MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Gardnerella vaginalis HMP9231 chromosome

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017456	AGAACA	2	12	4327	4338	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_017456	AATTAC	2	12	56446	56457	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017456	TAAATA	2	12	91630	91641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017456	TCTTTT	2	12	98024	98035	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017456	TATTGT	2	12	105836	105847	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017456	ATGGTA	2	12	128389	128400	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017456	AATATT	2	12	140681	140692	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017456	CCATTT	2	12	143483	143494	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_017456	ATTATC	2	12	189043	189054	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_017456	GTTTTG	2	12	241156	241167	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017456	TTTATA	2	12	254726	254737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017456	CAGAAA	2	12	276862	276873	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_017456	TGGAGC	2	12	282060	282071	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_017456	CAGGCC	2	12	289308	289319	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
15	NC_017456	AAATTA	2	12	325056	325067	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017456	GAAGCT	2	12	373765	373776	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_017456	AGTAAA	2	12	419821	419832	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017456	AGTAAA	2	12	419836	419847	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017456	GTTTAC	2	12	421531	421542	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017456	GCTCCA	2	12	422732	422743	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_017456	TTGATT	2	12	422952	422963	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017456	AAGCCA	2	12	423698	423709	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017456	CCTAAG	2	12	424085	424096	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017456	GAAAAG	2	12	424325	424336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017456	AAGCTC	2	12	424557	424568	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_017456	CCGACC	3	18	426251	426268	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_017456	CTGGTT	2	12	426324	426335	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017456	GCACTG	2	12	426528	426539	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017456	CGCAAG	2	12	426699	426710	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017456	ACTTTA	2	12	434280	434291	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017456	AAATAA	2	12	470011	470022	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017456	TAAAAT	2	12	499061	499072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017456	AATAAA	2	12	503692	503703	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017456	AGCTTG	2	12	523827	523838	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_017456	TAAATT	2	12	562618	562629	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017456	CTATTT	2	12	572934	572945	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017456	TTCCTA	2	12	574824	574835	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_017456	TTTTTG	2	12	611166	611177	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017456	TCAAAT	2	12	658762	658773	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017456	TGGCAT	2	12	660894	660905	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_017456	AGTATT	2	12	662058	662069	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017456	AAGCCA	2	12	664191	664202	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_017456	TCGTAT	2	12	678235	678246	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_017456	TTATTT	2	12	693645	693656	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017456	ATGATT	2	12	708937	708948	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017456	GCAGAA	2	12	715815	715826	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_017456	GCGATG	2	12	732140	732151	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_017456	GGCAAT	2	12	733129	733140	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017456	ATGCTG	2	12	733691	733702	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_017456	GCTGAA	2	12	737685	737696	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_017456	TGATAA	2	12	739091	739102	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017456	AAGTTT	2	12	740502	740513	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017456	TTGTGT	2	12	771348	771359	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017456	TTTACT	2	12	795888	795899	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_017456	TATTTA	2	12	798278	798289	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017456	ATAGTT	2	12	819034	819045	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017456	ATTTTT	2	12	872409	872420	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017456	TATAAA	2	12	932780	932791	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017456	GTTTGA	2	12	939302	939313	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017456	GGATTT	2	12	942117	942128	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017456	TTTTAG	2	12	969887	969898	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017456	TAACAC	2	12	969999	970010	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017456	GTCTTT	2	12	971091	971102	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_017456	TAATTG	2	12	1009864	1009875	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017456	TAAAGG	2	12	1010896	1010907	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017456	TCAAAA	2	12	1011952	1011963	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017456	ATTTTT	2	12	1025217	1025228	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017456	TAAAAA	2	12	1034261	1034272	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017456	TTACAA	2	12	1039866	1039877	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_017456	AAAAAT	2	12	1095099	1095110	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017456	TTATTT	2	12	1106696	1106707	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017456	GAAACA	2	12	1116510	1116521	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017456	TATGAA	2	12	1123649	1123660	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017456	GAAACA	2	12	1124996	1125007	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_017456	ATATTT	2	12	1222386	1222397	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017456	TTTGTT	2	12	1251897	1251908	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017456	TGTTCT	2	12	1262128	1262139	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_017456	CAAGCT	2	12	1263584	1263595	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017456	TTTTTA	2	12	1290914	1290925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017456	AGAACT	2	12	1324895	1324906	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_017456	ATAAAA	2	12	1327820	1327831	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017456	GTGCAT	2	12	1337818	1337829	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_017456	ATAAGC	2	12	1344933	1344944	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_017456	AATTAA	2	12	1347968	1347979	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017456	ATTAAA	2	12	1347980	1347991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017456	TGTATG	2	12	1355920	1355931	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017456	CAAAAC	2	12	1358949	1358960	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_017456	CAAAAA	2	12	1367407	1367418	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_017456	TATTAA	2	12	1372278	1372289	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017456	TACCAA	2	12	1380167	1380178	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017456	TTTATT	2	12	1385875	1385886	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017456	AGATAT	2	12	1403716	1403727	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017456	CAAATA	2	12	1432273	1432284	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_017456	AAACAA	2	12	1444124	1444135	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_017456	AACACT	2	12	1445919	1445930	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017456	ATTCTT	2	12	1469298	1469309	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_017456	GCTAAT	2	12	1469468	1469479	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_017456	ATCTAA	2	12	1470637	1470648	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_017456	AACTAA	2	12	1486989	1487000	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_017456	CAAAAA	2	12	1494907	1494918	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_017456	AAACAA	2	12	1500489	1500500	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017456	AACACT	2	12	1502427	1502438	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_017456	GCAACC	2	12	1519812	1519823	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_017456	TCAGAA	2	12	1520436	1520447	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_017456	AAAAGA	2	12	1528615	1528626	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017456	ATTTTC	2	12	1532274	1532285	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_017456	ATATTT	2	12	1574528	1574539	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017456	AACACC	2	12	1583352	1583363	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_017456	AGCCTC	2	12	1583745	1583756	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
110	NC_017456	CCTGAG	2	12	1583903	1583914	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_017456	CCTTAG	2	12	1584551	1584562	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_017456	ATCATT	2	12	1585134	1585145	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_017456	TCTGCT	2	12	1587259	1587270	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017456	TCTTAT	2	12	1590371	1590382	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_017456	ATGTAA	2	12	1597553	1597564	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017456	TAATTA	2	12	1638229	1638240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017456	TACATA	2	12	1638257	1638268	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.