MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lactobacillus fermentum CECT 5716 chromosome

Total Repeats: 1289

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017465	ACCAC	2	10	1535	1544	40 %	0 %	0 %	60 %	385811787
2	NC_017465	AAGGA	2	10	5186	5195	60 %	0 %	40 %	0 %	385811790
3	NC_017465	ATTCT	2	10	9115	9124	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017465	CCCAA	2	10	10081	10090	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_017465	AAAGA	2	10	10266	10275	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017465	TATGA	2	10	10615	10624	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017465	CGGCG	2	10	13536	13545	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_017465	CCGGT	2	10	13882	13891	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
9	NC_017465	CATGT	2	10	16491	16500	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017465	GGGCT	2	10	19088	19097	0 %	20 %	60 %	20 %	385811794
11	NC_017465	TGGGG	2	10	21551	21560	0 %	20 %	80 %	0 %	385811797
12	NC_017465	GGAGA	2	10	23991	24000	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017465	AGCGA	2	10	25214	25223	40 %	0 %	40 %	20 %	385811800
14	NC_017465	TGGAG	2	10	26432	26441	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017465	CGGAC	2	10	26668	26677	20 %	0 %	40 %	40 %	385811801
16	NC_017465	TAGGA	2	10	31154	31163	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017465	GACAA	2	10	32197	32206	60 %	0 %	20 %	20 %	385811802
18	NC_017465	CAGGT	2	10	33181	33190	20 %	20 %	40 %	20 %	385811803
19	NC_017465	GGCTT	2	10	35175	35184	0 %	40 %	40 %	20 %	385811805
20	NC_017465	TTGGA	2	10	35572	35581	20 %	40 %	40 %	0 %	385811805
21	NC_017465	ACCCA	2	10	36968	36977	40 %	0 %	0 %	60 %	385811806
22	NC_017465	TGAAG	2	10	38700	38709	40 %	20 %	40 %	0 %	385811806
23	NC_017465	AGTGA	2	10	39108	39117	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017465	GCCCC	2	10	39456	39465	0 %	0 %	20 %	80 %	385811807
25	NC_017465	GTCCT	2	10	41341	41350	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_017465	GCGAA	2	10	42484	42493	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017465	TGACC	2	10	44140	44149	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
28	NC_017465	GGGGC	2	10	44150	44159	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017465	GGCGA	2	10	47407	47416	20 %	0 %	60 %	20 %	385811808
30	NC_017465	GGCTT	2	10	47557	47566	0 %	40 %	40 %	20 %	385811808
31	NC_017465	CTGAC	2	10	47743	47752	20 %	20 %	20 %	40 %	385811808
32	NC_017465	GGTCA	2	10	48491	48500	20 %	20 %	40 %	20 %	385811808
33	NC_017465	CAATT	2	10	50891	50900	40 %	40 %	0 %	20 %	385811810
34	NC_017465	AAGTT	2	10	57560	57569	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017465	GCCCC	2	10	59222	59231	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
36	NC_017465	ATTGG	2	10	62543	62552	20 %	40 %	40 %	0 %	385811815
37	NC_017465	CAAAG	2	10	63110	63119	60 %	0 %	20 %	20 %	385811815
38	NC_017465	CCAAA	2	10	64282	64291	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017465	GCGCC	2	10	64836	64845	0 %	0 %	40 %	60 %	385811816
40	NC_017465	CCGGG	2	10	65219	65228	0 %	0 %	60 %	40 %	385811816
41	NC_017465	GGTTT	2	10	66262	66271	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017465	GGCCT	2	10	66351	66360	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_017465	AGCGA	2	10	67563	67572	40 %	0 %	40 %	20 %	385811817
44	NC_017465	AACGA	2	10	69191	69200	60 %	0 %	20 %	20 %	385811819
45	NC_017465	TTTGG	2	10	70132	70141	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017465	GGCCG	2	10	72484	72493	0 %	0 %	60 %	40 %	385811821
47	NC_017465	CCAGC	2	10	73340	73349	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_017465	GTAAT	2	10	74150	74159	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017465	ACCAG	2	10	76430	76439	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017465	TGATC	2	10	79542	79551	20 %	40 %	20 %	20 %	385811824
51	NC_017465	TGCGG	2	10	80663	80672	0 %	20 %	60 %	20 %	385811825
52	NC_017465	AAAGA	2	10	83936	83945	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017465	TTCCG	2	10	86634	86643	0 %	40 %	20 %	40 %	385811827
54	NC_017465	GCCGT	2	10	87132	87141	0 %	20 %	40 %	40 %	385811827
55	NC_017465	GCCGT	2	10	87245	87254	0 %	20 %	40 %	40 %	385811827
56	NC_017465	AGTTC	2	10	88359	88368	20 %	40 %	20 %	20 %	385811828
57	NC_017465	GATTA	2	10	90283	90292	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017465	ACTTT	2	10	90537	90546	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017465	AAATT	2	10	93048	93057	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017465	CACAT	2	10	94790	94799	40 %	20 %	0 %	40 %	385811831
61	NC_017465	ATTTG	2	10	96374	96383	20 %	60 %	20 %	0 %	385811832
62	NC_017465	ATTAA	2	10	96812	96821	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017465	ATTAA	2	10	97444	97453	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017465	CTTGG	2	10	97592	97601	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017465	TAAAA	2	10	98867	98876	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017465	GGAAA	2	10	99998	100007	60 %	0 %	40 %	0 %	385811834
