MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 2

Total Repeats: 295

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017552	AAATC	2	10	67	76	60 %	20 %	0 %	20 %	386076038
2	NC_017552	AGAAA	2	10	799	808	80 %	0 %	20 %	0 %	386076038
3	NC_017552	GGTCT	2	10	922	931	0 %	40 %	40 %	20 %	386076038
4	NC_017552	GTTTT	2	10	6590	6599	0 %	80 %	20 %	0 %	386076042
5	NC_017552	GAGAA	2	10	7649	7658	60 %	0 %	40 %	0 %	386076043
6	NC_017552	AAAGA	2	10	10501	10510	80 %	0 %	20 %	0 %	386076045
7	NC_017552	GAATC	2	10	11568	11577	40 %	20 %	20 %	20 %	386076046
8	NC_017552	ATCAA	2	10	11833	11842	60 %	20 %	0 %	20 %	386076046
9	NC_017552	TCAAA	2	10	12480	12489	60 %	20 %	0 %	20 %	386076047
10	NC_017552	GATCC	2	10	12687	12696	20 %	20 %	20 %	40 %	386076047
11	NC_017552	AAGAA	2	10	13243	13252	80 %	0 %	20 %	0 %	386076048
12	NC_017552	TCTAT	2	10	14011	14020	20 %	60 %	0 %	20 %	386076049
13	NC_017552	CAAAA	2	10	14402	14411	80 %	0 %	0 %	20 %	386076049
14	NC_017552	AGGTA	2	10	15307	15316	40 %	20 %	40 %	0 %	386076050
15	NC_017552	ACAAA	2	10	15476	15485	80 %	0 %	0 %	20 %	386076050
16	NC_017552	CAAAA	2	10	16945	16954	80 %	0 %	0 %	20 %	386076051
17	NC_017552	TGGTT	2	10	19158	19167	0 %	60 %	40 %	0 %	386076052
18	NC_017552	CCCTA	2	10	20168	20177	20 %	20 %	0 %	60 %	386076054
19	NC_017552	TGTCC	2	10	21281	21290	0 %	40 %	20 %	40 %	386076055
20	NC_017552	CTATT	2	10	21399	21408	20 %	60 %	0 %	20 %	386076055
21	NC_017552	AAGAA	2	10	23607	23616	80 %	0 %	20 %	0 %	386076057
22	NC_017552	TACTT	2	10	24324	24333	20 %	60 %	0 %	20 %	386076058
23	NC_017552	AGGGG	2	10	24373	24382	20 %	0 %	80 %	0 %	386076058
24	NC_017552	GTAGG	2	10	25634	25643	20 %	20 %	60 %	0 %	386076059
25	NC_017552	TAAGT	2	10	27237	27246	40 %	40 %	20 %	0 %	386076061
26	NC_017552	ATATC	2	10	28171	28180	40 %	40 %	0 %	20 %	386076062
27	NC_017552	CAAAA	2	10	28818	28827	80 %	0 %	0 %	20 %	386076063
28	NC_017552	TGGCT	2	10	29684	29693	0 %	40 %	40 %	20 %	386076063
29	NC_017552	GTTTT	2	10	30933	30942	0 %	80 %	20 %	0 %	386076065
30	NC_017552	GAATT	2	10	31146	31155	40 %	40 %	20 %	0 %	386076065
31	NC_017552	CTTTT	2	10	33763	33772	0 %	80 %	0 %	20 %	386076070
32	NC_017552	GAAAA	2	10	34196	34205	80 %	0 %	20 %	0 %	386076070
33	NC_017552	TTTTC	2	10	34227	34236	0 %	80 %	0 %	20 %	386076070
34	NC_017552	ACTCC	2	10	36056	36065	20 %	20 %	0 %	60 %	386076072
35	NC_017552	ATCAA	2	10	36230	36239	60 %	20 %	0 %	20 %	386076072
36	NC_017552	TGGTT	2	10	38680	38689	0 %	60 %	40 %	0 %	386076073
37	NC_017552	AAATC	2	10	40550	40559	60 %	20 %	0 %	20 %	386076074
38	NC_017552	TAAAG	2	10	41918	41927	60 %	20 %	20 %	0 %	386076076
39	NC_017552	CTTTA	2	10	42181	42190	20 %	60 %	0 %	20 %	386076076
40	NC_017552	TTTTC	2	10	42725	42734	0 %	80 %	0 %	20 %	386076077
41	NC_017552	TGGAT	2	10	44957	44966	20 %	40 %	40 %	0 %	386076079
42	NC_017552	TTTCC	2	10	45109	45118	0 %	60 %	0 %	40 %	386076079
43	NC_017552	CGGAA	2	10	45143	45152	40 %	0 %	40 %	20 %	386076079
44	NC_017552	ATTGG	2	10	45461	45470	20 %	40 %	40 %	0 %	386076079
45	NC_017552	ATTTT	2	10	47357	47366	20 %	80 %	0 %	0 %	386076081
