MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosaeta harundinacea 6Ac chromosome

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017527	CGATCC	2	12	42424	42435	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017527	GTCGGG	2	12	125489	125500	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017527	ATCCAA	2	12	126826	126837	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017527	CGAAGG	2	12	136372	136383	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017527	TGAAAT	2	12	137499	137510	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017527	AATATA	2	12	138323	138334	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017527	GGCGAC	2	12	138803	138814	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_017527	AACTGG	2	12	140837	140848	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017527	CTCCGC	2	12	183045	183056	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
10	NC_017527	GGGCCT	2	12	184807	184818	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017527	CGCCCC	2	12	185138	185149	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
12	NC_017527	GGACCT	2	12	185186	185197	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_017527	GGGGGA	2	12	201354	201365	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017527	CGAGAG	2	12	216376	216387	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017527	TATTTT	2	12	239718	239729	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017527	GCGGGA	2	12	282149	282160	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017527	GAGGGC	2	12	291317	291328	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017527	ATGATC	2	12	302613	302624	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017527	GAGGAT	2	12	302766	302777	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017527	TACTGG	2	12	336449	336460	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017527	GCGACT	2	12	337010	337021	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017527	CTCCAC	2	12	369660	369671	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_017527	AGAGAT	2	12	385181	385192	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017527	CTCGAT	2	12	418950	418961	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017527	ACGTCG	2	12	439806	439817	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017527	GATTAA	2	12	441150	441161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017527	AAGCCT	2	12	446724	446735	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_017527	CCCTTT	2	12	467515	467526	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
29	NC_017527	GGGCGG	2	12	506863	506874	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017527	TACCCT	2	12	552376	552387	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017527	CTGAAA	2	12	570369	570380	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017527	TCCTGC	2	12	575819	575830	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
33	NC_017527	GGTGAG	2	12	610902	610913	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017527	CAAGAG	2	12	619396	619407	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017527	CCTCGG	2	12	668650	668661	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017527	GTTCAA	2	12	714043	714054	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017527	GCCTCA	2	12	732501	732512	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017527	TCCGGT	2	12	797035	797046	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017527	GAAGTT	2	12	799435	799446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017527	AAATAT	2	12	810370	810381	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017527	AGGGTT	2	12	832317	832328	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017527	GGAGAG	2	12	833781	833792	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017527	CCATCA	2	12	844913	844924	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
44	NC_017527	GTTGAA	2	12	847040	847051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017527	CTGAAG	2	12	852365	852376	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_017527	CCCCGG	2	12	852694	852705	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_017527	GCCGTG	2	12	894087	894098	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017527	TCGAGA	2	12	918286	918297	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017527	TGAAAA	2	12	919041	919052	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017527	AATATA	2	12	923088	923099	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017527	AGAAGG	2	12	954521	954532	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017527	CACGAT	2	12	985778	985789	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017527	GCGGGG	2	12	1000376	1000387	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017527	CGCCGT	2	12	1013181	1013192	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_017527	GCGGAG	2	12	1023708	1023719	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_017527	GGCTGG	2	12	1034719	1034730	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_017527	GTCGGG	2	12	1076777	1076788	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017527	ATTTAA	2	12	1083426	1083437	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017527	CGGGGG	2	12	1084696	1084707	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017527	TGACGT	2	12	1084931	1084942	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_017527	TTAAAT	2	12	1087786	1087797	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017527	TAAAAA	2	12	1087846	1087857	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017527	ATATAA	2	12	1102990	1103001	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017527	CCCGAC	2	12	1108626	1108637	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
