MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Gardnerella vaginalis HMP9231 chromosome

Total Repeats: 1007

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017456	TCTGC	2	10	324	333	0 %	40 %	20 %	40 %	385800987
2	NC_017456	TATTT	2	10	2032	2041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017456	GAAAA	2	10	4644	4653	80 %	0 %	20 %	0 %	385800989
4	NC_017456	TGCAA	2	10	8735	8744	40 %	20 %	20 %	20 %	385800991
5	NC_017456	GGTAA	2	10	9795	9804	40 %	20 %	40 %	0 %	385800991
6	NC_017456	TAAAA	2	10	10482	10491	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017456	TTAAA	2	10	10540	10549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017456	TACTT	2	10	12827	12836	20 %	60 %	0 %	20 %	385800996
9	NC_017456	CTTCT	2	10	16751	16760	0 %	60 %	0 %	40 %	385800999
10	NC_017456	AAAGC	2	10	20723	20732	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017456	AACTT	2	10	21299	21308	40 %	40 %	0 %	20 %	385801002
12	NC_017456	CCCAA	2	10	22223	22232	40 %	0 %	0 %	60 %	385801003
13	NC_017456	ACTTG	2	10	23451	23460	20 %	40 %	20 %	20 %	385801005
14	NC_017456	TAGTG	2	10	24395	24404	20 %	40 %	40 %	0 %	385801005
15	NC_017456	GTTTT	2	10	24544	24553	0 %	80 %	20 %	0 %	385801005
16	NC_017456	CATAG	2	10	26893	26902	40 %	20 %	20 %	20 %	385801008
17	NC_017456	GTGGC	2	10	27559	27568	0 %	20 %	60 %	20 %	385801008
18	NC_017456	GCCTT	2	10	27869	27878	0 %	40 %	20 %	40 %	385801008
19	NC_017456	CAAAT	2	10	27976	27985	60 %	20 %	0 %	20 %	385801008
20	NC_017456	TCATG	2	10	28518	28527	20 %	40 %	20 %	20 %	385801008
21	NC_017456	GAAAT	2	10	30066	30075	60 %	20 %	20 %	0 %	385801011
22	NC_017456	AAATC	2	10	30131	30140	60 %	20 %	0 %	20 %	385801011
23	NC_017456	GCAAA	2	10	30558	30567	60 %	0 %	20 %	20 %	385801011
24	NC_017456	TGGTT	2	10	30877	30886	0 %	60 %	40 %	0 %	385801011
25	NC_017456	ACAGA	2	10	31651	31660	60 %	0 %	20 %	20 %	385801012
26	NC_017456	TTGGA	2	10	34085	34094	20 %	40 %	40 %	0 %	385801013
27	NC_017456	TTGGC	2	10	37601	37610	0 %	40 %	40 %	20 %	385801015
28	NC_017456	TTTTG	2	10	38125	38134	0 %	80 %	20 %	0 %	385801016
29	NC_017456	GGATC	2	10	42597	42606	20 %	20 %	40 %	20 %	385801020
30	NC_017456	GAAAG	2	10	43577	43586	60 %	0 %	40 %	0 %	385801020
31	NC_017456	ATGAG	2	10	46249	46258	40 %	20 %	40 %	0 %	385801022
32	NC_017456	GTTTG	2	10	50469	50478	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017456	ATGCG	2	10	50637	50646	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_017456	ATTTA	2	10	51748	51757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017456	ATTCT	2	10	52090	52099	20 %	60 %	0 %	20 %	385801029
36	NC_017456	CGTTA	2	10	52809	52818	20 %	40 %	20 %	20 %	385801029
37	NC_017456	ATGCG	2	10	53297	53306	20 %	20 %	40 %	20 %	385801029
38	NC_017456	TTTTC	2	10	54662	54671	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017456	GCAAG	2	10	57524	57533	40 %	0 %	40 %	20 %	385801033
40	NC_017456	AAAGC	2	10	61387	61396	60 %	0 %	20 %	20 %	385801036
41	NC_017456	CCGGC	2	10	61460	61469	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
42	NC_017456	CGTAA	2	10	68840	68849	40 %	20 %	20 %	20 %	385801042
43	NC_017456	TTTAT	2	10	70195	70204	20 %	80 %	0 %	0 %	385801044
44	NC_017456	GCGTG	2	10	70980	70989	0 %	20 %	60 %	20 %	385801044
45	NC_017456	ACAAA	2	10	72966	72975	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017456	TCTGC	2	10	73847	73856	0 %	40 %	20 %	40 %	385801046
