MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL100

Total Repeats: 171

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017457	ATAC	2	8	2554	2561	50 %	25 %	0 %	25 %	385802308
2	NC_017457	GATG	2	8	2690	2697	25 %	25 %	50 %	0 %	385802308
3	NC_017457	ACTG	2	8	2931	2938	25 %	25 %	25 %	25 %	385802308
4	NC_017457	ATTG	2	8	4090	4097	25 %	50 %	25 %	0 %	385802310
5	NC_017457	TGAG	2	8	4909	4916	25 %	25 %	50 %	0 %	385802312
6	NC_017457	GATT	2	8	4962	4969	25 %	50 %	25 %	0 %	385802312
7	NC_017457	ATGG	2	8	6759	6766	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
8	NC_017457	CTAT	2	8	7303	7310	25 %	50 %	0 %	25 %	385802313
9	NC_017457	GGTG	2	8	7398	7405	0 %	25 %	75 %	0 %	385802313
10	NC_017457	AAAC	2	8	8471	8478	75 %	0 %	0 %	25 %	385802313
11	NC_017457	CTGT	2	8	8526	8533	0 %	50 %	25 %	25 %	385802313
12	NC_017457	AGTC	2	8	8683	8690	25 %	25 %	25 %	25 %	385802313
13	NC_017457	GGAT	2	8	8888	8895	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
14	NC_017457	ATGG	2	8	9025	9032	25 %	25 %	50 %	0 %	385802313
15	NC_017457	TGAT	2	8	9278	9285	25 %	50 %	25 %	0 %	385802314
16	NC_017457	TATG	2	8	10065	10072	25 %	50 %	25 %	0 %	385802314
17	NC_017457	ATTG	2	8	10970	10977	25 %	50 %	25 %	0 %	385802316
18	NC_017457	GACT	2	8	11252	11259	25 %	25 %	25 %	25 %	385802316
19	NC_017457	TGGA	2	8	13519	13526	25 %	25 %	50 %	0 %	385802317
20	NC_017457	CAAA	2	8	13629	13636	75 %	0 %	0 %	25 %	385802317
21	NC_017457	GAGC	2	8	13951	13958	25 %	0 %	50 %	25 %	385802317
22	NC_017457	TACC	2	8	14208	14215	25 %	25 %	0 %	50 %	385802317
23	NC_017457	TGAG	2	8	15062	15069	25 %	25 %	50 %	0 %	385802317
24	NC_017457	CCGA	2	8	15257	15264	25 %	0 %	25 %	50 %	385802317
25	NC_017457	TAAT	2	8	15443	15450	50 %	50 %	0 %	0 %	385802317
26	NC_017457	GGTT	2	8	15485	15492	0 %	50 %	50 %	0 %	385802317
27	NC_017457	GAAG	2	8	17330	17337	50 %	0 %	50 %	0 %	385802318
28	NC_017457	CGAC	2	8	17363	17370	25 %	0 %	25 %	50 %	385802318
29	NC_017457	GTCA	2	8	17378	17385	25 %	25 %	25 %	25 %	385802318
30	NC_017457	TGCT	2	8	17497	17504	0 %	50 %	25 %	25 %	385802318
31	NC_017457	TCAC	2	8	17739	17746	25 %	25 %	0 %	50 %	385802318
32	NC_017457	AAGG	2	8	17757	17764	50 %	0 %	50 %	0 %	385802318
33	NC_017457	GTAA	2	8	18103	18110	50 %	25 %	25 %	0 %	385802318
34	NC_017457	GCAG	2	8	19160	19167	25 %	0 %	50 %	25 %	385802319
35	NC_017457	AACC	2	8	21149	21156	50 %	0 %	0 %	50 %	385802320
36	NC_017457	TCTG	2	8	21245	21252	0 %	50 %	25 %	25 %	385802320
37	NC_017457	TGAT	2	8	21848	21855	25 %	50 %	25 %	0 %	385802321
38	NC_017457	AAAC	2	8	22625	22632	75 %	0 %	0 %	25 %	385802322
39	NC_017457	ATTG	2	8	22658	22665	25 %	50 %	25 %	0 %	385802322
40	NC_017457	GAGG	2	8	23036	23043	25 %	0 %	75 %	0 %	385802322
41	NC_017457	GATC	2	8	23369	23376	25 %	25 %	25 %	25 %	385802322
42	NC_017457	TAAA	2	8	23398	23405	75 %	25 %	0 %	0 %	385802322
