MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus influenzae R2866 chromosome

Total Repeats: 87

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017451	AAGTAA	2	12	41261	41272	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017451	CGTGAT	2	12	45120	45131	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_017451	AATTTT	2	12	49913	49924	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017451	AAAACG	2	12	120919	120930	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_017451	TAAAAA	2	12	161079	161090	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017451	TATTTT	2	12	161121	161132	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017451	GAAAAA	2	12	176136	176147	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017451	AAATCA	2	12	184541	184552	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_017451	AAAAAG	2	12	240732	240743	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017451	ACCTTA	2	12	277016	277027	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017451	ACGTAA	2	12	295788	295799	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_017451	AAAAAT	2	12	298140	298151	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017451	ATTTTT	2	12	316925	316936	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017451	CGAAGG	2	12	357967	357978	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_017451	TGAAAT	2	12	361387	361398	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017451	ATTTTT	2	12	413287	413298	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017451	AATTTT	2	12	451356	451367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017451	TTTTCA	2	12	472926	472937	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_017451	CGAAGG	2	12	478734	478745	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_017451	TGAAAT	2	12	482042	482053	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017451	GTTTTT	2	12	483313	483324	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017451	TGATGC	2	12	489009	489020	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_017451	TCATTT	2	12	492299	492310	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_017451	TAAAGG	2	12	502631	502642	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017451	ATATAA	2	12	561345	561356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017451	TAAAAA	2	12	561791	561802	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017451	TCAAAA	2	12	566692	566703	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017451	AGGAAA	2	12	599550	599561	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017451	TATGTT	2	12	599712	599723	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017451	AAAGGC	2	12	600808	600819	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_017451	CGAAGG	2	12	709987	709998	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_017451	TGAAAT	2	12	713748	713759	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017451	GTTTTT	2	12	715025	715036	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017451	TTTTTA	2	12	718276	718287	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017451	TTTAGA	2	12	752777	752788	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017451	TCTTTA	2	12	812213	812224	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_017451	TTTTGT	2	12	814528	814539	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017451	AATTTA	2	12	851542	851553	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017451	AATTTC	2	12	891586	891597	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_017451	ATTTTT	2	12	914058	914069	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017451	TCAATT	2	12	964502	964513	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_017451	ATTTTA	2	12	977502	977513	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017451	TTAAAT	2	12	978651	978662	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017451	ATTTTT	2	12	1017887	1017898	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017451	AAAAGT	2	12	1023505	1023516	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017451	TGTAAA	2	12	1057513	1057524	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017451	TAAAAT	2	12	1081960	1081971	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017451	TTTTTC	2	12	1091477	1091488	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_017451	TAAATA	2	12	1131429	1131440	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017451	AATAAA	2	12	1138925	1138936	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017451	TTATAG	2	12	1150469	1150480	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017451	TTACAA	2	12	1216581	1216592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_017451	AAAGTA	2	12	1297815	1297826	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017451	AATTTG	2	12	1307595	1307606	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017451	AAGAAT	2	12	1346351	1346362	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017451	GAATAT	2	12	1391044	1391055	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017451	CCTAAG	2	12	1394405	1394416	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017451	TATAAA	2	12	1414792	1414803	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017451	AATTAA	2	12	1546887	1546898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017451	AGAAAA	2	12	1564369	1564380	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017451	ATTTCA	2	12	1586687	1586698	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_017451	AAGTTA	2	12	1587614	1587625	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017451	TTTATT	2	12	1596270	1596281	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017451	TAAAAA	2	12	1599762	1599773	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017451	AAAATG	2	12	1615791	1615802	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017451	CTTTAG	2	12	1618115	1618126	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_017451	AAAAGA	2	12	1644748	1644759	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017451	ATCCTC	2	12	1644849	1644860	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_017451	CCAATC	2	12	1645580	1645591	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017451	TAGTTA	2	12	1664195	1664206	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017451	CGTTAT	2	12	1664438	1664449	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_017451	ATTTCA	2	12	1711327	1711338	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_017451	CTTTCG	2	12	1713299	1713310	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_017451	GCCTTC	2	12	1715087	1715098	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
75	NC_017451	TTTTAA	2	12	1769234	1769245	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017451	AGAAAA	2	12	1774357	1774368	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017451	CGTCTT	2	12	1776202	1776213	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017451	ATTTCA	2	12	1777007	1777018	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_017451	CTTTCG	2	12	1778979	1778990	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_017451	GCCTTC	2	12	1780767	1780778	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
81	NC_017451	GTTAAA	2	12	1814148	1814159	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017451	CAAGCT	2	12	1821613	1821624	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_017451	CGTCTT	2	12	1901133	1901144	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017451	ATTTCA	2	12	1901938	1901949	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_017451	CTTTCG	2	12	1903910	1903921	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017451	GCCTTC	2	12	1905458	1905469	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
87	NC_017451	GTTTTG	2	12	1911781	1911792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.