MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Paenibacillus polymyxa M1 plasmid pPPM1a

Total Repeats: 321

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017543	TAAG	2	8	642	649	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017543	AATC	2	8	1780	1787	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017543	GTCC	2	8	3517	3524	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
4	NC_017543	ACTG	2	8	4727	4734	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017543	CCCA	2	8	5860	5867	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
6	NC_017543	TTGT	2	8	5916	5923	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017543	TACT	2	8	7198	7205	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017543	GAAA	2	8	9345	9352	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017543	TTTC	2	8	9371	9378	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_017543	CTTG	2	8	9633	9640	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017543	ACTC	2	8	10123	10130	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_017543	AAAT	2	8	10570	10577	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017543	TACT	2	8	11639	11646	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
14	NC_017543	ATGT	2	8	11751	11758	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017543	CTTT	2	8	11825	11832	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_017543	TGTT	2	8	12003	12010	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017543	GCGA	2	8	13263	13270	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017543	CATA	2	8	13644	13651	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
19	NC_017543	CATA	2	8	13996	14003	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017543	AGTT	2	8	14182	14189	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017543	ATTT	2	8	14247	14254	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017543	TTCA	2	8	15349	15356	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017543	GATA	2	8	15590	15597	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017543	TAAA	2	8	20388	20395	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017543	TAAA	2	8	22994	23001	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017543	AAAT	2	8	23076	23083	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017543	ATTC	2	8	23119	23126	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017543	TCAA	2	8	23851	23858	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017543	TACA	2	8	23884	23891	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_017543	AACC	2	8	23996	24003	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017543	GGTG	2	8	24291	24298	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017543	ATAG	2	8	24496	24503	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017543	CTTA	2	8	25348	25355	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_017543	GTTA	2	8	26252	26259	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017543	GACT	2	8	26277	26284	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_017543	TAAA	2	8	27607	27614	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017543	AAAT	2	8	29441	29448	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017543	AGGG	2	8	29798	29805	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017543	AAAG	2	8	29897	29904	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017543	CATT	2	8	30145	30152	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017543	CGAT	2	8	31194	31201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017543	ATCC	2	8	33721	33728	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_017543	CTGC	2	8	34087	34094	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017543	ATAC	2	8	34340	34347	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017543	CATG	2	8	34398	34405	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017543	TAAT	2	8	35929	35936	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017543	TGTA	2	8	36483	36490	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017543	CCTT	2	8	38641	38648	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017543	TACT	2	8	42020	42027	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017543	ATTA	2	8	42139	42146	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017543	AATT	2	8	42206	42213	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017543	CCAT	2	8	65836	65843	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
53	NC_017543	GGAA	2	8	91742	91749	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017543	TTAA	2	8	91892	91899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017543	CTAC	2	8	92116	92123	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017543	CCAA	2	8	94350	94357	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_017543	GCTG	2	8	94549	94556	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017543	TGCA	2	8	94731	94738	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017543	GTAC	2	8	94924	94931	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_017543	AGCC	2	8	94977	94984	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017543	TCGC	2	8	95000	95007	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017543	TAAG	2	8	95106	95113	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017543	AAAG	2	8	95343	95350	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017543	CTTT	2	8	95378	95385	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017543	TTAA	2	8	95403	95410	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017543	AGCA	2	8	97216	97223	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_017543	GGAT	2	8	97299	97306	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017543	GATA	2	8	97344	97351	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017543	CGAT	2	8	100208	100215	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_017543	GAAT	2	8	102671	102678	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017543	TCTT	2	8	104159	104166	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_017543	CCTC	2	8	108502	108509	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
73	NC_017543	TAAT	2	8	108524	108531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017543	CTAA	2	8	108657	108664	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_017543	TAAT	2	8	110476	110483	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017543	TTTA	2	8	110593	110600	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017543	TTGT	2	8	111891	111898	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017543	TTTC	2	8	113329	113336	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017543	ACCT	2	8	113342	113349	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017543	TTTA	2	8	113422	113429	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017543	TGAA	2	8	113467	113474	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017543	AGGC	2	8	116937	116944	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_017543	AGAA	2	8	117207	117214	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017543	TCTT	2	8	118674	118681	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017543	TAAA	2	8	122949	122956	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017543	TGAA	2	8	128267	128274	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017543	CAAT	2	8	129329	129336	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
