MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL100

Total Repeats: 79

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017457	GCTGT	2	10	708	717	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_017457	GGATG	2	10	1446	1455	20 %	20 %	60 %	0 %	385802306
3	NC_017457	TAGAA	2	10	1726	1735	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017457	GGTGA	2	10	2469	2478	20 %	20 %	60 %	0 %	385802308
5	NC_017457	CTCGC	2	10	6703	6712	0 %	20 %	20 %	60 %	385802313
6	NC_017457	TTGAG	2	10	7591	7600	20 %	40 %	40 %	0 %	385802313
7	NC_017457	CTACT	2	10	9536	9545	20 %	40 %	0 %	40 %	385802314
8	NC_017457	TATAA	2	10	10141	10150	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017457	AAATT	2	10	11847	11856	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017457	ATGTC	2	10	11999	12008	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017457	CGTCT	2	10	13490	13499	0 %	40 %	20 %	40 %	385802317
12	NC_017457	AGAGA	2	10	14110	14119	60 %	0 %	40 %	0 %	385802317
13	NC_017457	GTCCT	2	10	14122	14131	0 %	40 %	20 %	40 %	385802317
14	NC_017457	ATCGA	2	10	17298	17307	40 %	20 %	20 %	20 %	385802318
15	NC_017457	ATTAT	2	10	18781	18790	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017457	AGCCA	2	10	23283	23292	40 %	0 %	20 %	40 %	385802322
17	NC_017457	GATAT	2	10	25332	25341	40 %	40 %	20 %	0 %	385802323
18	NC_017457	ATGAT	2	10	27333	27342	40 %	40 %	20 %	0 %	385802324
19	NC_017457	ACCCC	2	10	29094	29103	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
20	NC_017457	ACGGG	2	10	29594	29603	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017457	AATAT	2	10	30627	30636	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017457	GCTTG	2	10	32740	32749	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_017457	AAAAT	2	10	32801	32810	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017457	AAAGT	2	10	34045	34054	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017457	AGATA	2	10	35914	35923	60 %	20 %	20 %	0 %	385802331
26	NC_017457	CTACG	2	10	36658	36667	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
27	NC_017457	AAGAA	2	10	36846	36855	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017457	AAGAA	2	10	36888	36897	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017457	AAGAA	2	10	36930	36939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017457	AAGAA	2	10	36972	36981	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017457	ACCCC	2	10	37304	37313	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
32	NC_017457	AAAGT	2	10	40406	40415	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017457	TGGAC	2	10	41020	41029	20 %	20 %	40 %	20 %	385802336
34	NC_017457	ATGGA	2	10	41237	41246	40 %	20 %	40 %	0 %	385802336
35	NC_017457	TCCTG	2	10	42236	42245	0 %	40 %	20 %	40 %	385802337
36	NC_017457	ACTTT	2	10	44481	44490	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_017457	CCCTT	2	10	46186	46195	0 %	40 %	0 %	60 %	385802340
38	NC_017457	TATAC	2	10	46383	46392	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017457	TCTGA	2	10	47511	47520	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
40	NC_017457	AACTG	2	10	50946	50955	40 %	20 %	20 %	20 %	385802344
41	NC_017457	TTCAG	2	10	51181	51190	20 %	40 %	20 %	20 %	385802345
42	NC_017457	AATTG	2	10	52405	52414	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017457	TCAGC	2	10	54992	55001	20 %	20 %	20 %	40 %	385802346
44	NC_017457	TCAAT	2	10	55123	55132	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_017457	TCCAC	2	10	55661	55670	20 %	20 %	0 %	60 %	385802347
46	NC_017457	ATATT	2	10	59764	59773	40 %	60 %	0 %	0 %	385802351
47	NC_017457	CTCTT	2	10	59880	59889	0 %	60 %	0 %	40 %	385802351
48	NC_017457	CATAT	2	10	61894	61903	40 %	40 %	0 %	20 %	385802354
49	NC_017457	CGATC	2	10	63532	63541	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_017457	ATGAT	2	10	63643	63652	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017457	ATTTT	2	10	64369	64378	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017457	GTCGG	2	10	65120	65129	0 %	20 %	60 %	20 %	385802357
53	NC_017457	ACGAG	2	10	69305	69314	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_017457	ATCGG	2	10	77185	77194	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_017457	AAATA	2	10	77342	77351	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017457	TTATA	2	10	77757	77766	40 %	60 %	0 %	0 %	385802364
57	NC_017457	CCCTC	2	10	78310	78319	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
58	NC_017457	TCCAT	2	10	78694	78703	20 %	40 %	0 %	40 %	385802365
59	NC_017457	CAAGA	2	10	81161	81170	60 %	0 %	20 %	20 %	385802367
60	NC_017457	AAAGA	2	10	81508	81517	80 %	0 %	20 %	0 %	385802367
61	NC_017457	GCTTG	2	10	81976	81985	0 %	40 %	40 %	20 %	385802368
62	NC_017457	CTGCC	2	10	83211	83220	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_017457	CATAT	2	10	83715	83724	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017457	AGTAC	2	10	84373	84382	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_017457	CATCT	2	10	85999	86008	20 %	40 %	0 %	40 %	385802370
66	NC_017457	GACGT	2	10	89552	89561	20 %	20 %	40 %	20 %	385802372
67	NC_017457	TGAGG	2	10	89707	89716	20 %	20 %	60 %	0 %	385802372
68	NC_017457	ATCGA	2	10	90154	90163	40 %	20 %	20 %	20 %	385802373
69	NC_017457	CGATC	2	10	90870	90879	20 %	20 %	20 %	40 %	385802373
70	NC_017457	TCCAA	2	10	90971	90980	40 %	20 %	0 %	40 %	385802373
71	NC_017457	AATTG	2	10	91524	91533	40 %	40 %	20 %	0 %	385802373
72	NC_017457	CAACT	2	10	92465	92474	40 %	20 %	0 %	40 %	385802373
73	NC_017457	GAGAG	2	10	92644	92653	40 %	0 %	60 %	0 %	385802373
74	NC_017457	GATCT	2	10	93884	93893	20 %	40 %	20 %	20 %	385802373
75	NC_017457	GCGAG	2	10	95310	95319	20 %	0 %	60 %	20 %	385802374
76	NC_017457	GTCTC	2	10	96320	96329	0 %	40 %	20 %	40 %	385802374
77	NC_017457	GATTC	2	10	97008	97017	20 %	40 %	20 %	20 %	385802374
78	NC_017457	TGCTA	2	10	99367	99376	20 %	40 %	20 %	20 %	385802374
79	NC_017457	ACCAC	2	10	99448	99457	40 %	0 %	0 %	60 %	385802374

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.