43	NC_017457	GCAT	2	8	23767	23774	25 %	25 %	25 %	25 %	385802322
44	NC_017457	ATGT	2	8	23943	23950	25 %	50 %	25 %	0 %	385802322
45	NC_017457	ATTA	2	8	23969	23976	50 %	50 %	0 %	0 %	385802322
46	NC_017457	GAAG	2	8	24170	24177	50 %	0 %	50 %	0 %	385802323
47	NC_017457	ATCA	2	8	24215	24222	50 %	25 %	0 %	25 %	385802323
48	NC_017457	AAAT	2	8	24546	24553	75 %	25 %	0 %	0 %	385802323
49	NC_017457	AGAT	2	8	25047	25054	50 %	25 %	25 %	0 %	385802323
50	NC_017457	AAAG	2	8	25979	25986	75 %	0 %	25 %	0 %	385802324
51	NC_017457	AAAT	2	8	26727	26734	75 %	25 %	0 %	0 %	385802324
52	NC_017457	AATT	2	8	26998	27005	50 %	50 %	0 %	0 %	385802324
53	NC_017457	ATCA	2	8	27213	27220	50 %	25 %	0 %	25 %	385802324
54	NC_017457	GCTG	2	8	30452	30459	0 %	25 %	50 %	25 %	385802327
55	NC_017457	CGTC	2	8	31670	31677	0 %	25 %	25 %	50 %	385802328
56	NC_017457	GTTG	2	8	32313	32320	0 %	50 %	50 %	0 %	385802328
57	NC_017457	TTGA	2	8	33148	33155	25 %	50 %	25 %	0 %	385802329
58	NC_017457	CATT	2	8	35464	35471	25 %	50 %	0 %	25 %	385802330
59	NC_017457	TTCT	2	8	35526	35533	0 %	75 %	0 %	25 %	385802330
60	NC_017457	CAAC	2	8	35871	35878	50 %	0 %	0 %	50 %	385802331
61	NC_017457	AAAT	2	8	36099	36106	75 %	25 %	0 %	0 %	385802331
62	NC_017457	GCGA	2	8	36239	36246	25 %	0 %	50 %	25 %	385802331
63	NC_017457	ACCA	2	8	36253	36260	50 %	0 %	0 %	50 %	385802331
64	NC_017457	ATCG	2	8	37773	37780	25 %	25 %	25 %	25 %	385802332
65	NC_017457	TTCA	2	8	38648	38655	25 %	50 %	0 %	25 %	385802333
66	NC_017457	ATCA	2	8	38977	38984	50 %	25 %	0 %	25 %	385802334
67	NC_017457	AAGT	2	8	39297	39304	50 %	25 %	25 %	0 %	385802335
68	NC_017457	CATT	2	8	39322	39329	25 %	50 %	0 %	25 %	385802335
69	NC_017457	GAAT	2	8	39471	39478	50 %	25 %	25 %	0 %	385802335
70	NC_017457	AGAA	2	8	41000	41007	75 %	0 %	25 %	0 %	385802336
71	NC_017457	GTCA	2	8	41071	41078	25 %	25 %	25 %	25 %	385802336
72	NC_017457	GGGT	2	8	41134	41141	0 %	25 %	75 %	0 %	385802336
73	NC_017457	GAAG	2	8	41592	41599	50 %	0 %	50 %	0 %	385802336
74	NC_017457	ACTC	2	8	41633	41640	25 %	25 %	0 %	50 %	385802336
75	NC_017457	AGGT	2	8	41708	41715	25 %	25 %	50 %	0 %	385802336
76	NC_017457	GATG	2	8	42678	42685	25 %	25 %	50 %	0 %	385802338
77	NC_017457	AGTA	2	8	42853	42860	50 %	25 %	25 %	0 %	385802338
78	NC_017457	TCAT	2	8	45065	45072	25 %	50 %	0 %	25 %	385802339
79	NC_017457	ACCA	2	8	46045	46052	50 %	0 %	0 %	50 %	385802340
80	NC_017457	ACTC	2	8	46233	46240	25 %	25 %	0 %	50 %	385802340
81	NC_017457	AATC	2	8	46449	46456	50 %	25 %	0 %	25 %	385802341
82	NC_017457	GAAG	2	8	48809	48816	50 %	0 %	50 %	0 %	385802342
83	NC_017457	AAAG	2	8	49193	49200	75 %	0 %	25 %	0 %	385802342
84	NC_017457	GAGT	2	8	50244	50251	25 %	25 %	50 %	0 %	385802343
85	NC_017457	AAAT	2	8	50771	50778	75 %	25 %	0 %	0 %	385802344