47	NC_017456	TGCAA	2	10	77033	77042	40 %	20 %	20 %	20 %	385801048
48	NC_017456	AGAGC	2	10	77507	77516	40 %	0 %	40 %	20 %	385801048
49	NC_017456	AAGCA	2	10	78840	78849	60 %	0 %	20 %	20 %	385801049
50	NC_017456	TGATT	2	10	82239	82248	20 %	60 %	20 %	0 %	385801051
51	NC_017456	TTTAA	2	10	84315	84324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017456	TTTGC	2	10	85221	85230	0 %	60 %	20 %	20 %	385801053
53	NC_017456	CAAGG	2	10	88223	88232	40 %	0 %	40 %	20 %	385801056
54	NC_017456	CAATC	2	10	91136	91145	40 %	20 %	0 %	40 %	385801058
55	NC_017456	CGTAT	2	10	96579	96588	20 %	40 %	20 %	20 %	385801062
56	NC_017456	TGGTG	2	10	97863	97872	0 %	40 %	60 %	0 %	385801065
57	NC_017456	ATGGG	2	10	98292	98301	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017456	TCGTG	2	10	99123	99132	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_017456	GGGAG	2	10	100523	100532	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017456	GAGTC	2	10	101376	101385	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017456	GAGTG	2	10	105813	105822	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017456	TACAG	2	10	106032	106041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_017456	AATGC	2	10	107937	107946	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017456	ATGAT	2	10	109522	109531	40 %	40 %	20 %	0 %	385801070
65	NC_017456	AATTG	2	10	110333	110342	40 %	40 %	20 %	0 %	385801071
66	NC_017456	GTTTT	2	10	112134	112143	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017456	TAAAC	2	10	112282	112291	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017456	GGAGG	2	10	116166	116175	20 %	0 %	80 %	0 %	385801076
69	NC_017456	ACATG	2	10	116218	116227	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_017456	AGAAA	2	10	117935	117944	80 %	0 %	20 %	0 %	385801078
71	NC_017456	TTGCG	2	10	120656	120665	0 %	40 %	40 %	20 %	385801080
72	NC_017456	GAATT	2	10	123806	123815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017456	TTATG	2	10	126049	126058	20 %	60 %	20 %	0 %	385801083
74	NC_017456	CTCAG	2	10	130254	130263	20 %	20 %	20 %	40 %	385801089
75	NC_017456	AGTTT	2	10	131946	131955	20 %	60 %	20 %	0 %	385801090
76	NC_017456	GGAAT	2	10	134302	134311	40 %	20 %	40 %	0 %	385801093
77	NC_017456	CATCG	2	10	137498	137507	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_017456	GTTGT	2	10	137795	137804	0 %	60 %	40 %	0 %	385801095
79	NC_017456	TTTGC	2	10	138588	138597	0 %	60 %	20 %	20 %	385801095
80	NC_017456	TTATT	2	10	139221	139230	20 %	80 %	0 %	0 %	385801095
81	NC_017456	TTTCT	2	10	139339	139348	0 %	80 %	0 %	20 %	385801095
82	NC_017456	CTCTT	2	10	139790	139799	0 %	60 %	0 %	40 %	385801095
83	NC_017456	TTTCT	2	10	139885	139894	0 %	80 %	0 %	20 %	385801095
84	NC_017456	AAGCT	2	10	142016	142025	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_017456	CTTGT	2	10	143968	143977	0 %	60 %	20 %	20 %	385801098
86	NC_017456	TCTTG	2	10	144012	144021	0 %	60 %	20 %	20 %	385801098
87	NC_017456	GGTGT	2	10	144417	144426	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017456	TGGTT	2	10	145763	145772	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017456	CGTAG	2	10	146711	146720	20 %	20 %	40 %	20 %	385801100
90	NC_017456	TCCTT	2	10	146846	146855	0 %	60 %	0 %	40 %	385801100
91	NC_017456	ACAGT	2	10	147104	147113	40 %	20 %	20 %	20 %	385801100
