MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Gardnerella vaginalis HMP9231 chromosome

Total Repeats: 242

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017456	TATTT	2	10	2032	2041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017456	TAAAA	2	10	10482	10491	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017456	TTAAA	2	10	10540	10549	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017456	AAAGC	2	10	20723	20732	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
5	NC_017456	GTTTG	2	10	50469	50478	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017456	ATGCG	2	10	50637	50646	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
7	NC_017456	ATTTA	2	10	51748	51757	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017456	TTTTC	2	10	54662	54671	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_017456	CCGGC	2	10	61460	61469	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
10	NC_017456	ACAAA	2	10	72966	72975	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_017456	TTTAA	2	10	84315	84324	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017456	ATGGG	2	10	98292	98301	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017456	TCGTG	2	10	99123	99132	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_017456	GGGAG	2	10	100523	100532	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017456	GAGTC	2	10	101376	101385	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_017456	GAGTG	2	10	105813	105822	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017456	TACAG	2	10	106032	106041	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_017456	AATGC	2	10	107937	107946	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_017456	GTTTT	2	10	112134	112143	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017456	TAAAC	2	10	112282	112291	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_017456	ACATG	2	10	116218	116227	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_017456	GAATT	2	10	123806	123815	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017456	CATCG	2	10	137498	137507	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_017456	AAGCT	2	10	142016	142025	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_017456	GGTGT	2	10	144417	144426	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017456	TGGTT	2	10	145763	145772	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017456	TTTTA	2	10	153559	153568	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017456	TTTCG	2	10	156458	156467	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_017456	ATATT	2	10	175196	175205	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017456	GTAAA	2	10	176748	176757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017456	GTAAA	2	10	184638	184647	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017456	TTTAA	2	10	196727	196736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017456	CTACA	2	10	201014	201023	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_017456	CTGTG	2	10	201112	201121	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
35	NC_017456	TGTTT	2	10	202324	202333	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017456	AATTA	2	10	208937	208946	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017456	ATTAT	2	10	210762	210771	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017456	TGCTT	2	10	211241	211250	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
39	NC_017456	TTCCT	2	10	215295	215304	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_017456	CAAAA	2	10	232416	232425	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_017456	CCGCA	2	10	254599	254608	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_017456	TTGCT	2	10	256348	256357	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
43	NC_017456	TTGAA	2	10	268589	268598	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017456	ATTAA	2	10	270065	270074	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017456	GACAA	2	10	282044	282053	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_017456	GGAAC	2	10	288870	288879	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_017456	TAATG	2	10	306501	306510	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017456	AGCTT	2	10	315978	315987	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
49	NC_017456	ACTAA	2	10	318128	318137	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_017456	TAAAT	2	10	319400	319409	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017456	ATTAG	2	10	323001	323010	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017456	CAAAG	2	10	324284	324293	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_017456	TATTT	2	10	327444	327453	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017456	TTATA	2	10	328617	328626	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017456	AGATA	2	10	328726	328735	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017456	AAGGA	2	10	329877	329886	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017456	CAAAT	2	10	371493	371502	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_017456	AAAGT	2	10	377825	377834	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017456	GAAAA	2	10	380126	380135	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017456	AAGCT	2	10	384808	384817	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017456	TGAAT	2	10	395892	395901	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017456	GTTTT	2	10	420732	420741	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017456	ATGAC	2	10	421794	421803	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_017456	AAAGA	2	10	422768	422777	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017456	GCTAT	2	10	423378	423387	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
66	NC_017456	AAAGA	2	10	425756	425765	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017456	AACAA	2	10	434048	434057	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_017456	CTAGT	2	10	442161	442170	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_017456	TTATG	2	10	453980	453989	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017456	TGGCG	2	10	460254	460263	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_017456	TCTAA	2	10	475197	475206	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
