MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus ATCC 8530 chromosome

Total Repeats: 145

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017491	CTATTA	2	12	1626	1637	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017491	TAAAGG	2	12	32925	32936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017491	TGATCT	2	12	100361	100372	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_017491	GCTCAC	2	12	191279	191290	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
5	NC_017491	GCTCAC	2	12	234689	234700	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_017491	TGGCGA	2	12	250959	250970	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_017491	AATCGT	2	12	272311	272322	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_017491	CTGACA	2	12	280503	280514	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017491	CGGAGC	2	12	292400	292411	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_017491	TGGAAG	2	12	294596	294607	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017491	GTAGTT	2	12	306861	306872	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017491	GCTCAC	2	12	333208	333219	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_017491	GCTCAC	2	12	333330	333341	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
14	NC_017491	AATATT	2	12	350099	350110	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017491	TTTAAA	2	12	375445	375456	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017491	GATACT	2	12	396276	396287	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017491	CCTTGA	2	12	424983	424994	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_017491	CATTGA	2	12	427405	427416	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017491	TGACTT	2	12	430283	430294	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017491	CAAAGA	2	12	430441	430452	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_017491	AATATC	2	12	465292	465303	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_017491	TATCGA	2	12	479823	479834	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017491	CTCTAT	2	12	485528	485539	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017491	GAAAAA	2	12	497836	497847	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017491	AAAACA	2	12	512994	513005	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_017491	AAGGTA	2	12	520810	520821	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017491	TGAAAA	2	12	526427	526438	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017491	CGGCAG	2	12	568059	568070	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017491	TAACAA	2	12	568416	568427	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_017491	CAAGGT	2	12	572795	572806	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017491	CAAGGA	2	12	588572	588583	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017491	GTGAGC	2	12	598739	598750	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_017491	CGATTA	2	12	643013	643024	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_017491	TGAGCA	2	12	677232	677243	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017491	GCTCAC	2	12	684275	684286	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017491	TCGCAG	2	12	684297	684308	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_017491	TCGCAG	2	12	684546	684557	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017491	ATTTTT	2	12	700048	700059	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017491	GTTTTT	2	12	759657	759668	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017491	GTTCTG	2	12	780940	780951	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017491	ATTTTC	2	12	780983	780994	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017491	GGAATT	2	12	800747	800758	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017491	CGGAGC	2	12	803571	803582	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_017491	TGGAAG	2	12	805767	805778	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017491	TCGCTT	2	12	808961	808972	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017491	TATACT	2	12	812068	812079	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017491	CGGAGC	2	12	823595	823606	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_017491	TGGAAG	2	12	825791	825802	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017491	AAACAA	2	12	842234	842245	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017491	GCTCAC	2	12	846393	846404	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
51	NC_017491	CAGAAG	2	12	881636	881647	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_017491	TTTCTG	2	12	902568	902579	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017491	GCTCAC	2	12	909022	909033	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017491	TCGCAG	2	12	927151	927162	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_017491	ATTTTA	2	12	947819	947830	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017491	ATTTAA	2	12	975477	975488	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017491	AATGAA	2	12	1008920	1008931	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017491	ATCAGT	2	12	1014992	1015003	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_017491	AGCTGC	2	12	1029505	1029516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017491	GCTCAC	2	12	1032477	1032488	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_017491	GCTCAC	2	12	1041497	1041508	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
62	NC_017491	TAAAAT	2	12	1055504	1055515	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017491	CCAGCC	2	12	1064483	1064494	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_017491	TAAAGT	2	12	1086228	1086239	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017491	GCTCAC	2	12	1118690	1118701	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017491	TGGGTG	2	12	1138278	1138289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017491	GTGAGC	2	12	1140383	1140394	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_017491	ACTTCG	2	12	1144046	1144057	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_017491	GCTCAC	2	12	1205901	1205912	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017491	TCACAC	2	12	1298960	1298971	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017491	GATAGT	2	12	1318309	1318320	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017491	TTCAAT	2	12	1318859	1318870	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017491	CGGTCT	2	12	1328154	1328165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017491	ATCAAT	2	12	1340387	1340398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017491	GCTCAC	2	12	1355587	1355598	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