92	NC_017456	TACCG	2	10	150463	150472	20 %	20 %	20 %	40 %	385801103
93	NC_017456	GTCTG	2	10	150653	150662	0 %	40 %	40 %	20 %	385801103
94	NC_017456	AATCA	2	10	152845	152854	60 %	20 %	0 %	20 %	385801103
95	NC_017456	TTTTA	2	10	153559	153568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017456	GCTGT	2	10	154265	154274	0 %	40 %	40 %	20 %	385801104
97	NC_017456	TTTCG	2	10	156458	156467	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017456	TTGGC	2	10	157699	157708	0 %	40 %	40 %	20 %	385801107
99	NC_017456	GCTCA	2	10	160298	160307	20 %	20 %	20 %	40 %	385801110
100	NC_017456	TGGTG	2	10	163716	163725	0 %	40 %	60 %	0 %	385801114
101	NC_017456	AAAGC	2	10	164423	164432	60 %	0 %	20 %	20 %	385801115
102	NC_017456	TGCAT	2	10	165593	165602	20 %	40 %	20 %	20 %	385801116
103	NC_017456	TTTCA	2	10	166445	166454	20 %	60 %	0 %	20 %	385801116
104	NC_017456	TCCAA	2	10	169710	169719	40 %	20 %	0 %	40 %	385801122
105	NC_017456	AAATC	2	10	170575	170584	60 %	20 %	0 %	20 %	385801122
106	NC_017456	GAATG	2	10	171362	171371	40 %	20 %	40 %	0 %	385801123
107	NC_017456	TGACA	2	10	171640	171649	40 %	20 %	20 %	20 %	385801123
108	NC_017456	CTGTT	2	10	173618	173627	0 %	60 %	20 %	20 %	385801125
109	NC_017456	ATATT	2	10	175196	175205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017456	TAATT	2	10	176329	176338	40 %	60 %	0 %	0 %	385801127
111	NC_017456	GTAAA	2	10	176748	176757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017456	ATATT	2	10	177398	177407	40 %	60 %	0 %	0 %	385801129
113	NC_017456	TTATA	2	10	178914	178923	40 %	60 %	0 %	0 %	385801130
114	NC_017456	GGCAT	2	10	180469	180478	20 %	20 %	40 %	20 %	385801132
115	NC_017456	TATTT	2	10	180990	180999	20 %	80 %	0 %	0 %	385801133
116	NC_017456	GAGAT	2	10	181418	181427	40 %	20 %	40 %	0 %	385801133
117	NC_017456	AAACG	2	10	182194	182203	60 %	0 %	20 %	20 %	385801135
118	NC_017456	AAGAA	2	10	182637	182646	80 %	0 %	20 %	0 %	385801135
119	NC_017456	AGTAA	2	10	184441	184450	60 %	20 %	20 %	0 %	385801136
120	NC_017456	GTAAA	2	10	184638	184647	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017456	AACTC	2	10	186404	186413	40 %	20 %	0 %	40 %	385801138
122	NC_017456	GAGAA	2	10	188268	188277	60 %	0 %	40 %	0 %	385801138
123	NC_017456	ATTCC	2	10	193044	193053	20 %	40 %	0 %	40 %	385801141
124	NC_017456	CGCTA	2	10	194625	194634	20 %	20 %	20 %	40 %	385801143
125	NC_017456	TTGCG	2	10	196337	196346	0 %	40 %	40 %	20 %	385801144
126	NC_017456	TTTAA	2	10	196727	196736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017456	TTCAA	2	10	197358	197367	40 %	40 %	0 %	20 %	385801145
128	NC_017456	GTCTT	2	10	198226	198235	0 %	60 %	20 %	20 %	385801146
129	NC_017456	TTTCT	2	10	198411	198420	0 %	80 %	0 %	20 %	385801146
130	NC_017456	AGAGT	2	10	200017	200026	40 %	20 %	40 %	0 %	385801146
131	NC_017456	CTACA	2	10	201014	201023	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_017456	CTGTG	2	10	201112	201121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017456	TTTTG	2	10	201233	201242	0 %	80 %	20 %	0 %	385801147
134	NC_017456	TGAAT	2	10	201401	201410	40 %	40 %	20 %	0 %	385801147
135	NC_017456	TGTTT	2	10	202324	202333	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017456	TTGCA	2	10	204897	204906	20 %	40 %	20 %	20 %	385801152
137	NC_017456	ACAAT	2	10	206306	206315	60 %	20 %	0 %	20 %	385801153
