MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Methanosaeta harundinacea 6Ac chromosome

Total Repeats: 380

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017527	CCTTC	2	10	3519	3528	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_017527	GTGAG	2	10	3537	3546	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017527	AGAGA	2	10	3553	3562	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017527	CCACC	2	10	7567	7576	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
5	NC_017527	GGGCC	2	10	10733	10742	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017527	AGATC	2	10	18270	18279	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017527	ATATG	2	10	24176	24185	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017527	CGGAG	2	10	41585	41594	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017527	ATCCT	2	10	42338	42347	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_017527	AAGAG	2	10	56809	56818	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017527	GGCAG	2	10	59853	59862	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017527	TTTAA	2	10	63461	63470	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017527	GCCCG	2	10	69728	69737	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
14	NC_017527	AGATC	2	10	71188	71197	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017527	GATCA	2	10	71209	71218	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017527	GGAGA	2	10	76723	76732	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017527	GATAC	2	10	80810	80819	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017527	AGAAT	2	10	85329	85338	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017527	GATAT	2	10	105242	105251	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017527	GACCG	2	10	110970	110979	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017527	CCTCG	2	10	138469	138478	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017527	TCCGG	2	10	138495	138504	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
23	NC_017527	AGGCC	2	10	138525	138534	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017527	TCGCT	2	10	140691	140700	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_017527	CGATC	2	10	141017	141026	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017527	CTCGA	2	10	141141	141150	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017527	GCTTT	2	10	142777	142786	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017527	CCTCC	2	10	142790	142799	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
29	NC_017527	AGTTG	2	10	152004	152013	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017527	TAAGA	2	10	153750	153759	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017527	GCTCC	2	10	172373	172382	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_017527	CCCAG	2	10	190972	190981	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_017527	GAGAG	2	10	191026	191035	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017527	GGGGA	2	10	196459	196468	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017527	CGAGG	2	10	198564	198573	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_017527	CCCGG	2	10	211841	211850	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
37	NC_017527	GGCCC	2	10	212285	212294	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
38	NC_017527	GGGCG	2	10	212318	212327	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017527	GAAGC	2	10	213822	213831	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017527	ATCGC	2	10	213842	213851	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017527	CGCGG	2	10	215248	215257	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_017527	AGAGG	2	10	216365	216374	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017527	CGTAT	2	10	217021	217030	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017527	CTCCG	2	10	220647	220656	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_017527	AGGAG	2	10	224643	224652	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017527	GATCG	2	10	234265	234274	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017527	CACTA	2	10	235960	235969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017527	ATCGA	2	10	247444	247453	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017527	AGTGG	2	10	259921	259930	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017527	GAAAT	2	10	267107	267116	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017527	TTCTC	2	10	271246	271255	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_017527	CGATA	2	10	275583	275592	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017527	CTCTT	2	10	276200	276209	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017527	AGGTC	2	10	279566	279575	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017527	ATCTC	2	10	281432	281441	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
56	NC_017527	GCCAT	2	10	291250	291259	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017527	CTCAG	2	10	298035	298044	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
58	NC_017527	CGGAT	2	10	299224	299233	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017527	ATCGG	2	10	334160	334169	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017527	GAAGC	2	10	336160	336169	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017527	TGATC	2	10	359944	359953	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_017527	GGGAG	2	10	364627	364636	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017527	GCCTG	2	10	366183	366192	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017527	CCCTC	2	10	374113	374122	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_017527	TCCTC	2	10	374791	374800	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
66	NC_017527	CTCGA	2	10	374862	374871	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017527	ATAAA	2	10	374992	375001	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017527	ATCCG	2	10	378910	378919	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_017527	GGAAG	2	10	384758	384767	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017527	TCCCC	3	15	394006	394020	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_017527	TCGGC	2	10	414148	414157	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
72	NC_017527	GACGA	2	10	416718	416727	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017527	CAGCC	2	10	426570	426579	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
74	NC_017527	CCCCA	2	10	429896	429905	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
