MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV chromosome chromosome 1

Total Repeats: 403

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017551	TAAAAG	2	12	63679	63690	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017551	TTGAAT	2	12	63757	63768	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017551	GATTGT	2	12	67304	67315	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017551	CAAAGA	2	12	67561	67572	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017551	GAAACA	2	12	71600	71611	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_017551	TTGAAA	2	12	90741	90752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017551	ATAAAA	3	18	137694	137711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017551	AGAATG	2	12	171344	171355	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017551	TCGTTT	2	12	194751	194762	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017551	AGAATT	2	12	205490	205501	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017551	TAAAAT	2	12	210815	210826	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017551	CAAATC	2	12	218356	218367	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017551	TTTTCA	2	12	221156	221167	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017551	TCTGTT	2	12	242046	242057	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017551	ATTTTG	2	12	271061	271072	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017551	TTAAAA	2	12	280179	280190	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017551	ATTCAA	2	12	290857	290868	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017551	CTTTGT	2	12	303958	303969	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017551	TTGTTT	2	12	314267	314278	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017551	TTTTAA	2	12	315873	315884	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017551	AAAACA	2	12	325548	325559	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017551	TGAATT	2	12	330268	330279	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017551	TAAATT	2	12	349642	349653	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017551	CCACCC	2	12	350842	350853	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
25	NC_017551	AGAATA	2	12	362175	362186	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017551	CCCAAA	2	12	376930	376941	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_017551	AATTCT	2	12	389513	389524	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017551	TGAAAA	2	12	419676	419687	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017551	TATAAA	2	12	430578	430589	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017551	CGGGAA	2	12	440599	440610	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017551	ATAAAA	2	12	445145	445156	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017551	TTAATT	2	12	451497	451508	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017551	TAAAAA	2	12	455669	455680	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017551	TTGTTT	2	12	467275	467286	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017551	GAATTT	2	12	467356	467367	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017551	TGAAAT	2	12	467594	467605	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017551	TTTTGT	2	12	480001	480012	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017551	ATTGAT	2	12	483386	483397	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017551	AAATTT	2	12	483497	483508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017551	TAATTT	2	12	489078	489089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017551	AAAATT	2	12	490956	490967	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017551	TACTTT	2	12	495461	495472	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017551	AATTTG	2	12	501827	501838	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017551	TTACAG	2	12	507492	507503	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017551	TTTAAA	2	12	509463	509474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017551	GAAAAA	2	12	519463	519474	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017551	ATTTTT	2	12	522639	522650	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017551	AATTTA	2	12	536166	536177	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017551	AAATTT	2	12	536366	536377	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017551	AAACAA	2	12	543846	543857	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017551	TTTCTT	2	12	543938	543949	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017551	ATATAG	2	12	567572	567583	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017551	GCAAAA	2	12	578864	578875	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017551	AAATTT	2	12	578920	578931	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017551	ATAGCG	2	12	586144	586155	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017551	CTAAAA	2	12	600748	600759	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017551	CAAAAT	2	12	610842	610853	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017551	AAATAG	2	12	611240	611251	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017551	TGTTTT	2	12	618138	618149	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017551	TTTATA	2	12	627662	627673	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017551	CATTGA	2	12	663948	663959	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017551	GATTTT	2	12	684019	684030	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017551	GAAATG	2	12	685867	685878	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017551	GAATAT	2	12	715184	715195	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017551	GTTAAA	2	12	738506	738517	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017551	CGATTG	2	12	755827	755838	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017551	AAAATA	2	12	755840	755851	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017551	TTGTTT	2	12	776997	777008	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017551	TTGTTT	2	12	783104	783115	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017551	ATAATT	2	12	785548	785559	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017551	GAATCT	2	12	805877	805888	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017551	TTTATA	2	12	820934	820945	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017551	GAAATA	2	12	830812	830823	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017551	ATTTGT	2	12	833279	833290	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017551	GCTTAT	2	12	854050	854061	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017551	GAGTTA	2	12	864839	864850	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017551	ATAAAA	2	12	883053	883064	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017551	TAAAAA	2	12	883084	883095	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017551	TTTCAT	2	12	898654	898665	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017551	CTCTAT	2	12	906373	906384	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017551	AGCGAT	2	12	911263	911274	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017551	ATTGTT	2	12	918114	918125	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017551	TCCGTT	2	12	919777	919788	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017551	GTAAAA	2	12	924130	924141	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017551	AAAATA	2	12	927700	927711	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017551	ATACCT	2	12	930801	930812	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017551	TTTTAA	2	12	947339	947350	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017551	TAAAAT	2	12	960176	960187	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017551	GAAATA	2	12	1035705	1035716	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017551	TGTTTT	2	12	1037598	1037609	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017551	TTTTGA	2	12	1037927	1037938	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017551	GTTTTG	2	12	1038011	1038022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017551	TTTCTT	2	12	1043756	1043767	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017551	ATAAAA	2	12	1075282	1075293	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017551	TAAAAA	2	12	1080112	1080123	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017551	AAAATA	2	12	1084926	1084937	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017551	GAAAAG	2	12	1093178	1093189	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017551	ATTTTT	2	12	1095713	1095724	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017551	TAAAAC	2	12	1123080	1123091	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017551	TGTTTC	2	12	1130752	1130763	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017551	TAAAAT	2	12	1131175	1131186	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017551	CCAAAA	2	12	1156208	1156219	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017551	CGTTTT	2	12	1156409	1156420	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017551	AAATGG	2	12	1176168	1176179	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017551	AAAATC	2	12	1179330	1179341	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017551	TTTGAA	2	12	1183737	1183748	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017551	GGTGAG	2	12	1191314	1191325	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017551	CTCTGT	2	12	1206172	1206183	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_017551	GTTTTC	2	12	1216369	1216380	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017551	AAATTT	2	12	1216658	1216669	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017551	AAAAGA	2	12	1216803	1216814	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017551	AGAATG	2	12	1218385	1218396	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017551	AAACAG	2	12	1273956	1273967	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017551	TCTAAG	2	12	1277843	1277854	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017551	TATTTT	2	12	1281804	1281815	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017551	GTTTTT	2	12	1288059	1288070	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017551	GAAAAT	2	12	1289175	1289186	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017551	AAAAAT	2	12	1289230	1289241	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017551	ATTTGA	2	12	1295930	1295941	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017551	AACAAA	2	12	1296278	1296289	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_017551	TGCGAA	2	12	1310371	1310382	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017551	TAGATT	2	12	1319355	1319366	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017551	TAGAAT	2	12	1342511	1342522	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017551	AAATAC	2	12	1350760	1350771	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017551	TTGTTT	2	12	1366108	1366119	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017551	AGATTT	2	12	1394159	1394170	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017551	GATTGG	2	12	1394800	1394811	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017551	GGTTTG	2	12	1403740	1403751	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017551	ATTTTA	2	12	1413938	1413949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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377	NC_017551	TTTTGT	2	12	4020466	4020477	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
378	NC_017551	GGTTTT	2	12	4035762	4035773	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
379	NC_017551	AAAGTT	2	12	4047160	4047171	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
380	NC_017551	AAGTTT	2	12	4052663	4052674	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
381	NC_017551	AAAATC	2	12	4052687	4052698	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.