MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei BD-II plasmid pBD-II

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017476	CTGC	2	8	1233	1240	0 %	25 %	25 %	50 %	385824842
2	NC_017476	AAAT	2	8	1427	1434	75 %	25 %	0 %	0 %	385824842
3	NC_017476	GCTC	2	8	1883	1890	0 %	25 %	25 %	50 %	385824842
4	NC_017476	TGTT	2	8	2156	2163	0 %	75 %	25 %	0 %	385824842
5	NC_017476	TGAC	2	8	2667	2674	25 %	25 %	25 %	25 %	385824843
6	NC_017476	AACT	2	8	2837	2844	50 %	25 %	0 %	25 %	385824843
7	NC_017476	TGAT	2	8	3135	3142	25 %	50 %	25 %	0 %	385824843
8	NC_017476	TCAT	2	8	3421	3428	25 %	50 %	0 %	25 %	385824843
9	NC_017476	GGCT	2	8	3985	3992	0 %	25 %	50 %	25 %	385824843
10	NC_017476	TGAT	2	8	4197	4204	25 %	50 %	25 %	0 %	385824843
11	NC_017476	CAGC	2	8	4274	4281	25 %	0 %	25 %	50 %	385824843
12	NC_017476	AATG	2	8	4316	4323	50 %	25 %	25 %	0 %	385824843
13	NC_017476	TTCT	2	8	5150	5157	0 %	75 %	0 %	25 %	385824846
14	NC_017476	TTGC	2	8	5422	5429	0 %	50 %	25 %	25 %	385824847
15	NC_017476	CAAA	2	8	7008	7015	75 %	0 %	0 %	25 %	385824848
16	NC_017476	TGAT	2	8	7841	7848	25 %	50 %	25 %	0 %	385824850
17	NC_017476	CTGC	2	8	8519	8526	0 %	25 %	25 %	50 %	385824851
18	NC_017476	ACCA	2	8	8532	8539	50 %	0 %	0 %	50 %	385824851
19	NC_017476	GGAT	2	8	8934	8941	25 %	25 %	50 %	0 %	385824851
20	NC_017476	CTTT	2	8	9091	9098	0 %	75 %	0 %	25 %	385824851
21	NC_017476	GTTT	2	8	9526	9533	0 %	75 %	25 %	0 %	385824851
22	NC_017476	TTTG	2	8	9905	9912	0 %	75 %	25 %	0 %	385824851
23	NC_017476	TCCG	2	8	10041	10048	0 %	25 %	25 %	50 %	385824851
24	NC_017476	ACCA	2	8	10159	10166	50 %	0 %	0 %	50 %	385824851
25	NC_017476	CTCC	2	8	10453	10460	0 %	25 %	0 %	75 %	385824851
26	NC_017476	CAGA	2	8	11028	11035	50 %	0 %	25 %	25 %	385824852
27	NC_017476	CGTT	2	8	11403	11410	0 %	50 %	25 %	25 %	385824852
28	NC_017476	ATCA	2	8	11578	11585	50 %	25 %	0 %	25 %	385824852
29	NC_017476	ACAG	2	8	11837	11844	50 %	0 %	25 %	25 %	385824852
30	NC_017476	TGCT	2	8	11852	11859	0 %	50 %	25 %	25 %	385824852
31	NC_017476	TTGA	2	8	11953	11960	25 %	50 %	25 %	0 %	385824852
32	NC_017476	TGGT	2	8	12573	12580	0 %	50 %	50 %	0 %	385824852
33	NC_017476	CTTG	2	8	13182	13189	0 %	50 %	25 %	25 %	385824852
34	NC_017476	ACTC	2	8	13608	13615	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017476	GTTT	2	8	13654	13661	0 %	75 %	25 %	0 %	385824853
36	NC_017476	ACAT	2	8	13904	13911	50 %	25 %	0 %	25 %	385824853
37	NC_017476	CCGG	2	8	13921	13928	0 %	0 %	50 %	50 %	385824853
38	NC_017476	ACCA	2	8	14594	14601	50 %	0 %	0 %	50 %	385824854
39	NC_017476	TTAT	2	8	14694	14701	25 %	75 %	0 %	0 %	385824855
40	NC_017476	TCAG	2	8	14726	14733	25 %	25 %	25 %	25 %	385824855
41	NC_017476	GTTC	2	8	14748	14755	0 %	50 %	25 %	25 %	385824855
42	NC_017476	TGAC	2	8	14786	14793	25 %	25 %	25 %	25 %	385824855
43	NC_017476	TCGA	2	8	15001	15008	25 %	25 %	25 %	25 %	385824855
44	NC_017476	GCTG	2	8	15228	15235	0 %	25 %	50 %	25 %	385824855
45	NC_017476	GCCG	2	8	15360	15367	0 %	0 %	50 %	50 %	385824855
46	NC_017476	ACCC	2	8	16018	16025	25 %	0 %	0 %	75 %	385824855
47	NC_017476	ACTG	2	8	17100	17107	25 %	25 %	25 %	25 %	385824857