86	NC_017457	CACT	2	8	50917	50924	25 %	25 %	0 %	50 %	385802344
87	NC_017457	TCGG	2	8	51398	51405	0 %	25 %	50 %	25 %	385802345
88	NC_017457	TGAG	2	8	51701	51708	25 %	25 %	50 %	0 %	385802345
89	NC_017457	ACTG	2	8	53339	53346	25 %	25 %	25 %	25 %	385802346
90	NC_017457	CAAA	2	8	54345	54352	75 %	0 %	0 %	25 %	385802346
91	NC_017457	ATTC	2	8	54427	54434	25 %	50 %	0 %	25 %	385802346
92	NC_017457	AATA	2	8	55022	55029	75 %	25 %	0 %	0 %	385802346
93	NC_017457	CTGT	3	12	55710	55721	0 %	50 %	25 %	25 %	385802347
94	NC_017457	GCTT	2	8	56153	56160	0 %	50 %	25 %	25 %	385802347
95	NC_017457	CATG	2	8	57245	57252	25 %	25 %	25 %	25 %	385802349
96	NC_017457	AACT	2	8	58607	58614	50 %	25 %	0 %	25 %	385802350
97	NC_017457	GCGA	2	8	59123	59130	25 %	0 %	50 %	25 %	385802350
98	NC_017457	ACTC	2	8	59600	59607	25 %	25 %	0 %	50 %	385802351
99	NC_017457	TTTG	2	8	60020	60027	0 %	75 %	25 %	0 %	385802351
100	NC_017457	CACT	2	8	60974	60981	25 %	25 %	0 %	50 %	385802353
101	NC_017457	AAGA	2	8	62004	62011	75 %	0 %	25 %	0 %	385802354
102	NC_017457	AAAT	2	8	62311	62318	75 %	25 %	0 %	0 %	385802354
103	NC_017457	CTGA	2	8	62373	62380	25 %	25 %	25 %	25 %	385802354
104	NC_017457	AGTC	2	8	62593	62600	25 %	25 %	25 %	25 %	385802355
105	NC_017457	AATA	2	8	62637	62644	75 %	25 %	0 %	0 %	385802355
106	NC_017457	CGAA	2	8	62813	62820	50 %	0 %	25 %	25 %	385802355
107	NC_017457	AATC	2	8	63024	63031	50 %	25 %	0 %	25 %	385802355
108	NC_017457	GACG	2	8	63087	63094	25 %	0 %	50 %	25 %	385802355
109	NC_017457	ACCG	2	8	63137	63144	25 %	0 %	25 %	50 %	385802355
110	NC_017457	TTTG	2	8	63194	63201	0 %	75 %	25 %	0 %	385802355
111	NC_017457	CTCG	2	8	63736	63743	0 %	25 %	25 %	50 %	385802356
112	NC_017457	GATA	2	8	63746	63753	50 %	25 %	25 %	0 %	385802356
113	NC_017457	GATT	2	8	63811	63818	25 %	50 %	25 %	0 %	385802356
114	NC_017457	ACTC	2	8	67076	67083	25 %	25 %	0 %	50 %	385802358
115	NC_017457	GAGT	2	8	67622	67629	25 %	25 %	50 %	0 %	385802358
116	NC_017457	AGCA	2	8	67889	67896	50 %	0 %	25 %	25 %	385802359
117	NC_017457	CTGC	2	8	67994	68001	0 %	25 %	25 %	50 %	385802359
118	NC_017457	TGAG	2	8	69356	69363	25 %	25 %	50 %	0 %	385802360
119	NC_017457	GTCC	2	8	69649	69656	0 %	25 %	25 %	50 %	385802360
120	NC_017457	AAGA	2	8	70535	70542	75 %	0 %	25 %	0 %	385802360
121	NC_017457	CACT	2	8	71941	71948	25 %	25 %	0 %	50 %	385802361
122	NC_017457	GTCG	2	8	72336	72343	0 %	25 %	50 %	25 %	385802361
123	NC_017457	ATTG	2	8	72511	72518	25 %	50 %	25 %	0 %	385802361
124	NC_017457	ATCT	2	8	72566	72573	25 %	50 %	0 %	25 %	385802361
125	NC_017457	CGAA	2	8	72617	72624	50 %	0 %	25 %	25 %	385802361
126	NC_017457	GGAA	2	8	72639	72646	50 %	0 %	50 %	0 %	385802361
127	NC_017457	GATA	2	8	72784	72791	50 %	25 %	25 %	0 %	385802361
128	NC_017457	GATA	2	8	73147	73154	50 %	25 %	25 %	0 %	385802361
129	NC_017457	AGCG	2	8	73244	73251	25 %	0 %	50 %	25 %	385802361
