MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Neisseria meningitidis H44/76 chromosome

Total Repeats: 395

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017516	TTTTC	2	10	4154	4163	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017516	ATTTA	2	10	13676	13685	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017516	CTTGC	2	10	17086	17095	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_017516	GGAAA	2	10	17710	17719	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017516	TTTTA	2	10	17862	17871	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017516	AATTT	2	10	18087	18096	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017516	GCCTT	2	10	34487	34496	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017516	CCCGT	2	10	48041	48050	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
9	NC_017516	CAATT	2	10	51357	51366	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017516	CCCGC	2	10	56730	56739	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
11	NC_017516	GTAGC	2	10	61758	61767	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017516	TCGTG	2	10	61975	61984	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_017516	AGAAA	2	10	62936	62945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017516	GGGAG	2	10	63600	63609	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017516	AGGTT	2	10	64542	64551	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017516	TTTGC	2	10	66269	66278	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017516	ATTTT	2	10	66888	66897	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017516	GGGTA	2	10	73359	73368	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017516	TCGGC	2	10	73752	73761	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_017516	TTGAT	2	10	86827	86836	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017516	TTTCC	2	10	87148	87157	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_017516	ATTTT	2	10	87497	87506	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017516	CTACC	2	10	88294	88303	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
24	NC_017516	GGCAA	2	10	95138	95147	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017516	ACCAA	2	10	104004	104013	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017516	ATTTA	2	10	104366	104375	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017516	AAATA	2	10	104376	104385	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017516	ATTAA	2	10	104400	104409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017516	CAGGT	2	10	105983	105992	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017516	TTTGA	2	10	106693	106702	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017516	AATGA	2	10	107585	107594	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017516	GAACA	2	10	109469	109478	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_017516	GCCGC	2	10	111945	111954	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_017516	TGCCG	2	10	118599	118608	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017516	TTATG	2	10	151215	151224	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017516	CTTTA	2	10	151822	151831	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017516	AATTT	2	10	156485	156494	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017516	TTTAT	2	10	172299	172308	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017516	TGCCG	2	10	173701	173710	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017516	TTTCC	2	10	176271	176280	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_017516	TGGCG	2	10	187574	187583	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017516	GTTTG	2	10	187598	187607	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017516	TAAAA	2	10	189717	189726	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017516	CTCTT	2	10	242482	242491	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017516	ATTTT	2	10	242543	242552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017516	CATTT	2	10	243498	243507	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017516	TTTTA	2	10	261074	261083	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017516	CATTA	2	10	293168	293177	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017516	GTTTG	2	10	293548	293557	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017516	TTTGA	2	10	293898	293907	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017516	TCATT	2	10	301142	301151	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017516	CGTGG	2	10	302822	302831	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017516	TAAAA	2	10	305808	305817	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017516	GTAGC	2	10	308088	308097	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017516	TCGTG	2	10	308305	308314	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017516	AGAAA	2	10	309266	309275	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017516	GGGAG	2	10	309930	309939	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017516	AGGTT	2	10	310872	310881	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017516	TTTGC	2	10	312599	312608	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017516	AAAGG	2	10	313075	313084	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017516	AAATA	2	10	315828	315837	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017516	TTTCG	2	10	319270	319279	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017516	CCGTC	2	10	321904	321913	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_017516	TTTGC	2	10	322483	322492	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017516	CGGCA	2	10	322759	322768	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_017516	AAAAC	2	10	327198	327207	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017516	CACGG	2	10	327259	327268	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
68	NC_017516	AAAGC	2	10	332533	332542	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017516	TTTCC	2	10	332579	332588	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017516	ATTGT	2	10	334896	334905	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017516	TGGCT	2	10	336325	336334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017516	GGCGG	2	10	338681	338690	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017516	CAAAA	2	10	340407	340416	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017516	ATTTG	2	10	352131	352140	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017516	TTTCT	2	10	372419	372428	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017516	TTTCT	2	10	373834	373843	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017516	TCTGT	2	10	382422	382431	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017516	CGGTA	2	10	386181	386190	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017516	TCAAA	2	10	391597	391606	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017516	AATAA	2	10	399274	399283	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017516	TCCTT	2	10	403430	403439	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017516	CAAAA	2	10	404467	404476	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_017516	TATGT	2	10	404627	404636	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017516	TGCCG	2	10	410632	410641	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017516	CGGGT	2	10	416993	417002	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017516	CATGC	2	10	417282	417291	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_017516	GCCGT	2	10	418837	418846	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017516	TTTTG	2	10	424131	424140	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017516	ACAAA	2	10	427598	427607	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017516	GCCGT	2	10	436704	436713	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017516	TAAAA	2	10	441010	441019	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017516	GATTG	2	10	441277	441286	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017516	GAAGA	10	50	456570	456619	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017516	AAGGC	2	10	460143	460152	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017516	GGCAA	2	10	464401	464410	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017516	TACAG	2	10	464505	464514	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017516	GTATT	2	10	464523	464532	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017516	ATTTT	2	10	472863	472872	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017516	AATTG	2	10	476641	476650	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017516	CGGAT	2	10	482415	482424	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017516	CGGAT	2	10	482513	482522	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017516	GTAAA	2	10	484063	484072	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017516	TGCCG	2	10	485883	485892	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017516	GGCGG	2	10	485913	485922	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017516	GCCGT	2	10	492106	492115	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_017516	ATAAA	2	10	493753	493762	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017516	GTTTT	2	10	502354	502363	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017516	ATGAA	2	10	505835	505844	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017516	GCGTT	2	10	507135	507144	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017516	TTCCG	2	10	513660	513669	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
