MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL100

Total Repeats: 116

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017457	CTTT	2	8	604	611	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
2	NC_017457	CGGT	2	8	638	645	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
3	NC_017457	CGTG	2	8	671	678	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_017457	ATTC	2	8	1673	1680	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_017457	TAAT	2	8	2156	2163	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017457	TGAT	2	8	3112	3119	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017457	TTCA	2	8	3183	3190	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017457	TAAT	2	8	3595	3602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017457	TCAC	2	8	5667	5674	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_017457	ATTC	2	8	5689	5696	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017457	TTTA	2	8	5743	5750	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017457	ATGA	2	8	5829	5836	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017457	ATTA	2	8	5969	5976	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017457	CTTA	2	8	6080	6087	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017457	TGAT	2	8	6244	6251	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017457	ATTC	2	8	6445	6452	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017457	GACA	2	8	9200	9207	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017457	ATGT	2	8	11494	11501	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017457	CAGA	2	8	11595	11602	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_017457	CATA	2	8	11743	11750	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_017457	AATA	2	8	12012	12019	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017457	CCAT	2	8	12240	12247	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_017457	TCGT	2	8	12279	12286	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_017457	CATT	2	8	12478	12485	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
25	NC_017457	ATTT	2	8	18748	18755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017457	ATGT	2	8	18797	18804	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017457	TACT	2	8	18910	18917	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_017457	ATCG	2	8	19338	19345	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_017457	ATTG	2	8	22186	22193	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017457	ATCT	2	8	22329	22336	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_017457	AGTT	2	8	29266	29273	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017457	AGTG	2	8	29290	29297	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017457	CGCC	2	8	29337	29344	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_017457	ACTC	2	8	29642	29649	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
35	NC_017457	TAGT	2	8	29993	30000	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017457	AAAT	2	8	30050	30057	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017457	CATA	2	8	30604	30611	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_017457	TAAA	2	8	32359	32366	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017457	TTAT	2	8	32431	32438	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017457	AGAC	2	8	32931	32938	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_017457	TAAT	2	8	33348	33355	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017457	TTAT	2	8	33567	33574	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017457	ACAT	2	8	33656	33663	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_017457	TACT	2	8	34127	34134	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
45	NC_017457	TACA	2	8	34139	34146	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_017457	TCAT	2	8	34366	34373	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
47	NC_017457	AACA	2	8	34402	34409	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
48	NC_017457	CTCA	2	8	34980	34987	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017457	TTTA	2	8	35070	35077	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017457	ATAG	2	8	36620	36627	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017457	TTCT	2	8	36802	36809	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_017457	TGAA	2	8	37105	37112	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017457	ATTG	2	8	37266	37273	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017457	TAAT	2	8	38458	38465	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017457	TCAG	2	8	39851	39858	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
56	NC_017457	GTCA	2	8	40214	40221	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_017457	TACT	2	8	40488	40495	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_017457	TACA	2	8	40500	40507	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_017457	TTTG	2	8	42594	42601	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017457	CAAA	2	8	43445	43452	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_017457	TAAT	2	8	43633	43640	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017457	AAAT	2	8	44002	44009	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017457	AGTA	2	8	44400	44407	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017457	TATC	2	8	44598	44605	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_017457	TTAC	2	8	44606	44613	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
66	NC_017457	GTTT	2	8	44683	44690	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017457	TCTG	2	8	45760	45767	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_017457	ATGA	2	8	46284	46291	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017457	TGAG	2	8	47389	47396	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017457	CACT	2	8	49759	49766	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
71	NC_017457	GATA	2	8	49812	49819	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017457	ATTT	2	8	49831	49838	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017457	GTGG	2	8	51868	51875	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017457	ATGT	2	8	51998	52005	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017457	CTAT	2	8	52745	52752	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_017457	ACTT	2	8	56519	56526	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017457	CTTT	2	8	56925	56932	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
78	NC_017457	TGAC	2	8	57954	57961	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_017457	GTTA	2	8	58048	58055	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017457	CTAT	2	8	59455	59462	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_017457	TAGA	2	8	60519	60526	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017457	GATA	2	8	60803	60810	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017457	GACC	2	8	63443	63450	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_017457	TTGA	2	8	63548	63555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017457	GACA	2	8	64161	64168	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
86	NC_017457	GGCA	2	8	64729	64736	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
87	NC_017457	GGTT	2	8	64766	64773	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017457	GTCG	2	8	65010	65017	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017457	TCTA	2	8	65699	65706	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_017457	ACCA	2	8	66153	66160	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_017457	GCAG	2	8	69296	69303	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_017457	TGCT	2	8	75249	75256	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
93	NC_017457	CGGT	2	8	76574	76581	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017457	AACT	2	8	77404	77411	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_017457	CAGA	2	8	77531	77538	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_017457	CACT	2	8	80248	80255	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_017457	GAAG	2	8	80311	80318	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017457	TGAA	2	8	80347	80354	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017457	CAGT	2	8	82822	82829	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_017457	TAAT	2	8	83005	83012	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017457	TGAT	2	8	83197	83204	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017457	ATTA	2	8	83239	83246	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017457	CCGT	2	8	83531	83538	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017457	TCCA	2	8	84844	84851	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_017457	CCTA	2	8	86114	86121	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_017457	GTGG	2	8	86229	86236	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017457	TATT	2	8	86375	86382	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017457	CACT	2	8	86536	86543	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017457	GCAT	2	8	87016	87023	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017457	AATT	2	8	94185	94192	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017457	AAAT	2	8	94231	94238	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017457	CTGA	2	8	94269	94276	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_017457	TAGG	2	8	94286	94293	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017457	CGCT	2	8	94641	94648	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_017457	TAAT	2	8	94796	94803	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017457	CCTA	2	8	94839	94846	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.