72	NC_017456	TGTGT	2	10	476414	476423	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017456	AATAA	2	10	499073	499082	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017456	AGCTT	2	10	527307	527316	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_017456	CGTTC	2	10	539967	539976	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_017456	TGCAT	2	10	540675	540684	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_017456	AAAAC	2	10	547676	547685	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_017456	TGCAA	2	10	549959	549968	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_017456	TTTGA	2	10	554447	554456	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017456	TGTGT	2	10	562682	562691	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017456	TGCTT	2	10	563578	563587	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_017456	ATTTT	2	10	567159	567168	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017456	TTGAT	2	10	567588	567597	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017456	TTATT	2	10	572032	572041	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017456	TAAAT	2	10	572095	572104	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017456	ATTAT	2	10	572248	572257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017456	GTTTT	2	10	577834	577843	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017456	CACAG	2	10	584032	584041	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_017456	ATTTC	2	10	584070	584079	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_017456	TTGTA	2	10	586311	586320	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017456	GTCAA	2	10	612643	612652	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_017456	TGTAA	2	10	625982	625991	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017456	GTTGC	2	10	642680	642689	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
94	NC_017456	TTTAT	2	10	650665	650674	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017456	TTTTG	2	10	651747	651756	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017456	AGAGA	2	10	653368	653377	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017456	TGTGC	2	10	655270	655279	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
98	NC_017456	AATAA	2	10	666742	666751	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017456	AAAAT	2	10	666767	666776	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017456	ACAAA	2	10	707215	707224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_017456	CATGG	2	10	712120	712129	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_017456	AGTCT	2	10	726625	726634	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_017456	AAAAG	2	10	735049	735058	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017456	GCTTG	2	10	735939	735948	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_017456	GGCTG	2	10	736260	736269	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
106	NC_017456	GCTCT	2	10	737254	737263	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
107	NC_017456	AAAGC	2	10	737319	737328	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_017456	CTCAA	2	10	738556	738565	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_017456	CAAGA	2	10	740878	740887	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
110	NC_017456	TTTTG	2	10	747230	747239	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017456	AGGAA	2	10	747984	747993	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017456	AGAAT	2	10	752355	752364	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017456	AAAAT	2	10	758998	759007	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017456	TGATT	2	10	762905	762914	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017456	AAAAG	2	10	770553	770562	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017456	TAAAT	2	10	775307	775316	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017456	TTTAC	2	10	786993	787002	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_017456	TGTTA	2	10	788438	788447	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017456	ATTTT	2	10	801576	801585	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017456	GCATT	2	10	802743	802752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_017456	TAAGT	2	10	806335	806344	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017456	AGCAT	2	10	809319	809328	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
123	NC_017456	CGCCA	2	10	848783	848792	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_017456	AAGTA	2	10	862114	862123	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017456	TGCTT	2	10	865158	865167	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_017456	GTTGC	2	10	865455	865464	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_017456	GAAGT	2	10	865597	865606	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017456	TGAAA	2	10	876127	876136	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017456	GATAG	2	10	879678	879687	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017456	CAAAA	2	10	886752	886761	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_017456	ACAAA	2	10	906149	906158	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_017456	ATGCA	2	10	911323	911332	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_017456	TTATT	2	10	914326	914335	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017456	TTTAA	2	10	914346	914355	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017456	TACAA	2	10	921164	921173	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_017456	AAATA	2	10	926508	926517	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017456	AATTA	2	10	928407	928416	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_017456	AAAAT	2	10	935063	935072	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017456	ACCTG	2	10	938885	938894	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
140	NC_017456	TTTTA	2	10	938906	938915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017456	TGCTT	2	10	943703	943712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_017456	GGTGA	2	10	943860	943869	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017456	CTGCT	2	10	948236	948245	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
144	NC_017456	TAAAA	2	10	948248	948257	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017456	AAAGC	2	10	950775	950784	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_017456	GAGAT	2	10	956420	956429	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017456	ATTAT	2	10	972603	972612	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.