MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus rhamnosus ATCC 8530 chromosome

Total Repeats: 364

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017491	TATAT	2	10	1650	1659	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017491	TAAAA	2	10	3254	3263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017491	TAGGC	2	10	3465	3474	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017491	AAAAT	2	10	10187	10196	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017491	ATTTG	2	10	14372	14381	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017491	GATTT	2	10	36480	36489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017491	TTAAT	2	10	36695	36704	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017491	AAGGA	2	10	37827	37836	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017491	TAGAT	2	10	41989	41998	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017491	ATCGC	2	10	93734	93743	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_017491	ATCAT	2	10	103875	103884	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017491	CCATG	2	10	108594	108603	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017491	AAAAC	2	10	109392	109401	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017491	CAAAA	2	10	122805	122814	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017491	AACCA	2	10	125245	125254	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_017491	GCAAG	2	10	158638	158647	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017491	AAGTC	2	10	181453	181462	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017491	TAAGC	2	10	189417	189426	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017491	AAATT	2	10	207557	207566	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017491	GAAGG	2	10	217225	217234	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017491	GACCC	2	10	220802	220811	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
22	NC_017491	AAGGT	2	10	223358	223367	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017491	TGAGG	2	10	223746	223755	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017491	TATCA	2	10	252003	252012	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017491	ATTTG	2	10	281590	281599	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017491	CAAAA	2	10	285104	285113	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017491	TGGGA	2	10	289683	289692	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017491	GTCTG	2	10	290712	290721	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017491	TCGTG	2	10	291046	291055	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017491	TCGCA	2	10	291707	291716	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_017491	AAACG	2	10	292120	292129	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017491	GAGAT	2	10	294533	294542	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017491	AAGAT	2	10	294893	294902	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017491	AGCGC	2	10	364115	364124	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
35	NC_017491	TGATT	2	10	366136	366145	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017491	ATGCT	2	10	371390	371399	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017491	ACTAT	2	10	383124	383133	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017491	GAGTC	2	10	383548	383557	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017491	GCGAT	2	10	386053	386062	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017491	AACTG	2	10	386260	386269	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017491	GCTTG	2	10	392402	392411	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_017491	TGTAT	2	10	402697	402706	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017491	CAGAG	2	10	417859	417868	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017491	GTTTT	2	10	424668	424677	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017491	TCAAT	2	10	427555	427564	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017491	GAAGA	2	10	440333	440342	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017491	CAGCA	2	10	448261	448270	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017491	CTGGC	2	10	452012	452021	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_017491	GTGAC	2	10	479389	479398	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017491	CGGAT	2	10	479849	479858	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017491	ATTTT	2	10	485594	485603	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017491	TTTAG	2	10	497298	497307	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017491	CGTCA	2	10	498117	498126	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017491	TTGCT	2	10	508809	508818	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017491	TATTG	2	10	513784	513793	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017491	AAATG	2	10	518925	518934	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017491	AAAAG	2	10	520353	520362	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017491	ATGCA	2	10	523176	523185	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017491	TTTCA	2	10	528980	528989	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_017491	AATAA	2	10	552861	552870	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017491	GAAGT	2	10	561120	561129	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017491	TGATT	2	10	563058	563067	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017491	AATCT	2	10	568225	568234	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017491	CAAAC	2	10	598872	598881	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_017491	ATTCA	2	10	599554	599563	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017491	CCTTT	2	10	603678	603687	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
67	NC_017491	TGAAA	2	10	607801	607810	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017491	ATTTT	2	10	609842	609851	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017491	GGATT	2	10	609975	609984	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017491	ACAGC	2	10	613071	613080	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_017491	TCAAA	2	10	617049	617058	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017491	AAAAG	2	10	621601	621610	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017491	TAAAA	2	10	636953	636962	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017491	CTCAC	2	10	653265	653274	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
75	NC_017491	CGATT	2	10	660381	660390	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017491	ATGCT	2	10	663312	663321	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017491	GTTGG	2	10	668370	668379	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017491	TTTCT	2	10	668609	668618	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017491	TTCTA	2	10	680262	680271	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017491	CATTT	2	10	689523	689532	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_017491	CATGC	2	10	695135	695144	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_017491	GTAAA	2	10	699581	699590	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017491	ACAAA	2	10	703813	703822	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017491	TATAA	2	10	726154	726163	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017491	TTTGG	2	10	726609	726618	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017491	CCAGC	2	10	726956	726965	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_017491	ATAGA	2	10	760919	760928	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017491	AGCAA	2	10	775178	775187	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017491	AATGA	2	10	799916	799925	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017491	ACGAT	2	10	800510	800519	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017491	GTCTG	2	10	801883	801892	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017491	TCGTG	2	10	802217	802226	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017491	TCGCA	2	10	802878	802887	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017491	AAACG	2	10	803291	803300	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017491	GAGAT	2	10	805704	805713	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017491	TGGTA	2	10	810027	810036	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017491	GTCTG	2	10	821907	821916	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017491	TCGTG	2	10	822241	822250	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_017491	TCGCA	2	10	822902	822911	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017491	AAACG	2	10	823315	823324	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017491	GAGAT	2	10	825728	825737	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017491	CCCAG	2	10	829252	829261	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