48	NC_017476	AAGC	2	8	17384	17391	50 %	0 %	25 %	25 %	385824857
49	NC_017476	CTGT	2	8	17824	17831	0 %	50 %	25 %	25 %	385824857
50	NC_017476	ATGA	2	8	18610	18617	50 %	25 %	25 %	0 %	385824857
51	NC_017476	GGAC	2	8	18930	18937	25 %	0 %	50 %	25 %	385824859
52	NC_017476	AAGA	2	8	19116	19123	75 %	0 %	25 %	0 %	385824859
53	NC_017476	CTTT	2	8	19202	19209	0 %	75 %	0 %	25 %	385824859
54	NC_017476	TTGA	2	8	20340	20347	25 %	50 %	25 %	0 %	385824862
55	NC_017476	ATCA	2	8	21332	21339	50 %	25 %	0 %	25 %	385824863
56	NC_017476	TTTA	2	8	21387	21394	25 %	75 %	0 %	0 %	385824864
57	NC_017476	CGGC	2	8	22324	22331	0 %	0 %	50 %	50 %	385824865
58	NC_017476	GGGT	2	8	22698	22705	0 %	25 %	75 %	0 %	385824866
59	NC_017476	TTAT	2	8	22877	22884	25 %	75 %	0 %	0 %	385824866
60	NC_017476	ATTT	2	8	23068	23075	25 %	75 %	0 %	0 %	385824866
61	NC_017476	AATT	2	8	23350	23357	50 %	50 %	0 %	0 %	385824866
62	NC_017476	GAAT	2	8	24168	24175	50 %	25 %	25 %	0 %	385824867
63	NC_017476	TCAA	2	8	24735	24742	50 %	25 %	0 %	25 %	385824868
64	NC_017476	TCAA	2	8	25416	25423	50 %	25 %	0 %	25 %	385824869
65	NC_017476	ACTT	2	8	25630	25637	25 %	50 %	0 %	25 %	385824869
66	NC_017476	ATTT	2	8	26436	26443	25 %	75 %	0 %	0 %	385824870
67	NC_017476	GCTA	2	8	28121	28128	25 %	25 %	25 %	25 %	385824873
68	NC_017476	CTGA	2	8	28151	28158	25 %	25 %	25 %	25 %	385824873
69	NC_017476	TAAG	2	8	28763	28770	50 %	25 %	25 %	0 %	385824873
70	NC_017476	AACC	2	8	28960	28967	50 %	0 %	0 %	50 %	385824873
71	NC_017476	ATAG	2	8	28976	28983	50 %	25 %	25 %	0 %	385824873
72	NC_017476	AGAT	2	8	29279	29286	50 %	25 %	25 %	0 %	385824873
73	NC_017476	AATA	2	8	29577	29584	75 %	25 %	0 %	0 %	385824873
74	NC_017476	AATT	2	8	30228	30235	50 %	50 %	0 %	0 %	385824874
75	NC_017476	AATT	2	8	30851	30858	50 %	50 %	0 %	0 %	385824874
76	NC_017476	TGAC	2	8	31289	31296	25 %	25 %	25 %	25 %	385824874
77	NC_017476	CAAA	2	8	32011	32018	75 %	0 %	0 %	25 %	385824874
78	NC_017476	ATTG	2	8	32804	32811	25 %	50 %	25 %	0 %	385824874
79	NC_017476	CTTG	2	8	33094	33101	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_017476	TCAA	2	8	33354	33361	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017476	TCTA	2	8	33532	33539	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_017476	TTAT	2	8	33602	33609	25 %	75 %	0 %	0 %	385824875
83	NC_017476	ATTC	2	8	33614	33621	25 %	50 %	0 %	25 %	385824875
84	NC_017476	TGAT	2	8	33651	33658	25 %	50 %	25 %	0 %	385824875
85	NC_017476	GATT	2	8	34845	34852	25 %	50 %	25 %	0 %	385824876
86	NC_017476	CCAA	2	8	34964	34971	50 %	0 %	0 %	50 %	385824876
87	NC_017476	TATC	2	8	35321	35328	25 %	50 %	0 %	25 %	385824876
88	NC_017476	GGAC	2	8	35443	35450	25 %	0 %	50 %	25 %	385824876
89	NC_017476	CATT	2	8	36049	36056	25 %	50 %	0 %	25 %	385824877
90	NC_017476	ACCA	2	8	37622	37629	50 %	0 %	0 %	50 %	385824882
91	NC_017476	TCTT	2	8	37895	37902	0 %	75 %	0 %	25 %	385824883
92	NC_017476	GTCA	2	8	38194	38201	25 %	25 %	25 %	25 %	385824883
93	NC_017476	GGTT	2	8	38766	38773	0 %	50 %	50 %	0 %	385824884
94	NC_017476	TCAT	2	8	39393	39400	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017476	CATC	2	8	39834	39841	25 %	25 %	0 %	50 %	385824885