75	NC_017527	GGATC	2	10	431348	431357	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017527	TCACA	2	10	440010	440019	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_017527	TCTCC	2	10	442180	442189	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
78	NC_017527	GATAA	2	10	442429	442438	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017527	GGATA	2	10	447378	447387	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017527	TCCCC	2	10	448208	448217	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
81	NC_017527	GATAC	2	10	450172	450181	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017527	ATTCA	2	10	467470	467479	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017527	GGGAG	2	10	486253	486262	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017527	CGGGG	2	10	489896	489905	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017527	TCAAA	2	10	497553	497562	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017527	TCCCT	2	10	508204	508213	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017527	TGGGG	2	10	525022	525031	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017527	GCCGG	2	10	525108	525117	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017527	GGGGA	2	10	529675	529684	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017527	TTTTC	2	10	548995	549004	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017527	GGGGC	2	10	552322	552331	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017527	GGGTC	2	10	552946	552955	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017527	AGCTA	2	10	554975	554984	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017527	ACTAC	2	10	557686	557695	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_017527	CCGGT	2	10	560741	560750	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_017527	ATCCT	2	10	575799	575808	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017527	TCGTA	2	10	586774	586783	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017527	CCCGC	2	10	593635	593644	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
99	NC_017527	ATCCC	2	10	599458	599467	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
100	NC_017527	TCAAG	2	10	609584	609593	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017527	TATAT	2	10	614777	614786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017527	ATTAA	2	10	617152	617161	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017527	TTCAT	2	10	617830	617839	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017527	TTTGA	2	10	617884	617893	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017527	GGTCC	2	10	641566	641575	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017527	CTCGG	2	10	642135	642144	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017527	TCCGG	2	10	648320	648329	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017527	CCGAT	2	10	651437	651446	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017527	CCGAT	2	10	651452	651461	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017527	CCCCG	2	10	660097	660106	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
111	NC_017527	TGGAT	2	10	661478	661487	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017527	GTCCC	2	10	666307	666316	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
113	NC_017527	CTCCC	2	10	666657	666666	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
114	NC_017527	AAATT	2	10	668406	668415	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017527	AGCTG	2	10	679569	679578	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017527	CTCCC	2	10	713737	713746	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
117	NC_017527	ATCCA	2	10	717799	717808	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017527	TTACA	2	10	717864	717873	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017527	AGATC	2	10	718914	718923	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017527	ACCTC	2	10	722094	722103	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
121	NC_017527	TGAGA	2	10	731614	731623	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017527	TCCTC	2	10	732539	732548	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
123	NC_017527	TCATA	2	10	733085	733094	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017527	CCGCC	2	10	734125	734134	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
125	NC_017527	CCAAG	2	10	740438	740447	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017527	TGATC	2	10	753196	753205	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017527	GGGCG	2	10	757796	757805	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017527	ACCCC	4	20	762439	762458	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
129	NC_017527	GGGCC	2	10	767106	767115	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017527	CTCCC	2	10	781525	781534	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
131	NC_017527	GCATC	2	10	794302	794311	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017527	TGGCT	2	10	799154	799163	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017527	AAATC	2	10	799323	799332	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017527	CACCT	2	10	802312	802321	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
135	NC_017527	TCTCC	2	10	834491	834500	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
136	NC_017527	TCCTC	2	10	852572	852581	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
137	NC_017527	CATCT	2	10	856118	856127	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_017527	TCGGG	2	10	857324	857333	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017527	CCATG	2	10	857440	857449	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017527	ACGCG	2	10	871452	871461	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017527	GGGAT	2	10	871505	871514	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017527	TCCTC	2	10	879395	879404	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
143	NC_017527	ATTGA	2	10	879574	879583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017527	TCCTC	2	10	891905	891914	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
145	NC_017527	TCTCC	2	10	892628	892637	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
146	NC_017527	GCTTT	2	10	917951	917960	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017527	GTTTG	2	10	923103	923112	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
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378	NC_017527	CTCCC	2	10	2542518	2542527	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
379	NC_017527	TCAGC	2	10	2549035	2549044	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
380	NC_017527	GGCCA	2	10	2549390	2549399	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.