65	NC_017527	GCGCCC	2	12	1118647	1118658	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_017527	TGGAGG	2	12	1145101	1145112	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017527	TCGTCT	2	12	1162853	1162864	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017527	TCGCCT	2	12	1179675	1179686	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017527	TCTCCC	2	12	1227814	1227825	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_017527	GGCTCC	2	12	1248216	1248227	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017527	TTAGAG	2	12	1282331	1282342	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017527	GAAGAG	2	12	1284104	1284115	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017527	GGAAAT	2	12	1284522	1284533	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017527	ATCGCC	2	12	1291688	1291699	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017527	CTTTCA	2	12	1308390	1308401	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_017527	CCTCTT	2	12	1370040	1370051	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017527	TGGCAA	3	18	1420528	1420545	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017527	TCTCGA	2	12	1422369	1422380	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017527	TCCATG	2	12	1428701	1428712	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017527	CCCGGG	2	12	1430066	1430077	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017527	CCATCC	2	12	1434497	1434508	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_017527	GAGGGG	2	12	1446195	1446206	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017527	GAGGAT	2	12	1471783	1471794	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017527	ATCCCT	2	12	1515347	1515358	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017527	CGGGGT	2	12	1534789	1534800	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_017527	CCTTTA	2	12	1557413	1557424	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_017527	GAGAAG	2	12	1559725	1559736	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017527	GCCCTC	2	12	1561816	1561827	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
89	NC_017527	GGGCGG	2	12	1574613	1574624	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017527	TCAATC	2	12	1653926	1653937	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017527	AGTTGA	2	12	1655735	1655746	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017527	TATATT	2	12	1696460	1696471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017527	CTCAAA	2	12	1700817	1700828	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017527	AGCCGA	2	12	1765153	1765164	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017527	CGTTGG	2	12	1772921	1772932	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_017527	CCCGGG	2	12	1800096	1800107	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017527	CGGCTT	2	12	1800973	1800984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017527	AAGCTC	2	12	1802451	1802462	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017527	GGGGGA	2	12	1821513	1821524	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017527	CTTCAG	2	12	1825227	1825238	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017527	TTCGGA	2	12	1825241	1825252	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017527	TTTGCC	2	12	1843558	1843569	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017527	AGATGG	2	12	1855366	1855377	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017527	GATAGA	2	12	1865162	1865173	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017527	CCGCGG	2	12	1878867	1878878	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017527	TCGGGG	2	12	1901187	1901198	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017527	TCCCTC	2	12	1901310	1901321	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017527	GATGGC	2	12	1920552	1920563	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017527	GAAGAT	2	12	1926861	1926872	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017527	TCATAT	2	12	1934091	1934102	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017527	AGTTCG	2	12	1958675	1958686	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017527	AACGCC	2	12	1967846	1967857	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
113	NC_017527	AATTAA	2	12	1996195	1996206	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017527	ATAAAA	2	12	2007123	2007134	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017527	CTTCCC	2	12	2013201	2013212	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
116	NC_017527	GATCCA	2	12	2013842	2013853	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017527	GGCTCA	2	12	2061704	2061715	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017527	TCGAGG	2	12	2064228	2064239	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017527	CCGCCC	2	12	2102808	2102819	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
120	NC_017527	GAGGGG	2	12	2109403	2109414	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017527	GAGGGC	2	12	2127369	2127380	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_017527	CGGCCC	2	12	2146209	2146220	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
123	NC_017527	CTGCCG	2	12	2148816	2148827	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017527	GATATT	2	12	2149091	2149102	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017527	ATCTCC	2	12	2180072	2180083	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
126	NC_017527	GGGCTT	2	12	2207308	2207319	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_017527	CATTTC	2	12	2259761	2259772	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017527	AGCCGG	2	12	2277041	2277052	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017527	AGGGAG	2	12	2284419	2284430	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017527	CCGGGG	2	12	2306165	2306176	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_017527	CGGGGC	2	12	2339781	2339792	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017527	GGAGTG	2	12	2354693	2354704	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017527	TCCCTC	2	12	2364061	2364072	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
134	NC_017527	ATCCCG	2	12	2367724	2367735	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
135	NC_017527	GAAGGG	2	12	2372427	2372438	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017527	CGGGGG	2	12	2442479	2442490	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_017527	CTTCTC	2	12	2444539	2444550	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_017527	GTAGCT	2	12	2448085	2448096	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_017527	AGGAAG	2	12	2456955	2456966	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017527	GAAGGA	2	12	2463516	2463527	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017527	CGGCTT	2	12	2483128	2483139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_017527	CTTCAG	2	12	2489060	2489071	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017527	CGAGGG	2	12	2503423	2503434	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
144	NC_017527	AAACGG	2	12	2511238	2511249	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_017527	GCCAGA	2	12	2549186	2549197	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.