MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Mycobacterium tuberculosis CCDC5180 chromosome

Total Repeats: 199

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017522	ACCTTC	2	12	15277	15288	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
2	NC_017522	ACCGCG	2	12	32427	32438	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
3	NC_017522	ACTTCA	2	12	66851	66862	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_017522	CGTCGG	2	12	68249	68260	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017522	CAACGG	2	12	77772	77783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017522	GCGGTG	2	12	102841	102852	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017522	GGGTCA	2	12	146742	146753	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017522	CTCGGT	2	12	147474	147485	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017522	GCCGCG	2	12	179193	179204	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017522	ACAGCC	2	12	216743	216754	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
11	NC_017522	GCACGA	2	12	287430	287441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017522	AGATTC	2	12	328632	328643	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017522	CAACAC	2	12	328705	328716	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017522	GGTCGC	2	12	337923	337934	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_017522	TGCGGG	2	12	468866	468877	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_017522	CCGATA	2	12	472292	472303	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017522	AGGTCG	2	12	498004	498015	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_017522	ATAGTC	2	12	538783	538794	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017522	ACCAGT	2	12	586674	586685	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_017522	ACTACC	2	12	686353	686364	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017522	CGAGAC	2	12	695753	695764	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_017522	CGCCGT	2	12	715649	715660	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017522	CTAGTC	2	12	756096	756107	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017522	GGCAAT	2	12	766924	766935	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_017522	AACACA	2	12	806382	806393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017522	CGCGGG	2	12	826188	826199	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_017522	CCGGCG	2	12	859300	859311	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
28	NC_017522	ACCGGG	2	12	866024	866035	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017522	GCCGTC	2	12	901098	901109	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
30	NC_017522	GCGGCC	2	12	904273	904284	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_017522	ACAGCA	2	12	905646	905657	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017522	CTGGGT	2	12	920482	920493	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017522	CAGTCG	2	12	928219	928230	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_017522	TCGGGT	2	12	961720	961731	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017522	GTCGAT	2	12	989565	989576	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_017522	GAGCGG	2	12	1020378	1020389	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017522	AAACCC	2	12	1025467	1025478	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_017522	CAACGG	2	12	1025519	1025530	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_017522	GATCGA	2	12	1025570	1025581	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017522	GACTGC	2	12	1029974	1029985	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_017522	CGCCGG	2	12	1048835	1048846	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_017522	TGGCGG	2	12	1074808	1074819	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_017522	GGCGCA	2	12	1090621	1090632	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017522	GGCGCA	2	12	1092716	1092727	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017522	CCCCGC	2	12	1095390	1095401	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
46	NC_017522	CAATGC	2	12	1119808	1119819	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_017522	ACCGCG	2	12	1131565	1131576	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_017522	TTGGTG	2	12	1147944	1147955	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017522	TTCCGT	2	12	1158637	1158648	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_017522	GTTGGC	2	12	1165199	1165210	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017522	CGGCCG	2	12	1188425	1188436	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
52	NC_017522	TAGCCA	2	12	1192628	1192639	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_017522	AGGACG	2	12	1279094	1279105	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_017522	AGGCCA	2	12	1337455	1337466	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017522	CAGCAC	2	12	1364822	1364833	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017522	TCGACA	2	12	1364907	1364918	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_017522	CGGGGA	2	12	1391195	1391206	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_017522	CCGAGT	2	12	1415993	1416004	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_017522	TCGGGG	2	12	1441262	1441273	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_017522	CACGCG	2	12	1522701	1522712	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017522	ATATTC	2	12	1559087	1559098	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017522	GCCCCT	2	12	1632348	1632359	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
63	NC_017522	GCCCCT	2	12	1635950	1635961	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_017522	GGCCGC	2	12	1669505	1669516	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017522	CTGGGC	2	12	1746049	1746060	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017522	ACATCG	2	12	1763898	1763909	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_017522	TGACCA	2	12	1774253	1774264	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_017522	GCGGTG	2	12	1779346	1779357	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017522	CGAGTG	2	12	1779975	1779986	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017522	TCGTGG	2	12	1809132	1809143	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_017522	GGCGCC	2	12	1826201	1826212	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
72	NC_017522	TCCCAC	2	12	1841899	1841910	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017522	CCGCGG	2	12	1889947	1889958	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
74	NC_017522	CGCCGA	2	12	1907721	1907732	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017522	TAGCGG	2	12	1917052	1917063	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_017522	ACCGCA	2	12	1918989	1919000	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_017522	GCTGGG	2	12	1976115	1976126	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017522	TGCGGC	2	12	2005985	2005996	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017522	CGCGGC	2	12	2006180	2006191	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
80	NC_017522	CGCGGC	2	12	2009412	2009423	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017522	GGTGAT	2	12	2022524	2022535	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017522	TTCGGC	2	12	2036433	2036444	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017522	AGAGGG	2	12	2056567	2056578	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017522	CCGCGT	2	12	2068409	2068420	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017522	ACCGTG	2	12	2123042	2123053	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017522	TCGATG	2	12	2124192	2124203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_017522	GCTGGG	2	12	2125674	2125685	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_017522	CCGCCC	2	12	2138691	2138702	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
