MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Corynebacterium pseudotuberculosis 267 chromosome

Total Repeats: 228

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017462	TTATC	2	10	14086	14095	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017462	ACGTA	2	10	14249	14258	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_017462	CAGTA	2	10	14632	14641	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
4	NC_017462	TAGCG	2	10	18331	18340	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017462	CACAT	2	10	39589	39598	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
6	NC_017462	TTGGA	2	10	52633	52642	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017462	TTGAT	2	10	52668	52677	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017462	TCTGT	2	10	64627	64636	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017462	CATGT	2	10	71780	71789	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017462	TAATT	2	10	76474	76483	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017462	TGCAC	2	10	104184	104193	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_017462	TGTTT	2	10	120859	120868	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017462	CGGGA	2	10	125503	125512	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017462	TTAAG	2	10	130857	130866	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017462	AAAAC	2	10	144847	144856	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017462	GTACC	2	10	155752	155761	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_017462	GCATA	2	10	163178	163187	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017462	TGTGC	2	10	164401	164410	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017462	GGGAC	2	10	171436	171445	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_017462	CACTT	2	10	171616	171625	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_017462	TTAAG	2	10	184440	184449	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017462	ATATA	2	10	186160	186169	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017462	AGGTG	2	10	186311	186320	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017462	GAAAA	2	10	224733	224742	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017462	CGAGA	2	10	225374	225383	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_017462	CAAAA	2	10	228996	229005	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_017462	TGGGG	2	10	256275	256284	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017462	ATTAG	2	10	305450	305459	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017462	TGCGA	2	10	310639	310648	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_017462	TGTTC	2	10	312271	312280	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_017462	AGCGG	2	10	313471	313480	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
32	NC_017462	TGGGG	2	10	321167	321176	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017462	TTGTG	2	10	322005	322014	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017462	AAGGA	2	10	330559	330568	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017462	CTTGC	2	10	355581	355590	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
36	NC_017462	AGGGG	2	10	364897	364906	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017462	TTTTA	2	10	397778	397787	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017462	CGAGC	2	10	399771	399780	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_017462	GCGGA	2	10	403230	403239	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017462	GGGTG	2	10	404257	404266	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017462	AGGAA	2	10	405589	405598	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017462	GATGT	2	10	447495	447504	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017462	GGTGG	2	10	451381	451390	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017462	CGCAA	2	10	452844	452853	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_017462	GCTGT	2	10	453611	453620	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017462	AGGTG	2	10	462161	462170	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017462	TGCCT	2	10	468588	468597	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_017462	ACCCC	2	10	488394	488403	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
49	NC_017462	AGGGG	2	10	500805	500814	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017462	CTTCT	2	10	511868	511877	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_017462	TTCAA	2	10	533354	533363	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_017462	ATATC	2	10	584179	584188	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017462	GACTG	2	10	584238	584247	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017462	CGCTA	2	10	597245	597254	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_017462	TCGTG	2	10	619957	619966	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_017462	CGTCA	2	10	620293	620302	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_017462	GTGTT	2	10	620575	620584	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017462	TGTGT	2	10	620720	620729	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017462	GGGAG	2	10	621378	621387	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017462	TGACA	2	10	623964	623973	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017462	TGTGT	2	10	623979	623988	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017462	CGTCT	2	10	641432	641441	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_017462	GTCCT	2	10	642916	642925	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
64	NC_017462	CCAAC	2	10	681090	681099	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
65	NC_017462	AGGGC	2	10	685584	685593	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017462	GTTTT	2	10	688725	688734	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017462	TGAAT	2	10	719744	719753	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017462	GGGAA	2	10	731466	731475	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017462	GCGAC	2	10	775459	775468	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_017462	GAACA	2	10	791121	791130	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017462	TCTCC	2	10	808556	808565	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_017462	GAATC	2	10	816079	816088	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_017462	CATTA	2	10	832977	832986	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