67	NC_017465	AAGCC	2	10	100219	100228	40 %	0 %	20 %	40 %	385811835
68	NC_017465	TTGGA	2	10	101017	101026	20 %	40 %	40 %	0 %	385811836
69	NC_017465	CCGCC	2	10	101739	101748	0 %	0 %	20 %	80 %	385811836
70	NC_017465	CGATG	2	10	105348	105357	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017465	GGGGT	2	10	105550	105559	0 %	20 %	80 %	0 %	385811840
72	NC_017465	ATGGC	2	10	109092	109101	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017465	GCTAA	2	10	110303	110312	40 %	20 %	20 %	20 %	385811843
74	NC_017465	CTTTG	2	10	110521	110530	0 %	60 %	20 %	20 %	385811843
75	NC_017465	GGAAG	2	10	110933	110942	40 %	0 %	60 %	0 %	385811843
76	NC_017465	AACGC	2	10	111918	111927	40 %	0 %	20 %	40 %	385811844
77	NC_017465	GTTCC	2	10	112515	112524	0 %	40 %	20 %	40 %	385811844
78	NC_017465	GTAAC	2	10	112835	112844	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017465	ACTAT	2	10	116638	116647	40 %	40 %	0 %	20 %	385811848
80	NC_017465	GTTTT	2	10	117406	117415	0 %	80 %	20 %	0 %	385811849
81	NC_017465	GTTGC	2	10	117757	117766	0 %	40 %	40 %	20 %	385811849
82	NC_017465	GCTTG	2	10	121081	121090	0 %	40 %	40 %	20 %	385811852
83	NC_017465	GTTAA	2	10	121336	121345	40 %	40 %	20 %	0 %	385811852
84	NC_017465	AATTT	2	10	125375	125384	40 %	60 %	0 %	0 %	385811855
85	NC_017465	AATTT	2	10	125769	125778	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017465	TTCGT	2	10	126214	126223	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_017465	AGGGG	2	10	128469	128478	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017465	TAGTT	2	10	129588	129597	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017465	AGGTG	2	10	129658	129667	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017465	AAGGT	2	10	130193	130202	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017465	AGCCC	2	10	133310	133319	20 %	0 %	20 %	60 %	385811858
92	NC_017465	ATCAA	2	10	135202	135211	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_017465	GATGG	2	10	136061	136070	20 %	20 %	60 %	0 %	385811860
94	NC_017465	CGGTA	2	10	136781	136790	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_017465	TCAAA	2	10	137367	137376	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017465	GCGCT	2	10	137425	137434	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
97	NC_017465	GGACA	2	10	137756	137765	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017465	GTGAA	2	10	137968	137977	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017465	GGGAA	2	10	140878	140887	40 %	0 %	60 %	0 %	385811862
100	NC_017465	GCTGG	2	10	142094	142103	0 %	20 %	60 %	20 %	385811863
101	NC_017465	TAATC	2	10	142541	142550	40 %	40 %	0 %	20 %	385811863
102	NC_017465	CCGGA	2	10	145260	145269	20 %	0 %	40 %	40 %	385811865
103	NC_017465	CGATT	2	10	148265	148274	20 %	40 %	20 %	20 %	385811866
104	NC_017465	AACCA	2	10	148326	148335	60 %	0 %	0 %	40 %	385811866
105	NC_017465	CGGTA	2	10	148895	148904	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017465	CGAAC	2	10	152119	152128	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017465	GGCCA	2	10	152845	152854	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_017465	CACCC	2	10	152857	152866	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
109	NC_017465	ACACG	2	10	155090	155099	40 %	0 %	20 %	40 %	385811868
110	NC_017465	GAAGA	2	10	155880	155889	60 %	0 %	40 %	0 %	385811869
111	NC_017465	GAGAA	2	10	156113	156122	60 %	0 %	40 %	0 %	385811869
112	NC_017465	AAAGC	2	10	158367	158376	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017465	CGGGG	2	10	159410	159419	0 %	0 %	80 %	20 %	385811871
114	NC_017465	ATTAC	2	10	161415	161424	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017465	GCAAG	2	10	161896	161905	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017465	CTAAA	2	10	163769	163778	60 %	20 %	0 %	20 %	385811873
117	NC_017465	AATTT	2	10	165533	165542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017465	GGCCT	2	10	167150	167159	0 %	20 %	40 %	40 %	385811875
119	NC_017465	GTATA	2	10	169189	169198	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017465	TCGTG	2	10	170560	170569	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017465	GGGAG	2	10	171762	171771	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017465	AATTG	2	10	173265	173274	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017465	CTTTC	2	10	174350	174359	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_017465	ACCAC	2	10	177940	177949	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017465	GCCAA	2	10	180032	180041	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_017465	CTTAG	2	10	181780	181789	20 %	40 %	20 %	20 %	385811877
127	NC_017465	TTGGG	2	10	182882	182891	0 %	40 %	60 %	0 %	385811878
128	NC_017465	GACCC	2	10	184371	184380	20 %	0 %	20 %	60 %	385811879
129	NC_017465	CTTTG	2	10	184601	184610	0 %	60 %	20 %	20 %	385811879