103	NC_017491	ACTGA	2	10	834933	834942	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017491	GTTTA	2	10	837904	837913	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017491	CATTT	2	10	842292	842301	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017491	TCATT	2	10	854301	854310	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
107	NC_017491	CATAG	2	10	858226	858235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017491	TCGCT	2	10	861428	861437	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017491	ATTTT	2	10	896353	896362	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017491	GTTTA	2	10	918283	918292	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017491	ATTTA	2	10	929853	929862	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017491	GTTTT	2	10	946268	946277	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017491	AGTTT	2	10	957784	957793	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017491	TGAAT	2	10	973198	973207	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017491	CACTT	2	10	992893	992902	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017491	GACCC	2	10	993188	993197	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_017491	GAGCC	2	10	993297	993306	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
118	NC_017491	TTTTA	2	10	1017161	1017170	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017491	TTTAG	2	10	1025776	1025785	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017491	TGGAG	2	10	1034017	1034026	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017491	CACCT	2	10	1035196	1035205	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_017491	TTTTA	2	10	1040207	1040216	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017491	TGAGT	2	10	1041369	1041378	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017491	TGGGG	2	10	1041698	1041707	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017491	TAGTA	2	10	1043749	1043758	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017491	AAAAT	2	10	1044913	1044922	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017491	AAGAT	2	10	1046114	1046123	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017491	TGCTA	2	10	1047319	1047328	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017491	ATGCT	2	10	1060449	1060458	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017491	CAAAA	2	10	1064938	1064947	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017491	ACGAT	2	10	1076640	1076649	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017491	ACTAA	2	10	1079247	1079256	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017491	TGGGG	2	10	1079830	1079839	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017491	GCTTG	2	10	1080606	1080615	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_017491	AAATT	2	10	1085348	1085357	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017491	GCACG	2	10	1087506	1087515	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017491	TCAAA	2	10	1094505	1094514	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017491	CAAAA	2	10	1101290	1101299	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017491	CTGGG	2	10	1108905	1108914	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017491	ATGTC	2	10	1123697	1123706	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
141	NC_017491	CTATG	2	10	1150359	1150368	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017491	TTTTA	2	10	1158565	1158574	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017491	GAATT	2	10	1158861	1158870	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017491	ATTTT	2	10	1159462	1159471	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017491	TTATC	2	10	1170457	1170466	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017491	ACTGA	2	10	1184957	1184966	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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282	NC_017491	TGTGC	2	10	2346832	2346841	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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286	NC_017491	TACGC	2	10	2388064	2388073	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
287	NC_017491	ATTTC	2	10	2415381	2415390	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
288	NC_017491	GCAGA	2	10	2422409	2422418	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
289	NC_017491	GACCC	2	10	2422426	2422435	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
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292	NC_017491	ACCTG	2	10	2442143	2442152	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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294	NC_017491	AAGCC	2	10	2446788	2446797	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
295	NC_017491	AAACG	2	10	2447389	2447398	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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320	NC_017491	TGGCC	2	10	2573862	2573871	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
321	NC_017491	TGTTT	2	10	2573960	2573969	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
322	NC_017491	CCAAA	2	10	2575562	2575571	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
323	NC_017491	GGTAT	2	10	2588061	2588070	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
324	NC_017491	ACCCT	2	10	2599801	2599810	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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331	NC_017491	GTGAT	2	10	2647399	2647408	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
332	NC_017491	GGCTG	2	10	2647708	2647717	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
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338	NC_017491	TGAAC	2	10	2682072	2682081	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
339	NC_017491	CATTT	2	10	2700186	2700195	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
340	NC_017491	ACATA	2	10	2706481	2706490	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
341	NC_017491	CCCAA	2	10	2706748	2706757	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
342	NC_017491	CTTTT	2	10	2739783	2739792	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
343	NC_017491	TCTTG	2	10	2740516	2740525	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
344	NC_017491	CCAGC	2	10	2755561	2755570	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
345	NC_017491	AAGGT	2	10	2755695	2755704	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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352	NC_017491	GGGTT	2	10	2785560	2785569	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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359	NC_017491	CAATC	2	10	2891324	2891333	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
360	NC_017491	TTAAC	2	10	2893260	2893269	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
361	NC_017491	AAATG	2	10	2905375	2905384	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
362	NC_017491	GCTAA	2	10	2921601	2921610	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
363	NC_017491	GATTT	2	10	2946922	2946931	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
364	NC_017491	TTTGC	2	10	2951373	2951382	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.