74	NC_017462	TGGTT	2	10	863658	863667	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017462	ATTTT	2	10	873543	873552	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017462	GTAGG	2	10	875016	875025	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017462	GTGTG	2	10	879662	879671	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017462	CGCAC	2	10	897005	897014	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_017462	CGAAA	2	10	898210	898219	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_017462	ATAAA	2	10	915308	915317	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017462	CCCTG	2	10	915355	915364	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_017462	AAGAA	2	10	915369	915378	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017462	TATGT	2	10	925193	925202	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017462	TTTCC	2	10	933271	933280	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
85	NC_017462	ACTAA	2	10	933435	933444	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
86	NC_017462	AATAA	2	10	941967	941976	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017462	CTCAT	2	10	944065	944074	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_017462	CGTAA	2	10	946573	946582	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_017462	ACGGT	2	10	947662	947671	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017462	CGCTG	2	10	948161	948170	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_017462	CTGCA	2	10	956916	956925	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
92	NC_017462	TAAAA	2	10	960697	960706	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017462	TACCG	2	10	962012	962021	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_017462	TGATG	2	10	966595	966604	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017462	TCTAG	2	10	974794	974803	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_017462	AGAGA	2	10	989839	989848	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017462	GAACA	2	10	996766	996775	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017462	AGCAC	2	10	1003274	1003283	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_017462	GGGGA	2	10	1008265	1008274	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017462	ATTCA	2	10	1024747	1024756	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017462	TTGTG	2	10	1029665	1029674	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017462	TCGTG	2	10	1030973	1030982	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017462	CGTCA	2	10	1031309	1031318	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
104	NC_017462	GTGTT	2	10	1031591	1031600	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017462	TGTGT	2	10	1031736	1031745	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017462	GGGAG	2	10	1032394	1032403	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017462	TGACA	2	10	1034981	1034990	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017462	TGTGT	2	10	1034996	1035005	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017462	TTTTG	2	10	1049442	1049451	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017462	AAAGC	2	10	1057574	1057583	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_017462	TTGAG	2	10	1072269	1072278	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017462	TGAGC	2	10	1073668	1073677	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_017462	TTTGC	2	10	1080589	1080598	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
114	NC_017462	CGTAA	2	10	1083708	1083717	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_017462	CTTTA	2	10	1106089	1106098	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_017462	TAGCT	2	10	1110054	1110063	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_017462	GTTGG	2	10	1110078	1110087	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017462	TAACG	2	10	1126272	1126281	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
119	NC_017462	CTTAC	2	10	1129427	1129436	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
120	NC_017462	CGGGG	2	10	1135131	1135140	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017462	ACAAT	2	10	1136773	1136782	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_017462	ATCGC	2	10	1154203	1154212	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_017462	CAAAA	2	10	1154348	1154357	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_017462	CCCGG	2	10	1154596	1154605	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_017462	TAAAG	2	10	1163441	1163450	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017462	CTGAA	2	10	1252035	1252044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017462	TGCGC	2	10	1252324	1252333	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
128	NC_017462	ATTCC	2	10	1255184	1255193	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_017462	CTTGG	2	10	1271910	1271919	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_017462	TCAGG	2	10	1273770	1273779	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017462	CTTAA	2	10	1277685	1277694	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017462	GCTTA	2	10	1286382	1286391	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017462	ATCGT	2	10	1288643	1288652	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_017462	CTTAC	2	10	1299133	1299142	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_017462	TCCTA	2	10	1301489	1301498	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
136	NC_017462	CATTC	2	10	1304823	1304832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_017462	TTTCA	2	10	1372722	1372731	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_017462	CGGCC	2	10	1378637	1378646	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_017462	CTTTT	2	10	1384799	1384808	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_017462	AAGAA	2	10	1384988	1384997	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017462	GAACA	2	10	1387885	1387894	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017462	ACGGT	2	10	1405137	1405146	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017462	CCCGC	2	10	1407714	1407723	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