130	NC_017465	GCCCT	2	10	187500	187509	0 %	20 %	20 %	60 %	385811880
131	NC_017465	CTCGG	2	10	192292	192301	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017465	TCAAA	2	10	193427	193436	60 %	20 %	0 %	20 %	385811883
133	NC_017465	TCGTG	2	10	194717	194726	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017465	GGGAG	2	10	195919	195928	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017465	AATTG	2	10	197422	197431	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017465	ATTGT	2	10	199917	199926	20 %	60 %	20 %	0 %	385811884
137	NC_017465	GGAAT	2	10	203089	203098	40 %	20 %	40 %	0 %	385811886
138	NC_017465	AAGGA	2	10	203282	203291	60 %	0 %	40 %	0 %	385811886
139	NC_017465	TGCTT	2	10	205120	205129	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017465	ATCCG	2	10	206619	206628	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_017465	ACCAA	2	10	207542	207551	60 %	0 %	0 %	40 %	385811888
142	NC_017465	GGACC	2	10	210277	210286	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_017465	TTGGT	2	10	213527	213536	0 %	60 %	40 %	0 %	385811890
144	NC_017465	ACCGG	2	10	213983	213992	20 %	0 %	40 %	40 %	385811890
145	NC_017465	TGCTT	2	10	214151	214160	0 %	60 %	20 %	20 %	385811890
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148	NC_017465	GGTCG	2	10	219700	219709	0 %	20 %	60 %	20 %	385811892
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152	NC_017465	CGGTC	2	10	223723	223732	0 %	20 %	40 %	40 %	385811895
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160	NC_017465	AACTG	2	10	235935	235944	40 %	20 %	20 %	20 %	385811903
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168	NC_017465	GCCGG	2	10	246908	246917	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017465	CCAAC	2	10	247099	247108	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
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172	NC_017465	CTTGT	2	10	251612	251621	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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189	NC_017465	AATTG	2	10	277380	277389	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
190	NC_017465	AAGGG	2	10	278793	278802	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
191	NC_017465	AATTT	2	10	282615	282624	40 %	60 %	0 %	0 %	385811924
192	NC_017465	TGGTG	2	10	284143	284152	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
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194	NC_017465	GCCTT	2	10	284676	284685	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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196	NC_017465	CGCTT	2	10	286142	286151	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
197	NC_017465	AAAGT	2	10	287762	287771	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_017465	TCTGC	2	10	291015	291024	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
200	NC_017465	ACTTT	2	10	291128	291137	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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212	NC_017465	GTCGG	2	10	307973	307982	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
213	NC_017465	ACCGG	2	10	311821	311830	20 %	0 %	40 %	40 %	385811938
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239	NC_017465	CAGTG	2	10	358886	358895	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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249	NC_017465	GGTAC	2	10	374727	374736	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
250	NC_017465	CAAGC	2	10	377568	377577	40 %	0 %	20 %	40 %	385811973
251	NC_017465	GCAAA	2	10	378900	378909	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
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255	NC_017465	TTCAG	2	10	384787	384796	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
256	NC_017465	TTGAT	2	10	384997	385006	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
257	NC_017465	AAATG	2	10	385892	385901	60 %	20 %	20 %	0 %	385811978
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263	NC_017465	AAAAG	2	10	389753	389762	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017465	GGTGG	2	10	394653	394662	0 %	20 %	80 %	0 %	385811983
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269	NC_017465	GAGGT	2	10	398833	398842	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
270	NC_017465	AAAGG	2	10	401344	401353	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
271	NC_017465	GGGAA	2	10	401669	401678	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
272	NC_017465	TGATG	2	10	404446	404455	20 %	40 %	40 %	0 %	385811986
273	NC_017465	GAAGG	2	10	404951	404960	40 %	0 %	60 %	0 %	385811987
274	NC_017465	GGTTA	2	10	408073	408082	20 %	40 %	40 %	0 %	385811988
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499	NC_017465	GCAAT	2	10	759414	759423	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
500	NC_017465	TTGCT	2	10	761989	761998	0 %	60 %	20 %	20 %	385812169

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