MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus casei LC2W plasmid pLC2W

Total Repeats: 95

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017475	TGGT	2	8	293	300	0 %	50 %	50 %	0 %	385821657
2	NC_017475	TTGT	2	8	1480	1487	0 %	75 %	25 %	0 %	385821660
3	NC_017475	TGGA	2	8	1723	1730	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017475	TTTG	2	8	1819	1826	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017475	CAGG	2	8	2283	2290	25 %	0 %	50 %	25 %	385821661
6	NC_017475	CGAC	2	8	2600	2607	25 %	0 %	25 %	50 %	385821661
7	NC_017475	TGAG	2	8	2740	2747	25 %	25 %	50 %	0 %	385821661
8	NC_017475	ACGA	2	8	2749	2756	50 %	0 %	25 %	25 %	385821661
9	NC_017475	TGAC	2	8	3211	3218	25 %	25 %	25 %	25 %	385821662
10	NC_017475	CAGG	2	8	3741	3748	25 %	0 %	50 %	25 %	385821662
11	NC_017475	CATT	2	8	4165	4172	25 %	50 %	0 %	25 %	385821662
12	NC_017475	CAAA	2	8	4370	4377	75 %	0 %	0 %	25 %	385821662
13	NC_017475	AAAC	2	8	4442	4449	75 %	0 %	0 %	25 %	385821662
14	NC_017475	AAAG	2	8	5855	5862	75 %	0 %	25 %	0 %	385821663
15	NC_017475	GATT	2	8	5911	5918	25 %	50 %	25 %	0 %	385821663
16	NC_017475	CAAA	2	8	6082	6089	75 %	0 %	0 %	25 %	385821663
17	NC_017475	TGAG	2	8	6111	6118	25 %	25 %	50 %	0 %	385821663
18	NC_017475	TGGT	2	8	6213	6220	0 %	50 %	50 %	0 %	385821664
19	NC_017475	TGCA	2	8	6264	6271	25 %	25 %	25 %	25 %	385821664
20	NC_017475	CAAC	2	8	6352	6359	50 %	0 %	0 %	50 %	385821664
21	NC_017475	AATG	2	8	8195	8202	50 %	25 %	25 %	0 %	385821669
22	NC_017475	GTCC	2	8	8801	8808	0 %	25 %	25 %	50 %	385821670
23	NC_017475	GATA	2	8	8923	8930	50 %	25 %	25 %	0 %	385821670
24	NC_017475	GTTG	2	8	9279	9286	0 %	50 %	50 %	0 %	385821670
25	NC_017475	TCAA	2	8	9397	9404	50 %	25 %	0 %	25 %	385821670
26	NC_017475	AATT	2	8	9687	9694	50 %	50 %	0 %	0 %	385821670
27	NC_017475	ATCA	2	8	10593	10600	50 %	25 %	0 %	25 %	385821671
28	NC_017475	GAAT	2	8	10630	10637	50 %	25 %	25 %	0 %	385821671
29	NC_017475	ATAA	2	8	10642	10649	75 %	25 %	0 %	0 %	385821671
30	NC_017475	ATAG	2	8	10711	10718	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017475	ATTG	2	8	10889	10896	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017475	GCAA	2	8	11149	11156	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_017475	CAAT	2	8	11440	11447	50 %	25 %	0 %	25 %	385821672
34	NC_017475	TTTG	2	8	12233	12240	0 %	75 %	25 %	0 %	385821672
35	NC_017475	GTCA	2	8	12955	12962	25 %	25 %	25 %	25 %	385821672
36	NC_017475	AATT	2	8	13393	13400	50 %	50 %	0 %	0 %	385821672
37	NC_017475	AATT	2	8	14016	14023	50 %	50 %	0 %	0 %	385821672
38	NC_017475	ATCT	2	8	14965	14972	25 %	50 %	0 %	25 %	385821673
39	NC_017475	CTAT	2	8	15268	15275	25 %	50 %	0 %	25 %	385821673
40	NC_017475	GGTT	2	8	15284	15291	0 %	50 %	50 %	0 %	385821673
41	NC_017475	CTTA	2	8	15481	15488	25 %	50 %	0 %	25 %	385821673
42	NC_017475	TCAG	2	8	16093	16100	25 %	25 %	25 %	25 %	385821673
43	NC_017475	TAGC	2	8	16123	16130	25 %	25 %	25 %	25 %	385821673
44	NC_017475	AAAT	2	8	17809	17816	75 %	25 %	0 %	0 %	385821676
45	NC_017475	AAGT	2	8	18615	18622	50 %	25 %	25 %	0 %	385821677
46	NC_017475	TTGA	2	8	18829	18836	25 %	50 %	25 %	0 %	385821677
47	NC_017475	TTGA	2	8	19510	19517	25 %	50 %	25 %	0 %	385821678
