MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Lactobacillus salivarius CECT 5713 plasmid pHN3

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017499	TTGATC	2	12	2752	2763	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017499	ATAAAG	2	12	5665	5676	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839647
3	NC_017499	ATTGAA	2	12	5742	5753	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839647
4	NC_017499	ACATTA	2	12	8848	8859	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017499	GCCATT	2	12	9164	9175	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385839649
6	NC_017499	CAAAGG	2	12	10904	10915	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385839649
7	NC_017499	TATACA	2	12	11623	11634	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017499	TCAAAA	2	12	12400	12411	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839650
9	NC_017499	CAAACT	2	12	16064	16075	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839653
10	NC_017499	TAAATA	2	12	17260	17271	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839654
11	NC_017499	TGTAAA	2	12	17459	17470	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017499	AAGCTT	2	12	18867	18878	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839656
13	NC_017499	AAAAAT	2	12	24642	24653	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839659
14	NC_017499	TCAATT	2	12	25159	25170	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839660
15	NC_017499	ATGTAA	2	12	27027	27038	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839661
16	NC_017499	AATTAT	2	12	30747	30758	50 %	50 %	0 %	0 %	385839665
17	NC_017499	TACTAT	2	12	34544	34555	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839669
18	NC_017499	ATTAAA	2	12	38430	38441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839670
19	NC_017499	TAAAAG	2	12	39147	39158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839671
20	NC_017499	AAAATT	2	12	40484	40495	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839671
21	NC_017499	AATGTG	2	12	42038	42049	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017499	CAGGAA	2	12	46180	46191	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	385839674
23	NC_017499	CTGGTA	2	12	46993	47004	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	385839674
24	NC_017499	AATAAA	2	12	55457	55468	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017499	ATATCA	2	12	55897	55908	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839681
26	NC_017499	AAGAGA	2	12	56500	56511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017499	AATAGT	2	12	57379	57390	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839682
28	NC_017499	GCACCA	2	12	60432	60443	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	385839684
29	NC_017499	AGCCTA	2	12	63762	63773	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839686
30	NC_017499	ATTATA	2	12	64280	64291	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017499	AGCTAA	2	12	64594	64605	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839687
32	NC_017499	AGCTAA	2	12	65581	65592	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839687
33	NC_017499	TTTTTC	2	12	68515	68526	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017499	AAAGTC	2	12	69653	69664	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	385839690
35	NC_017499	TTCTTA	2	12	69746	69757	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839690
36	NC_017499	GATAAA	2	12	71806	71817	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017499	GTAACC	2	12	74586	74597	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839692
38	NC_017499	TCCAAC	2	12	75668	75679	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	385839693
39	NC_017499	AATTTT	2	12	76411	76422	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839694
40	NC_017499	GCTCAA	2	12	78817	78828	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	385839696
41	NC_017499	CTCAAA	2	12	79445	79456	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839697
42	NC_017499	AGTGAA	2	12	80062	80073	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385839697
43	NC_017499	ATCTAC	2	12	80339	80350	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839697
44	NC_017499	TGATAA	2	12	80663	80674	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839697
45	NC_017499	GCAGGT	2	12	80919	80930	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	385839698
46	NC_017499	AAATCT	2	12	82623	82634	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839700
47	NC_017499	GTTGAT	2	12	83804	83815	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017499	TGTAGA	2	12	84110	84121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017499	TTAGAT	2	12	84652	84663	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017499	GAATTA	2	12	88581	88592	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	385839705
51	NC_017499	CAATTA	2	12	95126	95137	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839713
52	NC_017499	TAAAAT	2	12	98782	98793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839715
53	NC_017499	TCTTTT	2	12	99224	99235	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839716
54	NC_017499	TGAACT	2	12	99716	99727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017499	ATCTTG	2	12	100262	100273	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839717
56	NC_017499	TTACTA	2	12	100581	100592	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839717
57	NC_017499	AAGACC	2	12	100847	100858	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385839717
58	NC_017499	CATTTT	2	12	101170	101181	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839717
59	NC_017499	AAAATG	2	12	102849	102860	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839718
60	NC_017499	AAATTT	2	12	103440	103451	50 %	50 %	0 %	0 %	385839718
61	NC_017499	AAAGCA	2	12	105390	105401	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	385839719
62	NC_017499	GAGTTT	2	12	106732	106743	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	385839719
