MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Listeria monocytogenes J0161 chromosome

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017545	CTATTA	2	12	1786	1797	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017545	GTGGCT	2	12	88513	88524	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017545	TTGAGT	2	12	129705	129716	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017545	CAGGTT	2	12	144565	144576	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017545	GTAAAA	2	12	176233	176244	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017545	AATAAA	2	12	203095	203106	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017545	GAAAAC	2	12	230111	230122	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017545	GGTTTT	2	12	236738	236749	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017545	ATTCAA	2	12	240998	241009	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017545	AAGGAA	2	12	242569	242580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017545	TAGGCG	2	12	244222	244233	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017545	AGTCAA	2	12	246037	246048	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017545	TTATAT	2	12	260822	260833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017545	AACTTT	2	12	294830	294841	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017545	AAATAT	2	12	358444	358455	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017545	ATTTTT	2	12	374503	374514	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017545	TAGATT	2	12	378221	378232	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017545	ATTTTG	2	12	378912	378923	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017545	CTATTT	2	12	378988	378999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017545	TGCAGA	2	12	388147	388158	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017545	TGTCAC	2	12	388579	388590	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017545	GAGAAA	2	12	388835	388846	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017545	AAGCAA	2	12	390579	390590	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017545	AAATGA	2	12	414332	414343	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017545	ATCATT	2	12	414346	414357	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017545	ATGATA	2	12	416152	416163	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017545	AGTGCT	2	12	427789	427800	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017545	GAAATG	2	12	429345	429356	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017545	TCTCCC	2	12	457731	457742	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
30	NC_017545	CAGTTC	2	12	519799	519810	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_017545	CTATAA	2	12	520744	520755	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017545	AAATGT	2	12	569275	569286	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017545	AAATGT	2	12	569339	569350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017545	AAATGT	2	12	570114	570125	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017545	TTAGGT	2	12	575498	575509	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017545	ATCATT	2	12	657906	657917	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017545	TATTTT	2	12	697053	697064	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017545	ATCATT	2	12	700583	700594	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_017545	GTTTTA	2	12	727856	727867	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017545	TATAGG	2	12	745074	745085	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017545	ATCTCA	2	12	775124	775135	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_017545	TTACTT	2	12	876006	876017	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017545	TGAAAT	2	12	885873	885884	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017545	AAATAG	2	12	912429	912440	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017545	GTAATC	2	12	919232	919243	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017545	TTACAA	2	12	919250	919261	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017545	ATGAAA	2	12	927845	927856	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017545	TTGACT	2	12	1050104	1050115	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017545	AGGAAG	2	12	1060297	1060308	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017545	CTTTTT	2	12	1120035	1120046	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017545	TTTAGT	2	12	1163597	1163608	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017545	TAAATA	2	12	1164724	1164735	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017545	CTTTTT	2	12	1236970	1236981	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017545	GAAAAA	2	12	1266947	1266958	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017545	TATTAA	2	12	1293409	1293420	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017545	TATTAA	2	12	1444249	1444260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017545	ATAAAA	2	12	1478428	1478439	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017545	CTCTTC	2	12	1589504	1589515	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_017545	TAATTA	2	12	1625827	1625838	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017545	GGTTGT	2	12	1640153	1640164	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017545	GGTTGT	2	12	1641624	1641635	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017545	GAATAA	2	12	1643180	1643191	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017545	GTAAAC	2	12	1644330	1644341	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017545	AAAATA	2	12	1657274	1657285	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017545	TAAAAA	2	12	1658184	1658195	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017545	TAAAAA	2	12	1684930	1684941	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017545	AAATAA	2	12	1702196	1702207	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017545	ATGAAA	2	12	1703886	1703897	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017545	CGCCTA	2	12	1743329	1743340	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017545	TTTCCT	2	12	1744981	1744992	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017545	TTGAAT	2	12	1746553	1746564	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017545	AAAAAC	2	12	1818816	1818827	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017545	CGCCTA	2	12	1849254	1849265	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017545	TTTCCT	2	12	1850906	1850917	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017545	TTGAAT	2	12	1852478	1852489	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017545	GTTTTA	2	12	1860398	1860409	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017545	AAAAAG	2	12	1943542	1943553	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017545	CTCTAT	2	12	1961261	1961272	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017545	TCATTT	2	12	1962459	1962470	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017545	GTTTTC	2	12	1989627	1989638	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017545	CAAAAA	2	12	2007351	2007362	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017545	GAAAAA	2	12	2011213	2011224	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017545	ATTCAA	2	12	2162970	2162981	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017545	TTATAT	2	12	2225906	2225917	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017545	TAGTAA	2	12	2276975	2276986	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017545	AATTTT	2	12	2278697	2278708	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017545	AAATTG	2	12	2284872	2284883	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017545	CTCTGT	2	12	2291718	2291729	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_017545	TAATAC	2	12	2417858	2417869	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017545	CGCCTA	2	12	2438604	2438615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017545	TTTCCT	2	12	2440507	2440518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_017545	TTGAAT	2	12	2442079	2442090	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017545	TAAAAT	2	12	2528096	2528107	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017545	TTCAAA	2	12	2536846	2536857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017545	ATCCCA	2	12	2621989	2622000	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017545	AAAAGA	2	12	2627820	2627831	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017545	TTTTTA	2	12	2633816	2633827	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017545	TTTTAT	2	12	2682157	2682168	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017545	CGTCTT	2	12	2703722	2703733	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_017545	TAACGC	2	12	2714598	2714609	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017545	CGCCTA	2	12	2723180	2723191	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017545	TTTCCT	2	12	2725083	2725094	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017545	TTGAAT	2	12	2726655	2726666	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017545	CCTCTT	2	12	2777856	2777867	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017545	TAAATC	2	12	2800825	2800836	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017545	TTAACT	2	12	2917532	2917543	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017545	AAATGA	2	12	2943740	2943751	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017545	TAAAAA	2	12	2943810	2943821	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017545	AAGTAT	2	12	2944677	2944688	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.