48	NC_017475	CCGA	2	8	20052	20059	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017475	ACGC	2	8	20627	20634	25 %	0 %	25 %	50 %	385821681
50	NC_017475	TGAA	2	8	20938	20945	50 %	25 %	25 %	0 %	385821683
51	NC_017475	GGAG	2	8	21592	21599	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017475	AGTT	2	8	21630	21637	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017475	CACG	2	8	21647	21654	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
54	NC_017475	TGAT	2	8	21831	21838	25 %	50 %	25 %	0 %	385821684
55	NC_017475	TAAG	2	8	22307	22314	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017475	TATT	2	8	22362	22369	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017475	TCTT	2	8	22414	22421	0 %	75 %	0 %	25 %	385821685
58	NC_017475	TTTG	2	8	22655	22662	0 %	75 %	25 %	0 %	385821685
59	NC_017475	GTCG	2	8	22780	22787	0 %	25 %	50 %	25 %	385821685
60	NC_017475	TGTT	2	8	22896	22903	0 %	75 %	25 %	0 %	385821685
61	NC_017475	GCGA	2	8	23403	23410	25 %	0 %	50 %	25 %	385821686
62	NC_017475	TGTA	2	8	24084	24091	25 %	50 %	25 %	0 %	385821686
63	NC_017475	GAAA	2	8	24120	24127	75 %	0 %	25 %	0 %	385821686
64	NC_017475	CAAA	2	8	24225	24232	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017475	ATGT	2	8	25143	25150	25 %	50 %	25 %	0 %	385821687
66	NC_017475	AAAG	2	8	25446	25453	75 %	0 %	25 %	0 %	385821688
67	NC_017475	AATG	2	8	25669	25676	50 %	25 %	25 %	0 %	385821688
68	NC_017475	TTGA	2	8	25691	25698	25 %	50 %	25 %	0 %	385821688
69	NC_017475	GGCA	2	8	25728	25735	25 %	0 %	50 %	25 %	385821688
70	NC_017475	GAAA	2	8	25952	25959	75 %	0 %	25 %	0 %	385821689
71	NC_017475	ACCA	2	8	26189	26196	50 %	0 %	0 %	50 %	385821690
72	NC_017475	GCTT	2	8	26354	26361	0 %	50 %	25 %	25 %	385821690
73	NC_017475	AGCG	2	8	26431	26438	25 %	0 %	50 %	25 %	385821690
74	NC_017475	CTTT	2	8	27032	27039	0 %	75 %	0 %	25 %	385821690
75	NC_017475	TAAA	2	8	27556	27563	75 %	25 %	0 %	0 %	385821691
76	NC_017475	GTCA	2	8	28199	28206	25 %	25 %	25 %	25 %	385821692
77	NC_017475	AGCC	2	8	28358	28365	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_017475	CTTT	2	8	29338	29345	0 %	75 %	0 %	25 %	385821693
79	NC_017475	CTGA	2	8	30692	30699	25 %	25 %	25 %	25 %	385821695
80	NC_017475	TCCA	2	8	31254	31261	25 %	25 %	0 %	50 %	385821695
81	NC_017475	TAAC	2	8	31668	31675	50 %	25 %	0 %	25 %	385821695
82	NC_017475	ACTA	2	8	32119	32126	50 %	25 %	0 %	25 %	385821695
83	NC_017475	AGCA	2	8	32321	32328	50 %	0 %	25 %	25 %	385821695
84	NC_017475	AATC	2	8	33652	33659	50 %	25 %	0 %	25 %	385821695
85	NC_017475	AAGA	2	8	33791	33798	75 %	0 %	25 %	0 %	385821695
86	NC_017475	AGAC	2	8	34578	34585	50 %	0 %	25 %	25 %	385821695
87	NC_017475	ATGA	2	8	35050	35057	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017475	AGGA	2	8	35305	35312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017475	CAAA	2	8	35347	35354	75 %	0 %	0 %	25 %	385821696
90	NC_017475	AATC	2	8	35459	35466	50 %	25 %	0 %	25 %	385821696
91	NC_017475	GATG	2	8	36473	36480	25 %	25 %	50 %	0 %	385821698
92	NC_017475	AATG	2	8	36913	36920	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017475	AACC	2	8	37541	37548	50 %	0 %	0 %	50 %	385821699
94	NC_017475	TTTA	2	8	37742	37749	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017475	TGAC	2	8	38113	38120	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.