MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus johnsonii DPC 6026 chromosome

Total Repeats: 283

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017477	TATAA	2	10	11047	11056	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017477	CTATA	2	10	15006	15015	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017477	TTTTA	2	10	17196	17205	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017477	AAAAT	2	10	19413	19422	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017477	TAACT	2	10	19428	19437	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_017477	TATTT	2	10	23621	23630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017477	GCTAA	2	10	23677	23686	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
8	NC_017477	TAATA	2	10	25423	25432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017477	AGAAA	2	10	25490	25499	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017477	AAATC	2	10	29640	29649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017477	TCTGA	2	10	32434	32443	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_017477	TCCAG	2	10	34598	34607	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_017477	AGCCC	2	10	34670	34679	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_017477	CTTTG	2	10	39367	39376	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_017477	CTTTT	2	10	39643	39652	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017477	AGGAA	2	10	50164	50173	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017477	GCACT	2	10	57085	57094	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_017477	TATTT	2	10	57228	57237	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017477	ATATT	2	10	57304	57313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017477	CAAAA	2	10	58118	58127	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017477	TACAA	2	10	59718	59727	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017477	TTTAG	2	10	60032	60041	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017477	ATAAA	2	10	81366	81375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017477	GTTTT	2	10	82400	82409	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017477	TAAAT	2	10	91800	91809	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017477	AGTAA	2	10	91966	91975	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017477	ATAAA	2	10	99374	99383	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017477	AGAGT	2	10	110777	110786	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017477	AAAAG	2	10	112892	112901	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017477	CAATA	2	10	115423	115432	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017477	GAATA	2	10	129909	129918	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017477	TTAAA	2	10	144811	144820	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017477	ATTTT	2	10	155036	155045	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017477	TGATA	2	10	155771	155780	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017477	ATAGA	2	10	165091	165100	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017477	TATAA	2	10	171297	171306	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017477	AATAA	2	10	172428	172437	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017477	TGTTA	2	10	183294	183303	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017477	AGATT	2	10	193990	193999	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017477	TTATT	2	10	202061	202070	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017477	AAAAG	2	10	204219	204228	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017477	CTTTC	2	10	204923	204932	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017477	ATTTT	2	10	224255	224264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017477	TTTTA	2	10	226295	226304	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017477	TAAAA	2	10	230187	230196	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017477	TAAAT	2	10	230885	230894	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017477	TATCT	2	10	234863	234872	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_017477	AATTT	2	10	236437	236446	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017477	TAAAA	2	10	249210	249219	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017477	AAAGA	2	10	264738	264747	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017477	AAATT	2	10	266391	266400	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017477	ATAGT	2	10	270781	270790	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017477	TCCTT	2	10	275874	275883	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017477	CTTTT	2	10	280241	280250	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017477	TTTTG	2	10	280449	280458	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017477	AGATT	2	10	281194	281203	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017477	AATTG	2	10	281512	281521	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017477	ATTTA	2	10	293129	293138	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017477	AGTAA	2	10	295678	295687	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017477	AGAAA	2	10	347321	347330	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017477	AAAGA	2	10	350412	350421	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017477	TAAAA	2	10	350458	350467	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017477	TGACA	2	10	373879	373888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017477	TAAAA	2	10	378301	378310	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017477	AGTGC	2	10	378366	378375	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017477	TTTAA	2	10	378415	378424	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017477	TTTAA	2	10	379166	379175	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017477	TTTTA	2	10	381427	381436	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017477	GAACT	2	10	398058	398067	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017477	ATTAT	2	10	402159	402168	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017477	GAAAA	2	10	402334	402343	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017477	TTCTA	2	10	413777	413786	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017477	AATAT	2	10	414618	414627	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017477	CAAGC	2	10	433512	433521	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_017477	ATCTT	2	10	433580	433589	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017477	TTTTA	2	10	460572	460581	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017477	GAATT	2	10	468592	468601	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017477	AAACA	2	10	472957	472966	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017477	AAAAT	2	10	474573	474582	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017477	GAGAT	2	10	474972	474981	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017477	TGATT	2	10	481383	481392	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017477	TATGA	2	10	489350	489359	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017477	CTTTT	2	10	489787	489796	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017477	ATAAA	2	10	504593	504602	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017477	CTCTA	2	10	516284	516293	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
86	NC_017477	ATATT	2	10	518263	518272	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017477	CAATT	2	10	529115	529124	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017477	ATATA	2	10	546809	546818	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017477	GGTAA	2	10	547270	547279	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017477	TCGTG	2	10	548087	548096	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_017477	TAAGG	2	10	550153	550162	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017477	TTGAA	2	10	550663	550672	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017477	TGAAA	2	10	584839	584848	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017477	ATTAG	2	10	596574	596583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017477	TGAGA	2	10	596823	596832	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017477	CAAAA	2	10	600944	600953	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017477	AAAAT	2	10	602562	602571	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017477	TAAAA	2	10	602798	602807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017477	TAAGA	2	10	604142	604151	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017477	AAAAG	2	10	622544	622553	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017477	AAAAG	2	10	628912	628921	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017477	TAGAA	2	10	631690	631699	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017477	ACATT	2	10	647343	647352	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_017477	AAGGA	2	10	648299	648308	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017477	AGAAA	2	10	654499	654508	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017477	TAAAA	2	10	678095	678104	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017477	CTTTC	2	10	682350	682359	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017477	TAAGG	2	10	686204	686213	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017477	TTTTA	2	10	700730	700739	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017477	TTTAA	2	10	700807	700816	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017477	TTGGT	2	10	704433	704442	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017477	TATTT	2	10	704870	704879	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017477	ATTTA	2	10	715981	715990	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017477	CATTT	2	10	718062	718071	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017477	ATTTT	2	10	718317	718326	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017477	TGTTT	2	10	719933	719942	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017477	TTAAA	2	10	722840	722849	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017477	TGAAT	2	10	728154	728163	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017477	GATAA	2	10	741589	741598	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017477	ATTTA	2	10	751495	751504	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017477	TAAAC	2	10	756766	756775	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017477	TTACT	2	10	784901	784910	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017477	AAAAT	2	10	788549	788558	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017477	AAAAT	2	10	793258	793267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017477	AAGAA	2	10	822385	822394	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017477	TTCTT	2	10	822409	822418	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017477	ATTTA	2	10	847748	847757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017477	CTTAA	2	10	851455	851464	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017477	CAACT	2	10	852504	852513	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_017477	TGAAC	2	10	855513	855522	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017477	AAGTC	2	10	855930	855939	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017477	GGCTT	2	10	855949	855958	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017477	ATATA	2	10	857371	857380	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017477	TGTTT	2	10	883029	883038	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017477	TAAAA	2	10	890841	890850	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017477	AAATA	2	10	891469	891478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017477	TTATT	2	10	891491	891500	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017477	GTACA	2	10	936452	936461	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
139	NC_017477	TTAAT	2	10	961825	961834	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017477	ATTTA	2	10	977759	977768	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017477	AAAAT	2	10	992630	992639	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017477	TCAGA	2	10	998056	998065	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017477	TATTT	2	10	998168	998177	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017477	ATGGT	2	10	998209	998218	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017477	AAGAG	2	10	1001691	1001700	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017477	ATTTT	2	10	1013478	1013487	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017477	ATTAA	2	10	1018252	1018261	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017477	ATTTA	2	10	1018280	1018289	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.