MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL100

Total Repeats: 287

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017457	CTTT	2	8	604	611	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017457	CGGT	2	8	638	645	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017457	CGTG	2	8	671	678	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017457	ATTC	2	8	1673	1680	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017457	TAAT	2	8	2156	2163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017457	ATAC	2	8	2554	2561	50 %	25 %	0 %	25 %	385802308
7	NC_017457	GATG	2	8	2690	2697	25 %	25 %	50 %	0 %	385802308
8	NC_017457	ACTG	2	8	2931	2938	25 %	25 %	25 %	25 %	385802308
9	NC_017457	TGAT	2	8	3112	3119	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017457	TTCA	2	8	3183	3190	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017457	TAAT	2	8	3595	3602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017457	ATTG	2	8	4090	4097	25 %	50 %	25 %	0 %	385802310
13	NC_017457	TGAG	2	8	4909	4916	25 %	25 %	50 %	0 %	385802312
14	NC_017457	GATT	2	8	4962	4969	25 %	50 %	25 %	0 %	385802312
15	NC_017457	TCAC	2	8	5667	5674	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_017457	ATTC	2	8	5689	5696	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017457	TTTA	2	8	5743	5750	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017457	ATGA	2	8	5829	5836	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017457	ATTA	2	8	5969	5976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017457	CTTA	2	8	6080	6087	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017457	TGAT	2	8	6244	6251	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017457	ATTC	2	8	6445	6452	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017457	ATGG	2	8	6759	6766	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
24	NC_017457	CTAT	2	8	7303	7310	25 %	50 %	0 %	25 %	385802313
25	NC_017457	GGTG	2	8	7398	7405	0 %	25 %	75 %	0 %	385802313
26	NC_017457	AAAC	2	8	8471	8478	75 %	0 %	0 %	25 %	385802313
27	NC_017457	CTGT	2	8	8526	8533	0 %	50 %	25 %	25 %	385802313
28	NC_017457	AGTC	2	8	8683	8690	25 %	25 %	25 %	25 %	385802313
29	NC_017457	GGAT	2	8	8888	8895	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
30	NC_017457	ATGG	2	8	9025	9032	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
31	NC_017457	GACA	2	8	9200	9207	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_017457	TGAT	2	8	9278	9285	25 %	50 %	25 %	0 %	385802314
33	NC_017457	TATG	2	8	10065	10072	25 %	50 %	25 %	0 %	385802314
34	NC_017457	ATTG	2	8	10970	10977	25 %	50 %	25 %	0 %	385802316
35	NC_017457	GACT	2	8	11252	11259	25 %	25 %	25 %	25 %	385802316
36	NC_017457	ATGT	2	8	11494	11501	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017457	CAGA	2	8	11595	11602	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017457	CATA	2	8	11743	11750	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
39	NC_017457	AATA	2	8	12012	12019	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017457	CCAT	2	8	12240	12247	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_017457	TCGT	2	8	12279	12286	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_017457	CATT	2	8	12478	12485	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_017457	TGGA	2	8	13519	13526	25 %	25 %	50 %	0 %	385802317
44	NC_017457	CAAA	2	8	13629	13636	75 %	0 %	0 %	25 %	385802317
45	NC_017457	GAGC	2	8	13951	13958	25 %	0 %	50 %	25 %	385802317
46	NC_017457	TACC	2	8	14208	14215	25 %	25 %	0 %	50 %	385802317
47	NC_017457	TGAG	2	8	15062	15069	25 %	25 %	50 %	0 %	385802317
48	NC_017457	CCGA	2	8	15257	15264	25 %	0 %	25 %	50 %	385802317
