MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 1

Total Repeats: 2089

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017551	GTAGGA	2	12	672	683	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386072489
2	NC_017551	AATTTA	2	12	4106	4117	50 %	50 %	0 %	0 %	386072490
3	NC_017551	AAAATT	2	12	5288	5299	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072491
4	NC_017551	TGGGGT	2	12	6979	6990	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	386072493
5	NC_017551	GAAGTT	2	12	7022	7033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072493
6	NC_017551	CCTCAA	2	12	7622	7633	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	386072493
7	NC_017551	ATTATG	2	12	8117	8128	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386072493
8	NC_017551	AAGGAA	2	12	8288	8299	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072493
9	NC_017551	AATTCG	2	12	9352	9363	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386072494
10	NC_017551	TTTCTC	2	12	11110	11121	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386072495
11	NC_017551	GAAAAG	2	12	13815	13826	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072498
12	NC_017551	TTGAGA	2	12	15327	15338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072499
13	NC_017551	AAAGAG	2	12	16393	16404	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072500
14	NC_017551	GGAATC	2	12	16961	16972	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	386072500
15	NC_017551	TTTAGT	2	12	19330	19341	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386072502
16	NC_017551	CTCTTT	2	12	21383	21394	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386072505
17	NC_017551	CGGAAG	2	12	21488	21499	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	386072505
18	NC_017551	CTTTTA	2	12	23340	23351	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386072508
19	NC_017551	GAATTC	2	12	23415	23426	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386072508
20	NC_017551	ATTTTT	2	12	24164	24175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386072509
21	NC_017551	GATGGA	2	12	24798	24809	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386072509
22	NC_017551	TTGGTG	2	12	24907	24918	0 %	50 %	50 %	0 %	386072509
23	NC_017551	ATTTAT	2	12	25372	25383	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	386072509
24	NC_017551	TTTCAA	2	12	27013	27024	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386072510
25	NC_017551	AAATCC	2	12	30008	30019	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386072512
26	NC_017551	GAGAAA	2	12	35770	35781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072517
27	NC_017551	AAGAAA	2	12	41979	41990	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386072523
28	NC_017551	GGAAAA	2	12	47449	47460	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072526
29	NC_017551	GAGGAA	2	12	47582	47593	50 %	0 %	50 %	0 %	386072526
30	NC_017551	ATCTTT	2	12	49184	49195	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386072528
31	NC_017551	TCAAAC	2	12	49216	49227	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386072528
32	NC_017551	CGAAAA	2	12	54921	54932	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386072532
33	NC_017551	GGAGAT	2	12	55665	55676	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386072533
34	NC_017551	GTAGAA	2	12	56695	56706	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	386072534
35	NC_017551	TTTTGC	2	12	59865	59876	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386072537
36	NC_017551	CAATTT	2	12	60416	60427	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386072538
37	NC_017551	TAAAAG	2	12	63679	63690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017551	TTGAAT	2	12	63757	63768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017551	GATTGT	2	12	67304	67315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017551	CAAAGA	2	12	67561	67572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017551	GCGCCT	2	12	68234	68245	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	386072543
42	NC_017551	GAAACA	2	12	71600	71611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017551	TTAAAA	2	12	78665	78676	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072549
44	NC_017551	TTTTAG	2	12	81228	81239	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386072550
45	NC_017551	GAAGTT	2	12	81353	81364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072550
46	NC_017551	TTAGAT	2	12	82805	82816	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	386072550
47	NC_017551	CAAATA	2	12	88180	88191	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386072557
48	NC_017551	ACTTTT	2	12	90455	90466	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386072558
49	NC_017551	AAAAAC	2	12	90612	90623	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	386072558
50	NC_017551	TTGAAA	2	12	90741	90752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017551	TGGAAT	2	12	95771	95782	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072564
52	NC_017551	GTTTTT	2	12	99378	99389	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	386072569
53	NC_017551	TTTTGA	2	12	99819	99830	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386072569
54	NC_017551	TGAAAT	2	12	102244	102255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386072572
55	NC_017551	TTTTGC	2	12	102409	102420	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386072572
56	NC_017551	TATTCA	2	12	103668	103679	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386072573
57	NC_017551	TCTAAT	2	12	103848	103859	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	386072573
58	NC_017551	AAGAGG	2	12	105718	105729	50 %	0 %	50 %	0 %	386072574
59	NC_017551	TTGCGG	2	12	105873	105884	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	386072574
60	NC_017551	TTTTTC	2	12	110207	110218	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386072578
61	NC_017551	CTTTTT	2	12	114475	114486	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386072581
62	NC_017551	TTTCCT	2	12	116774	116785	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386072584
63	NC_017551	TGAACA	2	12	117053	117064	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386072584