88	NC_017543	AGAA	2	8	129392	129399	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017543	ATTA	2	8	131864	131871	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017543	CTAG	2	8	135646	135653	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017543	TGTA	2	8	135967	135974	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017543	CTAT	2	8	136536	136543	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017543	TTAG	2	8	137272	137279	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017543	ATTA	2	8	137457	137464	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017543	TTTG	2	8	138187	138194	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017543	ATTT	2	8	139092	139099	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017543	CTTT	2	8	139295	139302	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
98	NC_017543	TTGA	2	8	140241	140248	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017543	CCCA	2	8	140268	140275	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
100	NC_017543	TGTA	2	8	140297	140304	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017543	GTAT	2	8	144075	144082	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017543	TATT	2	8	144333	144340	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017543	TTAC	2	8	144803	144810	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017543	CCTT	2	8	147217	147224	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017543	ATCT	2	8	154236	154243	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_017543	TTTA	2	8	162801	162808	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017543	AACA	2	8	163806	163813	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017543	AACA	2	8	165582	165589	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017543	TTTA	2	8	166088	166095	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017543	TTCA	2	8	166219	166226	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_017543	AGGA	2	8	166538	166545	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017543	ACAG	2	8	166724	166731	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017543	AACC	2	8	167145	167152	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
114	NC_017543	TGGT	2	8	167438	167445	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017543	CAGA	2	8	167738	167745	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_017543	GATT	2	8	167770	167777	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017543	GATT	2	8	167783	167790	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017543	GATT	2	8	168134	168141	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017543	AATA	2	8	168374	168381	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017543	ATTA	2	8	169836	169843	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017543	AGAA	2	8	171127	171134	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017543	GTCC	2	8	171207	171214	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017543	GATA	2	8	171730	171737	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017543	CCTC	2	8	171773	171780	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
125	NC_017543	TTAA	2	8	171781	171788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017543	TCCA	2	8	173175	173182	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017543	CATC	2	8	175224	175231	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017543	GTAT	2	8	178079	178086	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017543	GAAG	2	8	178229	178236	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017543	AGGA	2	8	178280	178287	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017543	GTCA	2	8	181484	181491	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017543	AAGA	2	8	182668	182675	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017543	CCTA	2	8	183028	183035	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_017543	TCAT	2	8	183383	183390	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_017543	AATC	2	8	183445	183452	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
136	NC_017543	GTTC	2	8	183953	183960	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_017543	AAAC	2	8	184032	184039	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017543	GAAA	2	8	184787	184794	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017543	TCTT	2	8	185339	185346	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_017543	ACTG	2	8	187385	187392	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
141	NC_017543	TCAT	2	8	187447	187454	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017543	AAAT	2	8	188381	188388	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017543	TCCA	2	8	189427	189434	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
144	NC_017543	TAAT	2	8	193953	193960	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017543	TCAA	2	8	194377	194384	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017543	CTTA	2	8	194536	194543	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_017543	CATT	2	8	195685	195692	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_017543	CTAA	2	8	198122	198129	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_017543	TAAT	2	8	198617	198624	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017543	TTGT	2	8	198766	198773	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017543	AAAT	2	8	198810	198817	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017543	ATTT	2	8	199778	199785	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017543	TGCT	2	8	199834	199841	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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298	NC_017543	GTAG	2	8	339081	339088	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
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301	NC_017543	GGAT	2	8	340956	340963	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
302	NC_017543	AGTT	2	8	343229	343236	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
303	NC_017543	GAAA	2	8	343355	343362	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
304	NC_017543	CGAA	2	8	343656	343663	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
305	NC_017543	GAAA	2	8	344173	344180	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
306	NC_017543	GATT	2	8	344390	344397	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
307	NC_017543	CGGA	2	8	344485	344492	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
308	NC_017543	TATT	2	8	344580	344587	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
309	NC_017543	ACGA	2	8	345543	345550	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
310	NC_017543	GCTG	2	8	345728	345735	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
311	NC_017543	TTAT	2	8	346065	346072	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
312	NC_017543	TGGT	2	8	346193	346200	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
313	NC_017543	TGTT	2	8	346248	346255	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
314	NC_017543	TCTA	2	8	350806	350813	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
315	NC_017543	GTTT	2	8	350996	351003	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
316	NC_017543	CTAT	2	8	361101	361108	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NC_017543	TAAT	2	8	361160	361167	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
318	NC_017543	TTTG	2	8	361600	361607	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
319	NC_017543	AATA	2	8	362024	362031	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
320	NC_017543	TAGC	2	8	364565	364572	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
321	NC_017543	CACC	2	8	365100	365107	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.