46	NC_017552	ACTTG	2	10	47634	47643	20 %	40 %	20 %	20 %	386076081
47	NC_017552	ATTTT	2	10	47813	47822	20 %	80 %	0 %	0 %	386076081
48	NC_017552	TCCGT	2	10	48608	48617	0 %	40 %	20 %	40 %	386076082
49	NC_017552	ATATT	2	10	48627	48636	40 %	60 %	0 %	0 %	386076082
50	NC_017552	CAATA	2	10	51142	51151	60 %	20 %	0 %	20 %	386076085
51	NC_017552	TGGAT	2	10	54234	54243	20 %	40 %	40 %	0 %	386076088
52	NC_017552	TTTAT	2	10	56188	56197	20 %	80 %	0 %	0 %	386076090
53	NC_017552	GGTTC	2	10	57741	57750	0 %	40 %	40 %	20 %	386076091
54	NC_017552	GTGTT	2	10	59367	59376	0 %	60 %	40 %	0 %	386076092
55	NC_017552	TTCAG	2	10	60502	60511	20 %	40 %	20 %	20 %	386076093
56	NC_017552	GGAAA	2	10	62051	62060	60 %	0 %	40 %	0 %	386076095
57	NC_017552	TTGTT	2	10	62194	62203	0 %	80 %	20 %	0 %	386076095
58	NC_017552	ACGAA	2	10	62474	62483	60 %	0 %	20 %	20 %	386076095
59	NC_017552	ACTTT	2	10	63619	63628	20 %	60 %	0 %	20 %	386076096
60	NC_017552	AAAAC	2	10	69655	69664	80 %	0 %	0 %	20 %	386076099
61	NC_017552	TGAAA	2	10	75728	75737	60 %	20 %	20 %	0 %	386076105
62	NC_017552	TTTAT	2	10	77174	77183	20 %	80 %	0 %	0 %	386076107
63	NC_017552	GTGAA	2	10	80047	80056	40 %	20 %	40 %	0 %	386076109
64	NC_017552	ACCCA	2	10	82096	82105	40 %	0 %	0 %	60 %	386076112
65	NC_017552	ATTTC	2	10	82984	82993	20 %	60 %	0 %	20 %	386076113
66	NC_017552	ATTTG	2	10	83009	83018	20 %	60 %	20 %	0 %	386076113
67	NC_017552	TCCTT	2	10	83794	83803	0 %	60 %	0 %	40 %	386076113
68	NC_017552	AATAA	2	10	83896	83905	80 %	20 %	0 %	0 %	386076113
69	NC_017552	CAGAT	2	10	84498	84507	40 %	20 %	20 %	20 %	386076114
70	NC_017552	GTATT	2	10	85532	85541	20 %	60 %	20 %	0 %	386076114
71	NC_017552	CGGAT	2	10	88090	88099	20 %	20 %	40 %	20 %	386076115
72	NC_017552	GATTT	2	10	88525	88534	20 %	60 %	20 %	0 %	386076115
73	NC_017552	TTTGA	2	10	88966	88975	20 %	60 %	20 %	0 %	386076116
74	NC_017552	AAGAT	2	10	93229	93238	60 %	20 %	20 %	0 %	386076120
75	NC_017552	TTTCT	2	10	93472	93481	0 %	80 %	0 %	20 %	386076120
76	NC_017552	AATCG	2	10	97553	97562	40 %	20 %	20 %	20 %	386076124
77	NC_017552	ATATT	2	10	98917	98926	40 %	60 %	0 %	0 %	386076124
78	NC_017552	TGAAA	2	10	99827	99836	60 %	20 %	20 %	0 %	386076124
79	NC_017552	TGGAG	2	10	100583	100592	20 %	20 %	60 %	0 %	386076124
80	NC_017552	GAAAC	2	10	101329	101338	60 %	0 %	20 %	20 %	386076125
81	NC_017552	TCCTG	2	10	101373	101382	0 %	40 %	20 %	40 %	386076125
82	NC_017552	GGCGT	2	10	102381	102390	0 %	20 %	60 %	20 %	386076126
83	NC_017552	TCGCT	2	10	104690	104699	0 %	40 %	20 %	40 %	386076128
84	NC_017552	TTTTG	2	10	105423	105432	0 %	80 %	20 %	0 %	386076128
85	NC_017552	TATGA	2	10	106515	106524	40 %	40 %	20 %	0 %	386076129
86	NC_017552	TTTAC	2	10	107002	107011	20 %	60 %	0 %	20 %	386076129
87	NC_017552	TTTCC	2	10	110940	110949	0 %	60 %	0 %	40 %	386076132
88	NC_017552	ATTCT	2	10	111460	111469	20 %	60 %	0 %	20 %	386076133
89	NC_017552	CGTTT	2	10	111929	111938	0 %	60 %	20 %	20 %	386076133
90	NC_017552	TTTAT	2	10	112454	112463	20 %	80 %	0 %	0 %	386076133
91	NC_017552	CCTCC	2	10	113564	113573	0 %	20 %	0 %	80 %	386076133