138	NC_017456	AATTA	2	10	208937	208946	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017456	CACTT	2	10	210165	210174	20 %	40 %	0 %	40 %	385801158
140	NC_017456	ATTAT	2	10	210762	210771	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017456	TCAGC	2	10	210945	210954	20 %	20 %	20 %	40 %	385801159
142	NC_017456	TGCTT	2	10	211241	211250	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_017456	AGACG	2	10	211620	211629	40 %	0 %	40 %	20 %	385801160
144	NC_017456	TTCCT	2	10	215295	215304	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_017456	CCAGC	2	10	220615	220624	20 %	0 %	20 %	60 %	385801168
146	NC_017456	GTTTT	2	10	222475	222484	0 %	80 %	20 %	0 %	385801169
147	NC_017456	GCGTT	2	10	224197	224206	0 %	40 %	40 %	20 %	385801169
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149	NC_017456	TGCAT	2	10	225969	225978	20 %	40 %	20 %	20 %	385801171
150	NC_017456	AACTT	2	10	230867	230876	40 %	40 %	0 %	20 %	385801175
151	NC_017456	GCTTG	2	10	231468	231477	0 %	40 %	40 %	20 %	385801175
152	NC_017456	CAAAA	2	10	232416	232425	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_017456	TAACA	2	10	232790	232799	60 %	20 %	0 %	20 %	385801176
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155	NC_017456	TTGGA	2	10	234891	234900	20 %	40 %	40 %	0 %	385801177
156	NC_017456	AAATA	2	10	242879	242888	80 %	20 %	0 %	0 %	385801183
157	NC_017456	TAATG	2	10	243870	243879	40 %	40 %	20 %	0 %	385801183
158	NC_017456	AAAAG	2	10	247016	247025	80 %	0 %	20 %	0 %	385801185
159	NC_017456	GTGGC	2	10	248216	248225	0 %	20 %	60 %	20 %	385801186
160	NC_017456	CTTGG	2	10	251706	251715	0 %	40 %	40 %	20 %	385801187
161	NC_017456	GGAGC	2	10	252508	252517	20 %	0 %	60 %	20 %	385801187
162	NC_017456	TATGC	2	10	252629	252638	20 %	40 %	20 %	20 %	385801187
163	NC_017456	TGTTT	2	10	252978	252987	0 %	80 %	20 %	0 %	385801187
164	NC_017456	CCGCA	2	10	254599	254608	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
165	NC_017456	AAGAT	2	10	256056	256065	60 %	20 %	20 %	0 %	385801192
166	NC_017456	TTGCT	2	10	256348	256357	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_017456	TGTTC	2	10	260301	260310	0 %	60 %	20 %	20 %	385801196
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169	NC_017456	GTGCT	2	10	263165	263174	0 %	40 %	40 %	20 %	385801198
170	NC_017456	TTTAC	2	10	265934	265943	20 %	60 %	0 %	20 %	385801200
171	NC_017456	TTGAA	2	10	268589	268598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
172	NC_017456	ATTAA	2	10	270065	270074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_017456	TGCTT	2	10	274994	275003	0 %	60 %	20 %	20 %	385801207
174	NC_017456	GCGCG	2	10	275531	275540	0 %	0 %	60 %	40 %	385801207
175	NC_017456	TCGCA	2	10	279251	279260	20 %	20 %	20 %	40 %	385801211
176	NC_017456	GACAA	2	10	282044	282053	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
177	NC_017456	GTCGC	2	10	285154	285163	0 %	20 %	40 %	40 %	385801220
178	NC_017456	TTGGT	2	10	286946	286955	0 %	60 %	40 %	0 %	385801224
179	NC_017456	TTGGC	2	10	287138	287147	0 %	40 %	40 %	20 %	385801224
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192	NC_017456	ATGGT	2	10	308164	308173	20 %	40 %	40 %	0 %	385801244
193	NC_017456	TTGGG	2	10	308683	308692	0 %	40 %	60 %	0 %	385801244
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196	NC_017456	AGCTT	2	10	315978	315987	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