89	NC_017522	CGCGAG	2	12	2158030	2158041	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_017522	GGCGAA	2	12	2184774	2184785	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017522	GTCGAA	2	12	2185521	2185532	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017522	CGGTTG	2	12	2216942	2216953	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_017522	GCCGCA	2	12	2219847	2219858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017522	TGGCGA	2	12	2234471	2234482	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017522	CGGCTC	2	12	2249159	2249170	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017522	GTAGCC	2	12	2326742	2326753	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_017522	ATAGAA	2	12	2359370	2359381	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017522	GATTCG	2	12	2389700	2389711	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017522	CTCAAC	2	12	2402001	2402012	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
100	NC_017522	CGACTG	2	12	2419471	2419482	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017522	CCGCTG	2	12	2422608	2422619	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017522	CACCGC	2	12	2431066	2431077	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
103	NC_017522	CCAGCG	2	12	2437874	2437885	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017522	TCATCG	2	12	2447599	2447610	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_017522	GCGTCG	2	12	2483382	2483393	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_017522	CACGAC	2	12	2501553	2501564	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_017522	GACCAG	2	12	2535730	2535741	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_017522	CTGTCC	2	12	2551834	2551845	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017522	CTGGAC	2	12	2593953	2593964	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017522	GCAACC	2	12	2621150	2621161	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017522	TGATGG	2	12	2641713	2641724	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017522	ACGGCG	2	12	2696182	2696193	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_017522	GTCACA	2	12	2705121	2705132	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017522	CACGTG	2	12	2705160	2705171	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_017522	GAGGTC	2	12	2708772	2708783	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017522	CCGGCA	2	12	2722589	2722600	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017522	CGCCAC	2	12	2780779	2780790	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017522	TCAAAC	2	12	2782532	2782543	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_017522	CTTGAC	2	12	2796302	2796313	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017522	GCACCC	2	12	2810601	2810612	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_017522	CGCGGT	2	12	2852864	2852875	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017522	CGACGG	2	12	2858875	2858886	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_017522	GCCCGA	2	12	2865970	2865981	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
124	NC_017522	GTATTG	2	12	2904406	2904417	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017522	CAGCTG	2	12	2912301	2912312	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017522	CCGTTG	2	12	2914343	2914354	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017522	GGCGCC	2	12	2934034	2934045	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017522	CGGAAG	2	12	2941503	2941514	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_017522	GTTCGG	2	12	2948256	2948267	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017522	GGTGTG	2	12	2950832	2950843	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017522	CGACTC	2	12	2968490	2968501	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
132	NC_017522	CATATT	2	12	3002184	3002195	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017522	GGCCAT	2	12	3016264	3016275	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_017522	CCGGCA	2	12	3066254	3066265	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
135	NC_017522	CGTTGC	2	12	3087267	3087278	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017522	GCGCCC	2	12	3099758	3099769	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_017522	GTCGAA	2	12	3109073	3109084	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017522	GATCTC	2	12	3117992	3118003	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017522	ATCACC	2	12	3158456	3158467	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_017522	GCCGAC	2	12	3158576	3158587	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017522	CATCAC	2	12	3165623	3165634	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017522	CCCCGC	2	12	3224094	3224105	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
143	NC_017522	CGCGCC	2	12	3270759	3270770	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
144	NC_017522	TCGCCG	2	12	3272375	3272386	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
145	NC_017522	TCGCCG	2	12	3272432	3272443	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
146	NC_017522	CGCCAC	2	12	3288459	3288470	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
147	NC_017522	GGCCGG	2	12	3294158	3294169	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_017522	TCCGAA	2	12	3307007	3307018	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_017522	CGGCGT	2	12	3333040	3333051	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017522	CGAGTT	2	12	3338326	3338337	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_017522	TGACGT	2	12	3352663	3352674	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_017522	CGTAGG	2	12	3364992	3365003	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_017522	ACGGTC	2	12	3398780	3398791	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
154	NC_017522	CGATGC	2	12	3398930	3398941	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
155	NC_017522	TGTACA	2	12	3414189	3414200	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
156	NC_017522	ACCAAC	2	12	3419538	3419549	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
157	NC_017522	CCGTTG	2	12	3441236	3441247	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
158	NC_017522	GCTCCT	2	12	3471615	3471626	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
159	NC_017522	GAGCGG	2	12	3475730	3475741	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_017522	GTCGAC	2	12	3488626	3488637	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_017522	TCCGCT	2	12	3534742	3534753	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
162	NC_017522	GTGCCG	2	12	3588411	3588422	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_017522	GCCTCC	2	12	3627905	3627916	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
164	NC_017522	CACGAC	2	12	3638161	3638172	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
165	NC_017522	TGTCGA	2	12	3688081	3688092	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
166	NC_017522	CCCAAA	2	12	3698049	3698060	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
167	NC_017522	CCGGAT	2	12	3705218	3705229	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
168	NC_017522	TGCCGC	2	12	3731220	3731231	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
169	NC_017522	CGCAGC	2	12	3748633	3748644	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
170	NC_017522	GCGCAG	2	12	3771658	3771669	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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172	NC_017522	GTCGAG	2	12	3791577	3791588	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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174	NC_017522	ACCGCC	3	18	3879635	3879652	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
175	NC_017522	TCGGAG	2	12	3900129	3900140	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
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177	NC_017522	TCGGTC	2	12	3916641	3916652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
178	NC_017522	CGTTGG	2	12	3916798	3916809	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
179	NC_017522	CGGCCG	2	12	3920938	3920949	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
180	NC_017522	CGCCGG	2	12	3929764	3929775	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
181	NC_017522	GTCGCG	2	12	3954630	3954641	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_017522	CGGCGA	2	12	4002451	4002462	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
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189	NC_017522	AACGCG	2	12	4216961	4216972	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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199	NC_017522	ACCCCG	2	12	4388008	4388019	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.