92	NC_017552	TGGTT	2	10	115086	115095	0 %	60 %	40 %	0 %	386076134
93	NC_017552	ATTGG	2	10	116113	116122	20 %	40 %	40 %	0 %	386076135
94	NC_017552	AAAAG	2	10	116809	116818	80 %	0 %	20 %	0 %	386076136
95	NC_017552	GTCTT	2	10	117209	117218	0 %	60 %	20 %	20 %	386076137
96	NC_017552	GAAAA	2	10	120419	120428	80 %	0 %	20 %	0 %	386076141
97	NC_017552	TTGCC	2	10	121164	121173	0 %	40 %	20 %	40 %	386076141
98	NC_017552	GAAAA	2	10	121977	121986	80 %	0 %	20 %	0 %	386076142
99	NC_017552	ATAGA	2	10	124227	124236	60 %	20 %	20 %	0 %	386076143
100	NC_017552	AATTT	2	10	124574	124583	40 %	60 %	0 %	0 %	386076144
101	NC_017552	ATCAA	2	10	127509	127518	60 %	20 %	0 %	20 %	386076145
102	NC_017552	CTTCT	2	10	128014	128023	0 %	60 %	0 %	40 %	386076145
103	NC_017552	AATTT	2	10	128084	128093	40 %	60 %	0 %	0 %	386076145
104	NC_017552	TGAAT	2	10	131012	131021	40 %	40 %	20 %	0 %	386076147
105	NC_017552	TCTTT	2	10	132286	132295	0 %	80 %	0 %	20 %	386076149
106	NC_017552	ATCGA	2	10	132351	132360	40 %	20 %	20 %	20 %	386076149
107	NC_017552	CTTTT	2	10	132570	132579	0 %	80 %	0 %	20 %	386076149
108	NC_017552	CAAAG	2	10	133247	133256	60 %	0 %	20 %	20 %	386076149
109	NC_017552	TTTTG	2	10	133929	133938	0 %	80 %	20 %	0 %	386076150
110	NC_017552	GATTG	2	10	133957	133966	20 %	40 %	40 %	0 %	386076150
111	NC_017552	CCATT	2	10	134406	134415	20 %	40 %	0 %	40 %	386076150
112	NC_017552	GTTTT	2	10	134775	134784	0 %	80 %	20 %	0 %	386076150
113	NC_017552	TAGTT	2	10	134893	134902	20 %	60 %	20 %	0 %	386076150
114	NC_017552	TTCTT	2	10	138215	138224	0 %	80 %	0 %	20 %	386076152
115	NC_017552	AGAAT	2	10	139120	139129	60 %	20 %	20 %	0 %	386076153
116	NC_017552	GTTTT	2	10	139341	139350	0 %	80 %	20 %	0 %	386076153
117	NC_017552	CAAGG	2	10	141212	141221	40 %	0 %	40 %	20 %	386076155
118	NC_017552	GAACT	2	10	141701	141710	40 %	20 %	20 %	20 %	386076155
119	NC_017552	AAATT	2	10	143920	143929	60 %	40 %	0 %	0 %	386076158
120	NC_017552	TGATT	2	10	144029	144038	20 %	60 %	20 %	0 %	386076158
121	NC_017552	CGATA	2	10	145893	145902	40 %	20 %	20 %	20 %	386076160
122	NC_017552	TAAAA	2	10	147160	147169	80 %	20 %	0 %	0 %	386076160
123	NC_017552	TTTTG	2	10	147248	147257	0 %	80 %	20 %	0 %	386076160
124	NC_017552	ATAAA	2	10	148117	148126	80 %	20 %	0 %	0 %	386076161
125	NC_017552	GGATT	2	10	149450	149459	20 %	40 %	40 %	0 %	386076163
126	NC_017552	AGAAT	2	10	149990	149999	60 %	20 %	20 %	0 %	386076163
127	NC_017552	CATGA	2	10	150987	150996	40 %	20 %	20 %	20 %	386076164
128	NC_017552	TATAA	2	10	152310	152319	60 %	40 %	0 %	0 %	386076166
129	NC_017552	TATAA	2	10	153901	153910	60 %	40 %	0 %	0 %	386076167
130	NC_017552	TCGAT	2	10	156900	156909	20 %	40 %	20 %	20 %	386076170
131	NC_017552	ATCCA	2	10	158436	158445	40 %	20 %	0 %	40 %	386076172
132	NC_017552	TCCTC	2	10	164753	164762	0 %	40 %	0 %	60 %	386076175
133	NC_017552	AAGAA	2	10	165683	165692	80 %	0 %	20 %	0 %	386076176
134	NC_017552	ACTTT	2	10	166251	166260	20 %	60 %	0 %	20 %	386076177
135	NC_017552	CAATT	2	10	167389	167398	40 %	40 %	0 %	20 %	386076177
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.