197	NC_017456	AAGCA	2	10	317378	317387	60 %	0 %	20 %	20 %	385801252
198	NC_017456	ACTAA	2	10	318128	318137	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
199	NC_017456	ATCAT	2	10	318469	318478	40 %	40 %	0 %	20 %	385801253
200	NC_017456	TAAAT	2	10	318894	318903	60 %	40 %	0 %	0 %	385801253
201	NC_017456	ATGGA	2	10	319074	319083	40 %	20 %	40 %	0 %	385801253
202	NC_017456	TAAAT	2	10	319400	319409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
203	NC_017456	ATACA	2	10	320025	320034	60 %	20 %	0 %	20 %	385801254
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209	NC_017456	CTAAT	2	10	323038	323047	40 %	40 %	0 %	20 %	385801257
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213	NC_017456	TTATA	2	10	328617	328626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
214	NC_017456	AGATA	2	10	328726	328735	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
215	NC_017456	AATAT	2	10	329209	329218	60 %	40 %	0 %	0 %	385801262
216	NC_017456	AAGGA	2	10	329877	329886	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
217	NC_017456	TGCTA	2	10	330915	330924	20 %	40 %	20 %	20 %	385801264
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219	NC_017456	AATAT	2	10	331857	331866	60 %	40 %	0 %	0 %	385801264
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239	NC_017456	CAACC	2	10	372594	372603	40 %	0 %	0 %	60 %	385801277
240	NC_017456	ATTTG	2	10	374091	374100	20 %	60 %	20 %	0 %	385801278
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242	NC_017456	AAAGT	2	10	377825	377834	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
243	NC_017456	TCGAT	2	10	378155	378164	20 %	40 %	20 %	20 %	385801281
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245	NC_017456	TCTTA	2	10	380332	380341	20 %	60 %	0 %	20 %	385801284
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247	NC_017456	AAGCT	2	10	384808	384817	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
248	NC_017456	TGAAT	2	10	395892	395901	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
249	NC_017456	TGAGC	2	10	396672	396681	20 %	20 %	40 %	20 %	385801292
250	NC_017456	ATTTT	2	10	397532	397541	20 %	80 %	0 %	0 %	385801293
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258	NC_017456	GTTTT	2	10	420732	420741	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
259	NC_017456	CTTTA	2	10	420956	420965	20 %	60 %	0 %	20 %	385801301
260	NC_017456	ATGAC	2	10	421794	421803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
261	NC_017456	AAAGA	2	10	422768	422777	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
262	NC_017456	GCTAT	2	10	423378	423387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
263	NC_017456	AAAGA	2	10	425756	425765	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
264	NC_017456	TTTTC	2	10	431335	431344	0 %	80 %	0 %	20 %	385801303
265	NC_017456	TCTTT	2	10	431527	431536	0 %	80 %	0 %	20 %	385801303
266	NC_017456	GCTAT	2	10	432734	432743	20 %	40 %	20 %	20 %	385801304
267	NC_017456	AACAA	2	10	434048	434057	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
268	NC_017456	GCAAC	2	10	437704	437713	40 %	0 %	20 %	40 %	385801307
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270	NC_017456	TACGA	2	10	440068	440077	40 %	20 %	20 %	20 %	385801308
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