130	NC_017457	GCAG	2	8	73444	73451	25 %	0 %	50 %	25 %	385802361
131	NC_017457	TGAG	2	8	73669	73676	25 %	25 %	50 %	0 %	385802361
132	NC_017457	ATTT	2	8	78723	78730	25 %	75 %	0 %	0 %	385802365
133	NC_017457	ATTA	2	8	78915	78922	50 %	50 %	0 %	0 %	385802365
134	NC_017457	TCAC	2	8	79088	79095	25 %	25 %	0 %	50 %	385802365
135	NC_017457	AGAC	2	8	80769	80776	50 %	0 %	25 %	25 %	385802367
136	NC_017457	TCAC	2	8	80972	80979	25 %	25 %	0 %	50 %	385802367
137	NC_017457	AAGA	2	8	83847	83854	75 %	0 %	25 %	0 %	385802369
138	NC_017457	CGAC	2	8	84022	84029	25 %	0 %	25 %	50 %	385802369
139	NC_017457	CCAG	2	8	87271	87278	25 %	0 %	25 %	50 %	385802372
140	NC_017457	CAAA	2	8	87871	87878	75 %	0 %	0 %	25 %	385802372
141	NC_017457	GTCA	2	8	88375	88382	25 %	25 %	25 %	25 %	385802372
142	NC_017457	CAGG	2	8	89146	89153	25 %	0 %	50 %	25 %	385802372
143	NC_017457	GAAG	2	8	89899	89906	50 %	0 %	50 %	0 %	385802372
144	NC_017457	GCTG	2	8	90039	90046	0 %	25 %	50 %	25 %	385802372
145	NC_017457	CATT	2	8	90194	90201	25 %	50 %	0 %	25 %	385802373
146	NC_017457	GCGG	2	8	90499	90506	0 %	0 %	75 %	25 %	385802373
147	NC_017457	TCAT	2	8	90590	90597	25 %	50 %	0 %	25 %	385802373
148	NC_017457	GTCT	2	8	91473	91480	0 %	50 %	25 %	25 %	385802373
149	NC_017457	TCTG	2	8	91726	91733	0 %	50 %	25 %	25 %	385802373
150	NC_017457	CTCG	2	8	91795	91802	0 %	25 %	25 %	50 %	385802373
151	NC_017457	TAAT	2	8	92021	92028	50 %	50 %	0 %	0 %	385802373
152	NC_017457	ATAA	2	8	92239	92246	75 %	25 %	0 %	0 %	385802373
153	NC_017457	AACT	2	8	92432	92439	50 %	25 %	0 %	25 %	385802373
154	NC_017457	CCCT	2	8	92559	92566	0 %	25 %	0 %	75 %	385802373
155	NC_017457	ATAC	2	8	92789	92796	50 %	25 %	0 %	25 %	385802373
156	NC_017457	GGAT	2	8	93225	93232	25 %	25 %	50 %	0 %	385802373
157	NC_017457	GAAC	2	8	93601	93608	50 %	0 %	25 %	25 %	385802373
158	NC_017457	ATTC	2	8	94015	94022	25 %	50 %	0 %	25 %	385802373
159	NC_017457	GTCA	2	8	95284	95291	25 %	25 %	25 %	25 %	385802374
160	NC_017457	ACTC	2	8	96696	96703	25 %	25 %	0 %	50 %	385802374
161	NC_017457	CGCT	2	8	97021	97028	0 %	25 %	25 %	50 %	385802374
162	NC_017457	GCCA	2	8	97119	97126	25 %	0 %	25 %	50 %	385802374
163	NC_017457	TGTC	2	8	97821	97828	0 %	50 %	25 %	25 %	385802374
164	NC_017457	AGGG	2	8	97993	98000	25 %	0 %	75 %	0 %	385802374
165	NC_017457	CGGG	2	8	98121	98128	0 %	0 %	75 %	25 %	385802374
166	NC_017457	AGGA	2	8	98363	98370	50 %	0 %	50 %	0 %	385802374
167	NC_017457	ACGA	2	8	99152	99159	50 %	0 %	25 %	25 %	385802374
168	NC_017457	GAGG	2	8	99631	99638	25 %	0 %	75 %	0 %	385802374
169	NC_017457	CCAG	2	8	99777	99784	25 %	0 %	25 %	50 %	385802374
170	NC_017457	CTGA	2	8	99847	99854	25 %	25 %	25 %	25 %	385802374
171	NC_017457	AAAC	2	8	99863	99870	75 %	0 %	0 %	25 %	385802374

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.