63	NC_017499	AAATCA	2	12	107304	107315	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839719
64	NC_017499	TAAAAA	2	12	109077	109088	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839720
65	NC_017499	CGTCAT	2	12	110535	110546	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017499	TAGCAT	2	12	122369	122380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839726
67	NC_017499	TGTTGG	2	12	124960	124971	0 %	50 %	50 %	0 %	385839727
68	NC_017499	ATCAAA	2	12	126180	126191	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_017499	CTTCTA	2	12	126475	126486	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385839728
70	NC_017499	ACATCA	2	12	127967	127978	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017499	GATTAA	2	12	129008	129019	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017499	ATTAAA	2	12	132840	132851	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839732
73	NC_017499	CTGTTT	2	12	134333	134344	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385839733
74	NC_017499	TTTGCA	2	12	134671	134682	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839733
75	NC_017499	TTTTTG	2	12	134850	134861	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	385839733
76	NC_017499	GTTTGC	2	12	136100	136111	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	385839734
77	NC_017499	ACAGTT	2	12	137552	137563	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839735
78	NC_017499	ATCTTT	2	12	138253	138264	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017499	GTTTCA	2	12	138279	138290	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017499	AAATCA	2	12	140179	140190	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839736
81	NC_017499	TTTTCT	2	12	144726	144737	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839739
82	NC_017499	ACTTTG	2	12	147736	147747	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839742
83	NC_017499	ATTGAT	2	12	149915	149926	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017499	AAAATT	2	12	151754	151765	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017499	ATTAAA	2	12	154047	154058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017499	ATTCCG	2	12	156523	156534	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385839745
87	NC_017499	TTCATT	2	12	156763	156774	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	385839745
88	NC_017499	TTGATG	2	12	157865	157876	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017499	TGGTGA	2	12	159282	159293	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	385839746
90	NC_017499	CATTTA	2	12	160106	160117	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017499	TTTTAA	2	12	164576	164587	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385839749
92	NC_017499	GTATCA	2	12	170254	170265	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	385839752
93	NC_017499	TTCAAC	2	12	170863	170874	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839753
94	NC_017499	AAATTC	2	12	174954	174965	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839757
95	NC_017499	CTTTAA	2	12	175480	175491	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839757
96	NC_017499	ATTTTT	2	12	176584	176595	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017499	CATAAA	2	12	176836	176847	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	385839758
98	NC_017499	TCTTTT	2	12	182429	182440	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017499	ACCAAT	2	12	182991	183002	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839762
100	NC_017499	TTTAGC	2	12	187989	188000	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	385839767
101	NC_017499	AAATAT	2	12	188649	188660	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017499	CTTTTT	2	12	189881	189892	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839768
103	NC_017499	GTTACT	2	12	194847	194858	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_017499	ATCTTC	2	12	199208	199219	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	385839773
105	NC_017499	CTATAT	2	12	201110	201121	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	385839775
106	NC_017499	ACCATA	2	12	201435	201446	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	385839775
107	NC_017499	TTGCTT	2	12	202425	202436	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	385839775
108	NC_017499	CTAATC	2	12	204256	204267	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839776
109	NC_017499	ACCTAT	2	12	206935	206946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_017499	TATTCT	2	12	207630	207641	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_017499	TCAAAG	2	12	208419	208430	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_017499	ATACTG	2	12	208541	208552	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017499	GCTACT	2	12	210335	210346	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017499	AGAATA	2	12	215059	215070	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	385839784
115	NC_017499	TTCCTA	2	12	215773	215784	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_017499	CTTTTT	2	12	216564	216575	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	385839785
117	NC_017499	TTCTCT	2	12	219835	219846	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017499	AGCTTT	2	12	220183	220194	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_017499	TAAAAA	2	12	224305	224316	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	385839791
120	NC_017499	GCAACT	2	12	231673	231684	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017499	AATTAA	2	12	232307	232318	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385839796
122	NC_017499	CTATAA	2	12	234254	234265	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	385839798
123	NC_017499	GAAGTT	2	12	236691	236702	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385839801
124	NC_017499	AATTCC	2	12	237892	237903	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839802
125	NC_017499	ACTTAC	2	12	239094	239105	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385839802

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.