144	NC_017462	CTGGC	2	10	1424100	1424109	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017462	AAAAG	2	10	1441917	1441926	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017462	TCTAG	2	10	1454660	1454669	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
147	NC_017462	GAAAT	2	10	1473126	1473135	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017462	AAAAT	2	10	1478089	1478098	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017462	TTGAT	2	10	1480983	1480992	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017462	TCCCT	2	10	1481827	1481836	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
151	NC_017462	TATTG	2	10	1492252	1492261	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
152	NC_017462	TTCCT	2	10	1538226	1538235	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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154	NC_017462	CAAGC	2	10	1549782	1549791	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
155	NC_017462	AAAGC	2	10	1555160	1555169	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_017462	AATGC	2	10	1558337	1558346	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_017462	ACATC	2	10	1577644	1577653	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
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161	NC_017462	TCCCC	2	10	1610566	1610575	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
162	NC_017462	AAGGC	2	10	1611829	1611838	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
163	NC_017462	TCCGA	2	10	1626393	1626402	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
164	NC_017462	ATATA	2	10	1689958	1689967	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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166	NC_017462	GCAGT	2	10	1708545	1708554	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017462	TTAGC	2	10	1715398	1715407	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
168	NC_017462	ACACA	2	10	1718108	1718117	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
169	NC_017462	AGGTG	2	10	1731834	1731843	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
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171	NC_017462	CCTAA	2	10	1768351	1768360	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
172	NC_017462	ACGCA	2	10	1769086	1769095	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_017462	GTGCT	2	10	1840462	1840471	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_017462	ACCAC	2	10	1848738	1848747	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
175	NC_017462	CATGT	2	10	1855304	1855313	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_017462	CTCCC	2	10	1857892	1857901	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
177	NC_017462	CAACA	2	10	1858666	1858675	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
178	NC_017462	CAACA	2	10	1858694	1858703	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
179	NC_017462	TGACG	2	10	1858977	1858986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
180	NC_017462	CACGA	2	10	1859313	1859322	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
181	NC_017462	CAACA	2	10	1861043	1861052	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
182	NC_017462	ACCCC	2	10	1864261	1864270	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
183	NC_017462	ACAAA	2	10	1868693	1868702	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
184	NC_017462	CTAAC	2	10	1879284	1879293	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
185	NC_017462	AAAAG	2	10	1879304	1879313	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
186	NC_017462	CCCCA	2	10	1898836	1898845	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
187	NC_017462	TCCCC	2	10	1922341	1922350	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
188	NC_017462	TAACC	2	10	1950881	1950890	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
189	NC_017462	CCTCC	2	10	1976390	1976399	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
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191	NC_017462	CAAAA	2	10	2041085	2041094	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
192	NC_017462	TTTAG	2	10	2041188	2041197	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
193	NC_017462	AAAAT	2	10	2043408	2043417	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_017462	TTGAT	2	10	2049932	2049941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
195	NC_017462	GATCG	2	10	2051635	2051644	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
196	NC_017462	CCTAA	2	10	2058581	2058590	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
197	NC_017462	TCCTG	2	10	2072526	2072535	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
198	NC_017462	CTTTC	2	10	2074841	2074850	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
199	NC_017462	TTTCA	2	10	2076857	2076866	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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216	NC_017462	TGACG	2	10	2232174	2232183	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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218	NC_017462	CAACA	2	10	2234232	2234241	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
219	NC_017462	GACGC	2	10	2246118	2246127	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
220	NC_017462	ATGCA	2	10	2248581	2248590	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
221	NC_017462	AGCCT	2	10	2250564	2250573	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
222	NC_017462	AAACC	2	10	2265947	2265956	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
223	NC_017462	TTAAA	2	10	2284290	2284299	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
224	NC_017462	AAAAT	2	10	2293903	2293912	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
225	NC_017462	GGGCC	2	10	2301186	2301195	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
226	NC_017462	CCAGC	2	10	2301208	2301217	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
227	NC_017462	CTTTT	2	10	2319745	2319754	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
228	NC_017462	AGAAA	2	10	2323889	2323898	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.