49	NC_017457	TAAT	2	8	15443	15450	50 %	50 %	0 %	0 %	385802317
50	NC_017457	GGTT	2	8	15485	15492	0 %	50 %	50 %	0 %	385802317
51	NC_017457	GAAG	2	8	17330	17337	50 %	0 %	50 %	0 %	385802318
52	NC_017457	CGAC	2	8	17363	17370	25 %	0 %	25 %	50 %	385802318
53	NC_017457	GTCA	2	8	17378	17385	25 %	25 %	25 %	25 %	385802318
54	NC_017457	TGCT	2	8	17497	17504	0 %	50 %	25 %	25 %	385802318
55	NC_017457	TCAC	2	8	17739	17746	25 %	25 %	0 %	50 %	385802318
56	NC_017457	AAGG	2	8	17757	17764	50 %	0 %	50 %	0 %	385802318
57	NC_017457	GTAA	2	8	18103	18110	50 %	25 %	25 %	0 %	385802318
58	NC_017457	ATTT	2	8	18748	18755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017457	ATGT	2	8	18797	18804	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017457	TACT	2	8	18910	18917	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017457	GCAG	2	8	19160	19167	25 %	0 %	50 %	25 %	385802319
62	NC_017457	ATCG	2	8	19338	19345	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
63	NC_017457	AACC	2	8	21149	21156	50 %	0 %	0 %	50 %	385802320
64	NC_017457	TCTG	2	8	21245	21252	0 %	50 %	25 %	25 %	385802320
65	NC_017457	TGAT	2	8	21848	21855	25 %	50 %	25 %	0 %	385802321
66	NC_017457	ATTG	2	8	22186	22193	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017457	ATCT	2	8	22329	22336	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017457	AAAC	2	8	22625	22632	75 %	0 %	0 %	25 %	385802322
69	NC_017457	ATTG	2	8	22658	22665	25 %	50 %	25 %	0 %	385802322
70	NC_017457	GAGG	2	8	23036	23043	25 %	0 %	75 %	0 %	385802322
71	NC_017457	GATC	2	8	23369	23376	25 %	25 %	25 %	25 %	385802322
72	NC_017457	TAAA	2	8	23398	23405	75 %	25 %	0 %	0 %	385802322
73	NC_017457	GCAT	2	8	23767	23774	25 %	25 %	25 %	25 %	385802322
74	NC_017457	ATGT	2	8	23943	23950	25 %	50 %	25 %	0 %	385802322
75	NC_017457	ATTA	2	8	23969	23976	50 %	50 %	0 %	0 %	385802322
76	NC_017457	GAAG	2	8	24170	24177	50 %	0 %	50 %	0 %	385802323
77	NC_017457	ATCA	2	8	24215	24222	50 %	25 %	0 %	25 %	385802323
78	NC_017457	AAAT	2	8	24546	24553	75 %	25 %	0 %	0 %	385802323
79	NC_017457	AGAT	2	8	25047	25054	50 %	25 %	25 %	0 %	385802323
80	NC_017457	AAAG	2	8	25979	25986	75 %	0 %	25 %	0 %	385802324
81	NC_017457	AAAT	2	8	26727	26734	75 %	25 %	0 %	0 %	385802324
82	NC_017457	AATT	2	8	26998	27005	50 %	50 %	0 %	0 %	385802324
83	NC_017457	ATCA	2	8	27213	27220	50 %	25 %	0 %	25 %	385802324
84	NC_017457	AGTT	2	8	29266	29273	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017457	AGTG	2	8	29290	29297	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017457	CGCC	2	8	29337	29344	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
87	NC_017457	ACTC	2	8	29642	29649	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017457	TAGT	2	8	29993	30000	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017457	AAAT	2	8	30050	30057	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017457	GCTG	2	8	30452	30459	0 %	25 %	50 %	25 %	385802327
91	NC_017457	CATA	2	8	30604	30611	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017457	CGTC	2	8	31670	31677	0 %	25 %	25 %	50 %	385802328
93	NC_017457	GTTG	2	8	32313	32320	0 %	50 %	50 %	0 %	385802328
94	NC_017457	TAAA	2	8	32359	32366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017457	TTAT	2	8	32431	32438	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017457	AGAC	2	8	32931	32938	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017457	TTGA	2	8	33148	33155	25 %	50 %	25 %	0 %	385802329