64	NC_017551	TCAAAA	2	12	117362	117373	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	386072584
65	NC_017551	GAAGTT	2	12	119204	119215	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072585
66	NC_017551	TTTCTA	2	12	124140	124151	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386072589
67	NC_017551	GGAATT	2	12	124540	124551	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	386072589
68	NC_017551	TTTGTG	2	12	127477	127488	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	386072592
69	NC_017551	ACAAGA	2	12	135236	135247	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	386072601
70	NC_017551	ATAAAA	3	18	137694	137711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017551	CCTTTT	2	12	141096	141107	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	386072605
72	NC_017551	AATTAG	2	12	147096	147107	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386072609
73	NC_017551	TCTGAA	2	12	148930	148941	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386072610
74	NC_017551	AATTAA	2	12	152395	152406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072611
75	NC_017551	TACACA	2	12	153071	153082	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	386072612
76	NC_017551	AAGAGA	2	12	159356	159367	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072617
77	NC_017551	TATGAA	2	12	160624	160635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386072618
78	NC_017551	TAAAAT	2	12	161236	161247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072619
79	NC_017551	ATTAAA	2	12	161531	161542	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072619
80	NC_017551	TTGCAA	2	12	162591	162602	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386072621
81	NC_017551	CTTTTT	2	12	164064	164075	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386072621
82	NC_017551	TAAAAT	2	12	169218	169229	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	386072624
83	NC_017551	AGCCGC	2	12	169867	169878	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	386072625
84	NC_017551	CAGAAC	2	12	170293	170304	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	386072625
85	NC_017551	AGAATG	2	12	171344	171355	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017551	TTTTAT	2	12	172907	172918	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386072627
87	NC_017551	TTTGGG	2	12	180555	180566	0 %	50 %	50 %	0 %	386072632
88	NC_017551	GAACAG	2	12	180878	180889	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	386072633
89	NC_017551	AGTTCT	2	12	182633	182644	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386072633
90	NC_017551	CCGAAG	2	12	187094	187105	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	386072637
91	NC_017551	TTTCAC	2	12	188012	188023	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	386072638
92	NC_017551	AATTGC	2	12	189759	189770	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	386072639
93	NC_017551	AAAAGA	2	12	192877	192888	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386072640
94	NC_017551	TCGTTT	2	12	194751	194762	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017551	TTTTCA	2	12	197875	197886	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	386072649
96	NC_017551	TTCTGA	2	12	198441	198452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	386072650
97	NC_017551	GAAAAA	2	12	199320	199331	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386072651
98	NC_017551	TAAAAA	2	12	200560	200571	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	386072653
99	NC_017551	GTATTG	2	12	200754	200765	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	386072653
100	NC_017551	AGAATT	2	12	205490	205501	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017551	TATGAA	2	12	205758	205769	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386072659
102	NC_017551	TTAAAT	2	12	210625	210636	50 %	50 %	0 %	0 %	386072664
103	NC_017551	TAAAAT	2	12	210815	210826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017551	CAAATC	2	12	218356	218367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017551	ATTTTT	2	12	219592	219603	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	386072670
106	NC_017551	TTTTCA	2	12	221156	221167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017551	TTCCAG	2	12	225495	225506	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	386072676
108	NC_017551	AAACTG	2	12	228903	228914	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386072680
109	NC_017551	GATTTT	2	12	229015	229026	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386072680
110	NC_017551	CCGTCT	2	12	230523	230534	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	386072681
111	NC_017551	CGGGAG	2	12	231669	231680	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	386072683
112	NC_017551	AAGATC	2	12	241823	241834	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	386072691
113	NC_017551	TCTGTT	2	12	242046	242057	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017551	ATCTAA	2	12	249727	249738	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386072698
115	NC_017551	TCCAGA	2	12	250790	250801	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	386072699
116	NC_017551	TTTCTG	2	12	251065	251076	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386072699
117	NC_017551	GGAAAA	2	12	254363	254374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	386072700
118	NC_017551	TGGAGA	2	12	258304	258315	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	386072703
119	NC_017551	TTAAAC	2	12	258734	258745	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	386072703
120	NC_017551	GATATA	2	12	259276	259287	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	386072704
121	NC_017551	GAAAAA	2	12	260504	260515	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	386072706
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474	NC_017551	GATTTT	2	12	1004563	1004574	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	386073280
475	NC_017551	CTTTTT	2	12	1010425	1010436	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	386073288
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480	NC_017551	TTTTCG	2	12	1026032	1026043	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	386073299
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