96	NC_017476	GATT	2	8	40848	40855	25 %	50 %	25 %	0 %	385824887
97	NC_017476	TTCC	2	8	41001	41008	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017476	TCAT	2	8	41257	41264	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017476	TCTT	2	8	42516	42523	0 %	75 %	0 %	25 %	385824888
100	NC_017476	GATT	2	8	42655	42662	25 %	50 %	25 %	0 %	385824888
101	NC_017476	CTGC	2	8	42762	42769	0 %	25 %	25 %	50 %	385824888
102	NC_017476	CTTG	2	8	43984	43991	0 %	50 %	25 %	25 %	385824888
103	NC_017476	TTAG	2	8	44187	44194	25 %	50 %	25 %	0 %	385824888
104	NC_017476	GTTA	2	8	44639	44646	25 %	50 %	25 %	0 %	385824888
105	NC_017476	GATG	2	8	45051	45058	25 %	25 %	50 %	0 %	385824888
106	NC_017476	TCAG	2	8	45615	45622	25 %	25 %	25 %	25 %	385824888
107	NC_017476	AAAG	2	8	46969	46976	75 %	0 %	25 %	0 %	385824890
108	NC_017476	TGGC	2	8	47948	47955	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
109	NC_017476	ACTG	2	8	48106	48113	25 %	25 %	25 %	25 %	385824891
110	NC_017476	TTTA	2	8	48751	48758	25 %	75 %	0 %	0 %	385824892
111	NC_017476	AAAG	2	8	49275	49282	75 %	0 %	25 %	0 %	385824893
112	NC_017476	CAAG	2	8	49952	49959	50 %	0 %	25 %	25 %	385824893
113	NC_017476	TTGG	2	8	50117	50124	0 %	50 %	50 %	0 %	385824893
114	NC_017476	TTGG	2	8	50222	50229	0 %	50 %	50 %	0 %	385824894
115	NC_017476	TTTC	2	8	50355	50362	0 %	75 %	0 %	25 %	385824894
116	NC_017476	TGCC	2	8	50579	50586	0 %	25 %	25 %	50 %	385824895
117	NC_017476	TCAA	2	8	50616	50623	50 %	25 %	0 %	25 %	385824895
118	NC_017476	TCAT	2	8	50637	50644	25 %	50 %	0 %	25 %	385824895
119	NC_017476	CTTT	2	8	50861	50868	0 %	75 %	0 %	25 %	385824895
120	NC_017476	ACAT	2	8	51164	51171	50 %	25 %	0 %	25 %	385824896
121	NC_017476	TCTT	2	8	51635	51642	0 %	75 %	0 %	25 %	385824896
122	NC_017476	TGTT	2	8	52080	52087	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017476	TTTC	2	8	52187	52194	0 %	75 %	0 %	25 %	385824897
124	NC_017476	TACA	2	8	52223	52230	50 %	25 %	0 %	25 %	385824897
125	NC_017476	TCGC	2	8	52904	52911	0 %	25 %	25 %	50 %	385824897
126	NC_017476	AACA	2	8	53411	53418	75 %	0 %	0 %	25 %	385824898
127	NC_017476	CGAC	2	8	53527	53534	25 %	0 %	25 %	50 %	385824898
128	NC_017476	CAAA	2	8	53652	53659	75 %	0 %	0 %	25 %	385824898
129	NC_017476	AAAG	2	8	53892	53899	75 %	0 %	25 %	0 %	385824898
130	NC_017476	CTTA	2	8	54000	54007	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
131	NC_017476	CGTG	2	8	54660	54667	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
132	NC_017476	AACT	2	8	54677	54684	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
133	NC_017476	CTCC	2	8	54715	54722	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
134	NC_017476	TTCA	2	8	55369	55376	25 %	50 %	0 %	25 %	385824900
135	NC_017476	TATT	2	8	55455	55462	25 %	75 %	0 %	0 %	385824901
136	NC_017476	GCGT	2	8	55680	55687	0 %	25 %	50 %	25 %	385824902
137	NC_017476	TCGG	2	8	56255	56262	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017476	TCAA	2	8	56797	56804	50 %	25 %	0 %	25 %	385824905

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.