98	NC_017457	TAAT	2	8	33348	33355	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017457	TTAT	2	8	33567	33574	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017457	ACAT	2	8	33656	33663	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017457	TACT	2	8	34127	34134	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017457	TACA	2	8	34139	34146	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_017457	TCAT	2	8	34366	34373	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
104	NC_017457	AACA	2	8	34402	34409	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017457	CTCA	2	8	34980	34987	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017457	TTTA	2	8	35070	35077	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017457	CATT	2	8	35464	35471	25 %	50 %	0 %	25 %	385802330
108	NC_017457	TTCT	2	8	35526	35533	0 %	75 %	0 %	25 %	385802330
109	NC_017457	CAAC	2	8	35871	35878	50 %	0 %	0 %	50 %	385802331
110	NC_017457	AAAT	2	8	36099	36106	75 %	25 %	0 %	0 %	385802331
111	NC_017457	GCGA	2	8	36239	36246	25 %	0 %	50 %	25 %	385802331
112	NC_017457	ACCA	2	8	36253	36260	50 %	0 %	0 %	50 %	385802331
113	NC_017457	ATAG	2	8	36620	36627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017457	TTCT	2	8	36802	36809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
115	NC_017457	TGAA	2	8	37105	37112	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017457	ATTG	2	8	37266	37273	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017457	ATCG	2	8	37773	37780	25 %	25 %	25 %	25 %	385802332
118	NC_017457	TAAT	2	8	38458	38465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017457	TTCA	2	8	38648	38655	25 %	50 %	0 %	25 %	385802333
120	NC_017457	ATCA	2	8	38977	38984	50 %	25 %	0 %	25 %	385802334
121	NC_017457	AAGT	2	8	39297	39304	50 %	25 %	25 %	0 %	385802335
122	NC_017457	CATT	2	8	39322	39329	25 %	50 %	0 %	25 %	385802335
123	NC_017457	GAAT	2	8	39471	39478	50 %	25 %	25 %	0 %	385802335
124	NC_017457	TCAG	2	8	39851	39858	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017457	GTCA	2	8	40214	40221	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017457	TACT	2	8	40488	40495	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
127	NC_017457	TACA	2	8	40500	40507	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_017457	AGAA	2	8	41000	41007	75 %	0 %	25 %	0 %	385802336
129	NC_017457	GTCA	2	8	41071	41078	25 %	25 %	25 %	25 %	385802336
130	NC_017457	GGGT	2	8	41134	41141	0 %	25 %	75 %	0 %	385802336
131	NC_017457	GAAG	2	8	41592	41599	50 %	0 %	50 %	0 %	385802336
132	NC_017457	ACTC	2	8	41633	41640	25 %	25 %	0 %	50 %	385802336
133	NC_017457	AGGT	2	8	41708	41715	25 %	25 %	50 %	0 %	385802336
134	NC_017457	TTTG	2	8	42594	42601	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017457	GATG	2	8	42678	42685	25 %	25 %	50 %	0 %	385802338
136	NC_017457	AGTA	2	8	42853	42860	50 %	25 %	25 %	0 %	385802338
137	NC_017457	CAAA	2	8	43445	43452	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
138	NC_017457	TAAT	2	8	43633	43640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017457	AAAT	2	8	44002	44009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017457	AGTA	2	8	44400	44407	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017457	TATC	2	8	44598	44605	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
142	NC_017457	TTAC	2	8	44606	44613	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017457	GTTT	2	8	44683	44690	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017457	TCAT	2	8	45065	45072	25 %	50 %	0 %	25 %	385802339
145	NC_017457	TCTG	2	8	45760	45767	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
146	NC_017457	ACCA	2	8	46045	46052	50 %	0 %	0 %	50 %	385802340
147	NC_017457	ACTC	2	8	46233	46240	25 %	25 %	0 %	50 %	385802340
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.