MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Lactobacillus helveticus H10 chromosome

Total Repeats: 401

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017467	AGGAA	2	10	9426	9435	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017467	AAATT	2	10	17316	17325	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017467	CATTG	2	10	24069	24078	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017467	TTGAT	2	10	31627	31636	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017467	TGATA	2	10	31862	31871	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017467	TAAAA	2	10	36767	36776	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017467	AAATA	2	10	38666	38675	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017467	ATATT	2	10	48965	48974	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017467	AAATT	2	10	53011	53020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017467	TTAGT	2	10	72414	72423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017467	ATAAA	2	10	74254	74263	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017467	AAATG	2	10	76601	76610	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017467	AAAAG	2	10	77019	77028	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017467	TTTTG	2	10	84228	84237	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017467	TCGTG	2	10	86202	86211	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017467	GGCAG	2	10	86601	86610	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017467	GAGAA	2	10	86856	86865	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017467	AAGGC	2	10	88254	88263	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017467	TTGAA	2	10	88764	88773	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017467	GCCAG	2	10	89096	89105	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017467	AGGAA	2	10	89949	89958	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017467	AGTTA	2	10	92349	92358	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017467	TAAAA	2	10	98633	98642	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017467	TTGTT	2	10	101989	101998	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017467	TTTAA	2	10	118088	118097	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017467	TTTTC	2	10	119163	119172	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017467	CGTTA	2	10	124374	124383	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_017467	CGTAG	2	10	125771	125780	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017467	AAATT	2	10	126386	126395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017467	TTTTG	2	10	133250	133259	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017467	TTTTA	2	10	156255	156264	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017467	ATTTT	2	10	165031	165040	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017467	GAACA	2	10	170483	170492	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017467	TTGGA	2	10	175973	175982	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017467	AATAA	2	10	179144	179153	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017467	TTATT	2	10	179169	179178	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017467	TCAAA	2	10	183242	183251	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
38	NC_017467	CTGTT	2	10	186286	186295	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017467	ATTAG	2	10	186574	186583	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017467	AAAAG	2	10	192390	192399	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017467	TAAAA	2	10	193088	193097	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017467	TTATT	2	10	209190	209199	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017467	AAATA	2	10	217562	217571	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017467	TAAAA	2	10	217587	217596	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017467	AAATA	2	10	235619	235628	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017467	TAATT	2	10	239540	239549	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017467	AAAAG	2	10	242483	242492	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017467	ATAAA	2	10	243860	243869	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017467	TCATT	2	10	252980	252989	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017467	ATCAG	2	10	253879	253888	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_017467	ATTTT	2	10	255816	255825	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017467	CATAC	2	10	259120	259129	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_017467	TTAAT	2	10	261515	261524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017467	ATTAC	2	10	262884	262893	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017467	ATAAA	2	10	263045	263054	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017467	GGCTT	2	10	265483	265492	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_017467	GAAAA	2	10	288031	288040	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017467	TGTAA	2	10	288596	288605	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017467	GATTG	2	10	289234	289243	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017467	TAAAA	2	10	289673	289682	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017467	CACTA	2	10	301237	301246	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_017467	ACGTT	2	10	319125	319134	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017467	TAGTA	2	10	323979	323988	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017467	TTGGT	2	10	332316	332325	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017467	AGTTT	2	10	332596	332605	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017467	ACTTA	2	10	336012	336021	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_017467	ATTTA	2	10	339982	339991	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017467	TTTAA	2	10	360660	360669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017467	ATTGC	2	10	378384	378393	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017467	TTTCA	2	10	380713	380722	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017467	TTTTC	2	10	394938	394947	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017467	TTTTG	2	10	401694	401703	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017467	TTAGT	2	10	420015	420024	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017467	TAAGT	2	10	428180	428189	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017467	TCGTG	2	10	429643	429652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_017467	GGCAG	2	10	430042	430051	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017467	GAGAA	2	10	430547	430556	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017467	AAGGC	2	10	431945	431954	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017467	TTGAA	2	10	432455	432464	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017467	GCCAG	2	10	432787	432796	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_017467	AGGAA	2	10	433640	433649	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017467	GAAAA	2	10	435148	435157	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017467	TAGCT	2	10	435378	435387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_017467	TCGTG	2	10	447153	447162	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017467	GGCAG	2	10	447552	447561	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017467	GAGAA	2	10	447807	447816	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017467	AAGGC	2	10	449205	449214	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_017467	TTGAA	2	10	449715	449724	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017467	GCCAG	2	10	450047	450056	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
90	NC_017467	AGGAA	2	10	450900	450909	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017467	TAATA	2	10	452104	452113	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017467	AAATT	2	10	456343	456352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017467	CATTC	2	10	466815	466824	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017467	TCTTT	2	10	475854	475863	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017467	TAAAA	2	10	475945	475954	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017467	CAAAA	2	10	476031	476040	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_017467	TGGAA	2	10	484210	484219	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017467	TGTGG	2	10	486677	486686	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017467	TCTAC	2	10	486800	486809	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
100	NC_017467	TAAGA	2	10	490640	490649	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017467	CAAAA	2	10	497013	497022	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017467	TTAAT	2	10	514258	514267	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017467	ATGAT	2	10	519147	519156	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017467	TAAGC	2	10	519825	519834	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017467	AGTTA	2	10	520381	520390	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017467	TTAAA	2	10	523437	523446	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017467	TCATT	2	10	525854	525863	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017467	ATTTC	2	10	531063	531072	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_017467	AAACC	2	10	554498	554507	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
110	NC_017467	TGTAT	2	10	556718	556727	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017467	TGAAG	2	10	594792	594801	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017467	TAAGT	2	10	596075	596084	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017467	GAATT	2	10	602581	602590	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017467	AAAAG	2	10	607011	607020	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017467	ACGCA	2	10	609900	609909	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_017467	ATATA	2	10	614658	614667	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017467	GAAAG	2	10	615333	615342	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017467	AAATT	2	10	629354	629363	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017467	ATCAA	2	10	630839	630848	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_017467	AGAAA	2	10	641837	641846	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017467	AGAAA	2	10	641853	641862	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017467	TTTGC	2	10	644419	644428	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017467	TAATT	2	10	645218	645227	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017467	GTAGA	2	10	646359	646368	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017467	TGAAG	2	10	646423	646432	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017467	GATTC	2	10	649911	649920	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017467	GAAAA	2	10	650246	650255	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017467	AAAAC	2	10	654880	654889	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_017467	AAGAA	2	10	664771	664780	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017467	TAAAG	2	10	664852	664861	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017467	TCTGA	2	10	668832	668841	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017467	TTAAT	2	10	681539	681548	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017467	TTAAA	2	10	686801	686810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017467	TAAAA	2	10	690461	690470	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017467	TGAAT	2	10	691146	691155	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017467	ATATA	2	10	691236	691245	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017467	AGCTG	2	10	696866	696875	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017467	TTTAT	2	10	702778	702787	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017467	TTCCT	2	10	703018	703027	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017467	TAGAA	2	10	704051	704060	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017467	ACGTT	2	10	705112	705121	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017467	AATAA	2	10	706336	706345	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017467	TTTAA	2	10	715023	715032	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017467	TAAGT	2	10	719967	719976	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017467	CTTTT	2	10	720607	720616	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017467	GAAAA	2	10	730014	730023	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017467	TTAAA	2	10	733956	733965	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017467	GTCAA	2	10	735073	735082	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.