76	NC_017491	TGGTCG	2	12	1364140	1364151	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_017491	GGTTGA	2	12	1426967	1426978	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017491	TGCAGA	2	12	1427663	1427674	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017491	GTGAGC	2	12	1447244	1447255	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_017491	CATCAA	2	12	1474465	1474476	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017491	CTGTGA	2	12	1478464	1478475	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_017491	CGCCCA	2	12	1478559	1478570	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_017491	ACTACC	2	12	1521893	1521904	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_017491	GTTAAC	2	12	1533405	1533416	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017491	ACTGTC	2	12	1555755	1555766	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017491	CCTGCC	2	12	1614392	1614403	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_017491	ATTTTT	2	12	1614986	1614997	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017491	TATTTT	2	12	1622934	1622945	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017491	GTCATT	2	12	1760550	1760561	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_017491	GTGAGC	2	12	1766998	1767009	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_017491	ACGTTT	2	12	1770284	1770295	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017491	GCTCAC	2	12	1806054	1806065	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017491	CACTTC	2	12	1817496	1817507	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_017491	GCTCCG	2	12	1819694	1819705	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
95	NC_017491	GCTCAC	2	12	1843935	1843946	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_017491	GTGAGC	2	12	1849847	1849858	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017491	TGCACA	2	12	1877721	1877732	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017491	AGTTGC	2	12	1897533	1897544	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017491	ATCAAT	2	12	2020715	2020726	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017491	GTATCG	2	12	2025440	2025451	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017491	GCTCAC	2	12	2033911	2033922	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_017491	GAAGCA	2	12	2038957	2038968	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_017491	ATTGTT	2	12	2039142	2039153	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017491	GCTCAC	2	12	2130039	2130050	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017491	GCTTGT	2	12	2131097	2131108	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_017491	TCGCAG	2	12	2166021	2166032	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017491	TCGTTG	2	12	2176399	2176410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_017491	ACTTTA	2	12	2176696	2176707	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_017491	GTGAGC	2	12	2202217	2202228	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_017491	ACTTGC	2	12	2238314	2238325	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017491	CCGATG	2	12	2238453	2238464	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017491	AAAAGA	2	12	2244438	2244449	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017491	GTTGCA	2	12	2262653	2262664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_017491	GATTTA	2	12	2291254	2291265	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017491	GTGAGC	2	12	2323305	2323316	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_017491	CCTGCT	2	12	2323577	2323588	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017491	GCAACT	2	12	2360044	2360055	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_017491	CCGACA	2	12	2384953	2384964	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
119	NC_017491	CAGAAT	2	12	2393829	2393840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_017491	TTGATG	2	12	2404135	2404146	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017491	CTGCGA	2	12	2414428	2414439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_017491	TCACGC	2	12	2437269	2437280	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_017491	ACGATA	2	12	2442049	2442060	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_017491	TTGGCG	2	12	2443962	2443973	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_017491	TTTGAC	2	12	2463733	2463744	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_017491	CACTTC	2	12	2465008	2465019	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
127	NC_017491	GCTCCG	2	12	2467206	2467217	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
128	NC_017491	TTGTGA	2	12	2509151	2509162	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017491	GCTTAT	2	12	2510194	2510205	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_017491	GGAAAC	2	12	2550342	2550353	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
131	NC_017491	AGACCT	2	12	2574368	2574379	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_017491	AAAAAC	2	12	2586385	2586396	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017491	CAGTTT	2	12	2633642	2633653	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_017491	TAGCAT	2	12	2641435	2641446	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_017491	ATGCTT	2	12	2662171	2662182	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_017491	TCTGCT	2	12	2779443	2779454	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017491	ATCAAA	2	12	2818990	2819001	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_017491	TCGCAG	3	18	2859900	2859917	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017491	CGATTA	2	12	2872690	2872701	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_017491	CCGTTC	2	12	2872721	2872732	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
141	NC_017491	GCTCAC	2	12	2877429	2877440	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
142	NC_017491	TTCGTC	2	12	2909181	2909192	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_017491	GAAAAA	2	12	2918652	2918663	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017491	ATTTTT	2	12	2920787	2920798	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017491	AACGAC	2	12	2958976	2958987	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.