	GAAAT	2	10	176580	176589	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017552	TTTTA	2	10	180027	180036	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017552	AATTT	2	10	180365	180374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017552	ATTTT	2	10	188851	188860	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017552	GAATT	2	10	190548	190557	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017552	ATTTT	2	10	195642	195651	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017552	TATTC	2	10	206772	206781	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017552	TAAAG	2	10	219219	219228	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017552	GATTC	2	10	219589	219598	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017552	CATTG	2	10	223041	223050	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017552	GTCTT	2	10	223327	223336	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017552	TTTAT	2	10	225361	225370	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017552	ATTTA	2	10	227892	227901	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017552	ATTAT	2	10	228445	228454	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017552	TAGAA	2	10	232238	232247	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017552	CTTCT	2	10	232279	232288	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017552	TTCAG	2	10	236100	236109	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017552	TAAAA	2	10	239247	239256	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017552	ATTTT	2	10	240797	240806	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017552	AATTT	2	10	241017	241026	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017552	TTATT	2	10	242131	242140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017552	GGATT	2	10	242377	242386	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017552	ATTAA	2	10	242798	242807	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017552	GAATT	2	10	249329	249338	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017552	GATTG	2	10	250501	250510	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017552	CAAAA	2	10	250685	250694	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017552	TACAA	2	10	250741	250750	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017552	ACAAT	2	10	252479	252488	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017552	TTTGG	2	10	257191	257200	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017552	GTCTT	2	10	261077	261086	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017552	CTTAA	2	10	262297	262306	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017552	AAATT	2	10	262693	262702	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017552	AGTTA	2	10	268405	268414	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017552	AAGAA	2	10	269130	269139	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017552	CCAAT	2	10	283298	283307	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017552	TCTTT	2	10	285140	285149	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017552	ATATT	2	10	288921	288930	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017552	CCAAA	2	10	295755	295764	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
93	NC_017552	CGAAT	2	10	296896	296905	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017552	TTTGA	2	10	304873	304882	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017552	AAAAT	2	10	305444	305453	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017552	CTGAA	2	10	305469	305478	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017552	ATTTT	3	15	310125	310139	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017552	TTTTA	2	10	310314	310323	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017552	GTTTT	2	10	311038	311047	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017552	AAAAT	2	10	315581	315590	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017552	AGAAT	2	10	315845	315854	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017552	TGAAT	2	10	320880	320889	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017552	AATCA	2	10	330477	330486	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017552	TAAAA	2	10	332517	332526	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017552	AAGTC	2	10	340131	340140	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017552	AAAAT	2	10	340632	340641	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017552	CTTGA	2	10	347523	347532	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017552	ATTAA	2	10	350997	351006	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017552	TTTAA	2	10	351269	351278	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017552	GAAAT	2	10	351812	351821	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017552	TTTTA	2	10	351849	351858	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017552	CTTTT	2	10	351983	351992	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017552	CAAAT	2	10	356339	356348	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.