111	NC_017516	GACGG	2	10	521052	521061	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_017516	TGGCT	2	10	525165	525174	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017516	CAAGC	2	10	525485	525494	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_017516	GTTTC	2	10	534438	534447	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017516	GCATA	2	10	543729	543738	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017516	AACGC	2	10	571320	571329	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
117	NC_017516	AACCT	2	10	577900	577909	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017516	TGAAA	2	10	596673	596682	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017516	GTAGC	2	10	601497	601506	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017516	TCGTG	2	10	601714	601723	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017516	AGAAA	2	10	602675	602684	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017516	GGGAG	2	10	603339	603348	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017516	AGGTT	2	10	604281	604290	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017516	TTTGC	2	10	606008	606017	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_017516	AATAG	2	10	608947	608956	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017516	TGCCG	2	10	615537	615546	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
127	NC_017516	ACAAA	2	10	625973	625982	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_017516	GAAGA	8	40	630878	630917	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017516	GAAAG	2	10	641986	641995	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017516	CAGGG	2	10	651537	651546	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017516	CTTAT	2	10	659520	659529	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017516	GGCGG	2	10	679590	679599	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017516	TGTAG	2	10	684676	684685	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017516	ATAAA	2	10	690675	690684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017516	AAAAT	2	10	691177	691186	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017516	GTAAT	2	10	699352	699361	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017516	GGAAA	2	10	711769	711778	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017516	AATTT	2	10	719010	719019	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017516	CGCGG	2	10	724912	724921	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017516	GGCGG	2	10	725167	725176	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017516	GGCGG	2	10	725657	725666	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017516	GAAAA	2	10	728411	728420	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017516	TCAAC	2	10	729933	729942	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017516	AACCT	2	10	729999	730008	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017516	AACCT	2	10	749009	749018	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_017516	AGGGG	2	10	750441	750450	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017516	TTCGC	2	10	750477	750486	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_017516	TTGCC	3	15	750636	750650	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
149	NC_017516	CTTAT	2	10	755243	755252	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_017516	AAATC	2	10	756980	756989	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
151	NC_017516	TAAGT	2	10	757078	757087	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017516	AAAAT	2	10	757094	757103	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017516	AATAA	2	10	759377	759386	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017516	TAAAT	2	10	761487	761496	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
155	NC_017516	TGAAA	2	10	767310	767319	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
156	NC_017516	TTCAA	2	10	768803	768812	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
157	NC_017516	GGAAA	2	10	774418	774427	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
158	NC_017516	GCGGT	2	10	774691	774700	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
159	NC_017516	TCAAA	2	10	780433	780442	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
160	NC_017516	TCGGT	2	10	787559	787568	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
161	NC_017516	TTTGA	2	10	795222	795231	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_017516	GAGCA	2	10	796287	796296	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017516	TGTTA	2	10	805250	805259	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017516	TTTTG	2	10	813452	813461	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_017516	CTTCT	14	70	815184	815253	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
166	NC_017516	CGCAG	2	10	815258	815267	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
167	NC_017516	GCGGG	2	10	816062	816071	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017516	CAAAC	2	10	817532	817541	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017516	AGGGC	2	10	818268	818277	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
170	NC_017516	GGTAA	2	10	826363	826372	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
171	NC_017516	CATTG	2	10	828647	828656	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_017516	CAAAT	2	10	828822	828831	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_017516	TTGTT	2	10	830793	830802	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_017516	CCAAT	2	10	834027	834036	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
175	NC_017516	GTTCA	2	10	834384	834393	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_017516	TGACC	2	10	835077	835086	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_017516	ACCGT	2	10	835328	835337	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
178	NC_017516	ATTCC	2	10	840740	840749	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
179	NC_017516	CAATG	2	10	853881	853890	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_017516	GGTTT	2	10	872738	872747	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
182	NC_017516	GAAAA	2	10	878197	878206	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
183	NC_017516	GATTT	2	10	893107	893116	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
184	NC_017516	AATTC	2	10	894301	894310	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
185	NC_017516	CTTTC	2	10	894825	894834	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_017516	AATAT	2	10	894894	894903	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_017516	GGCAT	2	10	895374	895383	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
188	NC_017516	GTAGG	2	10	899383	899392	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
189	NC_017516	TTTCG	2	10	903947	903956	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_017516	ATAAA	2	10	918843	918852	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_017516	AATAA	2	10	927134	927143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017516	TTTTG	2	10	927362	927371	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017516	TTTGC	2	10	927595	927604	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_017516	TGGAA	2	10	927797	927806	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017516	AATTT	2	10	929162	929171	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
197	NC_017516	ATTTA	2	10	930665	930674	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_017516	GGTCG	2	10	931600	931609	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
199	NC_017516	GCGGG	2	10	931862	931871	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
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271	NC_017516	TAGTT	2	10	1380025	1380034	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
272	NC_017516	GTATT	2	10	1380107	1380116	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_017516	CCGCA	2	10	1393757	1393766	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
277	NC_017516	CGTGC	2	10	1405989	1405998	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
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280	NC_017516	ACACA	2	10	1419738	1419747	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
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282	NC_017516	TTATC	2	10	1422613	1422622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
283	NC_017516	TCAAT	2	10	1445027	1445036	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
284	NC_017516	GGTTT	2	10	1446589	1446598	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
285	NC_017516	TCCAC	2	10	1448903	1448912	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
286	NC_017516	TTATC	2	10	1455175	1455184	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_017516	TTTCG	2	10	1456967	1456976	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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289	NC_017516	TTCAA	2	10	1466826	1466835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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392	NC_017516	CCCGT	2	10	2220300	2220309	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.